Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F17 I0 R1
|
115 |
121.7 |
2441348 |
96.4% |
2353459 |
231.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,394,309 |
A→G |
17.0% |
R81R (CGA→CGG) |
nnr → |
bifunctional NAD(P)H‑hydrate repair enzyme, C‑terminal domain ADP‑dependent (S)‑NAD(P)H‑hydrate dehydratase and N‑terminal domain NAD(P)H‑hydrate epimerase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,394,309 | 0 | A | G | 17.0%
| 245.1
/ 3.6
| 109 | R81R (CGA→CGG) | nnr | bifunctional NAD(P)H‑hydrate repair enzyme, C‑terminal domain ADP‑dependent (S)‑NAD(P)H‑hydrate dehydratase and N‑terminal domain NAD(P)H‑hydrate epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/48); new base G (20/2); total (59/50) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.02e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CGGACCATACAATGAAGAAAAACCCCGTAAGTATACCACACACCGTCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGAATATTGTCTGGCCCGAATCGGTAGATCTGATTGTTGATGCGCTGCTCGGTACC‑GGTTTGCGGCAAGCGCCCCGCGAATCCATTAGCCAGTTAATCGACCACGCTAATTC > NC_000913/4394071‑4394542
|
cGGACCATCAAATGAAGAAAAACCCCGTAAGTATACCACACCCCGTCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGa < 1:15959/239‑1 (MQ=255)
tGAAGAAAAACCCCGTAAGTATACCACACACCGTCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGCGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑CACTGGGCCGGCGACTGGCCAAACCg > 1:1002024/1‑239 (MQ=255)
aagaaAAACCCCGTAAGTATACCACACACCGTCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCgg > 1:361316/1‑238 (MQ=255)
agaaAAACCCCGTAAGTATACCACACACCGTCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGGCCAAGCgggc > 1:704246/1‑237 (MQ=255)
aaaCCCCGTAAGTATACCACACACCGTCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCACGGTAATAACGGCGCCGGAGGCTCACTGGGCCGCGGCTCTGCCCAAA‑CGGTCGGc > 2:1209865/1‑238 (MQ=255)
cGTAAGTATACCACACACCGTCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTGGGCGAATCCTGACGCCCGCCACCGGCTGGGGCTGTGCGGTCATGGTCATAACGGCGGCCGCTGCT‑GCGGGGGCCCGCGGCGCGCCAAAgcgggcgggacagggg > 2:534190/1‑231 (MQ=255)
taCCACACACCGTCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGGTGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACgttg > 1:127325/1‑239 (MQ=255)
taCCACACACCGTCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGGGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGCGGGCT‑ACGGGGGCGCGCGGCCGGCCAAAggggggggcgtttggggcccgttg > 2:265158/1‑219 (MQ=255)
cacacCGTCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGGCTGGGCAAAGCGGGCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTgg > 1:497787/1‑238 (MQ=255)
cacacCGTCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCCAAGCGGGCGGCATTTGGGT‑CACGTTGTTgg > 1:229867/1‑238 (MQ=255)
cacacCGTCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACCTGGTCGGGGCGCCGGGCAAAGCGGGCGGCAATGGGGTGCAC‑TTGTTgg > 2:1111596/1‑238 (MQ=255)
cacacCGTCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGGAATAACGGCGGCCAGCGCC‑ACCTCGGCGCCCGGCGGGCCTAAGCGGCTGGCGTTGAGGG‑CCCGGTGTTgg > 2:513346/1‑238 (MQ=255)
acCGTCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTTACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCCGTGGGC‑ACGTGGGTGCGGGGCTGGCCGAAACGGGCGGGCGTGAGGG‑CACGTTGTTGGgccc > 2:954836/1‑238 (MQ=255)
acCGTCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGGCATGGCT‑ACGTGGTCCCGCGACTGCCCAAATCGGTCGGGCTTGCGGG‑CAcagatattgccca > 2:727950/1‑227 (MQ=255)
cGTCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGTGATGGGC‑ACCTGGTCGCGGGCATGGCCAAAGAGGTCGGCACTGTGGT‑CAGCTCGTTAGCCCAgg > 2:879152/1‑239 (MQ=255)
tCTGGTCCGCGGAGGATACCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTg < 1:197589/216‑1 (MQ=255)
tCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGGCGGGCTTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGgag > 1:716328/1‑239 (MQ=255)
tCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGGCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGGCCAGgag > 1:731976/1‑239 (MQ=255)
tCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGGCGCGCGGCTGGCCAAAACGGGCGGCGTTGGGGG‑CACGTTGTTTGCCCCGgag > 1:1056183/1‑239 (MQ=255)
tCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGGCGCGCGCCTGGCCAAAGCGGGCGGCCTTGAGGA‑CCCGTTGTTGGCCCAGgag > 1:737784/1‑239 (MQ=255)
tCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCC‑ACGGGGTCGCGCGGCTGGCCCAAGCGGCCGGCATTGAGGG‑CACGTTGTTGGCCCAGgag > 1:793542/1‑239 (MQ=255)
tCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGCGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGCAGGCC‑ACGTGGGCGCGCGACTGGGCGAACGCGTGCGCGTTGACGT‑CCAGCTGTTGGCCCCgggg > 2:248059/1‑237 (MQ=255)
cTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGGAATAACGGCGGCGGCGGCC‑ACCGGGTAGCGCGGCTGGCGAAAACGGGCGGGATTGAGGG‑GACGTTGTTGGCCCAGgaag > 2:843093/1‑237 (MQ=255)
cgacgaTATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACaca > 1:1135056/1‑236 (MQ=255)
cgcgGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGGTGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAACGGGCGGCCTTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCCGGGGGGCGACAAAACGGTGCCGGAaga > 1:941141/1‑239 (MQ=255)
cgGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCTGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGCGCGACAAACCGATGCCGGAagag > 1:944773/1‑238 (MQ=255)
gcggcAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGCTGGCT‑ACGTGGTCGCGCGGCTGGGCAAAACGGGCGGCATTGAGGG‑CCCGTTGTTGGCCCCGGGGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGccc > 2:1075088/1‑236 (MQ=255)
cggcAGGTGGGCGGGCGCTCACACTCGGTGATCTGATGCCCCGCGCGGGAGGGGCCGCGTGCCGGGTGTGCCGTCGGGCGTACCCCGGCGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCAcg < 2:828601/238‑1 (MQ=255)
ggtgttgtgtgggggCTCGCGCTCTAGGGGCTGATGCTGCGCGCGGGCGGGGGCGGATTCGGGTGGTGTCGTGGGGCGTAGCGGGGCGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCAcgcg < 2:229867/227‑1 (MQ=255)
tgtgCTGGGGCTCACCCTCTATGGGCTGATCCTTCGCGCTGGCGGGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCa < 1:917151/238‑1 (MQ=255)
tGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGt > 1:184087/1‑201 (MQ=255)
tGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGt < 2:184087/201‑1 (MQ=255)
ggggCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGGCGGCT‑ACGGGGGCGCGCGGCTGGCCAAAGCGGGCGGCATTGAGGG‑CACGTTGTTGGCCCCGGGGAGGGACACACCGTTGCCGGGAGAGGCCGCGCTGGCACGCGagaggtgggtaa > 2:917151/1‑228 (MQ=255)
cacaCTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑CCGTGGGCGCGCGGCCGGCCAAAAGGGTCGGCATTTGGGG‑CAAGTTGTTGGGCCAGGGGAGCGACAAAACCGTGCCGGGAGAGGGCGCGCTGGCACGCGGAACAAGGTGAACCGCgg > 2:768932/1‑239 (MQ=255)
cacaCTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGCAGCATGGTTAAACGCgg > 1:75863/1‑239 (MQ=255)
cacaCTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGGAATAACGGCGGCGCTGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCCAAGCGGTCGGCAGTGAGGT‑CACGGTGTTGGGCCACGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGGGGCCGCGCTGGGCCGCGGAGCCTGGGTGAACCCgg > 2:534567/1‑239 (MQ=255)
tcttgggtcTGTTGTTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATCCCGGGTGTGTCGTTCGGCGTACCCTGCCGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGc < 1:918043/231‑1 (MQ=255)
ctATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGGC‑ACGCGGTCGCGGGACGGGCCAAAGCGGTCGGCCATGGGGC‑CGCGGTGGTGGGCCCGGGGGGCGACAAAACGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGGACGCGAAACATGGGTAAACGCgggggggg > 2:474485/1‑237 (MQ=255)
tataAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGAGCGGTCATGGTAATAACGGCTGCGATGGCT‑GCCTGGCACGGCGGATGGCCAAAAAGGGCGGGCTTGGGGG‑AACGTGGGTGGTCCAGGAGAGCGGCAAAACGCTGCCAGACAGGGCCCCACTGGCGTGGGACGGATCGTCAAACGCGGGGGGGga > 2:787974/1‑239 (MQ=255)
ctggtgttccgggcTGGCGGGGCCGCTTTCCGGGTGTGTCGTGCGGGGTATCCGGGCGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATcc < 1:1111596/226‑1 (MQ=255)
cTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGCCTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGG‑CACGGTGTTGGCCCCGGAGGGCGGCAAACCGTTGCCGGGAAAGGCCGCGCTGGCACGCGGAGCATGGTGAAACGCGGGGGGGGAGATc > 2:237489/1‑237 (MQ=255)
gATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGGTGGCT‑ACGTGGGCGCGCGGCTGGCCCAAGCGGGCGGCACTGAGGG‑CACCTTGTTGGCCCCGGAGAGCGGCCAACCCTTTCCCGAAGGGGCCCGGCCGGGACGCGGAGCCTGGGTAAAAACGGGGGGGGAGATccccg > 2:957119/1‑236 (MQ=255)
gATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGGAATAACGGCGGCCCTGGCT‑ACGCGGTCGCGCGGCTGGGCAACGCGGTCGGCATTTAGGG‑CACGGTGTTGGCCCCGGGGAGGGACCACCCCCGTCCGGAGGAGGCGCCGCTCGGGCGCGACGCCCGGGTAAACGCGGGTGGCGAGGGCCAt > 2:1199455/1‑238 (MQ=255)
aTGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGGAGAGGCCGCGCTGGCACGCGGAGCATGGGTAAACGCGGGGGGCGAGATCCAt > 1:79815/1‑237 (MQ=255)
tGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATTGCC‑ACCTGGGCGCGCGGCTGGCCCAAACGGGCGGCATTGAGGG‑CACGTTGTTTGGCCCGGGGGGCGACAAACCGGTGCCCGGCGAGGCCGCCCTTGCCCCCGAAGCATGGGTAAAACCGGGGGGCgaggtgcccg > 2:422045/1‑230 (MQ=255)
gCTTCGCGCTGGGGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTCCGGCGTTTCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCtt < 1:818559/239‑1 (MQ=255)
ccgcgcgGGGGAGGCCGCATTCCGGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGCCGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGa < 1:237489/238‑1 (MQ=255)
gCATGCCAGGTGTTTGGTCGGGGGTACCTTGGCGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGAATATTGTCTGGCCCGa < 1:248059/239‑1 (MQ=255)
aTTCCAGGTGTGTCGTGCGCCGTATCCGGGCCCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGAATATTGTCTGGCCCGAAt < 1:954836/239‑1 (MQ=255)
ggggTGTGTCGTGCGGCGTGTCCGGCCCCCCGGCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGAATATTGTCTGGCCCGAATCgg < 2:497787/236‑1 (MQ=255)
gggggttCGTCCGGCGTCTCCTGCCGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGAATATTGTCTGGCCCGAATCGGTa < 2:704246/232‑1 (MQ=255)
gtgtctggcagggTATCGTGGCGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGAATATTGTCTGGCCCGAATCGGTAGAt < 1:640822/226‑1 (MQ=255)
gtgtCGTGGGGCGTAGCCTGGCCCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGAATATTGTCTGGCCCGAATCGGTAGAt < 1:727950/238‑1 (MQ=255)
tCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGGCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGGTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGAATATTGTCTGGCCCGAATCGGTAGATCTGa > 1:918421/1‑239 (MQ=255)
cggtgggcggtagccgcccccggccGCTGGCTGGGGCCGCGAGGTCATGGTAAGAACGGCGGCGATGGGC‑ACGTGGTCGGGCGGCTGGCAAAATCGGTTGGCATTGGGGT‑CACGTTGTTGGACCAGGAAAGCGACAATCCGTTGGCGGAAGAGGCCGCGCTGGCTAGCGAAGCATGGTTAAGCGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGAATATTGTCTGGCTCGGGTCGGTAGATCTGAt < 2:688956/217‑1 (MQ=255)
gggcggctgctccgggcgcccgccACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGAATATTGTCTGGCCCGAATCGGTAGATCTGAt < 2:79815/222‑1 (MQ=255)
gTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGGTGGCT‑GCGTGGTCGCGCGGCTGGCCAAAGCGGGCGGCATTGAGGT‑CCCGTTGTTGGCCCCGGGGGGCGACAAACCGGTGCCGGGAGGGGCCGCGCTGGCACGCGCAGCATGGGAAAACGCGGGTGGCGAGGTCCCTGCCTCCGATATTGGCTGGCCCGAATCGGTGGATCTGAtt > 2:438489/1‑239 (MQ=255)
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gtacccggcgccccgccACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGAATATTGTCTGGCCCGAATCGGTAGATCTGATTGTTGATg < 1:585956/228‑1 (MQ=255)
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tGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGGAATAACGGCGGCCGTGGCC‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCCAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAAACCTTGCCGGGAGAGGCCGCGCTGGCCCGCGGAGACTGGTGAAACGCGGGTGGGGAGATCCATGCTTCGGATATTTGCTGGCCCGAGTCGGGCGATCTGATTGTTGATGGgctc > 2:732666/1‑237 (MQ=255)
gcgcccgccACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGAATATTGTCTGGCCCGAATCGGTAGATCTGATTGTTGATGCgctgct < 1:451554/237‑1 (MQ=255)
ccgcccgccACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGAATATTGTCTGGCCCGAATCGGTAGATCTGATTGTTGATGCgctgct < 2:1072938/237‑1 (MQ=255)
ccccccgccTCTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGAATATTGTCTGGCCCGAATCGGTAGATCTGATTGTTGATGCgctgct < 2:455682/235‑1 (MQ=255)
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cATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGAATATTGTCTGGCCCGAATCGGTAGATCTGATTGTTGATGCGCTGCTCGGTACC‑GGTTTGCGGCAAGCGCCCCGCGa < 1:265158/239‑1 (MQ=255)
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ataaCGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCCCGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGAATATTGTCTGGCCCGAATCGGTAGATCTGATTGTTGATGCGCTGCTCGGTACC‑GGTTTGCGGCAAGCGCCCCGCGAATCCAtt > 1:430398/1‑239 (MQ=255)
aaCGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGGAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGAATATTGTCTGGCCCGAATCGGGAGATCTGATTGTTGATGCGCTGCTCGGTACC‑GGGTTGCGGCAAGCGCCCCGCGAATCCATTa > 1:432117/1‑238 (MQ=255)
aaCGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGAATATTGTCTGGCCCGAATCGGTAGATCTGATTGTTGATgcg < 1:180490/195‑1 (MQ=255)
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cggcgATGGCT‑ACGTGGGCGCGCGACTGGCCAAAGCGGGCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGCCAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGGAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCCTGCGTCGAATATTGGATGGCCCGGATCGGGAGATCTGGTTGTTGATGCGCTGCTCGTGACCGGGTTTGGGGC‑AGCGTCCCGCGAATCCCTTAGCCAgg > 2:692576/1‑238 (MQ=255)
ggcgATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGAATATTGTCTGGCCCGAATCGGTAGATCTGATTGTTGATGCGCTGCTCGGTACC‑GGTTTGCGGCAAGCGCCCCGCGAATCCATTAGcc < 2:976199/235‑1 (MQ=255)
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|
CGGACCATACAATGAAGAAAAACCCCGTAAGTATACCACACACCGTCTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCT‑ACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGT‑CACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGGCACGCGAAGCATGGTTAAACGCGGGTGGCGAGATCCATGCTTCGAATATTGTCTGGCCCGAATCGGTAGATCTGATTGTTGATGCGCTGCTCGGTACC‑GGTTTGCGGCAAGCGCCCCGCGAATCCATTAGCCAGTTAATCGACCACGCTAATTC > NC_000913/4394071‑4394542
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
