Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F18 I0 R1
|
274 |
115.5 |
2655328 |
86.7% |
2302169 |
226.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,271,857 |
A→T |
16.5% |
intergenic (‑8/‑262) |
chaA ← / → chaB |
calcium/sodium:proton antiporter/cation transport regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,271,857 | 0 | A | T | 16.5%
| 134.1
/ 2.9
| 52 | intergenic (‑8/‑262) | chaA/chaB | calcium/sodium:proton antiporter/cation transport regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/35); new base T (7/2); total (15/37) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.88e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AACCGTAAGGTTCTCCCAGGCGATGGGCTAATACGTCCGCATGACGGACAACACTAAAGGCGCTACTTAAAATACCAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGAAAATTCTTATGTTTTGGCAAGAGTAGATATTGTTGACCACACTTAATGTT > NC_000913/1271630‑1272095
|
aaCCGAAAGGTTCCCCCAGGTGGTGGGCTAATACGTCCGCAAGACGGAAAACACTAAATGCGCTACTTAAAATCCCAAAAAGGCCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTTGCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTCCCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAg < 1:814410/239‑1 (MQ=255)
tcCCAGGCGATGGGCTAATACGTCCGCATGACGGACAACACTAAAGGCGCTACTTAAAATACCAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGGTTTTT‑CCGCCCCTTTGGGCATTTGACATTATGGTTTTCCttttcacgtggattttttgg > 2:896934/1‑223 (MQ=255)
ccAGGCGATGGGCTAATACGTCCGCATGACGGACAACACTAAAGGCGCTACTTAAAATACCAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGa‑aa < 2:56727/239‑1 (MQ=255)
ccAGGCGATGGGCTAATACGTCCGCATGACGGACAACACTAAAGGCCCTACTTAAAATCCCAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGa‑aa < 2:675561/239‑1 (MQ=255)
cGATGGGCTAATTCGTCCGCATGACGGACAACACTAAAGGCGCTACTTAAAATACCAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGGGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAt < 2:304771/236‑1 (MQ=255)
tGGGCTAATACGTCCGCATGACGGACAACACTAAAGGCGCTACTTAAAATACCAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGGTTTTA‑CCGCCCC‑TTTTGCCTTTGACATTATGGTTTTTCCTTTGCTACTGAAtttttttgaaatattaaa > 2:158895/1‑224 (MQ=255)
atgtagaaaagagccagcacTAAAGGCGTTACTTAAAATCACAATCAGCCGAAGAATATTGATGTCAATGACCCCTGGTAGTGTCTGGCCGCTTCCCCACAGGAACAGCACTGCCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAAtag‑gtagg < 2:1990/221‑1 (MQ=255)
ggACAACACTAAAGGCGCTACTTAAAATCCCAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGa < 2:1147909/239‑1 (MQ=255)
caatcaatAAAGGGTCTATTCAAAAGCCCAATAAGCCCAAAAAAATGAAGGGCACTGACCACTGTTGGGTGCTGTGTGCTCCCCAACCGAAACAGCACTACCAGCGCCAGACCGGGGAAAATAGCCGAAGTCTC‑CTGGTGGCGGGTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAA‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGaa < 1:893480/231‑1 (MQ=255)
acaacaCTAAAGGCGCTACTTAAAATCCCAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGaa < 2:193020/238‑1 (MQ=255)
gcTACTTAAAATACCAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGTTTTTT‑TCGCCCA‑CTAAGCGATTTACATTATTTTGTTCCCCTTTTAGAGGTATTTCTTTA‑AAAA‑ATAAAAAAAAA‑TAAAGAAAAATAAAAAAAAAAGTGTGGATAACg > 1:902706/1‑239 (MQ=255)
cTACTTAAAATACCAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGGTTTTT‑CCCCCTC‑TTGGGCATTTTACACTTTATGTGTTCCTTTTCCGCTTAATTTTTTGA‑CAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGATAAAAAAACGaaaaagattggttatatg > 2:614856/1‑224 (MQ=255)
aaaaTACCAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGGTTTTT‑CCTACCC‑TTCAGCATTTTTCAATATGTTGATTCCTTTTGATTTGGAGTTATTTT‑AAATAGTAAAAAAAAG‑GAAGAaaaaaaaaaaaaaaagaatggaaataagggaaat > 1:454912/1‑219 (MQ=255)
aCCAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGGTTTTATCCGCCCG‑TTATGCATTTGTC‑TTTTATTTTTTCCTTTTCTGATTGATTTTTCTACAAAA‑GTAAAAAAGAGAGTAGAAAAAAAAAAAAAAAatgagataaaatggcaaacattta > 1:128767/1‑218 (MQ=255)
ccAATAAGGCCAAGAAGATTGATGGCAAATCCCCCGGGTAGGGTCTGGCTCCTTCCCCAAAGGAACAGTCCGACCGAGGCCGAAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACg < 1:351959/239‑1 (MQ=255)
ccAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACg < 2:128767/239‑1 (MQ=255)
cAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGGTTTTT‑CCCCCCC‑TTTGGCATTTTGCATTATTGTTTTTCCCTTTCGGATGAATTTTTTCC‑AAAT‑GTGAAAAATAG‑GGAGAGAAAAAAAAAAAAAAAGTATGGGTATCTGTAAC‑Attttttca > 2:1201256/1‑235 (MQ=255)
tGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGGTTTTT‑CCGCCCC‑TTTAGCATTTTACATTATTGTTTTCCCTTTTCCGATGAATTTATTGG‑AAAT‑GTAAAAAAAAG‑GTAGGGAAAAAAAAAAAAAATGTCTTGATAATGGTAACAATTTTAGAAATTTTTACCCC‑CTGTCGGTTTTTTTTTCATTTGGGCGTaaaaa > 2:261623/1‑239 (MQ=255)
ggCTGCTTCCCCACAGAAACAGCACTTCGAGGGCCAAAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTTTGGCGGGTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAAt < 1:261623/239‑1 (MQ=255)
ctTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGTTTTTT‑CCGCCCC‑CTTAGCATTTTGCATTATGGTTATCCCTTTTCAGATGAATTTATCGT‑AAAT‑TTAAAAAAAAA‑GTAGGAAAAAAAAAAAAAAAGGTCTGGATATCGGGAAA‑AATTTTAGAATTTTTACCCCCCCGTCGATTTTTTTTTCCTTTGGGGCTAAAAATaaaaa > 2:723149/1‑236 (MQ=255)
ttCCCCAAAGGAACAGCCATACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCCC‑CTTGTGGCGGGTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTAt < 2:454912/239‑1 (MQ=255)
ttCCCCAAAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTAt < 2:1172510/239‑1 (MQ=255)
ttCCCCAAAGGAAAAGCCTTCCCGGAGCAAGAACCGGAAAAATAAGGGAATTTTC‑CTTGTGGCGGTTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTAt < 1:896934/239‑1 (MQ=255)
tcccccccAGGAACAGCACTACCAGGCCCAGAACCGGGAAAATAAGGGAAGTCTC‑CTTGTGGGGGGTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTAt < 1:158895/237‑1 (MQ=255)
cctcccAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGTTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAAtgt < 2:353658/234‑1 (MQ=255)
aCTACCAGCGCCAGACCCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGGGGCGGGTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAAtgt < 2:418568/238‑1 (MQ=255)
aCCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGGTTTTT‑CCGCCCC‑TTTAGCATTTTACATTATTGGTTTTCCTTTTCAGATGAATTTTTTGC‑AAAA‑TTAAAAAATAA‑GTAGGAAAAAAAACAAAAAATGTCTGGATATCGGTAAA‑ATTTTTAGAAATTTTTACCCGCTGTCGATTTTTTTCTCATTTGGGGGTTAAAATAAGAATTAAGGTTTGACAAtgtttgt > 2:162804/1‑239 (MQ=255)
gggagaggtgtataagggacaggTCTC‑CTTGGGGCGGGTTTTTA‑CCGCCTA‑TTGAGCATTTGAAATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTACCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGt < 2:1090081/217‑1 (MQ=255)
caaacctgggAAAATAAGGGAAGTCTC‑CTTGTGGGGGGTTTTTT‑CCGCCTT‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GGAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGt < 1:723149/232‑1 (MQ=255)
caaaaCTGGTAATATAAGCG‑AGTCTCTGTTTTGGCTGTTTTTTC‑CCGCATT‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTTTCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGt < 1:814188/236‑1 (MQ=255)
cAGAACCTGGAAAATTAGCGAATTCTC‑TTTGTGCCGGGTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGAAATTATGGTTATCCCATTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGt < 1:115791/239‑1 (MQ=255)
cAGAACCGGTAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTGTGGGCGGGTTTTTA‑CCGCCTT‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGt < 2:828130/239‑1 (MQ=255)
cAGAACCGGGAAAATAAGGTAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAACGTTTGTTTTAGCGt < 1:676501/239‑1 (MQ=255)
aaaaTAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTaaga < 2:902706/238‑1 (MQ=255)
tttgttttggggggttttttG‑CCGTCTG‑TTGAGCATTTGACCTTATTGTTATCCCGTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGTAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTGTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGa < 1:614856/224‑1 (MQ=255)
cttcTTGTGGCGTGTTTTTA‑CCGCTTT‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGaa < 1:1155123/236‑1 (MQ=255)
ttttttA‑CCGCCTG‑TTGAGAATTTGACATTAGTGTTACCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGAAAATTCTTATGtt < 1:917198/237‑1 (MQ=255)
ttA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGAAAATTCTTATGTTTTGGc < 2:596229/239‑1 (MQ=255)
tA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGAAAATTCTTATGTTTTGGCa < 2:1098583/239‑1 (MQ=255)
ccTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGat > 2:279643/1‑95 (MQ=255)
ccTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGat < 1:279643/95‑1 (MQ=255)
ttGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTAt > 1:362716/1‑160 (MQ=255)
ttGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTAt < 2:362716/160‑1 (MQ=255)
aTTTGACATTATGGTTAACCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GCAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGAAAATTCTTATGTTTTGGCAAGAGTAGATAttgtt < 2:1102029/239‑1 (MQ=255)
ttGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGAAAATTCTTATGTTTTGGCAAGAGTAGATAtttttg > 2:856421/1‑238 (MQ=255)
ttGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGAAAATTCTTATGTTTTGGCAAGAGTAGAAATTGTTGa > 2:637132/1‑239 (MQ=255)
ataCATTTTGGTTTACCCTTTGCAGGTGAATTTAACGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATTTCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGAAAATTCTTATGTTTTGGCAAGAGTAGATATTGTTGAc < 1:953426/237‑1 (MQ=255)
gACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GGAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATAGCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGAAAATTCTTATGTTTTGGCAAGAGTAGATATTGTTGAcc < 1:856421/239‑1 (MQ=255)
ttATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGAAAATTCTTATGTTTTGGCAAGAGTAGATATTGTTGAc < 2:24163/234‑1 (MQ=255)
tATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGAAAATTCTTATGTTTTGGCAAGAGTAGATATTGTTGACCACACt < 2:845774/239‑1 (MQ=255)
tATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTGAACGA‑AAAG‑TTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTTGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTGCCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGAAAATTCTTATGTTTTGGCAAGAGTAGATATTGTTGACCACACt < 2:1190145/239‑1 (MQ=255)
ggTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGAATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGAAAATTCTTTTGTTTTGGCAAAAGTAAAAATTTTTGACCAAACTaaa > 1:480445/1‑239 (MQ=255)
aTCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGc > 1:833481/1‑100 (MQ=255)
aTCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGc < 2:833481/100‑1 (MQ=255)
aTCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGt > 2:174202/1‑166 (MQ=255)
aTCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGt > 2:1314692/1‑166 (MQ=255)
aTCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGt < 1:174202/166‑1 (MQ=255)
aTCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGt < 1:1314692/166‑1 (MQ=255)
aTCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGAAAATTCTTATGTTTTGGCAAGAGTAGTTATTGTTGACCACACTTAAt > 2:953426/1‑236 (MQ=255)
aTCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGAAAATTCTTATGTTTTGGCAAGAGTAGATATTGTTGACCACACTTAATGt > 2:338698/1‑238 (MQ=255)
aTCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGAAAATTCTTATGTTTTGGCAAGAGTAGATATTGTTAACCACAATAAAAGtt > 1:1202639/1‑239 (MQ=255)
aTCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GCAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTAGGTTTGAACATGGTTTGTTTTAGCGTGTCTTACGAAAATTTTGACCTGAAAATTCTTATGTTTTGGCAAGAGTAGATAATGTGTCCCCCACTTAATGtt > 1:1190145/1‑239 (MQ=255)
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AACCGTAAGGTTCTCCCAGGCGATGGGCTAATACGTCCGCATGACGGACAACACTAAAGGCGCTACTTAAAATACCAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTC‑CTTGTGGCGGGTTTTTA‑CCGCCTC‑TTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGA‑AAAT‑GTAAAAAATAG‑GTAGGAAAAATAACAGAAAGTGTCTGGATATCGGTAAC‑ATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGCATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGAAAATTCTTATGTTTTGGCAAGAGTAGATATTGTTGACCACACTTAATGTT > NC_000913/1271630‑1272095
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
