Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F18 I0 R1
|
274 |
115.5 |
2655328 |
86.7% |
2302169 |
226.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,383,219 |
A→C |
12.4% |
V248G (GTG→GGG) |
ycjW ← |
LacI family putative transcriptional repressor |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,383,219 | 0 | A | C | 12.4%
| 236.5
/ 2.5
| 84 | V248G (GTG→GGG) | ycjW | LacI family putative transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (54/15); new base C (2/13); total (56/28) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.05e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CAACGGTAATATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAG‑CTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACAATCCATTCATCACGCAC‑TGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGC > NC_000913/1382986‑1383445
|
cAACGGTTATTTTTTTTGGTTCGGTTTTTACAAGAATTAAGCGAAAAAAT‑ACCCGCCGTGTTTGTTTCCCTAACCCCTCGGTCGGAACACGTATGCCGCCCGGTGGAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTACC‑GGCT‑GCGGAATACCAATATTTTTCCCTCCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑CCACCGcc < 1:1111951/239‑1 (MQ=255)
aaCGGTAATTTTGTGGGGTGACGGTTTCCCAAAAGTTAAGCGGAATAATAACTCGGAG‑CTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGAAAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGcc < 2:524162/238‑1 (MQ=255)
atatTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAG‑CTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCCC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑AACCCGCCTCAGTCa > 2:102239/1‑238 (MQ=255)
tgtgGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAG‑CTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACCCCGCCTCAGGCAACGGTg > 2:533788/1‑238 (MQ=255)
tgtgGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAG‑CTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTg > 2:1210159/1‑238 (MQ=255)
tgtgGGGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATACCTCGCAG‑CTTTTTTGCCCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGa < 2:879620/239‑1 (MQ=255)
gtggtgACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAG‑CTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTAAG‑TGC‑CAA‑ACACCCCCCCAGGAAACGGtaaa > 1:857767/1‑236 (MQ=255)
tggtgACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAG‑CTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGACCATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCCA‑GATAAATGTCAATTAATTA‑C‑A‑GGATGTCAT‑TGG‑CAA‑AAACCGCCTCAGGCAAAggaa > 1:496867/1‑234 (MQ=255)
tggtgACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAG‑CTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑GGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACgtgg > 2:235751/1‑233 (MQ=255)
cagtgTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACGCGCAG‑CTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCGTCAGGCAACGGTGACTGGc < 2:348461/234‑1 (MQ=255)
aCGGTTTTCCAGAACTTAAGCGGAATAATAAATCGCAG‑CTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATCAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCGATAACCCACCACCGCTCAC‑TGCG‑GCGGAATAGACATATTTTTTCTTGCCGCCGACC‑GATCACTGCTCCTTAATTT‑C‑A‑GTCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCCCCCCATGCAAcaggcaagggata > 1:230879/1‑227 (MQ=255)
aCGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAG‑CTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCtt > 2:248832/1‑239 (MQ=255)
cGGGTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAG‑CTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCGGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCCCCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCtt < 2:267490/238‑1 (MQ=255)
tCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAG‑CTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAAtt > 2:411942/1‑239 (MQ=255)
aagtAAGCGAAATAATAACCCGCAG‑TTTTGTTAAACAAACCCCTGCGGCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCTGTT‑CATT‑GCTATACCCCCCCCCCGCTACC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCGGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGTTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGtg < 1:741013/236‑1 (MQ=255)
ttAAGCGGAATAATAACTGCCAG‑CTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGtgct < 2:895163/239‑1 (MQ=255)
ggAATAATATCTCGCAC‑GTTTGTTGCCATAACTCGTGCGGCGGAAAGTCGATGCCTAGCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAG‑GTTT‑TATTACCTATACCCTGCCCCCGCTACC‑TACT‑CCGCAATAGCAAATTTTTCCGCTGCTTCCCACC‑GTTAAATTCTCATTAATTT‑C‑A‑GTGTGTCGG‑TGC‑CAA‑ACCCTGACACAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGTtttt < 1:891682/239‑1 (MQ=255)
aatatatcccccAG‑CTTTTGTGCCCTAACCCCCTGGTCGGACCATCGAGGCCGCCCGGTGCAGGCGTAAAAATAATTGACAGCTTTT‑CATT‑GCTATACCCCCCCACCGTTAAC‑GGCT‑GCGGAATTGTAATATTTTTCTCGGCTGCCGCAC‑GATAATGGTTCATTAATTT‑C‑A‑GGTTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAAt < 1:876541/228‑1 (MQ=255)
taataaCTCGCAG‑CTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAAt > 2:1003169/1‑238 (MQ=255)
taactggacg‑CTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAGCATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAg < 2:1090207/230‑1 (MQ=255)
tCGCAG‑CTTTGTTGACCTAACTCCGGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTc < 2:1204349/239‑1 (MQ=255)
cGCAG‑CTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GAAAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCGCCTTTTAATACAGtttaa > 1:360455/1‑237 (MQ=255)
gttgACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGtata > 2:890941/1‑238 (MQ=255)
aaCTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑acac < 2:278320/164‑1 (MQ=255)
aCTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATACCCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGTTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCCCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCCTGGGTATAAcgcccctca > 1:1232230/1‑231 (MQ=255)
aCTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATca > 2:353813/1‑239 (MQ=255)
gtcgtccgaactacagtccccgcGGTGCGGGGGTTAAAAAAAAAGACAACGTTT‑TATT‑TCCCTAACCCCACTCCCGTAACGTGCG‑GCGGAATAGCATTTTTTTTCCCGGCTCCCGCAC‑AATAACTGCTAATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCGG‑TGG‑AAA‑ACCCCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACAAt < 1:248832/217‑1 (MQ=255)
cGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACAATcc > 2:301147/1‑239 (MQ=255)
aaaaaggacagggggaGGCTTTAAAAAAAATGACAGGTTTT‑CATT‑GCAAAACCCCCCCCCCGTTAAC‑GGCG‑GGGGAATAGAAATATTTTTCCCTGCCGCCGCAC‑AAAAAATGCTAATTAATTT‑C‑G‑GGCTTTCAG‑TGG‑CAA‑ACCCCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACAATCCATTCATCACGCa < 2:367656/224‑1 (MQ=255)
gCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACAATCCATTCATCACGCAC‑TGCAATATTATGCGCa > 2:872377/1‑239 (MQ=255)
gCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GAAAAATGCTCTTTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑AAACAGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTCACTTACTCCTTTTAATGCCGCTCCCTGGGGTTAACCGCCATCAACAACCCATTCTTAACGCCC‑TCCAAtattaaggcc > 1:469860/1‑233 (MQ=255)
ttAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACAATCCATTCATCACGCAC‑TGCAATATTATGCGCAGcc > 2:462470/1‑239 (MQ=255)
tAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACAATCCATTCATCACGCAC‑TGCAATATTATGCGCAGCCa > 2:505521/1‑239 (MQ=255)
aaaaaTAAATTACGTTTTTT‑CTTT‑GCTAAACCCCCCCTCCG‑TAAA‑TGCTCGCGAAACTGCAATTTTTGTCTCTCCTCCCCCCC‑GTTAATTGAT‑AATAATTT‑CAA‑GTCTG‑CAG‑GTG‑CAATCCCCCGCTTCAGGCAACGGGGACGGGTTTAATAATTGCTGTGCTGCTTTTAACTCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACAATCCATTCATCACGCAC‑TGCAATATTATGCGCAGCCa < 1:1108874/238‑1 (MQ=255)
aaaaaaaaTGACAGCGTTT‑CAGT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTATGCTGCCGCAC‑GATAAATGATCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGCCTGGCTTAATAATTGCCGTTCTGCTTTTAATGCAGTTTCAGGGGGATAACGACCATACACAAACACAACATCACGCAccaaacaatattacaaaaccc > 1:408129/1‑218 (MQ=255)
aaaaTAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑CCACCGCCTCAGGCAACGTTGACTGGCTTATTAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTTTAACCGCCATAACAAATCACTTCATCACCAAC‑TCCAAATTTATgcgccaccg > 1:933001/1‑233 (MQ=255)
aaaaTAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACAATCCATTCTACACACAC‑TGCAatataactatctctaaa > 1:367656/1‑226 (MQ=255)
aaaaTAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACAATCCATTCATCACTCAC‑TGCAATATTATGCGCAGCCa > 2:708646/1‑238 (MQ=255)
aaaaTAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACAATCCATTCATCACGCCC‑TGCAATATTATGCGCAGCCAg > 2:1108874/1‑239 (MQ=255)
aaaaTAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACAATCCATTCATCACGCAC‑TGCAATATTATGCGCAGCCa > 2:1061046/1‑238 (MQ=255)
aaaaTAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACAATCCATTCATCACGCAC‑TGCAATATTATGCGCAGCCAg > 2:994968/1‑239 (MQ=255)
aaaaTAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAACCCAGTTTCATGGGTCAAACCCCCATCAACAATCCTTTTATTACCCAC‑TGCAATATTATGCACAGCCAg > 1:1049989/1‑239 (MQ=255)
aaaaTAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GACTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTACTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACAATCCATTCATAAC‑CACATGCAAtattaacggcagcaag > 1:449700/1‑228 (MQ=255)
aaaaatgccgCGTTTGCATT‑GCTAAACCCCCCCCCCGCTAGC‑GGCT‑GCGAAATAGCAATATTTGTCTCTGCTGCC‑CACGGATAAATGCTCATTATTTC‑C‑A‑GGTTGTCAG‑TGA‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACAATCCATTCATCACGCAC‑TGCAATATTATGCGCAGCCAGGct < 2:1232230/230‑1 (MQ=255)
atGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GCTAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTTTAACCGCCATCACCAATACATTCCTCACGCAC‑TGCAATATTATGCGCAGCCCGGctct > 2:223984/1‑237 (MQ=255)
atGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTtaata > 2:1080063/1‑144 (MQ=255)
atGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACAATCCATTCATCACGCAC‑TGCAATATTATGCGCAGCCAGGctct > 2:549608/1‑237 (MQ=255)
cAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACAATCCATTCATCACGCAC‑TGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTtat > 2:208008/1‑239 (MQ=255)
tttt‑CAGT‑GCAAAAACCCCCCACGGAAAAC‑TGCT‑GGGGAATAGAAATATGTTCCCCTGCGGCCAAAA‑GAAAAAGCCTAAGTAATTC‑C‑A‑GGC‑GGCAGTTGA‑AAA‑ACACCGCCTCAGGCAAGGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTAAAACCGCCATCAACAATCCATTCATCACGCAC‑TGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTtat < 2:469860/234‑1 (MQ=255)
cATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCATTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACATTCCATTCATCAGCAAC‑TCCATTATTATGCCCACCCAGCCCTTCCTTATAACAAtaa > 1:1064072/1‑237 (MQ=255)
cTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACAATCCATTCATCACGCAC‑TGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAAcgcg > 2:391258/1‑239 (MQ=255)
ataACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACAATCCATTCATCACGCAC‑TGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGAt > 2:761979/1‑239 (MQ=255)
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|
CAACGGTAATATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAG‑CTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTT‑CATT‑GCTATAACCCACCACCGCTAAC‑TGCT‑GCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCAC‑GATAAATGCTCATTAATTT‑C‑A‑GGCTGTCAG‑TGG‑CAA‑ACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTATAACCGCCATCAACAATCCATTCATCACGCAC‑TGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGC > NC_000913/1382986‑1383445
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
