Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F18 I0 R1
|
274 |
115.5 |
2655328 |
86.7% |
2302169 |
226.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,765,493 |
T→G |
20.9% |
S1104R (AGT→AGG) |
rhsA → |
Rhs protein with putative toxin 55 domain, putative polysaccharide synthesis/export protein, putative neighboring cell growth inhibitor |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,765,493 | 0 | T | G | 20.9%
| 119.2
/ 5.8
| 110 | S1104R (AGT→AGG) | rhsA | Rhs protein with putative toxin 55 domain, putative polysaccharide synthesis/export protein, putative neighboring cell growth inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/28); new base G (21/7); total (75/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CTGGTACGGCTGGGACGGCGACC‑GGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGTGTACACGCCGGCGCGAAAAATCCACCTGTACCACTGCGACCATCGCGGCCT‑GCCGCTGGCCCTTATCAGCA‑AGGAAGGGACAAC‑AGAATGGTGCGC‑AGAATACGATGAATGGGGCAACCTGCTGAATGAAGAGA > NC_000913/3765256‑3765722
|
cggggacgcgcgggacgg‑gacCGGGCAGACCCAAATAAAGAACGCAAACACCCGCCTCCGGAGTATGTACCGGCGGGGGAGCTTCCAGCCACCACACAGGGGTAAACCCGCCCCCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CGGCGGCCGGGCGGAGGGGCTT‑CAGCAGTCG‑GGCGGCGAAGACGGTGGCGGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTg < 1:288180/228‑1 (MQ=2)
ggggggggccgccgtggggacaCCACAAGACAAGACAACAGAACCAGCAGCCAGAAGACTTAAGAGCGGGGGAGCATCGCGCCCCTCAACAGATTGGAACCGGCCACGGGTGAGCGGGCGAAAACCCAGCG‑CCCCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCt < 1:1073576/218‑1 (MQ=11)
gCTGGGACGGCGACC‑GGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGGGTTCCCGCCGGGCCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GGGAAATCCTg > 2:760796/1‑239 (MQ=255)
cTGGGACGGCGACC‑GGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCCGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGCAAACCCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCCCTT‑CGCCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGGGGCAGGGGGGGGTTCCCCCCGGGGCCGGGGCGAAGGTCCGACC‑GGCCGGGAA‑GGGacaccccgg > 1:242838/1‑231 (MQ=11)
ggACGGCGACC‑GGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGCGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑g > 2:464273/1‑239 (MQ=37)
gACGGCGACC‑GGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCCGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGGGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTAC‑GGCGGCGAAGACGGCGGCAGAGTGGCGTTCCCGCCGGGGCCGGTGCAGATGGTCGACC‑GGGTGGAAA‑GGGAACTCCCGGcgg > 1:808274/1‑236 (MQ=11)
gACGGCGACC‑GGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGCGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCC‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGGGTGGGGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGCCC‑GGCCGGAAA‑GGGAAAACCTGGCT‑g > 2:102497/1‑238 (MQ=11)
gACGGCGACC‑GGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTGGACC‑GGCTGGGAA‑GGGAAATCCTGGcgg > 2:937859/1‑236 (MQ=255)
gACGGCGACC‑GGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGGGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GGGAAATCCTGGCT‑g > 2:1179115/1‑238 (MQ=37)
aCGGCGACC‑GGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGGGGCAGGGGGGGGTTCCCGCCGGGGGTGGTGCAGGTAGTCGCCC‑GGCTGGGAA‑GTGgaaaaccggcggga > 1:391630/1‑228 (MQ=11)
aCGGCGACC‑GGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGGGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGGAGACGGAGGCAGTGTGGTGGTCCCGCCGGGGCAGGGGCGGAAGACCGACG‑GGCGGGGAA‑GGGaaaacagggtggaa > 1:461907/1‑228 (MQ=11)
ggCGACC‑GGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAAACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCGGGTGCAGATGCCCGACC‑GGCGGGAAA‑GGGAATACCTGGCT‑GACCg > 2:1307367/1‑239 (MQ=255)
aGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGGGTTCCCGCCGGGGCTGGTGCAGATGCCCGACC‑GGCTGGGAA‑GGGAAATCCTGGCT‑GACCGGGGGAAG‑GAGGA‑AAGccgccgg > 1:151393/1‑238 (MQ=11)
aaCGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGCGT‑GAGGA‑AAGCAGCCgctg > 2:1030886/1‑239 (MQ=18)
aaCGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTCGCT‑GACCGGGTGCGG‑GAGGA‑AAGCCGCCgctg > 2:729689/1‑239 (MQ=18)
aaCGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGAG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CATCAGTCC‑GGCGGCGCATACGGTGGGCGTGTGGGGTTCCCGCCGGTGCCGGGGGAGTTTCTCCGCC‑GGCTGGGAA‑GAGCAAACCCGTCT‑GCCCGGGGGGGG‑GAGGa‑aaagcggcgcgg > 1:1229503/1‑229 (MQ=11)
aaCGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAACG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGGGGGGGGTTCCCCCCGGTGCGGGTGCAAATTGCCGACC‑GGCCGGAAA‑GGGAAATCCGTGCC‑GA‑CGGGGGGGT‑GAGGACAAcccgccccgc > 1:885565/1‑235 (MQ=11)
cGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAACG‑CCGCAGCCTGGCGGGTGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGCCGGCCGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCCGATGCTCGACC‑GCCTGGGAA‑GTGCGAACCTGGCG‑CCCCGGGGGAAG‑GAGTA‑AAGCCGCCgcaggc > 1:240982/1‑239 (MQ=11)
gACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGAGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGAGGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCagccgccg > 2:1293042/1‑234 (MQ=16)
cAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGGGAGT‑GAGGA‑AACCCGCCgctggccg > 2:1293887/1‑236 (MQ=18)
cAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGGGGCAGGGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAC‑GTGAAATCCTGCCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCgctggctg > 2:1290422/1‑238 (MQ=16)
cccGCATCCCGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGGGTGGGGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCCGATGACCGACC‑GGCTGGAAA‑GGGAAATGCTGGTA‑GACCGGGGGGGT‑GGGGA‑AAGCcggcgcggccggggcacg > 1:648090/1‑227 (MQ=11)
gCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGGGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGc > 2:1156249/1‑239 (MQ=18)
cATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGGGAGT‑TGGGA‑AAGCCGCCGcgggcgggacccgggcg > 2:1112668/1‑230 (MQ=11)
gACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCGGGCATCGTGCGGCCTg > 2:33557/1‑238 (MQ=18)
aCGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGTGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGGGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCGGGCGGGCATCGTGCGGCCTGa > 2:1074800/1‑238 (MQ=16)
aCGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGGGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GGGAAATCCTGGCT‑GACCGGGGGCTG‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCGGGCATCCTGCGGCCtta > 2:1068072/1‑236 (MQ=11)
tttATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCCCTGGCCGGCATCGTGCGGCCTGACCGTg > 2:1000097/1‑239 (MQ=25)
ccGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GGGAAATCCTGGCT‑GACCGGGGGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGGGCAGa > 2:943514/1‑238 (MQ=25)
ggggAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGGGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGG‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGGGCAGATGc > 2:1029273/1‑239 (MQ=25)
gggAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GGGAAATCCTGGCT‑GCCCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCAACGGGCGGCCTGACCGTGCAGCAGATGCa > 2:416178/1‑239 (MQ=255)
ggCTTCCCGCCACTAATGAGGGTTGAACCCGCCCCCGGGGGGCGGGCGAAACCGCGGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGCCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGGGGTGTCCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCaaa < 2:1285193/237‑1 (MQ=11)
tCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAg > 2:209863/1‑239 (MQ=35)
tCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGGGTGGGGTTCCCGCCGGTGCTGGCGCAGATGCTCGACC‑GGCGGGGAA‑GGGAAAACCTGGCG‑GACCGGGGGAGT‑GGGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCACCGGGCGGCCTGACCCGGGGGGAGACGACAAACCAg > 1:630761/1‑239 (MQ=11)
gCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGGGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GGGAAATCCTGGCTGGACGGGGGGTGG‑GGGGA‑AA‑CCGCCCCCGGGCGGCATGGGGCGGGCGGAGCGGGGAGCCGGAGCAAAACCaaaggg > 1:1264059/1‑234 (MQ=11)
cccTCAGCAGAGTTGAACCCCCCCCCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGCCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTCCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGAc < 2:703710/237‑1 (MQ=255)
cACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGGGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGGGAGG‑GAGGA‑AAGCCGCCGCGGCCTGGCACGCTGCGGCCTGCCCGGGGGGGAGGAGCAAAACCaaaggggc > 1:762082/1‑232 (MQ=11)
cTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGAccc > 2:1314246/1‑239 (MQ=35)
atcaGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGGGGAGCAGAGGCAAAACCAGATGGACCCggg > 2:86673/1‑238 (MQ=25)
atcaGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GGGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCCGGCGGGGACCCGGGCGCCTGACCCGGGGGCCGAGGCAAAACCAGATGGACCCggg > 1:21632/1‑238 (MQ=11)
atcaGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCCGGTGCCGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAACTCCTGGCT‑GACCGGGGGGGG‑GAGGA‑AAGGCGCCGCGGGCGGGCCTCGGGCGGCCCGCCCCGGGGGCCGCTGCCAAACCAGAAGGGccccgg > 1:1023297/1‑236 (MQ=11)
atcaGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGGGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GGGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGGGGAGCAGATGCAAAACAAAATGGACCCggg > 2:268152/1‑238 (MQ=255)
ttGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGGGGacac > 2:40530/1‑238 (MQ=18)
ttGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCATGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGGGCGGCCTGAACGTGGAGCAGATGCAAAACCAGAGGGGCCCGGGGTacac > 2:1278191/1‑238 (MQ=255)
aaaCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCCAAACCAGATGGACCCGGGGGCCACGCCg > 2:507131/1‑239 (MQ=12)
aaaCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGGGAACACCCCg > 2:256993/1‑239 (MQ=17)
gCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGGGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGTGTACACGCCGGcgcg > 2:1214000/1‑239 (MQ=14)
cgggggggggCGGAAACGCGGCGCCCGCGGCTGGGCGGGTGCG‑TT‑GAGGAGGCCGGGGGGCGAGGAGGGGGGGTGTGGGTTGTCCCCGCGGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGTGTACACGCCGGCGCGaaaaa < 1:1156249/231‑1 (MQ=11)
gTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGGGTACACGCCGGCGCGAAAAAt > 2:216082/1‑238 (MQ=14)
gcggggaaaacggcgggccggaaGCCGGGCGG‑TGCGCTTCCAGCGGGCC‑GGCGGCAAAGGCGGTGGCGGTGTGGTGTCCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGTGTACACGCCGGCGCGAAAAATCCAc < 2:21632/216‑1 (MQ=11)
cTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCCCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGG‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCCAAACCAACGGGCCCCGGGGAACACGCCGGCGCGAAAAACCCa > 1:1116534/1‑236 (MQ=11)
gCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGGGGGGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTTGGGCCCGACCGGGGGGCGGAGGCCAAACCAGGTGGCCCCGGTGTAACCCCCGGGGGCAAAAACCCAccctg > 1:1251900/1‑235 (MQ=11)
aGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GGGAAATCCCGGCT‑GACCGGGGGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCAACGCGGGGCCTGACGGTGGAGCAGGTGCCAAACCAAAAGGACCCGGGGGCACCGCCGGGCCGAAAAAACCACCCGCACCaacggcaa > 1:1305734/1‑232 (MQ=11)
cAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGCCC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGGGGAT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGGGCGGCCTGACCGAGGGGCCGATGCAAAACCAGATGGACCAGGGGTAAACGCCCGGGCGGAAAATACCCCTGTAcaccctggaccccgcc > 1:268275/1‑223 (MQ=11)
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tGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCCGATGCAAAACCAGCTGGACCCGGCGTACACGCCGGCGCGAAAAATCCACCCGTACCACTGCGACCATCACGGCCT‑GCCGCCGGCCCTTATCACCA‑ACGAAGAGACAAC‑AGAATggggacgagaaaagcaagaaacg > 1:826960/1‑218 (MQ=11)
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gATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGCCCCGGGGTACACGCCGGCGCGAAAAATCCACCTGTACCACCGCGACCATCCCGGCCT‑GCCGCTGGCCCTTATCAGCA‑AGGCAGGG‑CAACAAAAATGGTGGCC‑CGAAAACGATGAAAGGGGCAAcaggc > 1:561874/1‑235 (MQ=11)
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gCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGTGTACACGCCGGCGCGAAAAATCCACCTGTACCACTGCGACCATCGCGGCCT‑GCCGCTGGCCCTTATCAGCA‑AGGAAGGGACAAC‑AGAATGGGGCGC‑AGAATACGATGAATGGGGCAACCTGCTGAATGAAgaga > 2:1208030/1‑239 (MQ=37)
|
CTGGTACGGCTGGGACGGCGACC‑GGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCG‑CCGCAGCCTGGCGGATGCGCTT‑CAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGT‑GAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGTGTACACGCCGGCGCGAAAAATCCACCTGTACCACTGCGACCATCGCGGCCT‑GCCGCTGGCCCTTATCAGCA‑AGGAAGGGACAAC‑AGAATGGTGCGC‑AGAATACGATGAATGGGGCAACCTGCTGAATGAAGAGA > NC_000913/3765256‑3765722
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
