Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F18 I0 R1
|
274 |
115.5 |
2655328 |
86.7% |
2302169 |
226.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,368,876 |
A→G |
19.7% |
E71G (GAG→GGG) |
fxsA → |
suppressor of F exclusion of phage T7 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,368,876 | 0 | A | G | 19.7%
| 160.6
/ 5.3
| 87 | E71G (GAG→GGG) | fxsA | suppressor of F exclusion of phage T7 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/41); new base G (16/4); total (42/45) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.81e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AACCGGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCTCGGTCTTCT‑ACTTTTATTGCCGCCGGTG‑CAAAAGCATCTGACAGTGAAGTTGATGCCG‑C‑ATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGG‑TTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAATACTTTTGATGGTGAGTACCAGCGAAAGGATGATGAGCGCGA > NC_000913/4368638‑4369107
|
taccggtctcttttACAGGGAAAACTTTTGCGCTGTTTTCCTGTTTTTGCCTTTTTCCTTTAGGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAATATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGga < 1:1202185/227‑1 (MQ=255)
cccGGTTGTTTTTACATGAGATACCTTTGCGCTTGTTTCCTTTTTTTGCCATTTCCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTTTTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGACAACCCAGCGGTGgag < 1:33991/238‑1 (MQ=255)
aCCGGTTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGgag < 2:1147529/239‑1 (MQ=255)
aCCGGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGgag < 2:1173866/239‑1 (MQ=255)
cGGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAgat < 2:207110/239‑1 (MQ=255)
ttcttttACAGGAGTAACCTTTGGGCTGGTTTCCTTTTTTTTCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACTAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAgat‑g‑at < 1:514158/233‑1 (MQ=255)
aTTACAGGAGAACCCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTaa‑aa < 2:990396/239‑1 (MQ=255)
gaACCCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCGTTATTCAGGTTTCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCg < 2:487014/238‑1 (MQ=255)
aaCCTTTGCACTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑g < 2:238022/239‑1 (MQ=255)
gTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAACGGCGGGGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGGTTTCCT‑GGTCATTGCT‑g‑ggt > 2:629495/1‑237 (MQ=255)
ccTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTAGTCAGGTTGCCCATGGATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAgat < 2:1299055/203‑1 (MQ=255)
ttgttaaaggggcagccTTTTTGTTTATTTTGAGATTTTAATCTTTATTGGGGTTACGCATGTATTGGGGGT‑TTTGCTCACCATCGTGATGGTTAGATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTtgct‑gc < 1:380200/224‑1 (MQ=255)
ttATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGGTCAAACCCAGCCGCGGAGGTGG‑ATTAA‑AA‑CGGTTTCCCT‑gtccttggcagtttggtgcct > 1:140808/1‑219 (MQ=255)
aTTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCAGCGGGGGAAAACCCAGCGGCGGGGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GAGTTTCCCT‑GATAAtttcggggtggcggcgttt > 1:455990/1‑222 (MQ=255)
ccATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACTCCGCGGCGGGGAT‑G‑ATTTA‑AA‑GGGTTTCGCT‑GATGCTTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCCtttttt > 2:551786/1‑238 (MQ=255)
ttttCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAC‑Cg < 2:824797/239‑1 (MQ=255)
ttttttGAGTTTTCAATTTTTATTGAGGTTTCCCAGGGTTTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTCCGGAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GCGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTACCGa < 1:559113/235‑1 (MQ=255)
atatTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGGGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GGGTTTTCCT‑GTTCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTTC‑CGGGC‑TTTTTTACCg > 2:1312849/1‑237 (MQ=255)
atatTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGGGAT‑G‑ATTAA‑AA‑ATGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTtttttaaccctgtttctttttaac > 2:380200/1‑221 (MQ=255)
atatGGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCAGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTACCGAc < 2:614170/239‑1 (MQ=255)
atTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGGT‑G‑ATTAA‑AA‑GCGTTTCGAT‑GAGCATTGCT‑G‑GTTTGTT‑GCTTTTTTTAC‑CGGGC‑TTTTTTACAGACt > 2:971273/1‑238 (MQ=255)
tgatttttAATCTTTTTTTAGGTTGCCCATGGATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTTTATTCACGTCAGTTATCGGTAGGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCt < 1:1312849/235‑1 (MQ=255)
agaTTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGGTGT‑G‑ATTAA‑AA‑CTTTTTCTCT‑GGTCTGTTCT‑G‑GTTTGCT‑GCGTTTATTAA‑CGCGC‑TTTTTTACCGAcctcctt > 2:622493/1‑238 (MQ=255)
agaTTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑AGGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GGTTGCT‑GCTTTTTTTAA‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCTc > 2:1116850/1‑239 (MQ=255)
gttttCAATTTTTTTTCTGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGGCCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATTCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACGCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCTCg < 1:1119877/237‑1 (MQ=255)
aTTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGGGAAAACCCAGCGGCGGGGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTTGCC‑GTTCATTTCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTCTTAC‑CCGGC‑CTTTTTTCCGACTTCCTCgg > 2:403166/1‑239 (MQ=255)
aTTTAAATCTTTATCCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGCCCCTCGGGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCTCg < 2:271037/238‑1 (MQ=255)
tttCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGGGCAAACCCAGCGGCGTGTGT‑G‑GATAA‑AA‑ATGGTTTGCT‑GGGCACTTAT‑G‑GGTTTCTGGCTTTTTTTTC‑GGGGT‑TTTTTTACCCGCTTcccggg > 1:189530/1‑235 (MQ=255)
tCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑GTTAA‑AA‑GGGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCTCGGgct > 2:1242092/1‑239 (MQ=255)
cAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCTCGGTCTTCT‑ACTTTTAtt < 2:638365/239‑1 (MQ=255)
gTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGGGAG‑G‑ATTAA‑AA‑GTGGTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAA‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCTCGGTCTTCT‑ACTTTTAtttc > 2:681823/1‑236 (MQ=255)
gTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGGT‑G‑ATTAA‑AA‑GGGGTTCGCT‑GGTCATTGCT‑G‑GGTTGCT‑GCTTTTTTTAC‑CGGGC‑TTTTTTTCCCACTTCCTCGGGCTTCT‑ACTtttttttc > 2:876015/1‑236 (MQ=255)
ttctcagttttGGGGGTGTTTGCTTAACCTGTTTCTGTTTATATTCAGGTCAGTTAACGGTATGTAAAGGGGACGTAACCAGGGGTTTAAGAATGTCGTGCTGAAGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGGAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTCC‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCTCGGTCTTCT‑ACTTTTATTgccgc < 1:551786/230‑1 (MQ=255)
gCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAACTGGCGGCGGGGGGAAACCCAGCGCGGGGGGT‑G‑GTTTA‑AA‑GAGGTTTGCG‑GATCATTGCTGG‑GTTTTCT‑CTTTTTATATC‑GGGGT‑GTTTTTACC‑ACATCCTCGCgcttcacagtttttttcacgc > 1:21334/1‑223 (MQ=255)
gCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGGGGAAAACCAGGGGCGGGGGG‑G‑TTTTA‑AA‑AGATTTCGGT‑GGTTATTGTC‑G‑GCTTTCTGGCTTTTTTTCC‑CGGGG‑TTTTTTCACGATTCCCCGGGTTTttt‑atttttatttcgcc > 1:542650/1‑234 (MQ=255)
gcaggttttttggggT‑TTTGGTGACCCCTGTGCTGGTTATTTTAACGTAGTTTTTCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCTCGGTCTTCT‑ACTTTTATTgccgc < 1:951362/226‑1 (MQ=255)
ccaaTGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAGCCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCTCGGTCTTCT‑ACTTTTATTGccgccg < 2:1254289/236‑1 (MQ=255)
tATGGGGGTT‑ATTGCGGACCTTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGCCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAACCCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCTCGGTCTTCT‑ACTTTTATTGCCGCCGGTG‑Caa < 2:619081/239‑1 (MQ=255)
tGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCTCGGTCTTCT‑ACTTTTATTGCCGCCGGTG‑CAAAAg < 2:542650/239‑1 (MQ=255)
ggggT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAACGGGGCGGAA‑G‑AATTA‑AA‑AAGTTTCGCTGGAGATTTTCT‑G‑TTTTGGT‑GCTTTTTTTCC‑GGGGT‑TTTTTTACCCCCTTCCCTGGCTTTTT‑CTTTTTTTTCCCCCCGGTG‑Caaaac > 1:718141/1‑237 (MQ=255)
gT‑ATTGCTGGCCATCGTGCTGGTTATATTCACGGCAGTTATCGGTAGGTCAGTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCTCGGTCTTCT‑ACTTTTATTGCCGCCGGTG‑CAAAAGCATc < 2:180351/238‑1 (MQ=255)
gT‑ATTGCGGACCCTCGGGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGGCAATGGTACGTAACCAGGGTTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAATCCCAGCGGCGGAGAT‑G‑AATAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCGCGGTCTTCT‑ACTTTTATTGCCGCCGGTG‑CAAAAGCATc < 2:637929/238‑1 (MQ=255)
t‑ATTGGTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGGCAGTTAGCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGGGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCG‑GCTTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCTCGGTCTTCT‑ACTTTTATTGCCGCCGGTG‑CAAAAGCATCt < 2:140808/238‑1 (MQ=255)
t‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GGTTGCT‑GCGTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTTACGACTTCCTCGGGCTTCT‑ACTTTTATTGCCGCCGGTG‑CAAAAGCctctt > 2:389447/1‑238 (MQ=255)
aTTGCTGAGCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTCACCAGGTCTTTAAGACCTTCGTGCTAATGCATCAACAAATGGCGGCGGATGGAAACCCCGCGGCGGAGGT‑GCATCAAGAA‑GT‑TTTCGC‑‑GAGCGTTCCT‑G‑GAGTTCT‑GGGTTTATTAT‑CGGCG‑CTTTTTACGCACTTCCTCCCGCTTCT‑ACTTTTTTATCGGCCGCTG‑Ccaaaaaaatgt > 1:180351/1‑231 (MQ=255)
aTTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCCGCGGCGGAGAT‑G‑ATTTA‑AA‑GTGGTTTGCT‑GGTCATTGCT‑G‑GGTTGCT‑GCTTTTATTAC‑CCGGG‑TTTTTTTCCGCCTTCCTCGGGCTTCT‑ACTTTTATTTCCGCCGGTG‑CGAAAGCATTTg > 2:803099/1‑238 (MQ=255)
aTTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑GTTAA‑AA‑AGGTTTTGCT‑GGTCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTTTTTC‑CGGGA‑TTTTTTACCGCATTTCTCGGGCTTCT‑ACTTTTATTGACGCCTGGG‑CAAAAAAATCTGa > 1:780370/1‑239 (MQ=255)
aTTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GGTCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTTCCGACTTCCTCCGTCTTCT‑ACTTTTTTTTCCGCCGGTG‑CCAAAGCATCTg > 2:580385/1‑238 (MQ=255)
aTTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTTTTAC‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCTCGGTCTTCT‑ACTTTTATTGCCGCCGGTG‑CCAAAACACCtta > 2:1150623/1‑237 (MQ=255)
aTTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGGGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTTA‑AA‑GGGTTTCGCT‑GGTCATTGCT‑G‑GGTTTCT‑GCTTTTTTTTC‑CGGGC‑TTTTTTTCCGCCTTTCCCGGGCTTTT‑ACTTTTTTTTCCCCCGGGT‑Caaaaactgtt > 2:951362/1‑231 (MQ=255)
aTTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTAACGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTAGTGCTGATGCAGCAAAAAATGACGGCGGGTGACAAACCCGCGGCGGAAAC‑A‑ATGAA‑AATGAGTTT‑GCC‑GGTCATTTGT‑GTGTTTG‑T‑GTGTTTATTAC‑ATGGC‑TTTTTTTCCGCATCTCTCGGTTTTCT‑CCTtttttttcgtccgctgtgaaaaaactgta > 1:1224834/1‑216 (MQ=255)
tGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCAGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCTCGGTCTTCT‑ACTTTTATTGCCGCCGGTG‑CAAAAGCATCTGACAGTg < 2:455990/239‑1 (MQ=255)
gACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCTCGGTCTTCT‑ACTTTTATTGCCGCCGGTG‑CAAAAGCATCTGACAGTGa < 2:1003930/239‑1 (MQ=255)
aCCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGGGAAAACCCAACGGCGGGGGTGG‑TTTAA‑AA‑GGTTTACGCG‑GTTCA‑TGAG‑A‑GGTTGCC‑GCCGTTATTACACGGGT‑TTTTTTA‑CGACGTTCGCGGGCTTTTAATTTTTATTGCC‑CCGGGG‑CGAAAgaaattaggaaggaa > 1:17013/1‑225 (MQ=255)
ccTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTg < 2:824844/146‑1 (MQ=255)
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|
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
