Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F27 I0 R1
|
83 |
86.1 |
2053078 |
89.1% |
1829292 |
215.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,136,803 |
A→G |
16.2% |
S233G (AGC→GGC) |
yijE → |
EamA‑like transporter family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,136,803 | 0 | A | G | 16.2%
| 159.0
/ 2.0
| 86 | S233G (AGC→GGC) | yijE | EamA‑like transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/28); new base G (11/6); total (52/34) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.84e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAGCGGTATTGTGCTGATTGTGCTGG‑CACTGGCGCTGGTGAGCCGT‑AAGA‑AAAAAGAAGCCGTCAGTGTAAAAAGGATCTGAATTTTTTCTTCATGTGGGGCG > NC_000913/4136570‑4137033
|
tGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGcggt > 2:890839/1‑236 (MQ=255)
tGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGGGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGCCGGCACTGCGGTGGGGCttt > 2:1003443/1‑238 (MQ=255)
cTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATg > 2:534717/1‑239 (MQ=255)
aaTCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCCTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGACAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTTGCCTCCCGTGCGGTTCTGGCCAGGGCACTGGGGTGGGGTTTCTggcttt > 1:851847/1‑235 (MQ=255)
cGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCCGATGCTGTATGCGGCGCTGGCGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCAGCAACGGGAACTTGACTGGCAGCCCACCGGGTTCTGGGCGCCGGCCGCAAGTGGGATTATGGGGAGGGAACTGGCGTGGGGATACTGGTGGTTTTTATT‑Gaaaa > 1:630056/1‑239 (MQ=255)
cGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGCCGGCACTGGCGTGGAGCTTATgg > 2:422211/1‑223 (MQ=255)
aGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGGAt > 2:271650/1‑239 (MQ=255)
cgtttgttgCTAAACGTCTTTTTGCCCGTGCTCCCCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGc‑c < 2:794698/236‑1 (MQ=255)
cgATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGCTTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGCCTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCGCGCCTACAGTGCGGTTCTGGGGCCGGCACTGGCGAGGGGCTTAGGGTGGGTTGGTTT‑TAAAAAATtgacgcgcaaaaatggt > 1:46189/1‑224 (MQ=255)
aTTGTTGGTAAACGTCTGTATGCCCGACATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGCCTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGCCTTACAGTGGGATTCTGGCGAGGGCCCGGCGGTGGAGCGTATGGTTGGTTGTGTT‑GCAAAAATTTCAGGCCAGGATTggcgg > 1:1024954/1‑235 (MQ=255)
ttgttgCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCCCTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTTTT‑GGAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑Ca > 2:118284/1‑237 (MQ=255)
ccTAAACGTTTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGGGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAg < 2:1017413/238‑1 (MQ=255)
cGTCTGTATGCCCTTCAACCGCGCGTGGAATTATTGGCGTTAACACCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGACTAGTGTGGGCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGATGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑Ct < 2:630056/239‑1 (MQ=255)
tCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGCGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAAGGTGAAATTGCCTGGCAGCCCACCGAGTTCTGCGCGCTGGCTCACCGGGCGACTCTGGCGACGGCACCGGGGTGGAGTTTCGGGGGTTTGGGACT‑GAAAAACCTACCTACCAGtctgggcaactaacaacaaccgg > 1:381218/1‑217 (MQ=255)
ttGTATGCCCGTCATCCGGGGGTGGATTTATTGTCGTTAACCTCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGGCTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTgg < 2:851847/237‑1 (MQ=255)
tGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGACGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGCGGGGCTTATGGATGTTTGTATT‑GCAAAACTTGCCTGCCGGTATTGC‑CAGCTTAAGccaaccggac > 2:918126/1‑230 (MQ=255)
gTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GGACAACTTGCCTGCCCGTAATTC‑CAGCTTTAGCCCC‑CTGGCCg > 2:427914/1‑239 (MQ=255)
ccGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTATGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCCGTATTTC‑CGCCTTATGAACA‑TTGGCCGTTCC‑Cg > 2:316960/1‑239 (MQ=255)
ccttccgctgtgggATTTGTTGTCGTTTGCTTCCTGTAGGATGGTGTTTCGGGCGCGGGTGAGGGGGGTGGTGGCTTGACGGGGGGCGCAACGTGAAATTGACGGGCAGCCCGCCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGttt < 1:19030/227‑1 (MQ=255)
aTCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTCCTGGTGCCGCAACGTGAACTTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGGGCTTATGGGTGTTTGTATT‑TAAAAACTTTCCTCCCGACATTGC‑CCGCTTAAgaccccgtgcggttccccgttgg > 1:838465/1‑217 (MQ=255)
aTCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑TAAAAACTTGCCTGCCAGTATTg > 1:159014/1‑207 (MQ=255)
aTCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTg < 2:159014/207‑1 (MQ=255)
gcgggTGGTTTTTTTGTCGTTAACAGCCTGGCAGGTGCTGTATGGGGCGCTGGTGAGGAGGTGGGTCGTTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTgcggcg < 1:271650/239‑1 (MQ=255)
cgTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCAAA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTtcggcgg > 2:45570/1‑236 (MQ=255)
gATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTa > 2:510885/1‑159 (MQ=255)
gATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTa < 1:510885/159‑1 (MQ=255)
aTTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCCCTGGCGTGGGGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTTCGCGGATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CCttttggggggatcctttt > 1:215136/1‑221 (MQ=255)
gTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGGGCTTATGGTTGTTTGTGTT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCAAC‑CTGCCGGTTTC‑CGTTTGAGGGGGACTCTTTTCCcgggggg > 1:857495/1‑238 (MQ=255)
gTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTTTGGTTGTTTGGATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTCCGCTTTTCCtggtg > 2:4256/1‑237 (MQ=255)
gTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGgt > 2:496203/1‑152 (MQ=255)
gTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGgt < 1:496203/152‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGTGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGATTAAGCACA‑CTGGCCGTTCCACATTTG‑GGGGTCATTTTTTCCTGGTGgctgtcgggg > 1:405238/1‑233 (MQ=255)
ggCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGGGGCTGCTCGGCgag > 2:941108/1‑239 (MQ=255)
gCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGCCGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTTTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCACGATTGC‑AAGCTTCAGCAAC‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGGCGACTCTTTTCCcgggggggggtgtggggga > 1:689670/1‑226 (MQ=255)
gtttgtggcgGTGGTGGTGGGTGTGGGCGTTTTTCTGGGGCCGAAACGGGAAATTGCCGGGCCGCCCCCCGTTGTCTGGGGCCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGTTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCggggg < 1:401480/233‑1 (MQ=255)
gttggtggcgGTGGTTATGGGTTGGGTCGGTTTACTGGGGCCGCAGCGTGAAATTGACGGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACGGGCGTGGAGCTTATGGTTGGTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCggggg < 1:118284/233‑1 (MQ=255)
tATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTg < 1:824995/163‑1 (MQ=255)
tATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTg > 2:824995/1‑163 (MQ=255)
ggcgtgtgtgttggttgtgGTCGCTTTCCTGGTGCCGCACTGTGAAATTGACTGGCAGCCCCCCGTGTTCTGGGGGCTGGCATACAGTGCTATTGTGGCGCCGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTGGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCGTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTg < 1:802026/224‑1 (MQ=255)
gcttggtatgaGTGTGGTCGCTTTACTGGGTCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCCGCGTGTTCTGGGCTCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGaa < 2:46189/231‑1 (MQ=255)
tgttgtgggttgtgGTGGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGTCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGCCACGGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAgg < 1:4256/228‑1 (MQ=255)
tGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTTTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGGGCTTTTGGTTGTTTGTTTT‑GGAAAACTTGCCTGCCAGGATTGC‑CAGCTTAAGCAAA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGTGGCGTGCTTTTTTCCTGGTGGCTGCCTGGCggggaccgaggggggcgttagggg > 1:162640/1‑216 (MQ=255)
gtttgggggttgGTCGGTTTACGGGGGCCCAAACGGAAAATTGCATGGCGGCCCACCGGGTTTCGGGGGCTGGCCTACAGGGCGAGTCGGGGGACGGCACTGGCTTGGGGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAg < 1:534717/229‑1 (MQ=255)
gTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAAAGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGGTCTTTTGGTTGGTTGTATT‑TAAAAAATTGCCCGCCAGATTTGCACAG‑TT‑AGCCCACCCGGCCGTTTC‑CGTTTGGGAGTTACTCTTTTCCTGTGGGCTCACTGGCGGGAACTCGGGGGGCGtttgggggta > 1:923361/1‑231 (MQ=255)
tggtgggtggGGTCGCTTTACGGGTGTCGAAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCTCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGTTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAg < 2:405238/232‑1 (MQ=255)
ggagtggggtgGTCCTTTTACGGGGGCCGAAACGTGAAATTGGCTGGCAGCCCACCGGGTGCTGGGGGCTGGCCTACGGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTGGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAg < 1:570354/230‑1 (MQ=255)
gaGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAGCGGTa > 2:131644/1‑239 (MQ=255)
tgtgGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGGCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTCATCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGGGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGGAGGGGTattg > 1:320481/1‑239 (MQ=255)
tgGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGGGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGATTAAGCAAA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTAACCTTTTCCCGGTGGCTGCTCGGGGAGAAACCCGGGGCCGGTGAAGGTAGCGGAatttgg > 1:771580/1‑236 (MQ=255)
tgGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CCGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCCGGAATCCGGGGGCCGTTTAAGGGAACGGAatgtgg > 2:206752/1‑235 (MQ=255)
tgGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGGTCC‑CGTTTTCGGCGGACTCTTTTCCTGGGGGCTGATCGGCGGGACTCCCGGGGCGCTTCAAGGTGACGGGattttg > 2:32184/1‑239 (MQ=255)
tgGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGATGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTGTTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACCCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGGGAATCCGGGGGCCGGTTTAGGTAGCGGTattgtg > 2:249803/1‑239 (MQ=255)
tCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGGGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAGCGGTattgtg > 2:570354/1‑236 (MQ=255)
gCTTTACGGGGGCCGCAACGTGAAATTGCCTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCCACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAGCGGTattgtgctgat < 2:1024954/239‑1 (MQ=255)
ccGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAGCGGTATTGTGCTGATTGTGCTGG‑CAcg > 2:824003/1‑238 (MQ=255)
caaccGTGAAATTGCCGGGGCGCCCCCGGGTTTTTGGGCGGTGGCCTACGTTGCGATTCTGGGGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAACCTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAGCGGTATTGTGCTGATTGTGCTGG‑CACTgg < 1:131644/235‑1 (MQ=255)
aaCGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGCAGGTAGCGGATTTGTGCTGATTGTGCTGG‑CACTGgc > 2:215810/1‑238 (MQ=255)
aCTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCGGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGCGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAGCGGGATTGTGTCGATTTTGCTGG‑CACTGGGGCTggggggcggt > 1:179221/1‑231 (MQ=255)
ggCAGCCCACCGTGTTTTGGGCCCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCTCTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAGCGGTATTGTGCTGATTGTGCTGG‑CACTGGCGCTGGTGAGCCGT‑AAg < 2:162640/239‑1 (MQ=255)
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tGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAGCGGGATTGTGCTGATTGTGCTGG‑CACTGGCGCTGGTGAGCCGT‑AAGA‑AAAAAGAAGCCGTCAGGGTaaaa > 2:964128/1‑229 (MQ=255)
cGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAGCGGTATTTGGCTGATTGTGCTGG‑c > 2:976316/1‑181 (MQ=255)
cGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAGCGGTATTGTGCTGATTGTGCTGG‑c < 1:976316/181‑1 (MQ=255)
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gggggTGGGGTTTTTGTTTTTTTGTATG‑GAAAACCTTTCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCGCA‑CGTGCCGTTCC‑CGGTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAGCGGTATTGTGCTGATTGTGCTGG‑CACTGGCGCTGGTGAGCCGT‑AAGA‑AAAAAGAAGCCGTCAGTGTAAAAAGGATCTGAATTTTTTCTTCATGTGGGGCg < 1:987830/235‑1 (MQ=255)
|
TGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAGCGGTATTGTGCTGATTGTGCTGG‑CACTGGCGCTGGTGAGCCGT‑AAGA‑AAAAAGAAGCCGTCAGTGTAAAAAGGATCTGAATTTTTTCTTCATGTGGGGCG > NC_000913/4136570‑4137033
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
