Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F18 I0 R1
|
274 |
115.5 |
2655328 |
86.7% |
2302169 |
226.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,136,803 |
A→G |
15.2% |
S233G (AGC→GGC) |
yijE → |
EamA‑like transporter family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,136,803 | 0 | A | G | 15.2%
| 269.1
/ 5.4
| 121 | S233G (AGC→GGC) | yijE | EamA‑like transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/50); new base G (20/2); total (68/53) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GCCATGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAGCGGTATTGTGCTGATTGTGCTGGCACTGGCGCTGG‑TGAGCCGTAAGAAAAAAGAAGCCGTCAGTGTAAAAAGGATCT‑GAATTTTTTCTTCATGTGGGGCGATC > NC_000913/4136566‑4137036
|
gCCATGCTGGCAATCCTCTCCGGCCTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTAGGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGa < 2:989419/238‑1 (MQ=255)
tgtttgcaatcttcttctggggtaGTTGGGGGGCGAGCGGTATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGGTAACATCCTGGCAGATGCTGGATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTa < 1:475087/216‑1 (MQ=255)
gCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGGGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTCGGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGGGCTTTTGgt‑t > 2:475087/1‑239 (MQ=255)
tcCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGGGATTTTGGG‑TGGTTGTAtt > 2:350126/1‑239 (MQ=255)
ccGGCGTCAGTTGGGGGGGGGTCGCGTTTTGTGCTCAGCGTCTTTGTGCCTGTCAGCCTGGCGTGGATTTATTGTCGTTAACTTCCTGGCAGATGCTGTATGGGGCGCTGGGGATGAGTGGGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTg < 1:1235625/239‑1 (MQ=255)
cGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGGGTTCTGGGCGCTGGCTTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGGGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGaaaa > 2:221576/1‑239 (MQ=255)
aGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGG‑TGTTTGTATTGAAAAACt > 2:575035/1‑238 (MQ=255)
gggggCGAGCGCGATTGTTTCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCTTGGATTTATTGGCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTtgcctg < 2:367981/239‑1 (MQ=255)
gggggCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTtgcctg < 2:1286338/239‑1 (MQ=255)
gggtcgcggcgTTTGTTGCTAAAGGCTTGTTTTCCCTCCATCCCCGTGTGGTTTGATTGGTGTTAACATCCTGGCCGATTCGTTATGCGGGGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACGGGTGCCGCAACGTTAAATTTACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTtgcctgc < 1:1286627/230‑1 (MQ=255)
aGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGGGCTTATGGG‑TGGTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGGAt > 2:1146606/1‑239 (MQ=255)
ttgttgtttgattaactttggtgtGCCCGTCATTCGTGGGGTGGTTTTTTGGCGTGACCTTCCTGGCAGATGGTGTATGCGGGGCTGGTGATGTGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCTCTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTg < 1:535181/215‑1 (MQ=255)
gcgATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTg < 2:130209/238‑1 (MQ=255)
gtttgttgCTAAACGTTTTTATGCCCTTCCTCGGCGGGTGGATTTATTGGCGTTAACATCCTGGCAGATGCTTTATGCGGCGGTGGGGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGGGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGcc < 1:1086808/236‑1 (MQ=255)
aaaCGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACAGTGTTCTGGGCGCTGGGCTACAGTGCGGTTCTGGCGACGGCACTGGCCTGGGGATTATGGT‑TGGTTGTTTTGAAAAAATTCCCGTCAAGTATTGcacagttaacaaa > 1:1019016/1‑227 (MQ=255)
aaCGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGcaca < 2:32560/239‑1 (MQ=255)
tCTGTATGCCCTTCATCCGCGCGAGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGTGCTGGTGATGAGGGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTTTGGGCGCTGGCCTACAGTGCAATTCTGGCGCCGACACTGGCGAGTAGCTTATGGT‑TGTTTGGATTGGACAAGTTTCCTCCCAGATATGCCGCCTTAAGCACC‑CTg > 1:1182029/1‑238 (MQ=255)
tGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGGGGGGGTTATGGT‑TGTTTGTTTTGAAAAACTTGCCGGCCAGGATTTCCAACTTAAACAAA‑CTGGcc > 1:810311/1‑239 (MQ=255)
ccGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCg > 2:438788/1‑239 (MQ=255)
tCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGTCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGGCTGCCAGTTTTGCCAGCTTactgtctcttctacccatctccg > 2:20121/1‑217 (MQ=255)
tCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGGGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCCGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGttt > 2:750099/1‑239 (MQ=255)
cATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGGAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGGGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGttt < 2:729879/238‑1 (MQ=255)
tCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTgcg < 2:454411/239‑1 (MQ=255)
gccgggctggggtttATTTTCGTTAACACCCTGGCAGAGGCTGGATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACGGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGCCGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTgcg < 1:1027134/227‑1 (MQ=255)
cgcgcgTGGATTTATTGTCGTTAACCTCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTgcggc < 2:1159202/239‑1 (MQ=255)
gggcgTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTgcggcg < 2:810311/237‑1 (MQ=255)
gcgggTGAATTTATTGACGTTAACATTCTGGCAGATGCTGTAGGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGAGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTATGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTgcggcg < 2:1182029/239‑1 (MQ=255)
gcgcgTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCCGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGGGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTgcggcg < 2:1221298/239‑1 (MQ=255)
cgcgTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGTTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACATTGCGATTCTGGCGCGCTCACTGGCGTGACGCTTATAGT‑TGTTGTAATTTGAAAACTTGCCTGCCAGGCTTCGCCGCTTAACCAAC‑CTGGCCGTT‑CCCGTTGtcggcga > 1:1231028/1‑238 (MQ=255)
cgcgTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGGGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGGTTTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGGCGTT‑CCCCTTTtgggcg > 1:529965/1‑238 (MQ=255)
cgcgTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGGGCTTATGGT‑TGGTTGTATTGCAAAACTTGCCGGCCAGGATTGCCAGCTTAATCACA‑ATGGCGGGT‑CCCCttttgggggg > 1:1221298/1‑232 (MQ=255)
cgTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGCCGGCCCTGGCGTGGAGCTTCTGGT‑TGTTTGTGTTGAAAAACTTGCCTGCCCGTATTGCCCGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTG‑CCCGTTTgcgggcta > 1:439533/1‑234 (MQ=255)
gttgATTTATTGTCTTTAACCTCCTGGCAGGTGCTTTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTGCGGCGTAc < 2:1019016/235‑1 (MQ=255)
tATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGGATTGCCAGCTTAAGCCAC‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTTCGGCGTACTCtttt > 2:1152580/1‑237 (MQ=255)
aTTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGGGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCGCA‑CTGGCCGt > 2:816804/1‑213 (MQ=255)
gTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCtggtg > 2:733625/1‑237 (MQ=255)
gTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTAAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGGGCTTATGGT‑TGTTTGGATTGAAAAACTTGCCTGCCAGGCTTGCCGGCTTAACCAAC‑CTGGCCGTG‑CCCCGTTgcgggggacctctttcccgggggc > 1:488550/1‑219 (MQ=255)
gTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACCTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGTGCTGGCCTACGGAGCGTTTCTGGCGCCGCCACTGGCCTGGGGCTTATGGT‑TGATTGTATTTGAAAACTTGCCTGCACGGATTTCGCGCTTAA‑CACACCGGGCCGTTCCCCGTTCGCGGGGACCTCTTTTcagggggc > 1:1090983/1‑232 (MQ=255)
aaCATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCCCTGGCGTGGGGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCACGAATGCCACCTTAAGCACC‑CTGGCCGTT‑CCCTCTTACGCCGGACACTTTTCCTTGTGggtg > 1:141751/1‑238 (MQ=255)
cATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTc < 2:439533/239‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGCCGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTGCGGCGTAct > 2:892955/1‑217 (MQ=255)
ccTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGGAAAACTTGCCTGCCCGTATTGCCCGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTGCGGCGTAct > 2:517649/1‑217 (MQ=255)
ggCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGGGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGGATTGCCAGCTTAAGCCAA‑CTGGCCGTT‑CCCGGTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGGGGCTGCTCGGCggg > 2:955990/1‑237 (MQ=255)
gCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTg > 2:506535/1‑151 (MQ=255)
gCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGGGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTg < 1:506535/151‑1 (MQ=255)
aTGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGGGCTTATGGT‑TGTTTGTATTTCAAACATTGCCTGCCAGGATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTGGCGCGGACTCTTTTCCTGGTGGCCTCTCCGCGGGAATcc > 1:909824/1‑239 (MQ=255)
gCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCCCTGCCCTGGGGGCTATGGT‑TGTTTGTATTGATAAACTGGCCGCCCCGGATTGGCCGGTTAAGCACC‑CTGTCGCTT‑TCCGTTTGGGGGCTCGTCTTTTCCTGGGGgatgccctccgggacaccgg > 1:335483/1‑224 (MQ=255)
gCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGCGGAGCTTATgg > 2:570747/1‑133 (MQ=255)
tgaTGCGGCGCGGGTGATGGGTGGGGTCGGTTTTCTGGTGCCGCAACGTTAAATTGACTGGCAGCCCCCCGTTTTCGGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCggggg < 2:1002168/237‑1 (MQ=255)
gtagtgggcgGTTGTGATGGGGGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGAATCGTGAAATTGGCTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCggggg < 2:846117/233‑1 (MQ=255)
tttcgtggtgTGTTTGCTCGTTTTTCTGGGGCTGTAACGGGAAATACACGGGCACCCCAGCGTGTTCCGGGCGTGGGCTTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGACCTTAGGGT‑TGTTTGCATTGAAAAGCTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACT‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGaa < 1:78992/234‑1 (MQ=255)
gcgggTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGaa < 2:480196/235‑1 (MQ=255)
tGGTGATGAGTTTGGTCGCTTTACGGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAgg < 2:1211947/238‑1 (MQ=255)
tGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGGGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCAAA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTGCGGCGACATCTTTTCCTGGGGGCTGCCCGGCGAGAGTCCGCGGGCCGTTGagaga > 2:605470/1‑235 (MQ=255)
tGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGGGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGt > 2:1308225/1‑239 (MQ=255)
gggTGATGAGTGGTGTCGCTTTGCTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTTCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAgg < 2:723629/237‑1 (MQ=255)
ttgtggggttttgTCGTTTTGCTTGTGCCGAGACGTTAAATTTACGGGCAGCCTGCCGGTTTCTGGGCGGTGGACATCCGTGCGATTCTGCCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTGTTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAg < 1:605470/227‑1 (MQ=255)
gTGATGGGTGTGGTCCCTTTCCTGGGGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAg < 2:1019061/239‑1 (MQ=255)
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gTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑GTGGCCGTT‑CCCGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAGCGGTATTGTGCTGATTGTGCTGGCACTGGCGCTGG‑TGAGCCGTAAGAAAAAAGAAGCCGTCAGTGTAAAAAGGATCT‑GAATTTTTTCTTCATGTGGGGCGAtc < 2:540821/238‑1 (MQ=255)
|
GCCATGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGT‑TGTTTGTATTGAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGCCAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTT‑CCCGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAGCGGTATTGTGCTGATTGTGCTGGCACTGGCGCTGG‑TGAGCCGTAAGAAAAAAGAAGCCGTCAGTGTAAAAAGGATCT‑GAATTTTTTCTTCATGTGGGGCGATC > NC_000913/4136566‑4137036
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
