Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F9 I0 R1
|
260 |
102.5 |
2178490 |
93.2% |
2030352 |
226.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,318,368 |
T→C |
18.2% |
E133G (GAG→GGG) |
phnK ← |
carbon‑phosphorus lyase complex subunit, putative ATP transporter ATP‑binding protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,318,368 | 0 | T | C | 18.2%
| 190.9
/ 3.3
| 85 | E133G (GAG→GGG) | phnK | carbon‑phosphorus lyase complex subunit, putative ATP transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/19); new base C (5/14); total (52/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.62e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGC‑TGATGCACCACGCCCCATTCGGTACGCAGCAGGCGACGGCGGTCGGCCTCGCTCATTGCATACAGCGAACGGTTCTCGTAGTGAATTTCCCCCTGCTGCGGC > NC_000913/4318135‑4318598
|
ggcgggcgACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCCTACCGCCGGAAAAGGGGGTCGGCAGGC‑CGTCCGTCCGGTT‑GGGGGGAA‑TCT‑cccc > 1:621609/1‑236 (MQ=255)
cGCCAAAACCAGGGGGGCAAATCCCCCCCGGGAGTTTCAGCCCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑c < 1:1015685/239‑1 (MQ=255)
tGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATCCCGCCGGAAAAGGGGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCCCCTCTTCAAG‑CCAC‑TTCttgcc > 1:600078/1‑235 (MQ=255)
ggTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCCCTTCCAC‑CCCC‑TTCTgccccg > 1:1075511/1‑235 (MQ=255)
ggTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGC‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCgg > 1:909385/1‑239 (MQ=255)
ggTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGGGGGCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCCCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCgg > 1:886826/1‑239 (MQ=255)
aCAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCCTACCGCCGGAAAAGGGGGTCGGCAGGG‑CGGCGATCCGGGT‑GGCGGGAA‑TTC‑CCACCCCTTCCCA‑CCCC‑TCCTGCGCGggggg > 2:1024380/1‑238 (MQ=255)
aCAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGCAAAGGGGGTCGGCAGGG‑CGTCGCTCCGGTT‑GTCGGGGG‑TCT‑CCCCCCCCTCCAG‑CCCC‑CTCTGCGCGGGGGc > 2:682008/1‑239 (MQ=255)
aCAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGG‑CGGCGGTCCGGTTGGGGGGGAA‑TC‑‑CCACCCCTTCCAGCCCAC‑TTC‑GCGCGggggg > 2:1015887/1‑238 (MQ=255)
cAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCCGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCCCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGGGGc > 1:953561/1‑238 (MQ=255)
aaTCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGCCACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCCTAAACACCAGCTTCGGA‑TGAGTCACCAGGTTGCGGGCACTCTGCAAACTCTACTGCCAACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCCGGC‑GCTCGTTCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCC‑CCCCCCTTTCCCG‑CCAC‑CTCTGCGCGGGGGccc > 2:1013886/1‑237 (MQ=255)
caccacCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCCATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGGAAAGGGGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGGA‑TCC‑CCACCCCTTCCCG‑CCCC‑TTcccgccggtgggccgaa > 2:834902/1‑223 (MQ=255)
accaccGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGGTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGCGGTCGGCAGGT‑CGCCGATCCGCGT‑GGCGGGAA‑GTC‑CCCCCCCTTCCAG‑CCCC‑CTCTCCCCCGGGGCACGaaa > 2:755547/1‑238 (MQ=255)
ccaccGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCCTACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGTTCCGGTT‑TGCGGGAA‑TCC‑CCACCTCTTCCAG‑ACAC‑TTCTGCGCGGTGGCCCGGata > 1:362884/1‑239 (MQ=255)
cgccGCGAGTTCCCGCTCCCCCACCAGGCCGGGCCGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCCGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAatat < 1:1015887/237‑1 (MQ=255)
caccGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGCCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGCT‑GGGGGGCA‑TCTCCCCCCTCTT‑CAC‑CCCC‑TTCTGCGCCGGTGCCCGAataa > 2:983591/1‑238 (MQ=255)
cggggAGGTTCACCTCCCCCCCCAGGCCGGCGAGCAGGTCGAGCAGGCGGCCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCg < 1:631807/235‑1 (MQ=255)
ggCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCAACGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCAGAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGCTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCCTACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGCT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCCCTTCCAG‑CCCC‑TTCTGGCGGGTGGCACGCACAACGCCGGAAATACATGCACCGGGCGcc > 2:855295/1‑239 (MQ=255)
cgcAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCCCCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGGGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCCGTCGCCAt > 1:1075295/1‑236 (MQ=255)
gggCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGAGATTgcc > 1:82061/1‑238 (MQ=255)
ccacccaccacacccgccccGGCGGTCGGTTCACCCATAAACACCGGCTCCGGG‑TGCGGCACAAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGCCGGCAGGT‑CGTCGACCCGGTG‑GGCGGGAA‑TCC‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGc < 2:74352/222‑1 (MQ=255)
aCCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCCCGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCACCCGCC‑CCCCGAAATTGCCGCCTGCCg > 2:333498/1‑238 (MQ=255)
acacATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTgcg < 2:827523/162‑1 (MQ=255)
acacATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTgcg > 1:827523/1‑162 (MQ=255)
acacATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGTTGGCACGAATTTCGCCGTAATGACGGGCCCCGGTCGCCACCAGCCGCC‑CGCCGCAATTgccgccctcccaccc > 2:607217/1‑229 (MQ=255)
acacATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTCATGACGTGCCCCGGGCGCCCTCAGCCGCT‑CCCCGGTATTGCCgccggccgccc > 1:202874/1‑234 (MQ=255)
acacATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATC‑CTCGCTCCGCCGATATTCCCCCCTGCCgcaa > 1:681950/1‑234 (MQ=255)
ccAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAATAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGCAATTGCCGCCTGCCGACACCTggcg > 1:665378/1‑238 (MQ=255)
aGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGCGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGCCGTGCCCCGGTCGCCTTCAGCCGCC‑CGCCGCAATTGCCCCCCGCCGCCCCCTgccggc > 1:5691/1‑238 (MQ=255)
cccGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTCCCGCCACCcggcgggccc > 1:47548/1‑235 (MQ=255)
ccgGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGGGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCCCT‑CCCCGTAATTGCCGCCTCCCCACCCCTGCCGGCGCAGGcc > 2:737186/1‑239 (MQ=255)
gtgcggtTCCCCCAAAACCCCCCGCTGCGGA‑TGCGTCACAGGGGTGGGGGCAATCGGAAAAGCCTGCTGCATCCCGCCGGAAAAGGGGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCGGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCCCCTCTCCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGt < 2:271548/236‑1 (MQ=255)
ggtgggtttcccaaTAACCCCCAGCTGCGGA‑GGCGTCGCCGGGTTGGGGGCAATCCGCAAACCGTGCTGAATCCCGCCGGAAAGGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGGT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCCCCCCTCCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGt < 2:1657/226‑1 (MQ=255)
gggcggtTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCCCCAGGGTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGt < 1:420149/236‑1 (MQ=255)
gcggtTCAACCAAAAACCCCAGTGGCGGA‑TGCTGCGCCGGGTGGGGGGAAATGGGCAAACGCTGCTGCATCCCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCGGGC‑GGTCGATCGGGTT‑GGGGGGAA‑TCT‑CCACCCCTGCCAG‑CCAC‑TTCGGCGCGGGGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTGGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTc < 2:287782/237‑1 (MQ=255)
tgtgtcctCCATAACCCCCCGC‑TCGGAGTGCGTCCCGAGGTTGCGGTCAACCTCCAAACGCGGCGGCATCCCGCCGGAAAAGGGGGGCGG‑AGGTCCGCCGTTCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCC‑CCACCTCTTCCAG‑CCCC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGGAAGGCCGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGa < 2:776404/232‑1 (MQ=255)
cacccAAAAACCCCAGCTTGGGA‑TGGGTCCCAGGGTTGCGGGCAATCTGCAACCGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGGCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGa < 1:501857/236‑1 (MQ=255)
cATCCATAAACCCCGGCTTCGGA‑TGCGTCCCCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATCCCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGa < 1:682008/239‑1 (MQ=255)
cATCCATAAACCCCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CACCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGa < 1:72698/239‑1 (MQ=255)
tCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATg < 1:983591/239‑1 (MQ=255)
aaaCCCCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCGGGTGGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATCCCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGC‑TGAt < 1:755547/239‑1 (MQ=255)
aaCACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCtt < 2:309743/115‑1 (MQ=255)
aaCACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCtt > 1:309743/1‑115 (MQ=255)
aaCACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGAAGCT‑CGTCGATCCGCTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCCCCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGATGTGCCCCGGTCTCCCTCCACCCCT‑CGCCGAACTTTCCCCGTGCAGCCACCTAGCGGCGCAGGCCCCCGAggggcaggcgcaa > 2:592485/1‑230 (MQ=255)
cAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGCAATTGCCCCCTGCCGCCCCCGGGCGGCCCAGGCCCGCGAGGGGagggggagtgccc > 2:497692/1‑226 (MQ=255)
cAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGCCACCTGGCGGGCCAGGCCGCCCGGGGGGTGC‑GGACGcacca > 2:167821/1‑239 (MQ=255)
cAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGGCGCCCTCAGCCGCT‑CGCCGATATTTCCCCCCGCCGACACCTGGCCGCGCAGGCCGTccgggggagggcgatgcccc > 2:233617/1‑219 (MQ=255)
aGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCCCC‑CGCCGAAATTGCCACCTGCCGCCACCTGGCGGCCCAGGCCGCCGAGGGGCTCC‑TGagccacaa > 1:443426/1‑231 (MQ=255)
gCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGCTATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGATTGC‑TGATgaccaac > 1:101430/1‑232 (MQ=255)
cTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGC‑TGATGcacccag > 1:404152/1‑235 (MQ=255)
ccgggggCGTCCCCAGTGTGCGGGAAATGCGCAAACGCTGGTGCTTACCGCCGAAAAAGGGGGGCGGAAGGT‑CGTCGATCCGGGT‑TGCGGTAA‑TCC‑CCCCCTCTCCCAG‑CCAC‑TTCGGCGCGGTGGCACGAATATCGCGGTAAGGACGTGCCCCGGTCGCCAGCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGC‑TGATGCACCACGcc < 2:134128/232‑1 (MQ=255)
cGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGC‑TGATGCACCACcccc > 1:582686/1‑238 (MQ=255)
tCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGGGGATGC‑TGATGCACCACGCCCCCTTCggg > 1:439575/1‑237 (MQ=255)
ccccAGGTGGCGGCGAATCGGGAAACGCTGTGGGATCCCGCCGGAAAGGGTGGTCGGCAGGT‑AGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGC‑TGATGCACCACGCCCCATTCGGTa < 1:1024380/236‑1 (MQ=255)
cACCGGGTGGGGGGTAACGTGCAACCGCTGCGGCAGCCCGCCGGAAAGGGGGGGGGGAAGGT‑CGGGGACCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCC‑CCCCCCCTCCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGGGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGC‑TGATGCACCACGCCCCATTCGGTa < 2:82061/238‑1 (MQ=255)
gTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGC‑TGATGCCCCACGCCCCATTCGGTCCgccgca > 1:854641/1‑239 (MQ=255)
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gt‑cgtcGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGC‑TGATGCACCACGCCCCATTCGGTACGCAGCAGGCGACGGCGGTCGGCCTCGCTCATTGCCTACAGCGAACGGGTCTCGTAGCGaa > 1:66266/1‑239 (MQ=255)
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cGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGC‑TGATGCACCACGCCCCATTCGGTACGCCGCCGGCGCCGGCGGTCGGCCTCGCCCCTTGCATACAGCGAACGGTTCCCGGAGGAAATTTCCCCCCGCCggggc > 2:175068/1‑239 (MQ=255)
|
GGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGA‑TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGT‑CGTCGATCCGGTT‑GGCGGGAA‑TCT‑CCACCTCTTCCAG‑CCAC‑TTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT‑CGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGC‑TGATGCACCACGCCCCATTCGGTACGCAGCAGGCGACGGCGGTCGGCCTCGCTCATTGCATACAGCGAACGGTTCTCGTAGTGAATTTCCCCCTGCTGCGGC > NC_000913/4318135‑4318598
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
