Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F17 I0 R1
|
160 |
98.0 |
2214160 |
89.0% |
1970602 |
222.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,431,464 |
A→T |
12.9% |
I806F (ATT→TTT) |
stfR → |
Rac prophage, putative tail fiber protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,431,464 | 0 | A | T | 12.9%
| 224.3
/ 2.0
| 92 | I806F (ATT→TTT) | stfR | Rac prophage, putative tail fiber protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/26); new base T (2/11); total (54/38) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.29e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGGAGTATGGTGCATTATGGCGTAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTG‑ATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCTGTTCTACCGTTCTTCAAGAGACGGTTATGG > NC_000913/1431228‑1431702
|
gggAGTATGGTGCATTATGGCGTAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTG‑ATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GGGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑tt > 1:689418/1‑239 (MQ=255)
tATGGTGCATTATGGCGTAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTG‑ATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTCCttt > 1:354402/1‑239 (MQ=255)
tATGGTGCATTATGGCGTAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTG‑ATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTA‑TGTGGTT‑GAGG‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACttt > 2:670415/1‑239 (MQ=255)
tGCATTATGGCGTAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTG‑ATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGGGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAAAAA‑TAACTATAAcc > 2:537585/1‑238 (MQ=255)
gCATTATGGCGTAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTG‑ATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTACTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGAAATGAATTACATGCAACAAAAATGCAAACGC‑CAAAACGGGTTTCTTGGTG‑T‑GAGT‑TGGTTGGTTCCAAAAAAT‑TAACGTTAAccg > 2:140511/1‑238 (MQ=255)
cATTATGGCGTAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTG‑ATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCACCAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGGGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAAccgcc > 1:423026/1‑239 (MQ=255)
tATGGCGTAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTG‑ATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑AAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACcgccgc > 1:347482/1‑238 (MQ=255)
tATGGCGTAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTG‑ATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGGGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACcgccgc > 1:572608/1‑238 (MQ=255)
tATGGCGTAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTG‑ATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCGGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CACAAGGGGTTTT‑TGGGGTT‑GAGT‑TTAATGGTTCAGAAAAAA‑TAAAATTAAccgcacgg > 2:373464/1‑235 (MQ=255)
cGTAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGCG‑ATGTTTATGGTGGCTGGACTACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTGTC‑TGGTGTT‑GGGT‑TTTATGGCTCCAAAGAAA‑TAAATTTAAACCCCGCGCAtgt > 2:978827/1‑239 (MQ=255)
tAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTG‑ATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGTTA‑TTACTTTAACCGCCGCGCAtgtg > 1:351857/1‑238 (MQ=255)
tAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTG‑ATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAACCGGGTTTC‑TGGGGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAAATA‑TTACTTTAACCGCCGGGCaagggg > 2:504104/1‑234 (MQ=255)
aatgaggtgacaaaatCTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTG‑ATTTTTATGGGGGCTGAAATCCATTAAGCCCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACGGGTTATTGGAACCAACCTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAAAAAAGCTGCAAACGC‑CAAGCCGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTgg < 1:910419/226‑1 (MQ=255)
atgatgGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTG‑ATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACCC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TAACTTTAACCCCCGCGCAtgtg > 1:501870/1‑236 (MQ=255)
atgGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTG‑ATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCCAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGgctgct > 1:360923/1‑239 (MQ=255)
ggCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTG‑ATGTTTATGGAGGCTGGAATACTTTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAACCTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTATCAGCAACAAAGTTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGGGTT‑GAGG‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATTGGGCTGCttt > 1:929644/1‑239 (MQ=255)
gcgcTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTG‑ATGTTTATGGTGGCTGGAATAAATTAAGACCGGTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGCAATGCATTAACAGGAACAAAGATGCAACCGC‑CAGGATGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACGTTAACCGCCGCGCGTGTGGCTGCtttt > 1:985173/1‑239 (MQ=255)
gcactaactcgtctcttttgctTAACATTCAGTGTG‑TTTTTTGTGGTTGAGTGAATTCTTTAAGCCTTTTTTTTATGGATAACGGCACCGGCCACTTGGTTATTGGTACCAATTTGTCCGCAAGGCTGAACGTTAAGGCATTAACAGCAAAAAAGTTGAAAAAGC‑CAAGAGGGGTTGC‑GGGTG‑T‑GTGTGTGGCGGGTTCAAAAGATA‑TTTTTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCtttt < 2:1000890/221‑1 (MQ=255)
ttaataaagacaagcAATCAAGTTG‑ATTTTTAGGGGGGCTGAAATACATTAAGCCCGTTTGCTATGGAAAACGCACCCGGCGAACTGGTTATTGGACCCAAACTGCCCGAAAGTCTGAAGGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGc < 1:489893/225‑1 (MQ=255)
tcccTGCTGTGTCCCAACCAAGGTG‑ATGTTAAGGGTGGCTGGAATCCATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGATCTGGTTATTGGAACCAAACTGCCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGc < 1:856112/237‑1 (MQ=255)
ccTGCTTCTTACCAATCAAGGTG‑ATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGAAAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGc < 1:950859/237‑1 (MQ=255)
tgtttgttcccAATCAGGGTG‑ATTTTGATGGGGGGTGGAATATATTAAGCCCTTTTGCTTTTGAAAACGCAACCGGCGAACTGTTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGAAAACGC‑CAAGCCGGGTTTC‑TGGTTGT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACg < 2:397104/230‑1 (MQ=255)
gtggtattACAAATC‑AGGTGTATGTTTAGGGGGGCTGAAATACATTAAGCCCGTTGGCTATGGATAACGCAACCGGCAAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTTTGAACGGTAATGCTTTAACAGCAACAAAGCTGCAATCGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GATT‑TGGATGGTTCAAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACg < 1:184595/233‑1 (MQ=255)
gcgtagtacatatgaggggggtGTTTATGGGAGTTGAAATTAATTAAGCCCGTTTGTATTTGAAACCGAAACCGGGAAACTGGTTATGGGACCCAAATGGTCCGCAAGTGGGAAGGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGAAAACGC‑CAAGTCGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGGTGGTTCCAAAGATA‑TTACTTGAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACgg < 1:1095145/218‑1 (MQ=255)
tgctTACCAATCAAGGTG‑ATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGCCCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCAAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGa < 1:654105/238‑1 (MQ=255)
ctTACCAATCAAGGTG‑ATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAAAAGCAACAAAGATGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAAT‑TTGATGGTTCCAAAGAAA‑TAACTTTAACCGCCGCGCATGTGGTTGCTTTTGCCAGAAGGGAAACGGaaca > 2:944664/1‑236 (MQ=255)
aCCAATCAAGGTG‑ATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCCCATGGGGGTGCTTTTGCCCAAAGGGCAAAGGaaaaaat > 2:950859/1‑233 (MQ=255)
cAATCAAGGTG‑ATGTTTAGGGTGGCTGAAATACATTAAGCCCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGCCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAg < 1:722293/219‑1 (MQ=255)
g‑ATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGAAA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTTCCCAAAGGGCAACggctgttcatttaaaaaa > 2:722293/1‑220 (MQ=255)
aTGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGGGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGAAA‑TTACTTTAACCCCCCGGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGaaaaaacgctctcttataaa > 2:489893/1‑220 (MQ=255)
tGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGAtg > 1:501423/1‑239 (MQ=255)
tttATGGTGGCTGGTAAACATTAAGACCGTTTTCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGTACCAAACTGTCAGCAAGCCTGAACGGTAATCAATTAACAGCAACACAGCTGCAAACGC‑CAAGCCAGGTTTC‑TGGAGTT‑GCGT‑TTAATGGTTCCAAGGCTT‑TTTCTTTAACCGTCTCGCATGTGGTCTCTTTTGCCACAATTGCAAAGGGAACATATACCGaagagaagggg > 2:662372/1‑229 (MQ=255)
ttttggggtcgtgattACTTTAACACCTTTTTCTTTTGAAACCGAACCGGGAGAATGGTTTATTGGAACCAAATTGTCCGCAAGTCTGAAGGGTAATGTATTAACGGCAACAAAGCGGAAAACGC‑CAAGACGGTTTTC‑TGGTTTT‑GGGT‑TTGATGGTCCCAAAGATT‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGAtggtg < 2:54657/224‑1 (MQ=255)
ggggggCGGGAATAAATTAAGCCCGTTTGCTTTTGAAACCGAACCCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGAAAGTCTGACCGGTAAGGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCg < 1:670415/235‑1 (MQ=255)
ccTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGGTAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGACACCAAACTGTCCGCAAGTCGGCACGGGAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑ACAGCCGGGTTTC‑TGGTGTT‑GGGC‑TTGATCATTCCAACAATC‑TAACTTTAACAGCCGTGCATGGGGTGGGTTTTGCCGTCAGGACACCGGAACCATATCGCCATTGGGTTGGTGGCGGTCCa > 2:482937/2‑239 (MQ=255)
cTGGAATACATTAAGGCCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCAGTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGATTC‑TGGTTTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACATTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGGAACGGCTAAAAAAACCAATGCGGTGGGGGGCGtggcaa > 2:540055/1‑234 (MQ=255)
aGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCACCGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGaa > 1:516500/1‑237 (MQ=255)
tttGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGCCGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACCTATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCCTGGAATGCCGAAACTggg > 2:160760/1‑236 (MQ=255)
tttGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGgc > 1:359771/1‑237 (MQ=255)
tttGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAAACTggg > 1:1059914/1‑236 (MQ=255)
tttGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGCTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CACGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGGTCCAAAGATA‑TAACTTTAACCGCCGCGCATGTGGATGCTTTTGCCAAAAGGGCAACGGGTACATACGCCGATGCGGATGGGGGCGATCCATGGAAAGccagatagggg > 2:475941/1‑228 (MQ=255)
tgtttatgaaacccaaacggggaaaCTTGTTTGTGGACCCAAACTTGCCGCAATGCATAAGGGTAATGGATTAACAACAAAAAGGCTGAAAACGC‑CAATGCGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGTTCCAAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCtt < 2:31123/216‑1 (MQ=255)
tGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAACCGC‑AAAGACGGTTTTC‑GGGTGTT‑GATT‑TTGATGTTCCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCtt < 1:944664/239‑1 (MQ=255)
cTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGGAATGCATTAACAGCAACAAAACTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATCCATATGCCGAGGCGGATGGGGGCGTTCCATGGAAACCCGAAACCAGCGCtaaa > 2:57984/1‑236 (MQ=255)
cGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACCGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCAc > 1:31123/1‑237 (MQ=255)
aaCCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGGACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTaa > 1:201010/1‑131 (MQ=255)
ccGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGc > 1:812421/1‑236 (MQ=255)
ccGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGc > 1:790361/1‑236 (MQ=255)
gaaaattttttATGGGAACAAAACTTCCCCAAAGTTTGACGTGAAATGCATAAAAGACAAAAAAGTTGAAACCGC‑CAA‑AGCGGTTTT‑TTGTGTTGGAGT‑TTGTGGGTCCCAAAATTT‑TTCTTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc < 2:346519/230‑1 (MQ=255)
cGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAAACGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc < 1:978827/238‑1 (MQ=255)
cGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCGGAACGGTAATGCATTAACAGCAAAAAAGCTGAAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑GGGTGTT‑GATT‑TGGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc < 1:504104/238‑1 (MQ=255)
cGAACGGGTTATGGGACCCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCAAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc < 1:457500/238‑1 (MQ=255)
gAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGC‑CAAGACGGGTTTC‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATCTCACCCGCTCTGGCg > 1:1029284/1‑238 (MQ=255)
accTGTTTTTTGCAACCAAAGTTCCCGCAATGCGGAAGGGTAGTGGATTAAAGGAAACAAGGGTGCAACCGC‑CACGCCGGGTTTT‑TGGTGTT‑GAGT‑TTGATGGTTCCAAAGATA‑TTTCTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGa < 2:360923/236‑1 (MQ=255)
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|
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
