Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F17 I0 R1
|
160 |
98.0 |
2214160 |
89.0% |
1970602 |
222.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,959,900 |
T→G |
14.0% |
intergenic (‑88/+111) |
ppiC ← / ← yifN |
peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C (rotamase C)/PemK toxin family pseudogene |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,959,900 | 0 | T | G | 14.0%
| 220.3
/ 2.5
| 95 | intergenic (‑88/+111) | ppiC/yifN | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C (rotamase C)/PemK toxin family pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/44); new base G (14/2); total (49/46) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTAAATCACCGCCGCGTTTGCCTGATGGGCAAATGGAGTGTTTCTTCGCCAGCTTGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTATGGGCT‑ACAAAGT‑CATTAT‑CGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAAT > NC_000913/3959662‑3960128
|
ccaactccccgccgCGTTTGCCTGATGGGCAAATGGGGTGTTTCTTCGCCAGCTTGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGt < 2:901068/231‑1 (MQ=255)
ccaaaaccccgcctgttttGCCTGATGGGCAAATGGGGTTTTTCTTCGCCAGCTTGCCGAAATCGGCCGCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGAGTTTAGCATGATCCGCAGATGCTATCGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑AGt < 2:653569/223‑1 (MQ=255)
cTAAATCACCCGCGGGTTTGCCTGATGGGCAAATGGAGTGTTTCTTCGCCAGCTTGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGt < 1:1053963/239‑1 (MQ=255)
cTAAACCCCCGCCGCGTTTGCCTGATGGGCAAATGGTGTGTTTCTTCGTCAGCTTGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAAGCTGCTCGAGAAGTTCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGt < 2:165798/239‑1 (MQ=255)
ggctcagctttggataagatacatttCTGCGCCAGGTTGCCGAAATCGGCCCCGTTGTTAATCTGCTCGGGAAGGTCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGAGCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑Gc < 2:123503/216‑1 (MQ=255)
aTGGGCAAATGGAGTGTTTCTTCGCCAGCTTGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGTTGCTAAGGTAATTGTCAGTCAGGGGGTGGCT‑GGGACA‑TAA‑TTGGGAAAA‑ACCCGGgaa > 2:814853/1‑239 (MQ=255)
ggccAAATGGAGTGTTTCTTCGCCAGCTTGCCGAAATCGGCCCCTTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAAt < 1:821090/236‑1 (MQ=255)
aaaTGGAGTTTTTCTTCGCCAGCTTGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCg < 1:832763/238‑1 (MQ=255)
tgtTTCTTCGCCAGCTTGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCCTGATACGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGGT‑GGTACACCAG‑ATGG‑AAAA‑GCCCCGAAAAAACgggggtggca > 2:167691/1‑232 (MQ=255)
tgtTTCTTCGCCAGCTTGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGGACA‑TAT‑ATTGCCAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGGTTCGcc > 1:1035365/1‑238 (MQ=255)
tgtTTCTTCGCCAGCTTGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGGACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATACGGGCTTCGCa > 1:117641/1‑239 (MQ=255)
tgtTTCTTCGCCAGCTTGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGGAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCC‑GGGCCA‑TAT‑TTGGCAAAA‑GTCCGGAAAATCCGGGCTTGGcg > 1:205239/1‑238 (MQ=255)
ttttCTTCGCCAGCTTGCGGAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGGGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAg < 2:117641/238‑1 (MQ=255)
ttttCCTCGCCAGCTTGCCTAAATCGGCCCCGTTTCTAATCTGGTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCGGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCa < 1:352559/237‑1 (MQ=255)
tctttcgccctctgcccGAAAACGGCGCCGTTCTTAATCTGCTCGAGCAGATCGAGAGCCAGTTTCTCTTCTTGGACAAGGATAGGCAGTGCTGCGGCTGTTTGTGCCATGAGCGGGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCGAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGt < 2:955058/224‑1 (MQ=255)
cTTGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTGAA‑CAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAAAccctgtctcttttacacatatccga > 1:123503/1‑215 (MQ=255)
cTTGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GACCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGGCCCGCAA‑gggg > 1:1035067/1‑239 (MQ=255)
cTTGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGAAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑ACCCGGGAAATCCGGGCTTCCCAGGCGCCTCAC‑gggg > 1:612476/1‑239 (MQ=255)
tGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAACCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGCTATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGCGAATACTTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCCGATGCTAACGTAATTGTCGGTCAGGGAGTGGCT‑GGTGCC‑TCT‑GTGGCAAAACGCCCGCAAAA‑CCCGGCTTCGCAgggaccccacagggag > 2:599006/1‑225 (MQ=255)
gCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGgaga < 1:147927/239‑1 (MQ=255)
gAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGaaaa < 1:814853/239‑1 (MQ=255)
cGGCCCCGTTCTTAATCTGCCCGAGAAGATCCAGGGCCAGTTTCTTGTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAg < 1:499608/239‑1 (MQ=255)
gCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑AATGCAAAA‑GCCCGGGAAATCAGGGCTTTGCAGGGCCCTCAT‑GGGGGGAAAACATAg‑g > 1:393789/1‑238 (MQ=255)
cccgtttCTTAATCTTCTCGGGAAGATCCAGGGCCTGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTTCTGTTTTGGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑c < 2:206191/234‑1 (MQ=255)
ttttAATCTGTTCGAGAAGTTCCAGGGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTGTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTAt < 2:205239/237‑1 (MQ=255)
tttAATCTTCCCGGGAAGATCCAGTGCCATTTTCGCTTCTTTTTCAAGGATATGCAGTGCGGATGGTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTATg < 2:553916/238‑1 (MQ=255)
tatgctggtggagaAGATCAGGGGCCATTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGAATTGCTGGTGGTGTTTTTGCTATGATCGTGGCTTGAGTTAATAATTGTCAGGCCGCTATTTTAGGATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTATggg < 2:1058109/229‑1 (MQ=255)
tAAACTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATTTGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGAACGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTTTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GGCCGGAAAAACCGGGCTTCGGAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTATggg < 1:87502/239‑1 (MQ=255)
gCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGGAAAA‑GCCCGGGAAATCCGGGCTTCGCCGGGCCCCCTA‑GGGGGGGAAAATTTG‑GG‑GCCCTATTGGGT‑aaaa > 2:853274/1‑239 (MQ=255)
gCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGGACA‑TAT‑ATGGCCAAA‑ACCCCGAAAATCCAGGCTTCGCGGGGCCCTCAA‑GGGGGGAAAACTATA‑GG‑CCCCTATggggcaaaa > 2:159459/1‑233 (MQ=255)
cTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGCTTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTGCA‑TAT‑ATGGCCAAA‑GACCCGAAAATCCGGGCTTCGCCGGTCCCTCAA‑GCGGCGAAAGATTAG‑GG‑CCTCTATAGGGC‑ACaa > 1:563120/1‑238 (MQ=255)
cTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCCTGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCA‑GGTGC‑‑TATAATTGCAAAA‑AGCCGGCAAATACAGGGCTGGCACGTCCCCCAATAGGGGAAAAACTAAG‑GG‑ctccattgggtcaaaa > 2:510141/1‑224 (MQ=255)
cTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TTA‑TTGGCAAAA‑ACCCGCGAAATCCGGGCTTCCCAGGTTCCCCAA‑GGGGGGAAAAATTAG‑GG‑CCTCAATGGGCT‑ACaaa > 1:1101949/1‑239 (MQ=255)
cTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑ACCCGGAAAATCCGGGGTTCTCAGGGCCCCCAA‑GGGGAGAAAACTTAg‑gggcctcactggctcaaaa > 1:168593/1‑222 (MQ=255)
cTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑ACCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGGGAAAACTTAG‑GG‑CCCCTAAGGGCT‑ACaaa > 1:87429/1‑239 (MQ=255)
cTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑ACCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑AGGGGGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTATTGGCT‑ACaaa > 1:746417/1‑239 (MQ=255)
cTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTAAC‑TAA‑ATGGCAAAA‑ACCCGGCAAAACCCGGATTCGCAGGGTCCTCAA‑AGGGAGGAAACTTAG‑GG‑CCTCTTTAGGCT‑ACaaa > 1:1058109/1‑239 (MQ=255)
aagaTCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGGAAAACCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGGGAAAACTTAG‑GG‑GCCCTATGGGCT‑CCCAAGT‑CAtt > 1:93979/1‑239 (MQ=255)
ataTCCAGGGCCAGTTTCTTTTTTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTATGGGCT‑ACAAAGT‑CATTa < 2:93979/237‑1 (MQ=255)
agaTCCAGAGCCAGTTTCCCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTATGGGCT‑ACAAAGT‑CATTa < 1:301411/239‑1 (MQ=255)
tCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGGACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCACGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGGCCCCCAC‑GGGGGGAAAAATTTG‑GG‑CCTCCATTGGCT‑ACCAAGT‑CATTTT‑Cg > 1:312961/1‑239 (MQ=255)
ccAGCGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATAGGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTTCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTATGGGCT‑ACAAAGT‑CATTAT‑Cgg < 1:814051/239‑1 (MQ=255)
agagCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑CAT‑ATGGGAAAA‑GCCCGGGAAATCCGGGCGTTGCCGGGCCCCCAA‑AGGGAGAAAAACTAG‑AG‑CCCCTATAGGGT‑ACAAAGC‑GCTAAT‑Cgggg > 2:960257/1‑239 (MQ=255)
gagCCATTTTCTTCTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTATGGGCT‑ACAAAGT‑CATTAT‑CGGGGa < 1:660751/239‑1 (MQ=255)
gagCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTACTTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑TTGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTAGCAGGGCCCTCTC‑AGGGGGAAAACCTTG‑GG‑CCCCTATTGGCG‑ACAAAGG‑CATTCT‑Cggggg > 1:989754/1‑238 (MQ=255)
agCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑TTGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCCGGCTTCGCAGGGCCCTCAC‑GGGGGGAAAACTTAG‑GG‑CCGCTATGGGCT‑ACCAAGG‑CCTTAT‑TCGGGaa > 1:620651/1‑238 (MQ=255)
agCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑TTGGCAAAA‑ACCCGGAAAATCTCGGCTCTGCCGGGCCCCCAA‑GGGGAGAAAACTTTG‑GGCCCCCCATGCGC‑‑CCAAAGG‑CCTTAT‑CGGGGag > 1:928192/1‑238 (MQ=255)
gTTTCTCTTCTTTTGCAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATTGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCCTCA‑GGGGGGAAAACTTAA‑GG‑CCCTTATGGGCT‑ACAAAGG‑CATTAT‑CGGGGGTGGtta > 1:39928/1‑239 (MQ=255)
tttCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑Cctct < 1:1006906/206‑1 (MQ=255)
ttcttTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGGTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTATGGGCT‑ACAAAGT‑CATTAT‑CGGGGATGGttattttatt < 1:853274/239‑1 (MQ=255)
tttACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGGAACA‑T‑T‑ATTGCAAAA‑ACCCGGAAAATACGGGGTTTGCCGGGCCCCCCA‑GGGGGGAAAAACTAG‑GG‑CCTCCATGGGGT‑ACAAAGTACATAAA‑GGGGGA‑GGTGATTTTATTGTCa > 2:545076/1‑239 (MQ=255)
atatGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAg‑gg < 1:221968/182‑1 (MQ=255)
atatGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTATGGGCT‑ACa < 1:761865/197‑1 (MQ=255)
tttGCAGTGCGGCTGTGTTTTTTGCCATGGTCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGAGCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTATGGGCT‑ACAAAGT‑CATTAT‑CGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAg < 2:746417/236‑1 (MQ=255)
atGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTATGGGCT‑ACAAAGT‑CATTAT‑CGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCg < 1:357294/239‑1 (MQ=255)
gCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGTAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTATGGGCT‑ACAAAGT‑CATTAT‑CGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGat < 1:462573/239‑1 (MQ=255)
gctgctgctGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGGACA‑TAT‑ATTGCAAAA‑ACCCGGGAAATCCGGGGCTCGCAGGGCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCCCTTTGGGCT‑ACAAAAT‑CATTAT‑CGGGGATGGAGTTTTTATTTTTAATTTATTAGGGAGATggg > 2:453873/1‑238 (MQ=255)
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ttttAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTATGGGCT‑ACAAAGT‑CATTAT‑CGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGcc < 1:1076917/206‑1 (MQ=255)
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gATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTATGGGCT‑ACAAAGT‑CCTTAT‑CGGGGGTGGTTATTTTATTGTCAATTTATGATCGATATGGCCTTGATTGACTTTATTACCGCCCTCTGTATGGTTGCAACCCACTCCTTTGGCAACCCTTGATTa > 1:802885/1‑239 (MQ=255)
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tGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGATTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTATGGGCT‑ACAAAGT‑CATTAT‑CGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATAcc < 1:807970/236‑1 (MQ=255)
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aaCGTTATTGTCGTGCCGGGTGTGGCG‑GGTACA‑TAT‑ATGGAAAAA‑GCCCGGAAAATCGGGGCTTCGAAGGTTCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GT‑CCTCTATGGGCT‑ACAAAGT‑CATTAT‑CGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGATCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTa < 2:40210/239‑1 (MQ=255)
aaCGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTCTGGGCT‑ACAAAGT‑CATTAT‑CGGGGATGGtt > 1:521235/1‑131 (MQ=255)
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aaTTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTATGGGCT‑ACAAAGT‑CATTAT‑CGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTcc < 1:545076/239‑1 (MQ=255)
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|
CTAAATCACCGCCGCGTTTGCCTGATGGGCAAATGGAGTGTTTCTTCGCCAGCTTGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTATGGGCT‑ACAAAGT‑CATTAT‑CGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAAT > NC_000913/3959662‑3960128
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
