Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F17 I0 R1
|
124 |
155.2 |
3079696 |
98.3% |
3027341 |
226.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,745,021 |
C→T |
16.3% |
G73G (GGC→GGT) |
yiaN → |
2,3‑diketo‑L‑gulonate TRAP transporter large permease protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,745,021 | 0 | C | T | 16.3%
| 177.5
/ 12.5
| 116 | G73G (GGC→GGT) | yiaN | 2,3‑diketo‑L‑gulonate TRAP transporter large permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/51); new base T (2/15); total (49/67) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.36e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.38e-01 |
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAACGCA‑TTGTTGAC‑CTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTC‑GGCGTGCTGGCAGCTATGATTATGGCGA‑G‑CCTTTCTGGTTCTGCCGTTGCGGATACCGCCG‑CCGTTGCCGCTCTACTGGTGCCGATGATGCGCAGCGCCAACTATCCGGTCAACCGGGCGGCGGGGCTGATTGCCTCTGGCGGCATTATCGCGCCAATTATTCCCCCT > NC_000913/3744783‑3745258
|
ccACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGggcggc < 1:1177438/239‑1 (MQ=255)
cACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCt < 1:163939/239‑1 (MQ=255)
cACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCGATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGggcggc < 1:771717/238‑1 (MQ=255)
aCCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCtt > 1:769985/1‑239 (MQ=255)
gCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑Tc < 2:1391577/239‑1 (MQ=255)
aaGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCa < 2:730160/238‑1 (MQ=255)
aGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCaaa < 2:113788/239‑1 (MQ=255)
aGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGTGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAAc < 2:1080998/238‑1 (MQ=255)
aGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCCTG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAAc > 1:1068782/1‑238 (MQ=255)
gCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAACg < 2:1150986/238‑1 (MQ=255)
ttAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAACGCa < 1:1095375/238‑1 (MQ=255)
aTCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTCGGCCCTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCC‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGTAATCCTG‑GATTGGGGCGGCGTG‑TCCATACGCA‑ttgt > 1:751971/1‑239 (MQ=255)
cATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAACGCA‑ttgttg < 1:1501501/239‑1 (MQ=255)
tGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGGAATAATG‑AATTCGGGGGGGGTGTTCAAACCGCA‑tttttg > 2:1181094/1‑238 (MQ=255)
tGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGGAATAACG‑AATACGGGGGGGCTG‑TCTAAACGCA‑gtgttgt > 2:353155/1‑237 (MQ=255)
gCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAAACATG‑AATTCGGGGGGCTTG‑TCAAAAAGCA‑TTGTTGa > 1:580412/1‑236 (MQ=255)
tgCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TTAAAACGCA‑TTGTTGAC‑CTGCCg > 1:874374/1‑239 (MQ=255)
gCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGGTGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGGTCTTTGTGCTGGC‑GGGGGAAAATATT‑ATTGCGGCGGGCCGG‑GCATAACCCC‑TTGGTTTC‑CTGCCGa > 2:1189706/1‑239 (MQ=255)
tGATTTTTCTGGGCTGTCGGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCGGGC‑GGGGGAAATCATG‑AATGCGGGCGGTTTG‑TCAAAACGCA‑TTGTTGAC‑CTGCCGAt < 2:1442822/238‑1 (MQ=255)
ttttCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGGAATCATG‑GATGCGGGCGGCTTG‑TCCAAACGCA‑TTGTTGAC‑CTGCCGATGaa > 2:1202912/1‑237 (MQ=255)
ttGGGCTGTCTTTTGGGTGGTATTGCTTTCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCTTGTTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAACCGCA‑TTGTTGAC‑CTGCCGATGAAACtggt < 2:491901/238‑1 (MQ=255)
cTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAACGCA‑TTGTTGAC‑CTGCCGATGAAACtggt < 1:997399/239‑1 (MQ=255)
cTGGGCTGGCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGTCATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAGGGAGCCGATAGCTTTCCCCTGCT‑GGCTATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGGGGCTTG‑TCAAAACGCA‑TTGTTGAC‑CTGCCGATGAAACtggt < 1:1387680/239‑1 (MQ=255)
ggtATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGGAATAGTG‑AACGCGGGCCGGTTG‑TCAACACTCC‑TTGTTTAC‑CTGCCCCTGTACCAGGTGCGGCGTaacacacgccg > 2:578339/1‑230 (MQ=255)
ggtATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGGGAAATTATG‑AATGCGGGTGGGTTG‑TCCAAATGCA‑TTTTTGAC‑CTGCCGATGAAACTGGTGGGGGTTTAACCaaccgg > 1:595433/1‑234 (MQ=255)
ggtATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGGGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAACGCA‑TTGTTTAC‑CTGCCGATGAAAATGGTGGGGCATAAAACcggcgg > 1:1526314/1‑239 (MQ=255)
ggtATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑CGGTGAAATCATG‑AATGCCGGGGGTTTG‑TCATAACGCC‑ATTTTGAC‑CTCCCGGTGgaaacgaggggggctagacccagggg > 2:920783/1‑216 (MQ=255)
ttttGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGCCTCTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGCCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGCGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGGGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAACGCA‑TTGTTGAC‑CTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCggg < 1:887512/236‑1 (MQ=255)
tATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGGAATAATG‑AATGGGGGGGGCTTG‑TGAAAACGCC‑TTTGTGAC‑CTTCCGGTGGAACTGGGGGGGGCTTAAACAGGCgggg > 1:216227/1‑238 (MQ=255)
tATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAACGCA‑TTGTTGAC‑CTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCggg < 1:1037365/238‑1 (MQ=255)
tATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAACGCA‑TTGTTGAC‑CTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCggg < 1:651739/238‑1 (MQ=255)
cTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGGGAAATTTTT‑AATGCCGGCGGCTTG‑GCAAAACGCA‑TTTTTGAC‑CTGCCGGTGAAACTGGGGGGGCGTTAAACAGGCgggttgggg > 1:1387197/1‑238 (MQ=255)
ggTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGGGGCTTG‑TCAAAACGCA‑TTGTTGAC‑CTTCCGATGGAACTGGTGGGGGCTAAAACAGGCGGGGTGGGCTACg > 2:3446/1‑238 (MQ=255)
ggTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGGGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCACAACGCA‑TTGTTTAA‑CTGCCGATGGAAATGGGGGGGAGTAAACCAAGCgggggtgggttagg > 2:320193/1‑228 (MQ=255)
tGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAACGCA‑TTGTTTTC‑CTGCCGATGAAAATGGGGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGGTCCGCC‑GGc > 2:1306980/1‑239 (MQ=255)
tGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGCGTAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAACGCA‑TTGTTGAC‑CTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCCGGGGTACCGC‑GGc > 1:402573/1‑239 (MQ=255)
gCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAACGCC‑TTGTTGGC‑CTGCCGCTGGAAATGGTGGGGCATAAAACAGGCgggcgggggcccgcccggc > 2:1265907/1‑228 (MQ=255)
gCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGGGCAATCCCG‑TGTTCCGGCGGCGTG‑TCCAAACGGC‑TTTTTTAC‑ATTCCGACTGAACTTGGGGGGCATCACACCGGCgggctcgggttccgccggc > 2:1514409/1‑228 (MQ=255)
ttttggCCTGGGCTTTGTTTTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGTTTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGTTTG‑TAAAAACGCA‑TTGTTGAC‑CTGCCGATGAAACtggtg < 2:164577/198‑1 (MQ=255)
tttGCCTGGGCACGGTTGTTGTGCGGGGGGGCGTTAAGGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCAATGGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGTTTG‑TCAAAACGCA‑TTGTTGCC‑CTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTC‑GGCGTGCt < 2:402573/238‑1 (MQ=255)
ttGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGGAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAACGCC‑TTGTTTAC‑CTGCCGATGGAAATGGGGGGGGGTAAACCAGGCGGGGTGGGGGACGCC‑gggggggcg > 2:182996/1‑232 (MQ=255)
tGCCTGGGCACTGTTGTTGGGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAACGCA‑TTGTTGAC‑CTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTC‑GGCGTGCTgg < 1:65867/239‑1 (MQ=255)
gCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGGGGAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCACAACGCA‑TTGTTGTA‑CTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATTAACCAGGCGGGCTGGGCGCCGCC‑GGCGGGCTggg > 2:732402/1‑238 (MQ=255)
gCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGGGAAATCATG‑AATGCGGGGGGCTTG‑TCTAAACGCA‑TTGTTGTC‑CTGCCGGTGAAACTGGTGGGGCGTAAACCAGGCGGGCTGGGGTACGTC‑GGCGGGCTGGc > 1:980285/1‑239 (MQ=255)
tGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGGGGCGTTAAGTTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAACGCA‑TTGTTGAC‑CTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTC‑GGCGTGCTGGCAGc < 1:1306980/239‑1 (MQ=255)
ggCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGGGAAATCATG‑AAAGCGGGTGGCGTG‑TCAAAACGCC‑TTGGTGAC‑CCCCCCATGGAAATGGGGGGGGATAGACCAGGGggggtgcgggctgcgcggggggggggggc > 2:1364664/1‑214 (MQ=255)
gtttgtggtGCGGGGGGGCGTGAATGTTTTGTGTGGAAGTGTGTGGTGTCAAGATCATGTCCAAACCGCTGGTGAACGGGGCGGATAGCTTCTCCGTGCG‑GGGGTTTCTTTTTTTTGGGTTGGC‑GGGGGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTGG‑TCAAACCGAA‑TTGTTGCC‑CTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGTCGGGCTGGGCTACGTC‑GGCGTGCTGGCAGCTATGAt < 2:156938/236‑1 (MQ=255)
gtgtgggggggggGCGTTATTATTTGTGCGGGATATGTTTGATGGCCAGTTAAGGGAACAAACGAGGGTGAACGGCGCCGCAGGCTTCTCCTTGCT‑GGCGATCCCGTTCTTTGTGTTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTA‑ACAAAACGCATTTGTTG‑C‑CTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTC‑GGCGTGCTGGCAGCTATGATTATgg < 2:910222/232‑1 (MQ=255)
tgtgCGGGGCGGCGTTAATTTTGTGCCTGGACATTTTGGTGGTCCTGCTCGTGCACCCTGCGCTGGTGAGCGGGGCCGATAGCTTCTCCCTGCG‑GGTGTTTCCGTTCTTTGTGCTGGG‑GGGGGAAATAAGG‑AATGCGGGCTGCTTG‑TAAAAACGCA‑TTGGAGAC‑CTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTC‑GGCGTGCTGGCAGCTATGATTATGGCg < 2:1465535/239‑1 (MQ=255)
cGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGGGGCTTG‑TCAAAACGCC‑TTGTTGAC‑CTTCCGGTGGAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGGCGGGGGTCCTC‑CGCGCGCTGGCAGCTATgggtattgggggc > 2:1209564/1‑226 (MQ=255)
cGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAACGCA‑TTGTTGAC‑CTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCCGGCGGGCTGGGCTACGTC‑GGCGTGCTGGCAGCTATGATTATGGCGA‑gg > 1:1179516/1‑237 (MQ=255)
cGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGGGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAACGCA‑TTGTTGAC‑CTGCCGGTGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGGTGGGCTAAGGC‑GGCGGGCTTGCAGCCATGGTTAttgggggg > 1:937401/1‑231 (MQ=255)
gggCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGGAATTATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAAAGCA‑TTGGTGGC‑CTGCCGATGAAAATGGGGGGGCATAAACCAGGCGGGCGGGGGGTCGTC‑GGGGGGCTGGCAGCTATGAATATggggggacct > 1:711851/1‑231 (MQ=255)
gggCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAACGCA‑TTGTTTAC‑CTGCCGATGAAACTGGGGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGGC‑GGCGTGCTGGCAGCTATGATTTTgggggggctt > 1:1175939/1‑231 (MQ=255)
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|
CCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAACGCA‑TTGTTGAC‑CTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTC‑GGCGTGCTGGCAGCTATGATTATGGCGA‑G‑CCTTTCTGGTTCTGCCGTTGCGGATACCGCCG‑CCGTTGCCGCTCTACTGGTGCCGATGATGCGCAGCGCCAACTATCCGGTCAACCGGGCGGCGGGGCTGATTGCCTCTGGCGGCATTATCGCGCCAATTATTCCCCCT > NC_000913/3744783‑3745258
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
