Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F27 I0 R1
|
322 |
127.1 |
2757226 |
91.8% |
2531133 |
223.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,981,334 |
A→G |
14.6% |
E150G (GAG→GGG) |
yifK → |
putative APC family amino acid transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,981,334 | 0 | A | G | 14.6%
| 244.8
/ 4.7
| 115 | E150G (GAG→GGG) | yifK | putative APC family amino acid transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/57); new base G (16/3); total (55/60) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.77e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGATTGGTTTTAGCAATCTCACAGAGCATGGCGGTTTCTTTGCGGGTGGCTGGAAAGGGTTCCTGACCGCTCTGTGTATTGTGGTGGCGTCCTACCAGGGCGTGGAGCTGATTGGCATTACTGCCGGTGAAG > NC_000913/3981100‑3981561
|
ttaccggttCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGCCGAAATCGAGTTc > 1:1087365/1‑239 (MQ=255)
ttcgttcgCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCCGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGTCGGTGCGGTTTTACTGCGAAATCGCGTTCTGGTTcc > 1:55468/1‑238 (MQ=255)
cgttcgCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTcgcg > 1:7579/1‑239 (MQ=255)
cGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTTTACGGCGAAATCCAGTTCTGGTTCGCCAGCATTAAAGTCCCCCCggt > 1:1046441/1‑237 (MQ=255)
tgtaaaagAGCCTGTTCTTGGGCATTCCCACCGCCTGGTCTTATGGTTTTAGGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGAtt < 1:1362351/232‑1 (MQ=255)
gtttatggggccttttttttGGCTATCCCCCCGCCTGGTCTTACGGGTTTAGGTGGTTGGCGGTGGGGATCCCTGAAATCCCCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGAtt < 1:380469/222‑1 (MQ=255)
gCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCCGTGGATACCCGCATTGATCGCACTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGGGGGGCGGTGGTACGGGGAAATCGAGTTTATGTTTGCGATGATGAAAgctacacacattacgtgggtg > 2:911085/1‑219 (MQ=255)
gCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGCTACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAACTCGCCGGCGGTGCGGTTGTACGGGGCAATCGCGTTCGCGGTCGGGCGGATCAAAACCACCACGATTTTCGggaga > 2:605908/1‑237 (MQ=255)
gCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGGAATCGAGTTCTGGTTCGCGCTGATCAAAGTcacacggattttcgggtgg > 1:897294/1‑223 (MQ=255)
gCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGGGTTCTGGTTCGCGATGACTAAAGTAAACACGATTTCCGggatg > 1:250614/1‑239 (MQ=255)
gCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGGTGATCAAAGTCACCACGATTATCGtgatg > 1:1232501/1‑239 (MQ=255)
gCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGGTGATCAAAGTCACCACGATTATCGtgatg > 1:954791/1‑239 (MQ=255)
gCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCCCGATTATCGggatg > 1:338026/1‑239 (MQ=255)
gCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTAAGGCGAAATCGGGTTCTGGGTCGCGATGATCAAAGGCCCCACGATTATCGggagg > 2:759043/1‑237 (MQ=255)
gCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGGGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGGGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGGTGATCAAAGGCACCCAGGTTATCggggag > 2:428513/1‑234 (MQ=255)
gCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGGGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGGGCGGTTGTAGGGGGGAATTGGGTTTTGGTTTGCGTGGGTCAAAGGCACCCAGATTA‑CGtgaggg > 2:296836/1‑236 (MQ=255)
gCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGGGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGGACGGCGGAATCGAGTTCTGGTTCGCGGTGTCCAAAGGCCCCCCGCTTAtgggatga > 2:942359/1‑232 (MQ=255)
cccGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGCGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGGTCAAGGTAACCACGATTATCGtgatga > 1:1080844/1‑239 (MQ=255)
cccGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGCTGACCAAAGTCACCACGCTTATCGtgatga > 1:1221327/1‑239 (MQ=255)
cctttttttGCCTATCCCCCCGCTTGGTCTACCTGTTTTATGTGGATGGGGTTGGGGATCTCGGAAACCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTgatgat < 1:1031340/233‑1 (MQ=255)
cGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGGGTTCGGGTTTCGGTTGATCAAAGTGACCACGGttttgcgggggatt > 2:985407/1‑227 (MQ=255)
cGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGAtt > 1:938711/1‑239 (MQ=255)
ttCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGGGTTTTGGTTCGCGATGATCAAAGGCACCCCGGTTATCGTGATGATTGt > 1:54750/1‑239 (MQ=255)
ttCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGGGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGt > 1:193331/1‑239 (MQ=255)
ttCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGCTGTACGGCGAAATCGGGTTCTGGTTCTCGATGTTCAAAGTACCCCCGATTTTCGTGATGATTg > 1:187190/1‑238 (MQ=255)
tttttGGCTCTCCCACGGCCTGGTCTTACTGGTTTATGGGGATGGCGGGGGGGATCTCTGAAACCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTc < 1:985407/237‑1 (MQ=255)
tctcACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGGAATCGGGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGGCACCACGATTAATGGGATAATTGGCATTgggtggg > 2:525242/1‑234 (MQ=255)
tctcACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGGGTTCTGGTTCGCGGGGTTCAAAGTCACCACGAGTATCGGGGTGAtttgtgtcttataaa > 2:1362351/1‑226 (MQ=255)
cGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATAGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGATGCGGGTGTTCGGGGAACTCGCGGTTTGGTTCGCGTTGGTCAAAGTCACCACGCTTATCGTGAGGGTTGTCATTGGc > 1:648678/1‑229 (MQ=255)
tcttgtttttgggggAGGGCGGGGGGTATCCTGGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGGCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTctttgg < 1:1089152/226‑1 (MQ=255)
tttAGGTGGATGGGGGTGGGGTCCTCGGAAACCCACGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTctttggctttgg < 1:766050/239‑1 (MQ=255)
ttATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGACTCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAAACGAGTTCTGGTTCCGGATGATCAAAGTCACCACGCTTACCGTGGTGATTGTCATTGGCCTGGGCGGGATTTTCtttggctttggc > 2:769316/1‑239 (MQ=255)
ttATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAAATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGGGTTCTGGTTCGCGTTGATCAAAGTCCCCACGATTTTCGGGATGATTGTCATTTGCCTGGGGGGGATTTTTtttgggtttggc > 2:531012/1‑239 (MQ=255)
tATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGGGTTCTGGTTCGCGATGGTCAAAGTCACCACGATTATCGTGAGGATTGTCATTGGCCTGGCCGTGGTTTTCTTTGGCTTTGCCa > 1:900178/1‑239 (MQ=255)
aTGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTcac > 2:1175249/1‑176 (MQ=255)
gggggTGGGGATTTTTGAAATCGCCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCggg < 2:272135/235‑1 (MQ=255)
ggggttccttaaaaTCCCCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGGGAGGGCGCAGTGGATACCCGCATTGCTCGCAGTGGGGATGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGa < 2:1087365/228‑1 (MQ=255)
gggtttgcacaaattcccgccgTTGGGCTTTATGTCCGGTTTTGGTTACCGGGTGTGGCGGAGTCGGTTCCCGCATTGATCGCCGTGGCGCTGGTGGCTTGGGCGGATCGTGTGGGGGGGCCGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGa < 2:1046441/222‑1 (MQ=255)
gggATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGTTTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCGGGCGAt > 1:199782/1‑239 (MQ=255)
ggatcccgaaattccccGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGAt < 1:531012/223‑1 (MQ=255)
ggATCTCTGAAATCCCCGCCATTGGCGTTTATGGCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGAATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGAGTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGAt < 1:364258/238‑1 (MQ=255)
ggATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGCGATGGCGCAGTGGCTACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGACTCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGCAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGGTCAAATTCACCACGATTATCGGGGTGATTTTCATTGTCCCGGGGGGGGTTTTTTTTTGCTTTGGGAATTGTggggaaccg > 2:559185/1‑230 (MQ=255)
ctaaaacccccGCCTTTGGCTTTTTTGTCCCGTTTTGGGTCCCGGGGATGGCGCAGGGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAGTCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGATTGGtttt < 2:1298972/230‑1 (MQ=255)
cggAAACCGCCGCCATTGGCGTTTAAGTCCAGTTCGGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGATTGGtttt < 1:135864/237‑1 (MQ=255)
tGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGGGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCCCGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTGCATTGGTTTTa > 1:1013211/1‑239 (MQ=255)
gAAATCCCCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGATTGGTTTTAg < 1:759043/239‑1 (MQ=255)
taccACCCCCTTTGGCGTTTTGGTGCAGTTTTGGGTCCCGGAGATGGGGCAGTGGGTACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTGCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGATTGGTTTTAGCa < 2:199782/236‑1 (MQ=255)
aaTCACCGCCATTGGCGTTTATGTCAAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCTTTGGCGAATCTTGCGGCGGTGCGGTTGTACCGCGGAATCAAGTTGTGGTTCGCGATGATCAACGTCCCCACTCTTATAGTTATGATTGTCATTGGACTGGGGGGGATTTTTTTTGCCTTTGGCCATGGCggggccgtggttgggtttgtaa > 2:1024673/1‑220 (MQ=255)
ttccccgcttttGGGGTTTATGTCCTGTTGTGGGTTCGGGGGAGGGGGGATGGGATCCCCGCATTGGACGCAGTGGCGCTGGTGGGGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTTCGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGATTGGTTTTAGCaa < 2:1095669/229‑1 (MQ=255)
acccccGCCATTGTCGTTGATGTGCCGTTCTGGTCCCCGGAGAGGGCGCAGTGGATACCGGCATTGCTCGCAGTGCCGCTGGTGGCGTTGGCGAAGCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACTGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGATTGGTTTTAGCaa < 2:992380/235‑1 (MQ=255)
acccccGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCGGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGATTGGTTTTAGCaa < 1:942359/235‑1 (MQ=255)
aCCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGGGCGGTTGTACGGCGAAATCGGGTTCTGGTTCCGGATGGTCAAAGTCACCCCGGTTTTCGGGATGATTTTCATTGGCCTTGGCGTGATTTTTTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCCGGGGATTGGGTTTTGCaagt > 2:808607/1‑236 (MQ=255)
cGCCCTTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGGGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGATTGGTTTTAGCAATCTca < 1:731082/239‑1 (MQ=255)
gCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCCATGGCGGGACGTCGATTGGTTTTTGCAAttctcc > 1:24993/1‑234 (MQ=255)
ccATTGTTGTTTTTGTTCCGTTCTGGTGCCCGGAGGTGGTGCGTGGGATACCCGCATTGATCGCAGGGGTGCTGTTGGCGTTGGGGAATTGTGCGGCGTTGCGTTTGTACGGCGAAATTGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGATTGGTTTTAGCAATCTcaca < 2:80631/239‑1 (MQ=255)
ccATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGATTGGTTTTAGCAATCTcaca < 1:17506/239‑1 (MQ=255)
cATTGGCGTTTAGTGCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACTCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGATTGGTTTTAGCAATCTcaca < 1:940467/238‑1 (MQ=255)
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|
TTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGATTGGTTTTAGCAATCTCACAGAGCATGGCGGTTTCTTTGCGGGTGGCTGGAAAGGGTTCCTGACCGCTCTGTGTATTGTGGTGGCGTCCTACCAGGGCGTGGAGCTGATTGGCATTACTGCCGGTGAAG > NC_000913/3981100‑3981561
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
