Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F27 I0 R1
|
322 |
127.1 |
2757226 |
91.8% |
2531133 |
223.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,011,697 |
T→G |
11.3% |
V208G (GTG→GGG) |
yigM → |
putative inner membrane EamA‑like transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,011,697 | 0 | T | G | 11.3%
| 425.7
/ 5.3
| 167 | V208G (GTG→GGG) | yigM | putative inner membrane EamA‑like transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/82); new base G (24/2); total (83/84) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.28e-07 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
CGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCATTATGAATAATATGCACGTTCCGGCAGGGCTGCTGGTAAACCTGGCTATCTGGCACCAACAGCCGCACTGGCCAACGTTTATTACAGGCGCGCTGGTGATCCTGGCCTCACTGTGGGTGCATCGTAAGTGGGTCGCTCCGCGCTCTTCACAAAC > NC_000913/4011459‑4011934
|
ccctttggtCAGGTCCCCGACCATTTCTGGGATGGCTTGGTGCTGGTGCAACCCCCCAATATCCCTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGgt < 2:1021517/231‑1 (MQ=255)
tATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGACTGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCCCAGACTAACGCCTTTGCCTCGTTCTTACTTGGCCCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTCTTGGGAAAAG‑GCCGAAAAAGACCGCCAACCCCGCCGCAAGGGGGCGTTCGGGGGtt > 2:639558/1‑239 (MQ=255)
tATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTATTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CGGCAAACCACGCTGCAATGGGGACTTCTGGGGtt > 1:729762/1‑239 (MQ=255)
gATCAGGTCCCCGACCATTTTGGGACGGGGTTGCGGGTGGGGCAACCTTCCAATTTCCCTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCt < 2:130382/239‑1 (MQ=255)
gTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGTTGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTTGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCACTGATTGCCTGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCCGAAAATT‑CCGCAAACCACCCTGCAATTGGGCCTTCTTGGGTTTTTTGGCgt > 2:1291446/1‑239 (MQ=255)
gTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGGTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGGGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGGGCCGAAAATG‑CCGCAAACCCCGCTGCAATTGGGCATGTTGGGTTTTTTTggggg > 2:1030497/1‑236 (MQ=255)
aCCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGTAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCCCCCTGCAATGGGGCCTTCCGGTGTTTCTTGGCgtggt > 1:800411/1‑239 (MQ=255)
aCCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCCACCTGCCAGGGGGCATTCTGGGGTTTTTTgggggggg > 2:708013/1‑233 (MQ=255)
aCCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGCTTCTGGTGGCAGGGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATCCGAGGAAAATG‑CCCCAAACCCCGCTGCAATGGGGCATTCTTgttctcttaaaccacac > 2:1241258/1‑224 (MQ=255)
ccttcctttttgggtcTGGCTTGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTGACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTCGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCgtggtg < 2:48076/224‑1 (MQ=255)
ttGGTCTGGCTTGTTGCTGTTGCAACTCTCCAATTTCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGa < 2:979104/238‑1 (MQ=255)
aCTGGCTTGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTg > 1:341808/1‑238 (MQ=255)
ctgtcttctttcttgTGCAACTCTCCAATTTCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTgg < 2:664683/224‑1 (MQ=255)
gCTTGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGGGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGcgca > 1:857654/1‑236 (MQ=255)
gCTTGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACAACGCTGCAATGGGGCATTCTGTGGTTTCTTGGCGTGGGGGCTTCCGGGATTGGcg > 1:44618/1‑236 (MQ=255)
gCTTGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGGTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGGCCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGGGTTTCTTGGCGTGGGGGCTTCCGGGGTTgggcac > 2:115498/1‑235 (MQ=255)
tttgtttggggacAACTCTCCAATATCCCGTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTGGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACt < 2:14395/226‑1 (MQ=255)
ttGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCTCTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACt < 1:970290/238‑1 (MQ=255)
ttGCGGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACt < 1:267915/238‑1 (MQ=255)
ttGCCGCTGGTGCAACCCTCCAATACCCCTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACt < 1:1291446/238‑1 (MQ=255)
ctggtgggtcAACTCTCCAATATCCTTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAG‑AAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTAtg < 1:36176/230‑1 (MQ=255)
aCTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGGGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACg > 1:984301/1‑239 (MQ=255)
cTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTg > 1:104087/1‑239 (MQ=255)
cTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGGTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCgg > 1:100070/1‑199 (MQ=255)
cTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTCCAATGGGGCATTCTGGGGTTTCTTGGCGGGGGGGCTTCCGGGATTGGGTACTTTTGGGGAAACTACGGTGCGAccgaaggg > 2:1003612/1‑232 (MQ=255)
tttGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGa < 1:265834/239‑1 (MQ=255)
ttGGAATGGGGGTTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTGGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGa < 2:22875/239‑1 (MQ=255)
ggCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCATGCTGCAATGGGGCATTCTGGGGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCCCGACGCAGGTGGACGCCGGaa > 1:287307/1‑238 (MQ=255)
ggtggGTTTAATACGCCTGATGGAAACCCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTgg < 2:287307/239‑1 (MQ=255)
gTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATTCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCAt < 1:935098/238‑1 (MQ=255)
tttcAAACGCCTGATGGAAACCCGCCCGGTGCCCCAGCATAACGCCTTTGCTTGGTTCTAACTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCAtt < 2:1277583/235‑1 (MQ=255)
gtaacaaCGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCCTAACGCCTTGACGTTGTTCTAACTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTTGCTTCCGGGATTGGCTTCTTTATGTAGAACTACGGCGCTACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCAtt < 1:252040/233‑1 (MQ=255)
tACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGGGGGGGCTTCCGGGATTGGCTCCTTTTTTTGGAACTACGGCGCGACCCAGGGGGGACCCGGaagccgtgggatttt > 2:828254/1‑226 (MQ=255)
tACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGGGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCATTAt > 1:1301243/1‑239 (MQ=255)
cccttGATGGTAACGTGCCCGATGCCTACGCCTAACGCCTTTGCGGGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGAAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGGTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCATTATGaataa < 2:729762/235‑1 (MQ=255)
gCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTATTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAAGCCTGGGCAttcttgataag > 1:499693/1‑230 (MQ=255)
cTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCATTATGAataata > 1:1232514/1‑238 (MQ=255)
cccGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGgcg > 1:148257/1‑182 (MQ=255)
cccGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCATTATGAATAATATGCACGTTCCGGCAg < 1:708013/239‑1 (MQ=255)
ccGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTGTATCTTGGCGCGTTTCGGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCATTATGAATAATATGCACGTTCCGGcgtc < 1:1003612/239‑4 (MQ=255)
ggtGCCACAGTATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCATTATGAATAATATGCACGTTCCGGCAGGgc < 1:1321100/237‑1 (MQ=255)
tGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCGGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCATTATGAATAATATGCACGTTCCGGCAGGgct < 1:438387/238‑1 (MQ=255)
acaGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGGTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGCCGCCGGGGGACGCCGGAACGCTGGGCATTATGAATAATATCACCGTTCCGGCa > 1:606187/1‑229 (MQ=255)
aGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGGGGAACTACGGCGCGGCGCTGGTGGACGCCGGAACGCGGGGCCTTTGGAATAAAATGCACGTTCCGGCAGGGGCGCTggga > 2:329389/1‑237 (MQ=255)
tAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCt < 2:122134/192‑1 (MQ=255)
tAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCt > 1:122134/1‑192 (MQ=255)
tAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCATTATGAATAATATGCACGTTCCGGCAGGGCTGCTGGTAAAc < 1:1160384/238‑1 (MQ=255)
ctccTTTGCGTGGTTTTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCATTATGAATAATATGCACGTTCCGGCAGGGCTGCTGGTAAACCTgg < 2:130223/237‑1 (MQ=255)
cGCCTTTGGTTGGTTCTATTTTGGGGCGTTTCTGGGGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCATTATGAATAATATGCACGTTCCGGCAGGGCTGCTGGTAAACCTgg < 1:115498/239‑1 (MQ=255)
tttGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCATTATGAATAATATGCACGTTCCGGCAGGGCTGCTGGTAAACCTGGCTAt < 1:1107754/239‑1 (MQ=255)
ttGCGTGGTTTTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCATTATGAATAATATGCACGTTCCGGc < 2:658573/214‑1 (MQ=255)
ttGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGACATACGGCGCGACGCAGGTGGGCCCCGGAACACTGGGCATTTTGAACAACATGCACGTTCCAGCAggcgcctggggaaacctgggaaaa > 2:361681/1‑217 (MQ=255)
ttGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGAGCCCGGAACCCTGGGCCTTTTGAATAATTACCACGTACCGGAAGGGCTGCTGGGAAACCGGGGTaac > 2:599455/1‑237 (MQ=255)
ttGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCATTATGAATAATATGCACGTTCCGGc > 1:658573/1‑214 (MQ=255)
ttGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCATTATGAATAATATGCACGTTCCGGCAGGGCTGCTGGTAACCTTGGCtt > 1:1105639/1‑236 (MQ=255)
tttCTTTTTTGGGGGGTTTTTGGTGGCAGGTTTTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAAGG‑CCGCAACCCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCATTATGAATAATATGCACGTTCCGGCAGGGCTGCTGGTAAACCTGGCTATCTGGCAcc < 2:1201770/238‑1 (MQ=255)
gggggtttttTGGTGGCAGTGTTTGCATGGTTTTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCACAACCCACGCTGCAATGGGGGATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCATTATGAATAATATGCACGTTCCGGCAGGGCTGCTGGTAAACCTGGCTATCTGGCACCAACAGCCGCa < 2:341808/233‑1 (MQ=255)
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|
CGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCATTATGAATAATATGCACGTTCCGGCAGGGCTGCTGGTAAACCTGGCTATCTGGCACCAACAGCCGCACTGGCCAACGTTTATTACAGGCGCGCTGGTGATCCTGGCCTCACTGTGGGTGCATCGTAAGTGGGTCGCTCCGCGCTCTTCACAAAC > NC_000913/4011459‑4011934
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
