Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F17 I0 R1
|
155 |
84.1 |
1797446 |
90.9% |
1633878 |
230.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,837,877 |
A→G |
11.0% |
E309G (GAG→GGG) |
setC → |
putative arabinose efflux transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,837,877 | 0 | A | G | 11.0%
| 217.6
/ 2.1
| 94 | E309G (GAG→GGG) | setC | putative arabinose efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/46); new base G (12/2); total (46/48) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.05e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGGGCGGCGAATAATCTCTACATGATAAATATGCCGCTATTTATTATTGATGAACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGCTCTGCGACAAC‑GTTATATGCAAATACTTCACGCGTCGGCTGGATTATCGCCGGCTCTGTTGACGGAATTAT‑GGTTGAAATCTGGAGCTACCATGCGTTGTTCTGGCTGGCGATAGGGATG‑TTGGGTATTGCG > NC_000913/3837639‑3838103
|
tgGGCGGCGAATAATCTCTACATGATAAATATGCCGCTATTTATTATTGATGAACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGa > 2:678428/1‑239 (MQ=255)
gATAAATATGCCGCTATTTATTATTGATGAACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAAt > 2:611053/1‑238 (MQ=255)
gATAAATATGCCGCTATTTATTATTGATGAACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGGGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGCCGGTTTGGTCGGAATTGCAAAATCTTaaa > 1:39954/1‑237 (MQ=255)
aTAAATATGCCGCTATTTATTATTGATGAACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGGGCTGGAATTGCAAATTTTTAAAGc > 1:233120/1‑239 (MQ=255)
tAAATATGCCGCTATTTATTATTGATGAACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGc > 2:688247/1‑238 (MQ=255)
tAAATATGACGCTATTTATTATTGATGAACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGCGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTCATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGCCGACTCCGGCGGTTGGCCGCGAATTGGAAATTTTTAATGcc > 1:514764/1‑239 (MQ=255)
aattgggccgtttttattATTTGTGAACTGGCTCTTACCCATAAAATGACTTGAGAAACGATGGGTATCGCTGCCGGGCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGACACGTATTGGCAAGCGATTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGCTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCAt < 1:871258/227‑1 (MQ=255)
aaTTTGCCTTTATTTTTTTTTGATGAACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATTATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCAt < 1:36368/239‑1 (MQ=255)
gttatttattCTTGATGAACTGGATCTAGCCGATAAACTGACTGGAGAAAGGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGGGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTg < 2:751591/237‑1 (MQ=255)
gttatttattATTGATGAACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTg < 2:788265/237‑1 (MQ=255)
gCTATTTATTATTGATGAACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGCCGACTCCGGCGGTTGGGCTGGAATTGCAAATTTTTTAAACCATCATCCCTg > 1:203847/1‑239 (MQ=255)
cTATTTATTATTGATGAACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGGGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTTAGCTGGGATTGCAAATTTTTAATGCCACTTCCCTTgg > 1:265431/1‑239 (MQ=255)
ttttttttttTGATGAACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGt < 1:611053/237‑1 (MQ=255)
tatttattATTGATGAACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGGGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGGCACGACACCGGCGGGTGAGGTGGGATTGGAAAATCTTAATGCCATCTTCCTTggg > 1:815285/1‑238 (MQ=255)
tttttttttgtgaACTGCTCTTAACCGTTAAACTGTCTGGAGAAATGATGGGTTTCCGTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGGTATTACAGGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTAtt < 1:431488/229‑1 (MQ=255)
tattatTGATGAACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTTCCAATTCTTAATGGACTCTTCCTTGGTAt > 2:874093/1‑237 (MQ=255)
tattGATGAACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATAGCAGGCTATTACATGAAACGTATAGGCAAGAGCCTATTAATGCTAATTGCTAACTGGAGTGGACTATGTTTTTGCGCAGGCGGACTCATGGCTACGCATCCGGGGGTTAGGCTGGAATGCCCAATTCTTAAGTCCGTTTTCCTTggagttt > 1:660626/1‑231 (MQ=255)
tgatgaACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCACCGTACTCATGGCGACAACTCCGGCGGTTGGTGTTGGATTGACAATTCTTAAATCCCACTTCCTTGGGATtc‑tccggg > 1:426272/1‑235 (MQ=255)
gttgactttcatgtaacgattAAACTGACTGGAAAAATGATTGGTCACGCTGCCGGTGTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGAATATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACACCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑gg < 1:244947/219‑1 (MQ=255)
atgaACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGCCGACTCCGGCGGTTGAGGGGGGATTGCAAATTATTAATGCAATCTACCTTGGGTTTG‑TCTgg‑ggg > 1:469680/1‑238 (MQ=255)
atgaACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGAACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCCAATGTTTAATGCAATTTTCCTTGTGATTC‑TCGGT‑gga > 2:695819/1‑238 (MQ=255)
atgaACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGGGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCaa > 2:267201/1‑203 (MQ=255)
atgaACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAAAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCaa < 1:267201/203‑1 (MQ=255)
taCTTCATTTTACCGATAAATGAACTGGAAAAATTATTGGTTTCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTCCATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATc < 1:860045/238‑1 (MQ=255)
tgtcttttaCCGATAAACGGACTGGAGAAATGTTTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGc < 1:558108/231‑1 (MQ=255)
tGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGc < 2:309787/239‑1 (MQ=255)
tGCATCTAACCGATAAACTGACCGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGc < 2:397924/239‑1 (MQ=255)
tGCATCTAACCGAAAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGc < 2:265431/239‑1 (MQ=255)
aaCCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGGGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTT‑TCTTT‑GGG‑ATCGGCAAT‑Cttt > 1:281682/1‑239 (MQ=255)
aTAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTACTGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGATCTGGGATTTCACATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTGTTC‑TCTGTGGGT‑AT‑GGCATG‑CTTTAtttt > 1:375765/1‑239 (MQ=255)
actgGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGGGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGGGCTGGAATTTCAAATTTTTAATGCCCACTTCCTTGGTATTT‑CCCGT‑GTG‑ATAGGCATG‑TTTTTTTTTTAGGACtt > 1:844791/1‑239 (MQ=255)
aaTGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTg < 2:368280/239‑1 (MQ=255)
tGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGGGGTTTGGAGTGAATTGCAAATTCTTAATGCCTCCTTCCTTGGTATTT‑GTTGT‑GGTAATCGG‑ATG‑GTTTTTTTTTGAGACTTGAGTCCTGaa > 1:825787/1‑239 (MQ=255)
ggTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGGGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGGTTTT‑TCTTT‑GGA‑TTCGGCTAT‑CTTTTTTTTTCGGCCTTTATGCCCTaaaaaaa > 1:774462/1‑238 (MQ=255)
cGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGGTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGct < 2:39954/239‑1 (MQ=255)
gCTGCCGTTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCCACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGctc < 2:375765/239‑1 (MQ=255)
ggTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGCGCTGGAATTGGAAATTCTTAATTCCATCTTCCTTGGTATTCTTCTG‑‑GGG‑ATCGGCAGC‑CTTATTTTTCAGGACTTATGGCGTGAAAAAAAAGGCCCTgagca > 1:130029/1‑235 (MQ=255)
ggTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGCTCTGCGAc < 2:774462/239‑1 (MQ=255)
tCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTTGGCTGGAATTGCAAATTTTTAATGCCATCTTCCTTGGGATTC‑TCTGTGGGT‑AT‑GGCAAGTCTTTTTTTTCGTGTCTTG‑TGCCTGaaaaaaaaagtttagcgcaaa > 1:246991/1‑224 (MQ=255)
gcTGGAAATTCCGGTGATGTTAATCGCAGGCTATTTCATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGCTCTGCGACa < 2:519517/237‑1 (MQ=255)
taaaagaagggtttttAATCGCAGGCTTTTTAATGAAGCGGATTGGCAAGCGACTATTAAAGCTCATTGCTATCGGGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGCTCTGCGACAAC‑GTta < 1:499724/225‑1 (MQ=255)
aattcacgatgtttttatgccAGTCTTTTTCATTAAAAGTTTTGGGAAGCGAATATTAAATCTCATTGGTAACGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCATCGTACTCATTGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTTGAATTGCAAATTCTTAATTCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGCTCTGCGACAAC‑GTta < 1:310953/218‑1 (MQ=255)
aaTTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGCTCTGCGACAAC‑GTta < 2:666515/238‑1 (MQ=255)
gttCCGATTATGTTAATCGCAGGCTTTTACATTAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATTCTAATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGCTCTGCGACAAC‑GTtata < 1:187766/238‑1 (MQ=255)
cgatgaatgtAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAACCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGGGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGCTCTGCGACAAC‑GTTATATGCa < 2:288448/230‑1 (MQ=255)
gTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGGTCTGCGCCAAC‑GTTATATGCAAATAAtt > 2:187766/1‑239 (MQ=255)
cGCCGGCTATTACATTAAACCTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCAGTGCTAACGGGAGGTGAATGTGTTTTTACGCCAGCTTACTCATGGCGACGATTCCGGCGTGTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGATATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGCTCTGCGACAAC‑GTTATATGCAAATACTTCAcgcg < 2:92671/239‑1 (MQ=255)
cAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGGCTTGATGCCTGAAAAAATAGGCTCTGCGACAAC‑GTTTTTTGCAAATAcctgtccttta > 2:499724/1‑229 (MQ=255)
ggCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGGATTC‑TCTGT‑GGG‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTTAAAAAATAGGCTCGGGGACAAA‑GTTATATGCAAATACTTCACACGTCg > 2:751878/1‑238 (MQ=255)
ttACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGCCCTGCGACAAC‑GTTATATGCAAATCATTCCCGCGTCGGCGGGa > 2:252665/1‑239 (MQ=255)
aCATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGCTCTGCGACAAC‑GTTATATGCAAATACTTCACGCGTCGGCTGGAtt < 2:203847/239‑1 (MQ=255)
aTGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGCTCTGCGACa < 2:275857/201‑1 (MQ=255)
aaCGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGCTCTTCGACAAC‑GTTATATGCAAATACTTCACGCGTCGGCTGGATTATCGcc > 2:402675/1‑239 (MQ=255)
aaCGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGCTCTGCGCCAAC‑GTTATATCCAAAAACTTCACGCCACGGCGGGATTAACGcc > 1:764691/1‑239 (MQ=255)
aaCGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGCCGGTTGAGATGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTT‑TCTGT‑GGG‑ATCGGAATG‑CTTTTTTTTAAGGACTTGTTGCCTTACAAAATAAGATCTGCGACAACGGTTAT‑TGCAAAAACTTccacggacgccgggattagaccc > 1:854806/1‑217 (MQ=255)
cGTTTTGGCAAGCGACTATTAATGTTCATTGCTTTCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGCTCTGCGACAAC‑GTTATATGCAAATACTTCACGCGTCGGCTGGATTATCGCCgg < 1:688247/239‑1 (MQ=255)
ttGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTAATC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCACGACTTGATGCCTTAAAAAAAAGGCTCTGCGACAAC‑GTTTATTTCAAATACTTCACCCGTCGGCTGGATTATACCCGGccct > 2:51869/1‑239 (MQ=255)
ggCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGCTCTGCGACAAC‑GTTATATGCAAATACTTCACGCGTCGGCTGGATTATCGCCGGCTCTGt < 2:246991/239‑1 (MQ=255)
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tCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGCTCTGCGACAAC‑GTTATATGCAAATACTTCACGCGTCGGCTGGATTATCGCCGGCTCTGTTGACGGAATTAT‑GGTTGAAATCTGGAGCTACCATGCGTTGTTCTGGCTGGCGATAGGGATG‑TTGGGTATTGCg < 2:699527/238‑1 (MQ=255)
|
TGGGCGGCGAATAATCTCTACATGATAAATATGCCGCTATTTATTATTGATGAACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGCTCTGCGACAAC‑GTTATATGCAAATACTTCACGCGTCGGCTGGATTATCGCCGGCTCTGTTGACGGAATTAT‑GGTTGAAATCTGGAGCTACCATGCGTTGTTCTGGCTGGCGATAGGGATG‑TTGGGTATTGCG > NC_000913/3837639‑3838103
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
