Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F191 I0 R1
|
49 |
68.0 |
1456600 |
97.2% |
1415815 |
140.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,679,462 |
(A)8→7 |
100% |
intergenic (+334/‑55) |
USA300HOU_2535 → / → USA300HOU_2536 |
hypothetical protein/possible secretory antigen |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,679,455 | 0 | A | . | 92.4%
| 310.3
/ 14.8
| 78 | intergenic (+327/‑62) | USA300HOU_2535/USA300HOU_2536 | hypothetical protein/possible secretory antigen |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/5); new base . (47/25); total (47/31) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.21e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. |
TTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTATCA > CP000730/2679316‑2679590
|
ttGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTa > 1:699755/1‑140 (MQ=255)
cTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTCTTGTTGATTGCTTCCATTGTTTTCTaacaaaatt > 2:35542/1‑138 (MQ=255)
attaCATTTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGAGTGCTTAACTTGTTTTCTAAAAAAAtttg < 2:442865/137‑2 (MQ=255)
aTGACAATTAAGTGGTAAATACCTGAATTTCTACATTCTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTAAAAAAAtttg < 2:176337/140‑2 (MQ=255)
tGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGt > 1:656712/1‑140 (MQ=255)
gACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGtt > 1:34125/1‑140 (MQ=255)
cAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACTATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTAt > 1:438544/1‑140 (MQ=255)
cAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTAt > 1:305905/1‑140 (MQ=255)
ttaattGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCAt < 2:517560/140‑1 (MQ=255)
taattGTTAAATACATCAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAAGTCAACACTGTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATa < 2:173691/140‑1 (MQ=255)
attGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAAt > 2:307982/1‑140 (MQ=255)
ttGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAAtt > 1:565655/1‑140 (MQ=255)
tGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTa > 2:409386/1‑140 (MQ=255)
ttAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTATTATTTCATCAAAGTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATAATAATTaaa > 1:312792/1‑139 (MQ=255)
aaTACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACGGTTTCTAATATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATGATTAACGtt > 1:167568/1‑140 (MQ=255)
aTACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGCTTGGTTACAATGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTg > 1:198637/1‑140 (MQ=255)
aTACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTg > 1:308430/1‑140 (MQ=255)
aTGAATTTTTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATa < 1:29322/140‑1 (MQ=255)
aTGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGaaaa > 1:152459/1‑138 (MQ=255)
gAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATaaa < 1:7185/140‑1 (MQ=255)
gAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATaaa < 1:354945/140‑1 (MQ=255)
tttCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGaa < 1:575371/140‑1 (MQ=255)
cATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAAt > 1:434625/1‑140 (MQ=255)
cATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAAt > 1:653268/1‑140 (MQ=255)
cATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAAt > 1:540422/1‑140 (MQ=255)
aTTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAAtt < 2:5962/140‑1 (MQ=255)
ttATGAAAAAATACAGTTTTAATACAATTCAACACTTTATATGAGAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAAc < 1:479261/140‑1 (MQ=255)
tGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTg < 2:577143/140‑1 (MQ=255)
cATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATaaaa < 2:656149/140‑1 (MQ=255)
tttttATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAAt > 2:588193/1‑140 (MQ=255)
ttttATTACAATTCAACACTTTCTCTGGGAACATCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCTTATTTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATg > 1:352560/1‑140 (MQ=255)
attaCAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAat < 2:305905/140‑1 (MQ=255)
ttaCAATTCAACACTTTATATGACAAATTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAata > 2:699263/1‑140 (MQ=255)
taCAATTCAACACCTTATATGACAACCTCAATGAAGTTAGTTTTAATCCTTATTTCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGTAGATAAAAATGGAatat < 2:150229/140‑1 (MQ=255)
aCAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAAtata > 1:584697/1‑140 (MQ=255)
aCAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAAtata < 1:330918/140‑1 (MQ=255)
aaCACTTTATATGACTACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGAt > 1:539512/1‑140 (MQ=255)
aaCACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGAt > 1:468050/1‑140 (MQ=255)
cacTTTATATGACATCTTCATTACCGTTACTTTGATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGATAAAAAAAAAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATAc < 2:376978/140‑1 (MQ=255)
cacTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATAc > 1:606853/1‑140 (MQ=255)
cacTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATAc > 1:587299/1‑140 (MQ=255)
acTTTATATGACTAGTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACt > 2:337469/1‑140 (MQ=255)
acTTTATATGACAAGTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACt > 1:388801/1‑140 (MQ=255)
acTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACt > 1:664016/1‑140 (MQ=255)
acTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTACTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAACAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACt > 2:224595/1‑140 (MQ=255)
cTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTa > 2:115364/1‑140 (MQ=255)
ttATATGACAACTTCATTACAGTTATTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTT‑TTAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACTTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAAt < 1:444342/140‑1 (MQ=255)
ttATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTCGGACAGCAAAATGGAATATAAAAAGATACTAAt < 2:699755/140‑1 (MQ=255)
ttATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATCTTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATATTAAt < 1:494431/140‑1 (MQ=255)
tatGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCg > 2:437870/1‑140 (MQ=255)
atGACTACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGt < 2:421552/140‑1 (MQ=255)
atGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGt > 1:427166/1‑140 (MQ=255)
cTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGACAAAAATGGGATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTaa < 1:661894/140‑1 (MQ=255)
aTTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAACATTTCTTATCCTAACTAACGTTGAATAAAGACCCAAATGAAATTGGGAGAAGAAAAGGGAAGACAAAAGAATACTAAGTCGATTATTAATTGc > 2:422155/1‑140 (MQ=255)
aTTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTATTTCGTTTATTAATTGc > 2:222329/1‑140 (MQ=255)
aTTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGAAATATAAAAAGAAACTAATTCGTTTATTAATTga > 1:82062/1‑139 (MQ=255)
aTTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGATGAATAAAGAAAAAAATTAAATTGGGAGATAAAAAGGAGATATGAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGc > 2:685254/1‑140 (MQ=255)
ttACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCt > 2:332895/1‑140 (MQ=255)
ttACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCt > 1:383156/1‑140 (MQ=255)
ttACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATGAATTGCt > 1:384817/1‑140 (MQ=255)
ttACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAAATACTAATTCGTTTCTTAATTGCt > 2:332896/1‑140 (MQ=255)
ttACAGTTACTTTTATTGGTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTAAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTgat > 2:83868/1‑138 (MQ=255)
tACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTACtt > 1:490119/1‑140 (MQ=255)
cTTTTATTGTTGATTACTTAAAAAATATT‑AAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTa < 2:673114/140‑1 (MQ=255)
tttATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACt > 1:1995/1‑140 (MQ=255)
ttgATTGCTTACATTGATTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTca < 2:52180/140‑1 (MQ=255)
ttaatactaaCATTATTTTC‑AAAAAAAATTTGTTATCAAAATTAACAAGGAAAAAAGAAAAAAATTAACTGGGGAGACAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCTTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCCcag < 2:352560/131‑1 (MQ=255)
ttaTTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATGATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCATTACTTTTCTcag < 1:513874/138‑1 (MQ=255)
tcaTTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTcag < 1:606192/138‑1 (MQ=255)
gATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAATTTTGTTATCATAATTAACGTTCAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTcagc < 1:165024/140‑1 (MQ=255)
gATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGGAGTACTTTTCTcaag > 2:303544/1‑138 (MQ=255)
aTTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTcagca < 1:409386/140‑1 (MQ=255)
tcTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGAt < 2:540422/139‑1 (MQ=255)
cTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGAtt < 1:337469/140‑1 (MQ=255)
tACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTc > 2:716030/1‑140 (MQ=255)
tACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTc > 2:104567/1‑140 (MQ=255)
tACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAAGAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTc > 2:387767/1‑140 (MQ=255)
gTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAAAGGAATATAAAAAAATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTAt > 1:51477/1‑140 (MQ=255)
ttttCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTATc < 2:346993/140‑1 (MQ=255)
tttCT‑AAAAAAATTTTTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTATCa > 1:538391/1‑140 (MQ=255)
|
TTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTATCA > CP000730/2679316‑2679590
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
