Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F169 I0 R1
|
132 |
34.5 |
794130 |
89.8% |
713128 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,679,462 |
(A)8→7 |
100% |
intergenic (+334/‑55) |
USA300HOU_2535 → / → USA300HOU_2536 |
hypothetical protein/possible secretory antigen |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,679,455 | 0 | A | . | 97.0%
| 139.8
/ ‑1.6
| 33 | intergenic (+327/‑62) | USA300HOU_2535/USA300HOU_2536 | hypothetical protein/possible secretory antigen |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base . (17/15); total (17/16) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.90e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. |
GTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCTAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTA > CP000730/2679318‑2679587
|
gTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAATTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCTaaaa > 1:102182/1‑141 (MQ=255)
tctattaattGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAATAATCCATTTTTATTACGATTCAACACTTTATATGACATCTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGGTTAAATTG‑‑TATTAT‑AAAAAAATTTGTTAt < 2:9720/138‑1 (MQ=255)
aCAATTAACTATTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTAt < 2:9639/141‑1 (MQ=255)
cAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATc < 1:375635/141‑1 (MQ=255)
aattGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑‑AAAAAATTTGTTATCATAAtt > 1:192348/1‑141 (MQ=255)
attGTTAAATACATAAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAAtt > 1:260111/1‑141 (MQ=255)
gTTAAATACATGAATTTCTACCTTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAAc < 1:181257/141‑1 (MQ=255)
tAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGt < 1:211832/141‑1 (MQ=255)
aTACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGa > 1:314038/1‑141 (MQ=255)
aTGAATTTCTACATTTTGTTAAAAAAGCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATaa < 2:394617/141‑1 (MQ=255)
aTGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTATAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATaa > 2:121127/1‑141 (MQ=255)
cTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGaaaaaa < 1:177752/141‑1 (MQ=255)
tACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGaaaaaaa < 1:324434/141‑1 (MQ=255)
acaaaaaaagAAAAAATCGGATTTTATTAAAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTAAAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTA‑AAAA‑‑AAAAAAAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAAt < 2:394786/132‑1 (MQ=255)
aCATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAAt < 2:238083/141‑1 (MQ=255)
cATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAAtt < 1:308038/141‑1 (MQ=255)
aaaaaaTCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATAAGAAAAATTTTTTAATATTTATTTTATTTTTGATTTCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGga < 2:278579/141‑1 (MQ=255)
tttATTACACTTCCACACTTTATATGACACCTTCCTTACTGTTAC‑CTAAATG‑TCAACACTATCATTGCAATTTCT‑AACAAAATTTGTTCTCGTAATTAACTTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGa < 2:380187/141‑1 (MQ=255)
attaCAATTCAACACTTTATATGACCACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAata < 2:394692/141‑1 (MQ=255)
attaCAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACCGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAata < 2:394757/141‑1 (MQ=255)
ttCAACACTGTATATGACAAGTTCATTACAGCTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATaaaaaa > 2:299359/1‑140 (MQ=255)
tctaaCACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCCTAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAAATTGGTGGATAAAAATGGAGTATAAAAAg > 2:299419/4‑141 (MQ=255)
cacTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACt > 1:316698/1‑141 (MQ=255)
atatGAAAACTTCTGTACATGTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAAAAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCg < 1:173371/141‑1 (MQ=255)
cATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGc > 2:376373/1‑141 (MQ=255)
cATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGc > 2:344607/1‑141 (MQ=255)
aTTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATAATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCt > 1:92366/1‑141 (MQ=255)
aCAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCtttt > 2:345535/1‑141 (MQ=255)
ttttATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACt > 2:106295/1‑141 (MQ=255)
ttgttgATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTtct > 2:318645/1‑141 (MQ=255)
tgATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTcagc > 1:117003/1‑141 (MQ=255)
ttACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTATCGATGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTc > 2:65023/1‑141 (MQ=255)
ttACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTc > 2:320268/1‑141 (MQ=255)
ttG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGGATACAGAAAATCCGTCACTGGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTGATCGGCTTGTGAGTGGCGTTGGCAGTACTATCCTCAGCAGAGGTCACTTa > 1:132119/1‑141 (MQ=255)
|
GTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCTAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTA > CP000730/2679318‑2679587
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
