Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F184 I0 R1
|
46 |
69.8 |
1527574 |
94.8% |
1448140 |
140.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,241,539 |
T→C |
60.8% |
intergenic (‑182/+284) |
murZ ← / ← fbaA |
UDP‑N‑acetylglucosamine 1‑carboxyvinyltransferase/fructose‑bisphosphate aldolase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,241,539 | 0 | T | C | 60.8%
| 32.7
/ 66.9
| 64 | intergenic (‑182/+284) | murZ/fbaA | UDP‑N‑acetylglucosamine 1‑carboxyvinyltransferase/fructose‑bisphosphate aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/11); new base C (18/21); total (32/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.83e-02 |
TAGCATTATAAATTAATTTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCACAATCAATTTTG > CP000730/2241403‑2241672
|
taGCATTATAAATTAATTTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTGGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGATGTTCTTCCCCACTTATACATGGt > 2:25688/1‑140 (MQ=255)
gCATTATAAATTAATTTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCt < 2:721822/140‑1 (MQ=255)
gCATTATAAATTAATTTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCt < 2:561852/140‑1 (MQ=255)
gCATTATAAATTAATTTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAACATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCt > 2:423787/1‑140 (MQ=255)
gCATTAGAAATTAATTTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAATTCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTGCTAATATATGCTGTTCTTCCCCTCTTGACCACTGTCt < 2:50178/140‑1 (MQ=255)
tatacaagaactttACTTTATGTTTAAAATAGGTTATTGTAATCGTTAAAATCGTGTCTTTCTATTTTCGAGTGAGTAATAACAAATCATTCACCTTTATTAATATATGCTTTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAg < 2:684372/129‑1 (MQ=255)
taatttaattTTATTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTc < 1:102704/140‑1 (MQ=255)
atttaattTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTCTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTg < 2:652648/138‑1 (MQ=255)
aattTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATAATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGatta > 1:232000/1‑140 (MQ=255)
aCTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAAc > 1:597683/1‑140 (MQ=255)
aCTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAAc > 1:66401/1‑140 (MQ=255)
cTTTTTTTGTAAAATAGTTTGTTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACt < 1:170793/140‑1 (MQ=255)
aTTTTTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATTCTGTTCTTCACCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTTAat < 2:11739/140‑1 (MQ=255)
aTTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAat < 1:182417/140‑1 (MQ=255)
gTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTg < 1:501421/140‑1 (MQ=255)
taaTAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCGTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACg < 1:592413/139‑1 (MQ=255)
aaaTAGTTTATTTTAATCTTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACg < 2:330092/140‑1 (MQ=255)
aaTAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCCATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACgt < 2:749820/140‑1 (MQ=255)
aGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTGCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACgttgt < 1:162467/140‑1 (MQ=255)
gTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTTTTAATCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTATTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTATAAATTTACgttgtt > 2:349493/1‑140 (MQ=255)
ttATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGtttt > 2:39065/1‑140 (MQ=255)
tATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTg < 2:626123/140‑1 (MQ=255)
ttAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTGTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAGCTAAATATTGACGTTGTTTTGACaa > 1:467001/1‑140 (MQ=255)
aTCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAatta > 2:446411/1‑140 (MQ=255)
aTCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTAACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAatta > 1:68669/1‑140 (MQ=255)
ttAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTa < 2:243133/140‑1 (MQ=255)
aagcTTATCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAGTCTGGGGGTTTTTGTGACAATTATTTAGttt < 2:734604/137‑1 (MQ=255)
ttGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAAt > 1:640560/1‑140 (MQ=255)
ttGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAAt > 1:163729/1‑140 (MQ=255)
gTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCCCCTTTACTAATACATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTGGTGTTGAAAATTATTTAGTTTTAATTc < 2:502925/140‑1 (MQ=255)
tCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTATTATATGCTGTTCTTCCCCAATTGACCACGGTCTAAATTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCt < 1:405066/140‑1 (MQ=255)
tCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCt < 1:84838/140‑1 (MQ=255)
ttCTATTTGCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACg < 2:528271/140‑1 (MQ=255)
gattgattAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGt < 1:39065/140‑1 (MQ=255)
tgattAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTTACGTaaa > 1:724710/1‑140 (MQ=255)
taaCAAATCATTCATCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACcttttt < 1:25688/140‑1 (MQ=255)
aCAAACCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTCCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCa < 2:523851/140‑1 (MQ=255)
aaaTCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATa > 2:702207/1‑140 (MQ=255)
aaTCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATaa > 2:729591/1‑140 (MQ=255)
tCATTCACCGTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTGGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATaact > 1:557953/1‑138 (MQ=255)
cATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAATTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAAtt > 1:98901/1‑140 (MQ=255)
ttCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGCTTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGc > 1:117579/1‑140 (MQ=255)
tCACCTTTACTAATATACGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGAATATTCAACTAAATATGGACGTTGTCTTGACAATTATTTAGCTTTGATTCTACGGATTTCACGTAAATTTTTTTCTTAATTTGCt > 2:67032/1‑140 (MQ=255)
cTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCAACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTGAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCAtt < 1:632485/140‑1 (MQ=255)
tttACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTTACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAAGATTGACGTTGTGTTGACTATTATTTAGTTGTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCAttt < 2:66401/140‑1 (MQ=255)
tttACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCAttt < 2:597683/140‑1 (MQ=255)
gtgcTAATATTTGCTGTTCTTCCCCTCTTGGCCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTGTTTTCATAAATTGTTCAtttt < 2:219044/137‑1 (MQ=255)
tACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTc < 1:288308/140‑1 (MQ=255)
ttAATATATGCTTTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGGTTTGACAATTATTTATTTTTAATTTTACTGTTCTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTTCTCATTTTCCt < 2:249041/139‑1 (MQ=255)
cTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTACTTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATtata > 1:288037/1‑140 (MQ=255)
cTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATtata > 2:31861/1‑140 (MQ=255)
cTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATATTCCTTATAATtata > 1:157402/1‑140 (MQ=255)
gTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTTTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATTAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATc > 2:227579/1‑140 (MQ=255)
gTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGTCTATTTTCCTTATAATTATATc > 1:215079/1‑140 (MQ=255)
gTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATc > 2:198025/1‑140 (MQ=255)
cttcCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATcaca < 1:446411/140‑1 (MQ=255)
cttcCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTATTCGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATtaca > 2:175465/1‑140 (MQ=255)
ttcCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCAcaa < 1:574234/140‑1 (MQ=255)
ccccACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCAcaatc > 2:484183/1‑140 (MQ=255)
ccccACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCAAGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCAcaatc > 1:397255/1‑140 (MQ=255)
ccACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGCCGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCAcaatcaa > 1:221086/1‑140 (MQ=255)
ccACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGATGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTGACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCAcaatcaa > 2:41997/1‑140 (MQ=255)
cTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATGTCACAATCAAttt > 1:543019/1‑140 (MQ=255)
tGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCACAATCAATTTTg > 2:169770/1‑140 (MQ=255)
|
TAGCATTATAAATTAATTTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCACAATCAATTTTG > CP000730/2241403‑2241672
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
