Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F184 I0 R1
|
46 |
69.8 |
1527574 |
94.8% |
1448140 |
140.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,709,576 |
C→T |
93.7% |
G451S (GGT→AGT) |
USA300HOU_2562 ← |
possible acetyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,709,576 | 0 | C | T | 93.7%
| 271.2
/ 4.3
| 100 | G451S (GGT→AGT) | USA300HOU_2562 | possible acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/5); new base T (53/40); total (55/45) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.38e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
TTTTTTAGCATAGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGT > CP000730/2709439‑2709712
|
ttttttAGCATATTCTTTATATTCCGATTCCACAATTGGTGTACCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAACCTGTCCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTaa < 2:574265/140‑1 (MQ=255)
tttttAGCATAGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAAt < 1:15807/140‑1 (MQ=255)
gCATAGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAg > 2:668038/1‑140 (MQ=255)
aTAGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAgtg > 2:512754/1‑140 (MQ=255)
aGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCTATATCCACCATGACCGAGTCACTCATTCATTgtggt > 2:116140/1‑140 (MQ=255)
aGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCCGTAATTAATAggtgt > 2:490759/1‑136 (MQ=255)
gccTTTATATTCCGATTTCCCAATTGGTGTAGCAGCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTTCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAgtggtg < 2:303480/138‑1 (MQ=255)
gTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAgtggtg < 2:321435/140‑1 (MQ=255)
tttATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGtgatg < 2:363392/140‑1 (MQ=255)
tttAAATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTGACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTACTTAATAGTGGtgatg > 2:464416/1‑140 (MQ=255)
ttATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACTATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAGAGACATTACCAATATGCACCATGACCGAGTCACTAATTAATTGTGGtgatgt > 2:268212/1‑139 (MQ=255)
ttATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGtgatga < 1:405563/140‑1 (MQ=255)
ttATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGtgatga > 2:267785/1‑140 (MQ=255)
ttATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAAACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGtgatga > 1:588080/1‑140 (MQ=255)
ttATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAAATTTACCATCAATTTGTGAATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGAAATTACCAATATCCACCATGACCGACTAACTAATTAATAATGGtgatga > 2:283267/1‑140 (MQ=255)
tataTTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGGCGTCCCACTTTACCATCAATTTGTGCACTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCACTATCCACCATGGCCGAGTCACTAATTAATAGAGGTGATGAc > 2:485015/1‑140 (MQ=255)
acactgctctttCACAATTGGAGTAGCATCAACGAGTTGCCTTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACt < 2:408500/131‑1 (MQ=255)
tatTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACtt > 1:108377/1‑140 (MQ=255)
atTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCAGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACttt > 1:487896/1‑140 (MQ=255)
ttGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACtttt > 2:704040/1‑140 (MQ=255)
cGATTTCACAATTGTTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTCCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTaa < 1:167475/140‑1 (MQ=255)
cacaATTGGTGTAGCATCAACGATTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGGGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGATCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCct < 2:337529/140‑1 (MQ=255)
cacaATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATTTCct > 2:652846/1‑140 (MQ=255)
cacaATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTACTGACTTTTTAATATCct > 2:226560/1‑140 (MQ=255)
acaATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCctc > 2:89159/1‑140 (MQ=255)
caATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTCATTAATAGTGGTGCTGACTTTTTAATATCccct > 2:428173/1‑140 (MQ=255)
caATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCctct > 1:582532/1‑140 (MQ=255)
caATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCctct > 2:468988/1‑140 (MQ=255)
caATTGGTGCAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCCTCAATTTGTGCATTTGGCATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCCGGTCACTACTTAATATTGCTCATGACTTTTCAATATCctct > 2:553163/1‑140 (MQ=255)
tgtAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTAt > 1:329103/1‑140 (MQ=255)
tgtAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTAt > 1:207686/1‑140 (MQ=255)
gtAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTAtt < 2:714394/140‑1 (MQ=255)
gCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCTATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGc < 1:473661/140‑1 (MQ=255)
aCGTGTTGCCGTCCAACTTTCCCATCTATTTGTGCATTTGGAATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTAACTAATTAATAGTATTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTg < 2:260753/140‑1 (MQ=255)
cGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTCATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGc > 1:373355/1‑140 (MQ=255)
gAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGTAATTCCCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCt < 1:553198/140‑1 (MQ=255)
gAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCt > 2:714987/1‑140 (MQ=255)
gTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTTCATCTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTATCAATATCCACCATGACCACGACACTAATTAATAGAGGTGAGGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCttg > 1:573594/1‑139 (MQ=255)
gTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTATGCTTa > 1:155913/1‑140 (MQ=255)
ccGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCct > 1:445249/1‑140 (MQ=255)
aaCTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCACTATCCAGCATGACCGAGTCACTACTTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTATTTGCTATTCGCTGTCTGCTCATCCTCTTGCt > 2:423794/1‑140 (MQ=255)
aaCTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTTTCTACTTTTCCGCTGGCt > 2:632117/1‑140 (MQ=255)
aaCTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCt < 2:630130/140‑1 (MQ=255)
cTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCGGTCTGCTTATCCTCTTGCGTa > 2:203254/1‑140 (MQ=255)
cTTGACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGAAGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTa > 1:546636/1‑140 (MQ=255)
ttACCATCTATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATc < 1:22790/140‑1 (MQ=255)
tgaCCATTCATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATGAACAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATc < 1:269607/138‑1 (MQ=255)
tACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCt > 1:50091/1‑140 (MQ=255)
tccATCAATTTGTTCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACTATGACCCAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCtt < 1:396978/139‑1 (MQ=255)
aTCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCttttt < 1:668038/140‑1 (MQ=255)
aTCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTAGCTGTTTGCTTATACTCTTGCTTATCttttt > 1:266666/1‑140 (MQ=255)
tCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCtttttt < 2:645068/140‑1 (MQ=255)
gtgCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGGCCGCGCCCCCAATTACTAGTGGTGATGACTTTTTAATATCATCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGATTATCTTTTTTAACGACt > 2:58346/1‑140 (MQ=255)
gtgCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACt > 1:468728/1‑140 (MQ=255)
tgCATTTGGTATTTTCTTAGTACAGTCATTACTCATATCCACCATGACATACTCCCTAATGAATAGTTCTGATGACGTTTTATTATCCTCTTTGCTACTCGAGGTCTGCTTATCGTCTTGCTTATCTTTTTTAAGTACtt > 2:149444/1‑140 (MQ=255)
tgCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACtt > 2:608553/1‑140 (MQ=255)
gCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTTActttttt > 2:236508/1‑134 (MQ=255)
gCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACttt > 1:657309/1‑140 (MQ=255)
gCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATATTCATCGGTTAACACACTTTGTTTGTCCTCGTACATATCTTTTTTAACGACttt > 1:357810/1‑140 (MQ=255)
tttgTATTTTCTTAGTATAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTttc < 1:469444/137‑1 (MQ=255)
ggTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCCCTGTCTGATTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACTACTTTTttctt > 1:247825/1‑140 (MQ=255)
gTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTCATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTttcttc < 1:512754/140‑1 (MQ=255)
tATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTATTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCg > 1:99672/1‑140 (MQ=255)
ttAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCATCGTTGtttt > 1:344023/1‑140 (MQ=255)
ttAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTGTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGtttt < 2:207974/140‑1 (MQ=255)
tAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTa < 1:664949/140‑1 (MQ=255)
tAAAGACATTACCAATATCCAGCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAAt < 1:454244/140‑1 (MQ=255)
tAAAGACATTACCAATATCCAGCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAAt < 1:161690/140‑1 (MQ=255)
aacaCATTACCAATATCCTCCATGACTGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGAGTTTTTGCTTCGTTGTTTTAAATTc < 1:485015/137‑1 (MQ=255)
ccATTACCAATTTCCACCATGCCCTGGTCACTAATTAATGGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTACCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGt < 1:304922/139‑1 (MQ=255)
aCATTACCAATATCCACCATGACCTAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTCTTTTCTTCGCTGTTTTAAATTCCGt < 1:381648/140‑1 (MQ=255)
aCATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGt < 1:381753/140‑1 (MQ=255)
aCATTACCAATATACACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTAGCTTTTTTCACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATGCCGt < 1:543904/140‑1 (MQ=255)
ttACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGtctt > 1:403465/1‑140 (MQ=255)
tACCAATATTCACCATTACCGGGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGtcttc < 1:283267/140‑1 (MQ=255)
tACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATTCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGtcttc < 1:267785/140‑1 (MQ=255)
aaTATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGtcttcttct < 1:489129/140‑1 (MQ=255)
tatCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATCCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTctct > 1:93585/1‑140 (MQ=255)
caccaTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCtctttct < 2:445249/140‑1 (MQ=255)
caccaTGACCGAGGCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCGTTCTGCTTATCCTTTCGCTTATCTTTTTTAACGTCTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCtctttct < 2:230447/140‑1 (MQ=255)
accaTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCtctttctt < 1:537333/140‑1 (MQ=255)
accaTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTATCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGAATTTTTTTTTCATTGATTTTAATTCCGTCTTCTTTtcttcctt > 1:469863/1‑140 (MQ=255)
ccaTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTttcttc > 1:467538/1‑140 (MQ=255)
ccaTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTttcttc > 1:85323/1‑140 (MQ=255)
ccaTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTttcttc > 2:411731/1‑140 (MQ=255)
ccaTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGAATTTTATATTCGAGGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTttcttc > 2:414181/1‑140 (MQ=255)
caTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTtcttct < 1:714987/140‑1 (MQ=255)
attaCCGAGTCATTAATTAAAAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTTCTTATCTTTTTTACCGCCTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCTTCTTCTTCTCTTTCTtctc < 2:433570/137‑1 (MQ=255)
aTGCCCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTGTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGAATTTTTCCTGCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTtctc < 2:311447/140‑1 (MQ=255)
aTGACCGCTTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTTTTTTAAATTTCGCCTTCTTCTCTTTCTtctc < 2:350589/140‑1 (MQ=255)
aTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACCTTTTTATTTGTTGTTTTACATTCCGTCTTCTTTTCTTTCTtctc < 2:68047/140‑1 (MQ=255)
tGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTCTTCGCTGTCTGATTATACTCTTGCTTATCTTTTTTAATAACTTTTTTTTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTATTCTCTTtctcctgt > 2:377409/1‑138 (MQ=255)
aCCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGc > 1:283815/1‑140 (MQ=255)
ccGACTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCGCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCt > 1:519691/1‑140 (MQ=255)
gAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGCCTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTc < 2:670304/140‑1 (MQ=255)
aGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCa > 1:337658/1‑140 (MQ=255)
gTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCAt < 1:652846/140‑1 (MQ=255)
gTCACTAATTAATAGAGGTGATGACTATTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCATATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTTGTTGTTTTAAATTCCGACTTCTTCTCTTTCATCTCGCCTTCAt > 2:644577/1‑140 (MQ=255)
cACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCGTCTCGGCTTCAtgt < 1:397861/140‑1 (MQ=255)
cACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCATCTCGGCTTCAtgt < 1:397872/140‑1 (MQ=255)
|
TTTTTTAGCATAGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGT > CP000730/2709439‑2709712
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
