Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F166 I0 R1
|
50 |
63.8 |
1389156 |
94.9% |
1318309 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
973,213 |
C→A |
100% |
E175* (GAG→TAG) |
USA300HOU_0930 ← |
possible HAD superfamily hydrolase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 973,213 | 0 | C | A | 100.0%
| 227.9
/ ‑6.5
| 73 | E175* (GAG→TAG) | USA300HOU_0930 | possible HAD superfamily hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (49/22); minor base T (1/1); total (50/23) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTCAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGATTACCC > CP000730/973078‑973349
|
cTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAatat > 2:340409/1‑141 (MQ=255)
ttCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATg > 1:33058/1‑141 (MQ=255)
ttCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTATAACTTGCTCAATGCCTCTTGATTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATg > 2:409451/1‑141 (MQ=255)
tcatcaCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCCCGTTTTCCAATTTCAATGACAGGGCATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGa > 2:518930/1‑141 (MQ=255)
tcagaaCCGAATGCAATAATATTGTTTCGGTCAATATTTAAAAATTGACTAACATGCTCAATGCCTCCTTCTTTATTAATACCAAATTTTACAATTTCAATGCCAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGGCGGTGCTAAATGTGa > 2:295419/6‑141 (MQ=255)
catcaCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCAAAATATGAt > 2:71663/1‑141 (MQ=255)
caCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGTATGGGGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCgg > 1:299723/1‑141 (MQ=255)
aTGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATaaa < 2:30206/141‑1 (MQ=255)
cAATAATATTATTTCGGTACATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAAt < 2:341736/141‑1 (MQ=255)
attattTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACGAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAACTATGATCGGCATAAAAATGAGTAAg > 2:329435/1‑141 (MQ=255)
ttattTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGc < 1:671159/141‑1 (MQ=255)
attTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCat > 1:362668/1‑141 (MQ=255)
tCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGATAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCatagt > 2:549887/1‑139 (MQ=255)
ggTCAATATTTAAAAACTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACGATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATAtttt < 1:92264/141‑1 (MQ=255)
ctatTTAAAAATTGTCTCACTTGCCCAATGCCTCCTGCTTTATTAATACCCAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTCCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGCACCGAACAGATATGAGTAAGAATCTTTTTGAtt > 2:142172/2‑141 (MQ=255)
atatTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTGTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATTACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGAAGCTAAATATGATCGGCAGAAAAATGAGTAAGCATTATTTTGCtt > 1:88319/1‑141 (MQ=255)
atatTTAAAAATTGACTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGAtt > 1:364003/1‑141 (MQ=255)
tAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCCTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTACAgg < 1:472092/141‑1 (MQ=255)
tGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTa > 1:121859/1‑141 (MQ=255)
cAATGCCTCCATTTTAATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCtt > 2:323737/1‑141 (MQ=255)
aTGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCa > 2:264022/1‑141 (MQ=255)
aTGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGAGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCa > 1:559283/1‑141 (MQ=255)
ccTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAAtt < 1:316869/141‑1 (MQ=255)
tGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCGGGTATTTTGAGTTCTGCGGCTTCAATTAAAAt > 1:40212/1‑141 (MQ=255)
ttttATTACTAGCAGTTTTAACATTTTCACTGCTACGGAACTTTTCGGCCCAGCGTCTCTGCGTAATGTTATCGGCATAAAAATGAGTATGCATATTTTTGATTCCAGGGATTTGACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTg < 2:294527/140‑1 (MQ=255)
gttgattaATCCCGAGTTTTACAATTTCAATGGCAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCGAATTATCATCTGCATAAAAATGTGTAAGCTTTTTTTTGAGTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTg < 2:294497/137‑1 (MQ=255)
taATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAg < 2:638828/141‑1 (MQ=255)
aTACCAAGTTTTACAATTTCAATGAGAGTGCATGATGAGCCCCAGAATCGATGTTTGATGTGATCGGCATGAAAATGAGTAAGCATGTTTTTGAGTTCAGGGAGTTTGTTTTTTTAGGACTCATTTATAATTGAGATAggg > 2:197969/1‑141 (MQ=255)
aTACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTTAAATTGAGGTAggg > 1:78941/1‑141 (MQ=255)
aTACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAggg < 1:537053/141‑1 (MQ=255)
aTACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAggg < 2:269906/141‑1 (MQ=255)
aCCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGa > 1:243455/1‑141 (MQ=255)
aCCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGa < 1:506368/141‑1 (MQ=255)
aCCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGa > 2:184671/1‑141 (MQ=255)
cAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCGATTAAAATTGAGGTAGGGGAtt > 2:108230/1‑141 (MQ=255)
aGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCt > 2:403084/1‑141 (MQ=255)
aGTTTTACAATTTCAAGGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCt > 1:348870/1‑141 (MQ=255)
attttACAATTCCAATGAAACGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAAGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAAATGAGGTACGGGATTCtt < 2:290387/140‑1 (MQ=255)
attccaCAATATCAATAACAAGGAATGGTGCGCCCCAGCCACGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGGATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCtt < 2:175327/136‑1 (MQ=255)
ttttACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCttt < 1:118326/141‑1 (MQ=255)
ttttACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTGTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGTGGTAGGGGGTTCttt > 1:300320/1‑141 (MQ=255)
ttttACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATAGTTTTGATTTCGGGATTTTTACTCTCTTCGGTTTCCAGTAAATTTGCGGTAGGGGGTTCgtt > 2:441886/1‑141 (MQ=255)
ttttACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATAAGTAAGCATCTTTTTGATTTCAAGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCGATCAGAATTAAGATAGGGGAATCctt > 2:108527/1‑141 (MQ=255)
tttACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTc > 1:265967/1‑141 (MQ=255)
tttACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCATCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTc > 1:235942/1‑141 (MQ=255)
tACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCaa > 2:4484/1‑141 (MQ=255)
aCAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAg > 2:483405/1‑141 (MQ=255)
aCAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTCCAATTAAAATTGGGGTAGGGGATTCTTTCAAg > 1:569766/1‑141 (MQ=255)
aCAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATGTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAAGTGAGGTAGCGGCCTCTTTCagg > 2:476409/1‑139 (MQ=255)
aCAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATAATAGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAg > 1:684708/1‑141 (MQ=255)
cAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGt > 1:627640/1‑141 (MQ=255)
aTTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAACATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTgg > 2:23410/1‑141 (MQ=255)
aTTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTgg < 1:146745/141‑1 (MQ=255)
aTTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTgg > 2:404066/1‑141 (MQ=255)
aTTTCAATGACAGGGAATGATGCGCCCCCCCGTCGATGCTAGATAAGAACGACAGAAAAAGCAGTAACCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTCCTTTCTTCGCCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGACTATTTCAATTgg > 2:78738/1‑141 (MQ=255)
tttCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTAATTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTATTTCAGGTGGa > 1:56839/1‑141 (MQ=255)
tttCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATACTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGa > 1:616270/1‑141 (MQ=255)
aTGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGt > 1:262669/1‑141 (MQ=255)
aTGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGt < 2:304799/141‑1 (MQ=255)
aTGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGAACAAGt > 1:642443/1‑141 (MQ=255)
tGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTAGGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTa > 1:122907/1‑141 (MQ=255)
cAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAAt < 1:184671/141‑1 (MQ=255)
aTGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAGGTAAATTACCAg > 1:174223/1‑141 (MQ=255)
aTGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTAAGGTAGGGGAATCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAg > 1:174218/1‑141 (MQ=255)
tGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGt > 2:687053/1‑141 (MQ=255)
ggTGCGCCCCAGCATCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGtt < 2:235942/141‑1 (MQ=255)
tcgcCCTAGCGTCGATTCTAAATATGATCGGCATAAATATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTATGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGa < 2:27814/140‑1 (MQ=255)
gcgcCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGa > 2:523303/1‑141 (MQ=255)
cAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCtt < 1:340002/141‑1 (MQ=255)
accGTCGATGCTAAATATGATCGGTATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTg < 1:69691/139‑1 (MQ=255)
cGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGATTa > 2:524880/1‑141 (MQ=255)
cGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGATTa > 1:580270/1‑141 (MQ=255)
cgCTAAATTTGATCGGCATACAAATGAGTAAGCAGATGTTTGATTTCAGGGATATAACATTCAACGGCTTCAATTAAAAGTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTTTTTTCTTGGaaaaaaa < 2:306564/140‑7 (MQ=255)
|
CTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTCAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGATTACCC > CP000730/973078‑973349
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
