Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A23 F20 I0 R1	95	76.5	1681216	93.1%	1565212	141.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	CP000730	1,539,250	C→G	100%	intergenic (‑349/+37)	aroC ← / ← USA300HOU_1405	chorismate synthase/hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	1,539,250	0	C	G	94.7%	120.3 / ‑4.8	40	intergenic (‑349/+37)	aroC/USA300HOU_1405	chorismate synthase/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (19/18); minor base A (0/3); total (19/21)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

TGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGT  >  CP000730/1539116‑1539385

tGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTa                                                                                                                                   <  1:68871/141‑1 (MQ=255)

  catcatATAATTATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATATTCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaa                                                                                                                                 <  1:807807/141‑1 (MQ=255)

          aaTCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTAt                                                                                                                         <  1:598157/141‑1 (MQ=255)

          aaTCATTAATCAAAAATGATTAGCCGTTTTACAATAATCCTATAGCAACGATACTAAATAATATACTGATTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGGTTAAAAAAATTAt                                                                                                                         <  2:294799/141‑1 (MQ=255)

           aTCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATg                                                                                                                        >  1:459835/1‑141 (MQ=255)

           aTCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATg                                                                                                                        >  2:16955/1‑141 (MQ=255)

               ttaattaaAAATTATTAGCCGTTTTAATATAAACCGCTTTAGGTTTAATTTAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTCATCTGTGCGTCTTATTCTATTATGatat                                                                                                                    <  2:801484/141‑1 (MQ=255)

               ttaattaaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGatat                                                                                                                    <  1:641268/141‑1 (MQ=255)

                taattaaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATAtt                                                                                                                   <  1:812789/141‑1 (MQ=255)

                  attaaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTaa                                                                                                                 <  1:323587/141‑1 (MQ=255)

                    taaAAATGATTAGACATTTAAATATAATAGTATAGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTGAATAAAAAAAAAAAAAAAAATTATGATATTaaaa                                                                                                               <  2:399850/141‑1 (MQ=255)

                     aaaaaTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAat                                                                                                              >  2:43683/1‑141 (MQ=255)

                       aaaTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAatat                                                                                                            <  1:177098/141‑1 (MQ=255)

                                  cGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCCTTTAAAAAAATTAAGATATTAAAATATACATATGTTaa                                                                                                 <  1:538629/141‑1 (MQ=255)

                                  cGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGGTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTaa                                                                                                 <  2:604023/141‑1 (MQ=255)

                                   gTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAg                                                                                                <  1:25520/141‑1 (MQ=255)

                                        aaTATAAGCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCtt                                                                                           >  2:76526/1‑141 (MQ=255)

                                         atatAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACCTATGTTAAGCGCttt                                                                                          >  1:241096/1‑141 (MQ=255)

                                                 ttATCGCAACTATAGCAAATAAAAAACTGACTACATTTCTCAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAAAAAATAAAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATAc                                                                                  <  2:216854/140‑1 (MQ=255)

                                                   aTCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACtt                                                                                >  1:740005/1‑141 (MQ=255)

                                                   aTCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACtt                                                                                >  1:305456/1‑141 (MQ=255)

                                                               gCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCaaaaa                                                                    >  1:685979/1‑141 (MQ=255)

                                                                  aagtatatGCTTATTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATACAGTTAATCCGTGCGTTTATACATAGTGTGTTATTAAAACATGCATATGCTGAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAatat                                                                 <  2:138699/137‑1 (MQ=255)

                                                                    taataTACTGACTACAGTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATaa                                                               <  1:81819/141‑1 (MQ=255)

                                                                     aataTACTGACTACATTTCTTAATACAAGAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATGATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAAt                                                              >  1:540236/1‑141 (MQ=255)

                                                                     aataTACTGACTACATTTCCTAAGACAAAAGAACGAAATTTTAATTATTAATAAAGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAAt                                                              <  2:271489/141‑1 (MQ=255)

                                                                                  cATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACt                                                 >  2:506653/1‑141 (MQ=255)

                                                                                     ttCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTCATAAt                                              >  2:235780/1‑141 (MQ=255)

                                                                                      tCTTACTACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATa                                             <  1:309231/141‑1 (MQ=255)

                                                                                      tCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTATTa                                             >  1:758176/1‑141 (MQ=255)

                                                                                        ttAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACa                                           <  2:675430/141‑1 (MQ=255)

                                                                                           aTACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACCAATACATaa                                        >  1:123325/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                    aacgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATAAATAAAAAATATaa                               >  2:431886/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                      agaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAAt                             <  2:744833/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                       gaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATg                            >  2:534301/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                               aaTTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAGTTATGATGTTAAATTATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTAAg                    >  1:197988/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                               aaTTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACAAAAAAAATATAAATGAGAGACAg                    >  1:304779/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                   attaAGAAAGTTAATCGGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATCAAACGATACAAGTGTGAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACAGCAAAAATATAATCAATTCTATTACTAAAGCATAAAAAATGTAAAAGAGAGTCAgaaca                >  2:551375/1‑137 (MQ=255)

                                                                                                                               aaTCAGTGCGTTAAAAAAAATTATGATATAAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAACATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATAGAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAAttttt    <  1:357997/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                 tCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGt  >  2:516039/1‑141 (MQ=255)

TGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGT  >  CP000730/1539116‑1539385

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 13 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A