Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F57 I0 R1
|
85 |
36.1 |
800162 |
93.0% |
744150 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
1,539,250 |
C→G |
100% |
intergenic (‑349/+37) |
aroC ← / ← USA300HOU_1405 |
chorismate synthase/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 1,539,250 | 0 | C | G | 100.0%
| 56.6
/ NA
| 21 | intergenic (‑349/+37) | aroC/USA300HOU_1405 | chorismate synthase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (9/12); total (9/12) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
AAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTT > CP000730/1539139‑1539381
|
aaaTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAatat > 2:25234/1‑141 (MQ=255)
ccGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTa < 2:385617/141‑1 (MQ=255)
ccGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATAAGTGCGTATAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTa < 2:385757/141‑1 (MQ=255)
actaaaatctaaTCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAATGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAACTATACATATGTTAAGCGCtt > 2:244128/12‑141 (MQ=255)
aaTATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTGAGCGCtt > 2:70862/1‑141 (MQ=255)
gCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGa > 1:19495/1‑141 (MQ=255)
aCTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACtt > 1:109721/1‑141 (MQ=255)
aaGCAGATAACATACTCACTCAATTTCATAGTAAAAAATAACTAACTTTTAAGTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATAATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTTTACTTTGACTTCaaa < 2:295430/140‑1 (MQ=255)
aataatATATTAACTACATTTCATAATATAAAAGAACGAGCTGTTTAGTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGATGAAAAAACTTATGATATTAAAATATACAGATGTTGCGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTTAAAAaaat < 2:105695/141‑1 (MQ=255)
taataTACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATaa < 2:57003/141‑1 (MQ=255)
aaataTACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATaa < 2:374495/140‑1 (MQ=255)
ataCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAGAAATATAATCaa > 1:340963/1‑141 (MQ=255)
ttCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAAt < 1:7003/141‑1 (MQ=255)
ttAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAGTATAATAAATTCTTTTACTAATAct > 1:223260/1‑140 (MQ=255)
aaaaGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATaaaaaa < 1:25234/141‑1 (MQ=255)
aacgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATaa > 1:353515/1‑141 (MQ=255)
ttaATAAATTTAAATGGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATATTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaa < 2:93203/141‑1 (MQ=255)
ttaATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaa < 2:164701/141‑1 (MQ=255)
aataaATGTAATCTGTGCGTTTAAAAAAAGTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGTGCTTTTGTTATACTTGTACTTGAAAAATATAAGCAATTTTTGTACTAAGACATGAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaaaa < 2:29641/141‑1 (MQ=255)
gTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAAtt > 1:80867/1‑141 (MQ=255)
ttAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAAttt < 1:320963/141‑1 (MQ=255)
|
AAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTT > CP000730/1539139‑1539381
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
