Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F104 I0 R1
|
106 |
58.2 |
1336546 |
90.2% |
1205564 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
129,796 |
G→C |
92.4% |
intergenic (‑173/+212) |
spa ← / ← sarH1 |
immunoglobulin G binding protein A/staphylococcal accessory regulator H1 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 129,796 | 0 | G | C | 92.4%
| 164.1
/ 6.4
| 55 | intergenic (‑173/+212) | spa/sarH1 | immunoglobulin G binding protein A/staphylococcal accessory regulator H1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base C (17/32); total (19/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.35e-01 |
TATTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAGTTGTT > CP000730/129660‑129928
|
tatTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATCAAATATAGACatat > 2:623762/1‑141 (MQ=255)
atTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATAtt < 2:85801/141‑1 (MQ=255)
atTTATAATTAAAATTAAAGGTAAGTTTCTCTACTTATAAAATAACCATTTCCCGAAAATATGTATTCACAAAAAAAAAGACTGAAAACCTCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATAtt < 2:58037/141‑1 (MQ=255)
aaaTTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATg < 1:44741/141‑1 (MQ=255)
aaaTTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATg > 2:50496/1‑141 (MQ=255)
aGGTAAGGTTTACAACTTATAAAAAAAAGATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGt < 2:328942/141‑1 (MQ=255)
aaGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTGTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTaa > 1:428873/1‑141 (MQ=255)
aGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAAT‑AAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATa < 1:528078/141‑1 (MQ=255)
tgttACTACCTATAAAATAAATACTTTGCAGAAAGATTTATTCAGGAAGGAAAAGGCTTAAAACCGAAAAATCACGATATTTCGAGTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATAc < 1:54642/139‑1 (MQ=255)
tACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACata < 2:109866/141‑1 (MQ=255)
aCAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACatat > 2:438285/1‑141 (MQ=255)
aaCTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGa < 1:164024/141‑1 (MQ=255)
aCTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAg > 1:315106/1‑141 (MQ=255)
cTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGt < 2:78411/141‑1 (MQ=255)
attATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGt < 1:210834/140‑1 (MQ=255)
ttATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATCTTTGTTAAATTAAAAGCGGTTTCCTACATATGAGtt > 2:166994/1‑141 (MQ=255)
ttATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGtt > 1:506397/1‑141 (MQ=255)
ataaaataaaTATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTaa > 2:525412/1‑141 (MQ=255)
aaataaatATGTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAACCCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTaaaaa < 1:590494/141‑1 (MQ=255)
aataaataTTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTATAATACATATGAGTTaaaaaa > 2:221659/1‑141 (MQ=255)
ttGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACTCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAg < 2:435925/141‑1 (MQ=255)
ttGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAg < 1:502094/141‑1 (MQ=255)
ttGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTCTAATACCTCTGAGCTAAAAAATATTTTTAAg < 2:660171/141‑1 (MQ=255)
tGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAACAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGGGTTAAAAAATATTTTCAAGAATa > 2:1129/1‑141 (MQ=255)
tGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATa < 1:114449/141‑1 (MQ=255)
tGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATa < 1:283936/141‑1 (MQ=255)
gATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTg > 1:270445/1‑141 (MQ=255)
tttATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTggg < 1:50496/141‑1 (MQ=255)
ttCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCtt < 1:508097/141‑1 (MQ=255)
gAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCAGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGCATAAAGTGGGGCTTTGAAt < 1:432429/141‑1 (MQ=255)
gTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAAtgtg > 1:4706/1‑141 (MQ=255)
aaGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGGTTAATACATATGAGATAAAAAATATTTTTAAGAATACAGTGAGGCTTTGAATGTGCTGa > 2:285595/1‑141 (MQ=255)
gtcctAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAgg < 1:311248/137‑1 (MQ=255)
ggCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAgg < 1:309796/141‑1 (MQ=255)
cataaactcGCAAAATCACGCGAGTTCGGTTAATAAAAACCGATAACATATAGATATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGtt < 1:300552/133‑1 (MQ=255)
cTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGCAATCAATGTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGtt < 1:316120/141‑1 (MQ=255)
cTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTGGAATGTGCTGAGGtt < 1:495072/141‑1 (MQ=255)
cTTAAAACCGCAAAAACACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGtt < 1:64463/141‑1 (MQ=255)
ttAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGttt < 2:636788/141‑1 (MQ=255)
ttAAAACCGCAAAATCACGCCATTTCTATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGttt < 1:270169/141‑1 (MQ=255)
aaaCCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTTTAATGAAAGCGGGTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAATGTGGGGCTTTGAATATGCTGAGGTTTact > 1:81195/1‑139 (MQ=255)
ccaaaaaTCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCg < 2:327648/138‑1 (MQ=255)
cGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCg < 2:58949/141‑1 (MQ=255)
cAAAAGCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGCGGTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGa < 1:489464/141‑1 (MQ=255)
aaTCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAAt < 1:525412/141‑1 (MQ=255)
aaTCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAAt > 1:548932/1‑141 (MQ=255)
aTCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTTTATTTTTAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATg > 2:653433/1‑141 (MQ=255)
tCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATgg < 2:614669/141‑1 (MQ=255)
tCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATAGTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATgg < 2:193788/141‑1 (MQ=255)
tCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGa < 1:646347/141‑1 (MQ=255)
tCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGa < 1:610468/141‑1 (MQ=255)
taataaAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATatag < 1:438285/141‑1 (MQ=255)
aaaaaCAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATATCGGAAATGGTTTTAAGTGATatagaaaa > 2:47376/1‑141 (MQ=255)
aTAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAgt > 1:396630/1‑141 (MQ=255)
aaTATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAgttgtt > 1:132235/1‑141 (MQ=255)
|
TATTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAGTTGTT > CP000730/129660‑129928
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
