Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F171 I0 R1
|
85 |
107.7 |
2387914 |
93.1% |
2223147 |
139.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
50,709 |
Δ1 bp |
100% |
coding (204/1788 nt) |
cch ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 50,709 | 0 | A | . | 54.4%
| 21.1
/ 267.8
| 125 | coding (204/1788 nt) | cch | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/23); new base . (42/26); total (76/49) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.55e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.11e-01 |
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
CCCTCATATAATTCAGAAAGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACAATAATAGGGCTAGCCATTCTAACCACTTTTTCACTGTCACCATCTTTTTTAGGTG > CP000730/50569‑50845
|
cccTCATATAATTCAGAAAGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCa < 1:445075/141‑1 (MQ=255)
tCATATAATTCAGAAAGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCaaaa < 1:188003/141‑1 (MQ=255)
cATATAATTCAGAAAGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCaaaat > 2:236512/1‑140 (MQ=255)
cATATAATTCAGAAAGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCaaaat > 2:334715/1‑140 (MQ=255)
tataATTCAGAAAGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCaaaatgt < 1:314293/141‑4 (MQ=255)
tataATTCAGAAAGTGGTAATCTAGCTCGCTTCAAGTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAACAAtc > 2:118313/1‑140 (MQ=255)
taATTCAGAAAGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCt > 2:1076838/1‑141 (MQ=255)
aTTCAGAAAGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCATTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAACATGTCtt > 2:634831/1‑141 (MQ=255)
ttCAGAAAGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCttt < 2:89967/141‑1 (MQ=255)
tCAGAAAGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCtttt > 1:975750/1‑141 (MQ=255)
tCAGAAAGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCtttt > 2:545598/1‑141 (MQ=255)
aGAAAGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCtttttt < 2:1015477/141‑1 (MQ=255)
gAAAGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTAc < 2:404407/141‑1 (MQ=255)
aaaGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTAc < 2:1061811/141‑1 (MQ=255)
aaaGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTAcc > 1:799796/1‑141 (MQ=255)
aaGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTACAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTAcc < 2:945359/141‑1 (MQ=255)
aGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCAt < 2:394239/141‑1 (MQ=255)
tGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCAttg > 1:994051/1‑141 (MQ=255)
aaTCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATtgttgt > 2:172076/1‑141 (MQ=255)
tctatctCGCATCAATTGCGAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTa > 2:754123/1‑141 (MQ=255)
ctatctCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTa < 1:461625/141‑1 (MQ=255)
tctcGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGta < 2:302357/141‑1 (MQ=255)
ctcGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTTCCATTGTTGTTAGtaaa > 1:471948/1‑140 (MQ=255)
tcGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGtaat > 1:209661/1‑141 (MQ=255)
cGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGtaataa < 1:674719/141‑1 (MQ=255)
cAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAAc < 1:641666/141‑1 (MQ=255)
aaTTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAAc > 2:61011/1‑141 (MQ=255)
aaTTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACt < 2:316958/141‑1 (MQ=255)
aaTTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACt < 2:505435/141‑1 (MQ=255)
aaTTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACt < 1:729605/141‑1 (MQ=255)
aTTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACt < 2:788894/141‑1 (MQ=255)
tGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACttt < 2:107719/141‑1 (MQ=255)
gCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACtttt < 1:109004/141‑1 (MQ=255)
gCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACtttt > 1:223277/1‑141 (MQ=255)
gCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTaataat < 2:399266/132‑1 (MQ=255)
gCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTaataat > 1:399266/1‑132 (MQ=255)
gCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGAAATCAAACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACtttt < 2:192768/141‑1 (MQ=255)
cAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTc > 2:848017/1‑141 (MQ=255)
aaGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCaa > 1:824006/1‑141 (MQ=255)
aGGCATAACTCAATGATCTAATATACTGCACGTTGAGTCGGAAGCCATATTTACTTCAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATAGCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCaa > 2:950479/1‑141 (MQ=255)
gCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAaca > 2:468486/1‑141 (MQ=255)
cATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAacac > 2:217110/1‑141 (MQ=255)
aTAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCa < 2:997847/141‑1 (MQ=255)
tAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAg < 2:1116102/141‑1 (MQ=255)
aaCTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAg < 1:745913/141‑1 (MQ=255)
cTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTaa > 2:146486/1‑141 (MQ=255)
aaTGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTg > 2:466859/1‑141 (MQ=255)
aTGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTgg > 1:421956/1‑141 (MQ=255)
tGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGa < 1:108344/141‑1 (MQ=255)
gATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGa < 1:671557/141‑1 (MQ=255)
tAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAg < 2:493407/141‑1 (MQ=255)
tAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGa > 2:435120/1‑141 (MQ=255)
tAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGa > 1:1035953/1‑141 (MQ=255)
aCTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCt < 2:1011343/141‑1 (MQ=255)
atacccGTTAATAATGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGAAAAAAAAAAAAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCt < 2:953077/136‑1 (MQ=255)
tctcGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTg > 1:574592/1‑141 (MQ=255)
tctcGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGc < 1:1016714/141‑1 (MQ=255)
tctcGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGc > 2:33515/1‑141 (MQ=255)
gTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTa < 1:1076838/141‑1 (MQ=255)
ttAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTa < 2:761542/141‑1 (MQ=255)
ttAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTaa < 2:137468/141‑1 (MQ=255)
ttAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTaa < 2:698753/141‑1 (MQ=255)
tAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTaa < 2:1168438/141‑1 (MQ=255)
tAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTaa > 2:1060629/1‑141 (MQ=255)
aTACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACa > 2:520505/1‑141 (MQ=255)
aTACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACaa > 1:248481/1‑141 (MQ=255)
aTACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACaa > 1:450318/1‑141 (MQ=255)
aTACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACaa > 1:355006/1‑141 (MQ=255)
aTACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACaa > 1:248606/1‑141 (MQ=255)
tACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACaat > 2:645089/1‑141 (MQ=255)
tACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTACTAATAAGCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAGAATCTTGCATTAACaat > 2:644957/1‑141 (MQ=255)
cTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTGTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACaata > 1:938245/1‑141 (MQ=255)
gTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACaataat > 2:444578/1‑141 (MQ=255)
gTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACaataat > 2:1106778/1‑141 (MQ=255)
gTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACAataata > 2:276825/1‑141 (MQ=255)
atTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACAATAATAGGGCTAGc > 2:925617/1‑141 (MQ=255)
attaaAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACAATAATAGGGCTAGCCAtt > 2:51742/1‑141 (MQ=255)
taaAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAACATCTTGCAGTAACCATAACAGGGCTAGCCATTCTa > 2:945622/1‑141 (MQ=255)
aagaagGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACAATAATAGGGCTAGCCATTCTaa > 1:1021372/1‑141 (MQ=255)
aagGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACAATAATAGGGCTAGCCATTCTAACCAc < 2:573019/141‑1 (MQ=255)
tAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACAATAATAGGGCTAGCCATTCTAACCACtttt > 1:546664/1‑141 (MQ=255)
aaGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACAATAATAGGGCTAGCCATTCTAACCACtttt < 2:145794/141‑1 (MQ=255)
aaGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACAATAATAGGGCTAGCCATTCTAACCACtttt < 1:432896/141‑1 (MQ=255)
gtgtTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACAATAATAGGGCTAGCCATTCTAACCACTTTTTCACTGt > 1:542470/1‑141 (MQ=255)
gttgttAAGATATCAGACTC‑AAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACAATAATAGGGCTAGCCATTCTAACCACTTTTTCACTGTCAc < 2:728542/141‑1 (MQ=255)
ttgttAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTTTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACAATAATAGGGCTAGCCATTCTAACCACTTTTTCACTGTCAc > 2:688873/1‑141 (MQ=255)
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|
CCCTCATATAATTCAGAAAGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACAATAATAGGGCTAGCCATTCTAACCACTTTTTCACTGTCACCATCTTTTTTAGGTG > CP000730/50569‑50845
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
