Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F171 I0 R1
|
85 |
107.7 |
2387914 |
93.1% |
2223147 |
139.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,027,805 |
C→A |
100% |
V48F (GTT→TTT) |
vraS ← |
sensor histidine kinase VraS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,027,805 | 0 | C | A | 96.1%
| 339.7
/ 5.0
| 102 | V48F (GTT→TTT) | vraS | sensor histidine kinase VraS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/3); new base A (42/56); total (43/59) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.36e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
CCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCTAATGTAGTGG > CP000730/2027672‑2027941
|
ccAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTAtt > 2:1066593/1‑141 (MQ=255)
ccAACTGGCTCGTCTTCCATTGTACGCTCAATTTGCGTATTAATCCAATCATACTGCTGATTGAGTTTGTAAGCGAGTACTGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTAtt > 2:710305/1‑141 (MQ=255)
cAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGANGAGATTTAAAAANAAAAAAAATGGTATTc < 1:658368/141‑1 (MQ=255)
aCTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCg < 1:839517/141‑1 (MQ=255)
aCTGTTTCGCCATCCAAAAAAAAATCAATTTGCGTCTTAATCCATTCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAAAAATACACATTAATATGATGATGATAAAAAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCg < 2:469085/141‑1 (MQ=255)
cTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGa < 1:201929/141‑1 (MQ=255)
gTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAat > 1:245596/1‑141 (MQ=255)
gTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAat > 1:598097/1‑141 (MQ=255)
tttCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAata < 1:941452/141‑1 (MQ=255)
tCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATAtt > 2:87893/1‑141 (MQ=255)
cGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATAttt > 2:234797/1‑141 (MQ=255)
gCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTtg > 2:1103930/1‑141 (MQ=255)
ccTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTtgt > 2:784964/1‑141 (MQ=255)
ttCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTgtgt < 2:1033092/141‑1 (MQ=255)
ccATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGtat < 1:638603/141‑1 (MQ=255)
ccATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGtat > 2:251335/1‑141 (MQ=255)
ccATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGtat < 1:172092/141‑1 (MQ=255)
aTTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATCTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATCTTTGTGTATaa > 2:1028185/1‑141 (MQ=255)
cGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATa > 1:185521/1‑141 (MQ=255)
gttctgtttGGGTCTTAATCCGTTTTTTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAAGAATACACAATAAGATGATAATGATATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATAc < 2:709013/135‑1 (MQ=255)
gCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGAAAAAAAAAAAAAAAAACTTGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATAc < 2:1073436/141‑1 (MQ=255)
ttCAATTTGCGTCTTAATACAATAATTTTGCGGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAAAAATAAACAATAATATGATGATGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATAcc < 2:375126/140‑1 (MQ=255)
cTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATAca > 1:4896/1‑140 (MQ=255)
cTCAATGTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATAcc < 1:939793/141‑1 (MQ=255)
cAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCtt < 1:309245/141‑1 (MQ=255)
cAATTTGAGTCTTACTCCCTACATTTGGATGATTGATCTTGTAAGCGAGTACAGAACCAACAATATTACACAATTATATGATGATGAGATTTAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCtt < 2:945943/141‑1 (MQ=255)
cAATTCGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTACGCCAGTACCGACCCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAACAATAATAATAATGGTAGTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCtt < 1:632242/141‑1 (MQ=255)
aaTTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTg < 1:178939/141‑1 (MQ=255)
tttGCGTCTTAATCCAATCATTTTGGTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATATAACATACATTGaa > 2:1029480/1‑141 (MQ=255)
tttGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGaa > 2:440861/1‑141 (MQ=255)
tttGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGaa > 1:500002/1‑141 (MQ=255)
tGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGaaaa < 2:1025018/141‑1 (MQ=255)
gCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAAt > 2:245140/1‑141 (MQ=255)
tCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAga < 1:60989/141‑1 (MQ=255)
tCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAga < 1:205394/141‑1 (MQ=255)
gcTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAga < 1:601817/140‑1 (MQ=255)
cTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAgat < 1:681322/141‑1 (MQ=255)
tCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGatat > 1:840850/1‑141 (MQ=255)
cAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATAttt < 1:904374/141‑1 (MQ=255)
cATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGAGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACaa < 2:693776/141‑1 (MQ=255)
aTTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACaaa < 2:500002/141‑1 (MQ=255)
aTTTTGCTGATTGAGTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACaaa < 2:469105/141‑1 (MQ=255)
tttGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACaaaaa > 2:747426/1‑141 (MQ=255)
ttGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAAc < 2:102486/141‑1 (MQ=255)
ttGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAAc < 1:3421/141‑1 (MQ=255)
ttGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAAc < 1:191301/141‑1 (MQ=255)
ttGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAAc < 1:929184/141‑1 (MQ=255)
gCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACtt > 1:843131/1‑141 (MQ=255)
gCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACtt > 2:528861/1‑141 (MQ=255)
gCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACtt > 2:472642/1‑141 (MQ=255)
tgattgatTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTa < 1:283621/141‑1 (MQ=255)
gattgattTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTAAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTAt < 2:755383/141‑1 (MQ=255)
tttGTAAGCGAGTACCGCACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGaa > 2:273025/1‑141 (MQ=255)
tGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACATTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACa > 1:156848/1‑141 (MQ=255)
gTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCTAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAg > 1:758749/1‑141 (MQ=255)
gTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAata > 1:70380/1‑80 (MQ=255)
gTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCGAata < 2:70380/80‑1 (MQ=255)
cGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGAATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATg > 2:591667/1‑141 (MQ=255)
tACCGAACCAACATTAATACACTATAATGTGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGc < 2:139540/141‑1 (MQ=255)
tACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGc < 2:419096/141‑1 (MQ=255)
tACCGAACCAACAACAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGc < 1:775115/141‑1 (MQ=255)
aCCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCt < 1:35968/141‑1 (MQ=255)
aCCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCt < 1:312081/141‑1 (MQ=255)
ccGAACCACCAATAATACACAATAATATGATGATGAGAATTAAAAATAAAAAAAATGGAATTCAGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTCCAAAAACTTTATCGATGAAAAGAAATGCAGCTa > 2:420292/1‑141 (MQ=255)
cGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAg < 1:234797/141‑1 (MQ=255)
aaCGAACAAGAATACAACAAACGATGATGATTATACTAAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACTGAAATGCAGCTAGCa < 2:50242/141‑1 (MQ=255)
aaCCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCa < 2:472351/141‑1 (MQ=255)
aCCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTCGCAt > 2:174022/1‑141 (MQ=255)
acaaTAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCta > 2:986978/1‑141 (MQ=255)
aataatACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCtata > 2:155979/1‑141 (MQ=255)
taataCACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCtatata < 1:58101/141‑1 (MQ=255)
acacAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTaa > 2:387680/1‑141 (MQ=255)
cacaATGATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAg < 2:738612/141‑1 (MQ=255)
cacaATAATATGATGTTGTGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTGTCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAg > 1:881173/1‑141 (MQ=255)
aataatATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATg < 1:1118260/141‑1 (MQ=255)
aataatATGATGATGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATg < 2:625162/141‑1 (MQ=255)
aataatATGATCATGAGATTTAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATg < 2:59726/141‑1 (MQ=255)
taataTGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAg > 1:160057/1‑141 (MQ=255)
tatGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCAt > 1:488984/1‑141 (MQ=255)
atgatgatgAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCAtt > 1:568650/1‑141 (MQ=255)
atgatgatgAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCAtt < 1:367031/141‑1 (MQ=255)
tgatgatgaGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGTACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTg < 1:1023653/141‑1 (MQ=255)
tgatgatgaGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTg < 1:840498/141‑1 (MQ=255)
tgatgatgaGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTg > 2:396067/1‑141 (MQ=255)
tgatgatgaGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACATTGAAAATAGATGATATTTACAAAAAATTTATTGATGAAAAGAAATGCAGCTAGCATGATATATATTAAGATGAGCAttt > 1:669075/1‑140 (MQ=255)
atgatgaGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGaa < 1:800872/141‑1 (MQ=255)
gatgaGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAAcc < 2:61320/141‑1 (MQ=255)
gatgaGATAAAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAAcc < 2:289514/141‑1 (MQ=255)
gagaATTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCAAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAAt < 2:1098403/141‑1 (MQ=255)
aTTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGt < 2:544104/141‑1 (MQ=255)
aTTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATAGt > 2:698047/1‑141 (MQ=255)
tttAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGtt < 1:87893/141‑1 (MQ=255)
ttAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTc < 1:289029/141‑1 (MQ=255)
ttAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTc > 1:1124481/1‑141 (MQ=255)
taaaaataaaaaAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCt < 2:1111524/141‑1 (MQ=255)
taaaaataaaaaAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCt > 1:274244/1‑141 (MQ=255)
taaaaataaaaaAAATGGTATCCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCt > 2:630694/1‑141 (MQ=255)
aaaataaaaaAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCTaa > 2:108220/1‑141 (MQ=255)
aaaaaaaaTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCTAATGTAg < 2:578695/141‑1 (MQ=255)
aaaaATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCTAATGTAGTgg < 1:808792/141‑1 (MQ=255)
|
CCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCTAATGTAGTGG > CP000730/2027672‑2027941
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
