Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A15 F59 I1 R1	25	48.3	927160	99.3%	920669	151.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	CP000730	244,324	2 bp→AT	coding (562‑563/627 nt)	azoR ←	[acyl‑carrier‑protein] phosphodiesterase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	244,324	0	T	A	96.7%	104.0 / NA	30	H188I (CAT→ATT)	azoR	[acyl‑carrier‑protein] phosphodiesterase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (10/19); total (11/19)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.67e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00
*	CP000730	244,325	0	G	T	100.0%	106.8 / NA	30	H188I (CAT→ATT)	azoR	[acyl‑carrier‑protein] phosphodiesterase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (11/19); total (11/19)

TTTATAAAAAGCGGAAAAGAGATACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTATGAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCATAATTGTTCTTAAATAACGGTCACCCATTTCAAAATCAGCAGCAGGTCCTTCAGTATAATATCCACCACGT  >  CP000730/244186‑244458

||

tttATAAAAAGCGGAAAAGAGATACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTTTCAGATTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCAt                                                                                                                            <  1:217737/151‑1 (MQ=255)

tttATAAAAAGCGGAAAAGAGATACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCAt                                                                                                                            <  1:222715/151‑1 (MQ=255)

tttATAAAAAGCGGAAAAGAGATACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCAt                                                                                                                            <  1:453601/151‑1 (MQ=255)

     aaaaaGCGGAAAAGAGATACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTgtgt                                                                                                                       >  1:49593/1‑151 (MQ=255)

      aaaaGCGGAAAAGAGATACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTc                                                                                                                      >  1:76605/1‑151 (MQ=255)

         aGCGGAAAAGAGATACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCtt                                                                                                                   <  2:22643/151‑1 (MQ=255)

         aGCAGAAAAGAGATACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCtt                                                                                                                   <  2:302176/151‑1 (MQ=255)

             gAAAAGAGATACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCaat                                                                                                               <  2:66764/151‑1 (MQ=255)

                    gaTACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGAtt                                                                                                        >  1:22734/1‑151 (MQ=255)

                    gaTACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGAtt                                                                                                        <  1:126740/151‑1 (MQ=255)

                    gaTACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGAtt                                                                                                        <  2:390361/151‑1 (MQ=255)

                    aaTACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGAtt                                                                                                        <  1:60686/150‑1 (MQ=255)

                           tAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAGAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCat                                                                                                 <  1:324905/151‑1 (MQ=255)

                           tAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCat                                                                                                 >  2:92583/1‑151 (MQ=255)

                           tAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCat                                                                                                 >  1:321942/1‑151 (MQ=255)

                            aaaaaaCTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCata                                                                                                >  1:229528/1‑151 (MQ=255)

                                              tGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATACTGATTGTTTCATATGTTGGCACATCTAAGaa                                                                              >  1:228895/1‑151 (MQ=255)

                                                    gTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCAt                                                                        <  1:317775/151‑1 (MQ=255)

                                                    gTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCAt                                                                        <  1:306089/151‑1 (MQ=255)

                                                    gTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCAt                                                                        <  1:378546/151‑1 (MQ=255)

                                                    gTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCAt                                                                        <  1:278139/151‑1 (MQ=255)

                                                        cacaGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCATAAtt                                                                    <  1:270836/151‑1 (MQ=255)

                                                               tAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCATAATTGTTCTTa                                                             <  2:397749/151‑1 (MQ=255)

                                                                    aaaaaTTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCATAATTGTTCTTAAATaa                                                        >  1:119230/1‑151 (MQ=255)

                                                                                            tttttttttttttttaATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCATAATTGTTCTTAAATAACGGTCACCCATTTCAAAATcagca                                >  2:47643/14‑151 (MQ=255)

                                                                                            tttttCAGCATTATTAATACTAGTTGGTTTAATTTCTACAGTCTTATTATGTTCAGCATTGTGCTCTTCAATAATGATTGTTTCATCTGATGGCACACCTAAGAATGTCTTAATAGGTTTTAAATAACGGTCAACTATGTCAAAATctgca                                >  2:463004/1‑151 (MQ=255)

                                                                                                        attaATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCATAATTGTTCTTAAATAACGGTCACCCATTTCAAAATCAGCAGCAGGTCCTTCa                    <  1:436424/151‑1 (MQ=255)

                                                                                                            aTACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCATAATTGTTCTTAAATAACGGTCACCCATTTCAAAATCAGCAGCAGGTCCTTCAGtat                >  2:419945/1‑151 (MQ=255)

                                                                                                                          aaTTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCCATAAGGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCATAATTGTTCTTAAATAACGGTCACCCATTTCAAAATCAGCAGCAGGTCCTTCAGTATAATATCCACCACGt  <  1:237253/151‑1 (MQ=255)

                                                                                                                          aaTTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCATAATTGTTCTTAAATAACGGTCACCCATTTCAAAATCAGCAGCAGGTCCTTCAGTATAATATCCACCACGt  <  2:99867/151‑1 (MQ=255)

||

TTTATAAAAAGCGGAAAAGAGATACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTATGAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCATAATTGTTCTTAAATAACGGTCACCCATTTCAAAATCAGCAGCAGGTCCTTCAGTATAATATCCACCACGT  >  CP000730/244186‑244458

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A