Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A16 F70 I0 R1
|
629 |
86.3 |
3068034 |
98.1% |
3009741 |
142.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,048,430 |
A→G |
6.5% |
W88R (TGG→CGG) ‡ |
gfcC ← |
putative O‑antigen capsule production periplasmic protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,048,430 | 0 | A | G | 6.5%
| 293.4
/ 8.5
| 92 | W88R (TGG→CGG) ‡ | gfcC | putative O‑antigen capsule production periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/48); new base G (4/2); total (42/50) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.45e-01 |
CCGACCAACGGGGGATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACATTTTCCACGGGGCCAACG > NC_000913/1048282‑1048578
|
ccGACCAACGGGGGATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCa > 2:696129/1‑149 (MQ=255)
ccGACCAACGGCGGATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTCTGACCGGTAAGCGAACCGTGATATTGAGATCGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGACGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCa > 2:250203/1‑149 (MQ=255)
gACCAACGGGGGATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAgg > 1:771804/1‑149 (MQ=255)
ccAACGGGGGATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGaa < 2:661549/149‑1 (MQ=255)
ccAACGGGGGATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGaa < 3:307455/149‑1 (MQ=255)
aaCGGGGGATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGaagc > 1:653592/1‑149 (MQ=255)
aaCGGGGGATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGaagc > 2:76243/1‑149 (MQ=255)
cGGGGGATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGaagc‑‑aa < 2:412696/149‑1 (MQ=255)
gggATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCAGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCt < 4:438690/149‑1 (MQ=255)
gCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCa < 1:524150/149‑1 (MQ=255)
cTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCAt < 4:563253/149‑1 (MQ=255)
ttCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGAc < 3:751564/149‑1 (MQ=255)
tcATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATCTTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATg > 3:49053/1‑149 (MQ=255)
cATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGt < 1:91361/149‑1 (MQ=255)
aTCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGtt > 3:405175/1‑149 (MQ=255)
aCTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTa < 2:265145/149‑1 (MQ=255)
aCTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTa < 1:644808/149‑1 (MQ=255)
tCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGt > 3:82015/1‑149 (MQ=255)
tACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCtt < 4:447068/149‑1 (MQ=255)
aCAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCttt < 2:346348/149‑1 (MQ=255)
cAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTa < 4:451331/149‑1 (MQ=255)
cAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTa > 3:224681/1‑149 (MQ=255)
aaaaTCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTaa < 1:12688/149‑1 (MQ=255)
aaaaTCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTaa < 1:696129/149‑1 (MQ=255)
aaaaTCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTaa < 4:653553/149‑1 (MQ=255)
aaaaTCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTaa < 1:504501/149‑1 (MQ=255)
aaaTCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCTGGGaagc‑‑agaa > 2:263852/1‑117 (MQ=255)
aaaTCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCTGGGaagc‑‑agaa < 1:263852/120‑4 (MQ=255)
aaTCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAgc < 3:338226/149‑1 (MQ=255)
tCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAgcgc > 1:596775/1‑149 (MQ=255)
aGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCtt < 4:224681/149‑1 (MQ=255)
gggTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCttt > 1:430406/1‑149 (MQ=255)
ggTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTa < 2:661575/149‑1 (MQ=255)
aGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCttt < 3:610799/149‑1 (MQ=255)
aGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCttt < 1:123727/149‑1 (MQ=255)
gTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTc < 2:561249/149‑1 (MQ=255)
aCCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTcgccgc > 3:421321/1‑149 (MQ=255)
ccGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCCGGCGCACGGTTTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGAGCTTTAGCTTTCGCCCCa < 4:59376/149‑1 (MQ=255)
cGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCag > 3:29588/1‑149 (MQ=255)
aGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCg > 1:248633/1‑149 (MQ=255)
gCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCgg < 3:535567/149‑1 (MQ=255)
gACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTc > 3:124181/1‑149 (MQ=255)
aGTGGTATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCa > 2:476032/1‑149 (MQ=255)
atatTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGc < 2:653592/149‑1 (MQ=255)
ttgagattgagTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCAcc > 1:291085/1‑149 (MQ=255)
tgagattgagTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCa < 2:648141/149‑1 (MQ=255)
gattgagTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGc > 1:235386/1‑149 (MQ=255)
gattgagTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGc < 4:29588/149‑1 (MQ=255)
gattgagTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGc < 1:706012/149‑1 (MQ=255)
agTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGccacca < 3:244779/149‑1 (MQ=255)
gtgaCTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCag > 3:121712/4‑149 (MQ=255)
ctgctgGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGc < 1:76243/149‑1 (MQ=255)
ctgctgGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGc < 2:771804/149‑1 (MQ=255)
tgGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATc < 2:573227/149‑1 (MQ=255)
ggCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATcg > 3:367089/1‑149 (MQ=255)
aCGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAg > 4:450834/1‑149 (MQ=255)
ggATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGtt < 4:258200/149‑1 (MQ=255)
aTCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTATCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTtg > 3:31555/1‑149 (MQ=255)
tCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTtgt < 4:367089/149‑1 (MQ=255)
tCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTtgt < 2:430406/149‑1 (MQ=255)
tCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTtgt > 2:522876/1‑149 (MQ=255)
gTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAACTGTGCCATGACATGTTGGTTTTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTgtgt > 2:620523/1‑149 (MQ=255)
gccgccACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCAc < 1:547141/149‑1 (MQ=255)
cgccACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTg > 1:196314/1‑135 (MQ=255)
cgccACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTg < 2:196314/135‑1 (MQ=255)
cacaTCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACt < 4:82015/149‑1 (MQ=255)
cacaTCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACt > 1:474677/1‑149 (MQ=255)
acaTCGTCGTCAGCTTCTGCTTACCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCACGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTg > 4:394720/1‑149 (MQ=255)
aTCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGa < 3:450834/149‑1 (MQ=255)
tcgtcgTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGac < 1:80688/149‑1 (MQ=255)
gtcgtcAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGacaa > 3:532293/1‑149 (MQ=255)
gtcgtcAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGacaa > 2:632351/1‑149 (MQ=255)
tcgtcAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGacaac > 3:157136/1‑149 (MQ=255)
tcAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGtt > 1:156564/1‑127 (MQ=255)
tcAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGtt < 2:156564/127‑1 (MQ=255)
tcAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGtt > 1:155366/1‑127 (MQ=255)
tcAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGtt < 2:155366/127‑1 (MQ=255)
tcAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACAtt > 1:416675/1‑149 (MQ=255)
cAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACAttt > 2:659445/1‑149 (MQ=255)
acagcttGCTTCCTGGGAAGCAGAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCg < 1:177601/118‑1 (MQ=255)
acagcttGCTTCCTGGGAAGCAGAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACAtt > 3:426046/7‑149 (MQ=255)
aGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACAtttt < 1:146403/149‑1 (MQ=255)
gCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACATTTTc > 1:504598/1‑149 (MQ=255)
cTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACATTTTcc > 1:200295/1‑149 (MQ=255)
ttCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACATTTTCCa < 4:121712/149‑1 (MQ=255)
ttCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACATTTTCCa > 3:284711/1‑149 (MQ=255)
gcttGCTTCCTGGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACATTTTCCa > 4:76487/4‑149 (MQ=255)
tCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACATTTTCCAc > 2:209638/1‑149 (MQ=255)
tCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACATTTTCCAc < 4:88683/149‑1 (MQ=255)
cttGCTTCCTGGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACATTTTCCAc > 3:594515/3‑149 (MQ=255)
ttCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTcgcc > 1:423471/1‑61 (MQ=255)
ttCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTcgcc < 2:423471/61‑1 (MQ=255)
ccAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACATTTTCCACGGGGCCaa > 4:463148/1‑149 (MQ=255)
cAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACATTTTCCACGGGGCCAAc < 2:474677/149‑1 (MQ=255)
aGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACATTTTCCACGGGGCCAACg > 3:353687/1‑149 (MQ=255)
aGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACATTTTCCACGGGGCCAACg > 3:244699/1‑149 (MQ=255)
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CCGACCAACGGGGGATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACATTTTCCACGGGGCCAACG > NC_000913/1048282‑1048578
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
