Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A16 F70 I0 R1
|
629 |
86.3 |
3068034 |
98.1% |
3009741 |
142.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,844,985 |
C→A |
7.0% |
A341D (GCC→GAC) |
adeD → |
cryptic adenine deaminase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,844,985 | 0 | C | A | 7.0%
| 304.8
/ 5.6
| 91 | A341D (GCC→GAC) | adeD | cryptic adenine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/47); new base A (5/2); total (42/49) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 |
ATGAAGGACACATCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCC > NC_000913/3844841‑3845130
|
aTGAAGGACACATCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGc < 1:245644/145‑1 (MQ=255)
aTGAAGGACACATCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGc > 2:245644/1‑145 (MQ=255)
tGAAGGACACATCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGata < 4:287380/149‑1 (MQ=255)
aaGGACACATCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATc < 3:580448/149‑1 (MQ=255)
aaGGACACATCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATc > 2:105202/1‑149 (MQ=255)
gACACATCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTc < 4:397159/149‑1 (MQ=255)
caTCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGCTCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGACGATATCGGCCTgc < 2:123764/149‑2 (MQ=255)
caTCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGt < 1:72905/149‑1 (MQ=255)
aTCGCTGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATATGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCATTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGtt < 4:473323/149‑1 (MQ=255)
aTCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGtt < 1:687772/149‑1 (MQ=255)
aTCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGGCACCAGCTGGTCGATGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTTGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGtt > 3:592089/1‑149 (MQ=255)
tCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTg > 4:661804/1‑149 (MQ=255)
aTGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCg < 2:386035/138‑1 (MQ=255)
aTGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCg > 1:386035/1‑138 (MQ=255)
gCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGa > 1:255924/1‑149 (MQ=255)
cTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATg > 1:532494/1‑149 (MQ=255)
ttAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATgc > 3:337275/1‑149 (MQ=255)
aaTTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATgcgc < 1:80621/149‑1 (MQ=255)
aaTTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATgcgc < 1:189693/149‑1 (MQ=255)
ttCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGtt < 1:479998/136‑1 (MQ=255)
ttCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGtt > 2:479998/1‑136 (MQ=255)
gccgccTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAg < 3:200817/149‑1 (MQ=255)
cTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAATCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCAc > 4:618741/1‑149 (MQ=255)
tGATCGAACAACACAATGCGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACg > 3:350735/1‑149 (MQ=255)
gATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACgg > 1:222408/1‑149 (MQ=255)
tCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTg > 1:282864/1‑149 (MQ=255)
aacaacACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTgcag > 1:352139/1‑149 (MQ=255)
aacaacACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTgcag < 4:173272/149‑1 (MQ=255)
aacaCAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGcagcag < 1:723386/149‑1 (MQ=255)
acacAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAgg < 3:240708/149‑1 (MQ=255)
acacAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAgg > 4:67527/1‑149 (MQ=255)
acaATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTa > 1:279564/1‑149 (MQ=255)
caATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTAc < 2:529417/149‑1 (MQ=255)
aTGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGtt > 4:666655/1‑112 (MQ=255)
aTGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGtt < 3:666655/112‑1 (MQ=255)
aTGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTg < 2:425658/149‑1 (MQ=255)
tgtgCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGACAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTgg < 2:90972/149‑1 (MQ=255)
gtgCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGt < 1:258357/149‑1 (MQ=255)
cGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGaaa < 3:661804/149‑1 (MQ=255)
gCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAg < 2:185071/149‑1 (MQ=255)
tGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGc < 4:337275/149‑1 (MQ=255)
gCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCg > 1:674591/1‑149 (MQ=255)
cATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGa < 4:350735/149‑1 (MQ=255)
cATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCACCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGa < 2:27918/149‑1 (MQ=255)
tgGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCg > 1:391069/1‑149 (MQ=255)
tatCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGa > 1:136310/1‑149 (MQ=255)
cgcgTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATgc < 2:222408/149‑1 (MQ=255)
gcgTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTgg > 2:485950/1‑126 (MQ=255)
gcgTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTgg < 1:485950/126‑1 (MQ=255)
gcgTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATgcg > 4:146721/1‑149 (MQ=255)
cGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCaaa < 3:67527/149‑1 (MQ=255)
ccAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAg < 2:406520/126‑1 (MQ=255)
ccAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAg > 1:406520/1‑126 (MQ=255)
gTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTCCTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCCTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGATACTGGTGAAAGGCGa > 3:469602/1‑123 (MQ=255)
gTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGa < 4:469602/123‑1 (MQ=255)
cGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCg > 2:357703/1‑149 (MQ=255)
cGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGaa < 4:273759/149‑1 (MQ=255)
gcgcgcCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGTAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAaga < 3:65997/149‑1 (MQ=255)
gcgcgcCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAaga < 1:487310/149‑1 (MQ=255)
gcgcgcCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAaga < 3:547858/149‑1 (MQ=255)
gcgcgcCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAaga < 2:530184/149‑1 (MQ=255)
gcgcCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGt < 2:76116/149‑1 (MQ=255)
cTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCga < 1:113314/149‑1 (MQ=255)
tGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGAc < 3:385105/149‑1 (MQ=255)
tCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTgg > 3:596254/1‑149 (MQ=255)
tCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTgg > 3:308067/1‑149 (MQ=255)
tCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTGGAGCGGTGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGGGCAAAGCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGGGACTgg > 4:244349/1‑149 (MQ=255)
tCTGAATCAACTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTgg > 1:664973/1‑149 (MQ=255)
cTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGc < 2:255924/149‑1 (MQ=255)
cTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGc > 1:4328/1‑149 (MQ=255)
tGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGca < 3:146721/149‑1 (MQ=255)
tCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAAt > 1:150286/1‑149 (MQ=255)
tCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAAt < 2:352139/149‑1 (MQ=255)
cACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAAtc < 1:337906/149‑1 (MQ=255)
tCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAAtccgct > 3:58899/1‑149 (MQ=255)
tCGACTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAAtccgct > 4:420044/1‑149 (MQ=255)
ggCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAAtccgctcc < 2:4328/149‑1 (MQ=255)
cTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAAtccgctccgc < 4:58899/149‑1 (MQ=255)
tGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCatat > 1:573789/1‑149 (MQ=255)
ggCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGGTGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATg > 1:485984/1‑149 (MQ=255)
aCCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCa > 2:611390/1‑149 (MQ=255)
cccGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCaa < 2:391069/149‑1 (MQ=255)
cccGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCaa > 4:474895/1‑149 (MQ=255)
ccGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAACCCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGCGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAac < 2:279564/149‑1 (MQ=255)
tcaacAGGACGATATCGGCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCa > 4:137991/5‑149 (MQ=255)
tcaacAGGACGATATCGGCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCa > 3:204059/5‑149 (MQ=255)
tacAGGACGATATCGGCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGTAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAAtccgc > 1:725987/3‑127 (MQ=255)
aacAGGACGATATCGGCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCTGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCAtt > 1:39785/3‑149 (MQ=255)
aacAGGACGATATCGGCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGGCTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCAtt > 2:200186/3‑149 (MQ=255)
aacAGGACGATATCGGCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAAtccgc < 2:725987/125‑1 (MQ=255)
aGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCATAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCAtt < 2:470246/149‑1 (MQ=255)
gCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTg < 2:282864/149‑1 (MQ=255)
aGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGcc > 4:678393/1‑149 (MQ=255)
|
ATGAAGGACACATCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCC > NC_000913/3844841‑3845130
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
