Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F69 I0 R1
|
1426 |
148.0 |
5875178 |
97.4% |
5722423 |
123.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,304,469 |
C→G |
5.8% |
R212R (CGC→CGG) |
oppC → |
oligopeptide ABC transporter permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,304,469 | 0 | C | G | 5.8%
| 612.9
/ 22.2
| 173 | R212R (CGC→CGG) | oppC | oligopeptide ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (80/83); new base G (6/4); total (86/87) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.35e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.94e-01 |
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCG > NC_000913/1304327‑1304617
|
tgctgATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACAtt > 3:696483/1‑149 (MQ=255)
tgctgATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTAACGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACAtt > 3:1428232/1‑149 (MQ=255)
gctgATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATtg > 2:463637/1‑149 (MQ=255)
ctgATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATtgt < 2:261350/149‑1 (MQ=255)
ctgATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATtgt > 1:319725/1‑149 (MQ=255)
tgATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATtgtg < 1:423327/149‑1 (MQ=255)
tCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAAt < 4:719714/149‑1 (MQ=255)
ggCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTAc > 3:207078/1‑149 (MQ=255)
cGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGACGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTc < 4:636086/149‑1 (MQ=255)
gATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTAc > 4:975122/1‑146 (MQ=255)
gATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCg > 4:245495/1‑149 (MQ=255)
ggCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGgtgt < 2:676408/149‑1 (MQ=255)
gCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGtgtg > 3:1318331/1‑149 (MQ=255)
gCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGtgtg > 3:430805/1‑149 (MQ=255)
gCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGtgtg > 4:461143/1‑149 (MQ=255)
cATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGCGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCca > 3:1453798/1‑123 (MQ=255)
cATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCca < 4:1453798/123‑1 (MQ=255)
cATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATtgt > 3:965302/1‑129 (MQ=255)
tGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTgtggtg > 4:58888/1‑149 (MQ=255)
gTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACAt < 4:678220/122‑1 (MQ=255)
ctggctggATGTGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCt > 1:1108607/1‑149 (MQ=255)
ctggctggATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGgt < 3:64969/136‑1 (MQ=255)
tggctggATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTa > 2:71076/1‑149 (MQ=255)
tggATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTCCGCa > 4:1016375/1‑149 (MQ=255)
atatGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCa > 1:666487/1‑149 (MQ=255)
gCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCAt < 2:1040952/142‑1 (MQ=255)
gCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCAt > 1:1040952/1‑142 (MQ=255)
tCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCACAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACAt < 3:1235721/102‑1 (MQ=255)
tCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTa < 4:1407578/115‑1 (MQ=255)
tCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTa > 3:1407578/1‑115 (MQ=255)
tCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTgg > 1:690678/1‑149 (MQ=255)
cGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGt < 4:243869/149‑1 (MQ=255)
cGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGt > 3:154843/1‑149 (MQ=255)
ttGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAAt > 2:1285780/1‑107 (MQ=255)
tgtgCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCa < 3:461143/149‑1 (MQ=255)
tgCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGc < 1:463637/149‑1 (MQ=255)
gCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCa < 2:1108607/149‑1 (MQ=255)
tGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGa < 4:1281869/149‑1 (MQ=255)
ggCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATc < 3:1016375/149‑1 (MQ=255)
gCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGt > 3:822163/1‑135 (MQ=255)
cccTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGa > 4:441047/1‑141 (MQ=255)
cccTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTAACGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCttt < 4:1428232/149‑1 (MQ=255)
ccTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTg > 2:136788/1‑149 (MQ=255)
gAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATc < 4:944061/139‑1 (MQ=255)
tCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCtt < 4:154843/149‑1 (MQ=255)
cTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTAGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCttt > 2:612560/1‑149 (MQ=255)
tGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTAc > 2:682179/1‑107 (MQ=255)
gAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTcc < 1:71076/149‑1 (MQ=255)
cAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCt > 3:622260/1‑149 (MQ=255)
aaGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAAt < 2:796456/74‑1 (MQ=255)
aaGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTc > 3:282237/1‑149 (MQ=255)
gagTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTcc > 1:574156/1‑139 (MQ=255)
gagTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTcc < 2:574156/139‑1 (MQ=255)
gagTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTACTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCt < 4:469726/149‑1 (MQ=255)
tttATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTgtggtg > 3:467538/1‑84 (MQ=255)
tttATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTgtgg < 4:821604/82‑1 (MQ=255)
aTTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTccc < 3:1128269/143‑2 (MQ=255)
aTTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTccc > 4:1128269/1‑142 (MQ=255)
ttGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTg > 1:1263018/1‑149 (MQ=255)
ttGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTg > 4:1232786/1‑149 (MQ=255)
tGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTgg < 4:638283/149‑1 (MQ=255)
tGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTgg < 1:937358/149‑1 (MQ=255)
tGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTgg < 2:419526/149‑1 (MQ=255)
gAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGCCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCAtaa < 1:1348301/112‑3 (MQ=255)
aGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTggg > 4:1392428/1‑142 (MQ=255)
aGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTggg < 3:1392428/142‑1 (MQ=255)
gcggcACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGgtgt < 1:512520/71‑1 (MQ=255)
gcggcACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGgtgt > 2:512520/1‑71 (MQ=255)
ggcACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGc < 3:277406/149‑1 (MQ=255)
cacaAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTcc < 4:1365008/123‑1 (MQ=255)
cacaAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTcc > 3:1365008/1‑123 (MQ=255)
acaAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGtggtggtgg < 1:842044/74‑1 (MQ=255)
acaAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCt > 4:805828/1‑77 (MQ=255)
acaAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCt < 3:805828/77‑1 (MQ=255)
acaAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAag > 3:645270/1‑149 (MQ=255)
acaAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAag > 3:1222749/1‑149 (MQ=255)
caAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCgg > 3:882914/1‑62 (MQ=255)
caAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCgg < 4:882914/62‑1 (MQ=255)
aGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGgt > 1:1269821/1‑61 (MQ=255)
aGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGgt < 2:1269821/61‑1 (MQ=255)
ttGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCAGTGTGGTGGTGGTCTAc > 1:1034773/1‑74 (MQ=255)
ttGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCAGTGTGGTGGTGGTCTAc < 2:1034773/74‑1 (MQ=255)
ggTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAag < 4:36146/149‑1 (MQ=255)
aTCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTgg < 1:263184/125‑1 (MQ=255)
tCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTg > 4:1323315/1‑149 (MQ=255)
gggCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTgg < 4:302056/116‑1 (MQ=255)
ttGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAaga > 1:1158141/1‑121 (MQ=255)
ttGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAaga < 2:1158141/121‑1 (MQ=255)
ttGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGtt < 3:57898/127‑1 (MQ=255)
ttATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGccc < 3:34427/65‑1 (MQ=255)
ttATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTcc < 1:1435364/90‑1 (MQ=255)
aTTCGGCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTg > 2:120832/1‑79 (MQ=39)
aTTCGGCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGa > 1:222634/1‑145 (MQ=255)
aTTCGGCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGa < 2:222634/145‑1 (MQ=255)
ttCGGCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGt > 2:849361/1‑120 (MQ=255)
ttCGGCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGAt > 3:931281/1‑149 (MQ=255)
tCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGATGCATTGCTGAGTGATg > 4:189738/1‑149 (MQ=255)
gCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGa > 3:981209/1‑66 (MQ=255)
ccACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTggg < 2:304480/102‑1 (MQ=255)
ccACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGgcg > 2:1466538/1‑149 (MQ=255)
|
TGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCG > NC_000913/1304327‑1304617
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
