Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F69 I0 R1
|
1426 |
148.0 |
5875178 |
97.4% |
5722423 |
123.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,431,539 |
G→A |
6.2% |
V831I (GTT→ATT) |
stfR → |
Rac prophage; putative tail fiber protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,431,539 | 0 | G | A | 6.2%
| 370.9
/ 10.7
| 113 | V831I (GTT→ATT) | stfR | Rac prophage; putative tail fiber protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/52); new base A (2/5); total (56/57) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.93e-01 |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCTGTTCTACCGTT > NC_000913/1431395‑1431683
|
gCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTcc > 2:952752/1‑149 (MQ=255)
cATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCa > 4:1098823/1‑149 (MQ=255)
aTTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCAt > 4:860395/1‑149 (MQ=255)
aTTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCAt > 1:611709/1‑149 (MQ=255)
caacaaAGCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGcc < 2:402641/149‑1 (MQ=255)
caacaaAGCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATACGGATGGTGGCATTCCATGGAACGcc < 4:80774/149‑1 (MQ=255)
aacaaAGCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCATTCCATGGAACGcca < 3:1363394/149‑2 (MQ=255)
acaaAGCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCATTCCATGGAACGccac < 4:656343/149‑3 (MQ=255)
aaggCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATgg < 4:537636/136‑1 (MQ=255)
aaggCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATgg > 3:537636/4‑139 (MQ=255)
aaGCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCATTCCATGGAACGcc > 2:496415/1‑144 (MQ=255)
aaGCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCATTCCATGGAACGcc < 1:496415/144‑1 (MQ=255)
cTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTAC‑TTAACCGCCGCGCATGTGGCCTCTTTTTGCAGAAGGGCAAACGATAAATATGCCGATGCGGATGGTTGCGTTCCATGGAATGCCGGATCTGgc > 2:31269/1‑149 (MQ=255)
aaaCGCCAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCt > 1:921845/1‑149 (MQ=255)
aCGCCAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATg > 2:984680/1‑128 (MQ=255)
aCGCCAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATg < 1:984680/128‑1 (MQ=255)
ccAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACaa < 1:952752/149‑1 (MQ=255)
cAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGa > 3:1320007/1‑133 (MQ=255)
cAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGa < 4:1320007/133‑1 (MQ=255)
cAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAAt > 2:612412/1‑149 (MQ=255)
aaGGCGGGTTTTTTGTTTTTGAGTTGGTTGGTTCCAAAG‑TATTAATTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATg < 1:31269/149‑1 (MQ=255)
gggTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCAcc < 2:921845/149‑1 (MQ=255)
gTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCg > 3:869663/1‑149 (MQ=255)
tGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTg < 3:1370039/149‑1 (MQ=255)
ggTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTAACCCGCTCTgg < 3:860395/149‑1 (MQ=255)
tg‑tTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTTGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTc > 4:745144/1‑136 (MQ=255)
g‑tTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGa > 2:100433/1‑149 (MQ=255)
ttGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGTCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGAc > 4:796164/1‑149 (MQ=255)
ttGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGAc < 1:612412/149‑1 (MQ=255)
gAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAg > 4:224547/1‑149 (MQ=255)
ttGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCtat < 1:100433/149‑1 (MQ=255)
tGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc < 2:730748/136‑1 (MQ=255)
tGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTACCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACTCGCTCTGGc > 1:730748/1‑136 (MQ=255)
ttCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTgg > 2:210418/1‑149 (MQ=255)
tCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGt < 4:1339439/149‑1 (MQ=255)
aaaGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGcc > 2:1339505/1‑96 (MQ=255)
aaaGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGcc < 1:1339505/96‑1 (MQ=255)
aaaGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGgc > 4:697166/1‑105 (MQ=255)
aaaGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGgc < 3:697166/105‑1 (MQ=255)
aaaGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTaa > 3:122821/1‑149 (MQ=255)
tatTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCATTCCATGGAACGcca > 2:613547/1‑91 (MQ=255)
tatTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCATTCCATGGAACGcca < 1:613547/92‑2 (MQ=255)
atTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCta < 4:122821/149‑1 (MQ=255)
ttACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCa > 2:1025541/1‑80 (MQ=255)
ttACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCa < 1:1025541/80‑1 (MQ=255)
ttACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTc > 3:827969/1‑146 (MQ=255)
ttACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTc < 4:827969/146‑1 (MQ=255)
ttACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGACACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCa < 3:421906/80‑1 (MQ=255)
ttACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGACACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCa > 4:421906/1‑80 (MQ=255)
cTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACaa > 1:619504/1‑103 (MQ=255)
cTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACaa < 2:619504/103‑1 (MQ=255)
cTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTg > 4:1233736/1‑134 (MQ=255)
cTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTg < 3:1233736/134‑1 (MQ=255)
tttAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCta > 3:672265/1‑144 (MQ=255)
tttAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCg > 4:329075/1‑149 (MQ=255)
tttAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCg > 4:523067/1‑149 (MQ=255)
tttAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCg > 2:762097/1‑149 (MQ=255)
ttAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCgg > 1:263171/1‑149 (MQ=255)
gccgcGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGa > 1:1415690/1‑144 (MQ=255)
gcgcATGTGGCTGCTTTTGTCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAg < 3:796164/149‑1 (MQ=255)
gtgGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTc < 4:1145600/126‑1 (MQ=255)
gtgGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTc > 3:1145600/1‑126 (MQ=255)
gctgctTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATc < 1:503330/71‑1 (MQ=255)
gctgctTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATc > 2:503330/1‑71 (MQ=255)
ctgctTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGAcc > 3:169160/1‑149 (MQ=255)
tgctTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGAccc > 2:86195/1‑149 (MQ=255)
ccAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATg > 2:1246396/1‑149 (MQ=255)
cAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGa < 3:523067/149‑1 (MQ=255)
cAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGa < 1:762097/149‑1 (MQ=255)
aGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGtt > 2:712507/1‑105 (MQ=255)
aGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGtt < 1:712507/105‑1 (MQ=255)
aGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGaa < 3:10651/127‑1 (MQ=255)
gAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTg > 1:367023/1‑101 (MQ=255)
gAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTg < 2:367023/101‑1 (MQ=255)
aaCGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCAtt > 3:824649/1‑149 (MQ=255)
aaCGAATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATGTGGGGCTTACAATGTCACGCGCTTTGGCGACAGCTATGTTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGCCGGAAGTTGCCGGACCTTGCCGATGAAGGCGCAtt > 2:107575/1‑149 (MQ=255)
aCGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTa < 3:329075/149‑1 (MQ=255)
aCGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTa < 2:263171/149‑1 (MQ=255)
ggATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGgcgc < 1:689462/143‑1 (MQ=255)
ggATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGgcgc > 2:689462/1‑143 (MQ=255)
ggATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACa < 3:198251/149‑1 (MQ=255)
tACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGcc < 4:84548/119‑1 (MQ=255)
tACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGcc > 3:84548/1‑119 (MQ=255)
atatGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCta < 3:534377/96‑1 (MQ=255)
atatGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCta > 4:534377/1‑96 (MQ=255)
atGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAg > 4:390754/1‑131 (MQ=255)
atGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAg < 3:390754/131‑1 (MQ=255)
tGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAAtggtg < 3:1098823/149‑1 (MQ=255)
ccGATGCGGCTGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATggtggt < 1:107575/149‑1 (MQ=255)
gATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTATAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTg < 3:1246175/78‑1 (MQ=255)
gATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTg > 4:1246175/1‑78 (MQ=255)
gATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCt > 3:80124/1‑149 (MQ=255)
tggtggCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCTGTTCTAcc < 4:1158572/149‑1 (MQ=255)
gtggCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCTGTTCTACCGt > 1:1286945/1‑149 (MQ=255)
tggCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCTGTTCTACCGtt < 2:966675/149‑1 (MQ=255)
tggCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCTGTTCTACCGtt > 1:1338860/1‑149 (MQ=255)
gCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTc > 1:115063/1‑135 (MQ=255)
gCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTc < 2:115063/135‑1 (MQ=255)
gCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCt > 1:451747/1‑136 (MQ=255)
gCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCt < 2:451747/136‑1 (MQ=255)
|
GCATTAACAGCAACAAAGCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTG‑TTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCTGTTCTACCGTT > NC_000913/1431395‑1431683
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
