Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F69 I0 R1
|
1426 |
148.0 |
5875178 |
97.4% |
5722423 |
123.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,431,550 |
T→C |
6.1% |
N834N (AAT→AAC) |
stfR → |
Rac prophage; putative tail fiber protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,431,550 | 0 | T | C | 6.1%
| 376.1
/ 8.5
| 111 | N834N (AAT→AAC) | stfR | Rac prophage; putative tail fiber protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/53); new base C (2/5); total (53/58) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CAACAAAGCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTGTTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCTGTTCTACCGTTCTTCAAGAGACGG > NC_000913/1431405‑1431696
|
caacaaAGCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTGTTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGcc < 2:402641/149‑1 (MQ=255)
caacaaAGCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTGTTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATACGGATGGTGGCATTCCATGGAACGcc < 4:80774/149‑1 (MQ=255)
aacaaAGCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTGTTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCATTCCATGGAACGcca < 3:1363394/149‑2 (MQ=255)
acaaAGCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTGTTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCATTCCATGGAACGccac < 4:656343/149‑3 (MQ=255)
aaGCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTGTTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCATTCCATGGAACGcc < 1:496415/144‑1 (MQ=255)
cTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTGTTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTgg < 1:612476/149‑1 (MQ=255)
cTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTGTTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTAC‑TTAACCGCCGCGCATGTGGCCTCTTTTTGCAGAAGGGCAAACGATAAATATGCCGATGCGGATGGTTGCGTTCCATGGAATGCCGGATCTGgc > 2:31269/1‑149 (MQ=255)
aaaCGCCAAGACGGGTTTCTGGTGTTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCt > 1:921845/1‑149 (MQ=255)
aaaCGACAAGACGGGTTTCTGGTGTTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCt < 2:902036/149‑1 (MQ=255)
ccAAGACGGGTTTCTGGTGTTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACaa < 1:952752/149‑1 (MQ=255)
cAAGACGGGTTTCTGGTGTTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGa < 4:1320007/133‑1 (MQ=255)
cAAGACGGGTTTCTGGTGTTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGa > 3:1320007/1‑133 (MQ=255)
cAAGACGGGTTTCTGGTGTTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAAt > 2:612412/1‑149 (MQ=255)
gggTTTCTGGTGTTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCAcc < 2:921845/149‑1 (MQ=255)
gTTTCTGGTGTTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCg > 3:869663/1‑149 (MQ=255)
ttCTGGTGTTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGct < 2:611709/149‑1 (MQ=255)
tGGTGTTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTg < 3:1370039/149‑1 (MQ=255)
ggTGTTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTAACCCGCTCTgg < 3:860395/149‑1 (MQ=255)
tgtTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTTGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTc > 4:745144/1‑136 (MQ=255)
tgtTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTc < 3:745144/136‑1 (MQ=255)
gtTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGa > 2:100433/1‑149 (MQ=255)
ttGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGTCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGAc > 4:796164/1‑149 (MQ=255)
ttGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGAc < 1:612412/149‑1 (MQ=255)
gAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAg > 4:224547/1‑149 (MQ=255)
ttGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCtat < 1:100433/149‑1 (MQ=255)
tGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc < 2:730748/136‑1 (MQ=255)
tGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTACCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACTCGCTCTGGc > 1:730748/1‑136 (MQ=255)
ttCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTgg > 2:210418/1‑149 (MQ=255)
tCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGt < 4:1339439/149‑1 (MQ=255)
aaaGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGcc > 2:1339505/1‑96 (MQ=255)
aaaGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGcc < 1:1339505/96‑1 (MQ=255)
aaaGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGgc > 4:697166/1‑105 (MQ=255)
aaaGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGgc < 3:697166/105‑1 (MQ=255)
aaaGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTaa > 3:122821/1‑149 (MQ=255)
tatTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCATTCCATGGAACGcca < 1:613547/92‑2 (MQ=255)
tatTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCATTCCATGGAACGcca > 2:613547/1‑91 (MQ=255)
atTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCta < 4:122821/149‑1 (MQ=255)
ttACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTc > 3:827969/1‑146 (MQ=255)
ttACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTc < 4:827969/146‑1 (MQ=255)
cTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACaa < 2:619504/103‑1 (MQ=255)
cTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACaa > 1:619504/1‑103 (MQ=255)
cTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTg > 4:1233736/1‑134 (MQ=255)
tttAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCta > 3:672265/1‑144 (MQ=255)
tttAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCta < 4:672265/144‑1 (MQ=255)
tttAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCg > 4:329075/1‑149 (MQ=255)
tttAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCg > 4:523067/1‑149 (MQ=255)
tttAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCg > 2:762097/1‑149 (MQ=255)
ttAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCgg > 1:263171/1‑149 (MQ=255)
tAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGa < 3:224547/149‑1 (MQ=255)
gccgcGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGa > 1:1415690/1‑144 (MQ=255)
gccgcGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGa < 2:1415690/144‑1 (MQ=255)
gcgcATGTGGCTGCTTTTGTCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAg < 3:796164/149‑1 (MQ=255)
gtgGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTc > 3:1145600/1‑126 (MQ=255)
gtgGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTc < 4:1145600/126‑1 (MQ=255)
gctgctTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATc < 1:503330/71‑1 (MQ=255)
gctgctTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATc > 2:503330/1‑71 (MQ=255)
ctgctTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGAcc > 3:169160/1‑149 (MQ=255)
ctgctTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGAcc > 4:198251/1‑149 (MQ=255)
ttttGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGc > 3:1158572/1‑149 (MQ=255)
ccAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATg < 1:210418/149‑1 (MQ=255)
ccAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATg > 2:1246396/1‑149 (MQ=255)
cAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGa < 1:762097/149‑1 (MQ=255)
cAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGa < 3:523067/149‑1 (MQ=255)
aGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGtt > 2:712507/1‑105 (MQ=255)
aGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGaa < 3:10651/127‑1 (MQ=255)
aGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGaa > 4:10651/1‑127 (MQ=255)
gAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTg > 1:367023/1‑101 (MQ=255)
gAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTg < 2:367023/101‑1 (MQ=255)
aaCGAATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATGTGGGGCTTACAATGTCACGCGCTTTGGCGACAGCTATGTTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGCCGGAAGTTGCCGGACCTTGCCGATGAAGGCGCAtt > 2:107575/1‑149 (MQ=255)
aCGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTa < 2:263171/149‑1 (MQ=255)
ggATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGgcgc > 2:689462/1‑143 (MQ=255)
ggATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGgcgc < 1:689462/143‑1 (MQ=255)
ggATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACa < 3:198251/149‑1 (MQ=255)
tACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGcc < 4:84548/119‑1 (MQ=255)
tACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGcc > 3:84548/1‑119 (MQ=255)
atatGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCta < 3:534377/96‑1 (MQ=255)
atatGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAAtg > 1:966675/1‑149 (MQ=255)
atGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAg < 3:390754/131‑1 (MQ=255)
atGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAg > 4:390754/1‑131 (MQ=255)
tGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAAtggtg < 3:1098823/149‑1 (MQ=255)
ccGATGCGGCTGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATggtggt < 1:107575/149‑1 (MQ=255)
gATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTATAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTg < 3:1246175/78‑1 (MQ=255)
gATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCt > 3:80124/1‑149 (MQ=255)
tggtggCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCTGTTCTAcc < 4:1158572/149‑1 (MQ=255)
gtggCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCTGTTCTACCGt > 1:1286945/1‑149 (MQ=255)
tggCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCTGTTCTACCGtt < 2:966675/149‑1 (MQ=255)
tggCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCTGTTCTACCGtt > 1:1338860/1‑149 (MQ=255)
gCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTc > 1:115063/1‑135 (MQ=255)
gCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTc < 2:115063/135‑1 (MQ=255)
gCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCt < 2:451747/136‑1 (MQ=255)
gCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCt > 1:451747/1‑136 (MQ=255)
cATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTc > 4:1414540/1‑57 (MQ=255)
cATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTc < 3:1414540/57‑1 (MQ=255)
cATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCt < 1:863034/130‑1 (MQ=255)
cATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCt > 2:863034/1‑130 (MQ=255)
aTGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCTGTTCTACCGTTCTTCAagag > 3:1279832/1‑149 (MQ=255)
gAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCTGTTCTa > 4:339726/1‑132 (MQ=255)
gAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCTGTTCTa < 3:339726/132‑1 (MQ=255)
gAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCTGTTCTAcc > 1:1154282/1‑134 (MQ=255)
aaTGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCTGTTCTACCGTTCTTCAAGAGACgg < 4:824649/149‑1 (MQ=255)
|
CAACAAAGCTGCAAACGCCAAGACGGGTTTCTGGTGTTGAGTTTGATGGTTCCAAAGATATTACTTTAACCGCCGCGCATGTGGCTGCTTTTGCCAGAAGGGCAACGGATACATATGCCGATGCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGCGACAGCTATATTCTGGTTAACTTCTATACCGGAGTCGGAAGTTGCCGGACCCTGCAGATGAAGGCGCATTACAGAAATGGTGGTCTGTTCTACCGTTCTTCAAGAGACGG > NC_000913/1431405‑1431696
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
