Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F69 I0 R1
|
1426 |
148.0 |
5875178 |
97.4% |
5722423 |
123.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,567,603 |
C→A |
7.4% |
V407V (GTG→GTT) |
yddW ← |
liprotein, glycosyl hydrolase homolog |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,567,603 | 0 | C | A | 7.4%
| 481.6
/ 20.1
| 135 | V407V (GTG→GTT) | yddW | liprotein, glycosyl hydrolase homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (66/59); new base A (5/5); total (71/64) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
GTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAGTAAGAATGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGATATACAGGCGGGTCCTGGTCGGTTTAACGACATCCGCC > NC_000913/1567467‑1567750
|
gTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAGTAAGAATGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTa > 2:302416/1‑149 (MQ=255)
tAAAGCACCGGCTTGTTACAAAGTAAGAATGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTaa > 1:745446/1‑149 (MQ=255)
tAAAGCACCGGCTTGTTACAAAGTAAGAATGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTaa > 3:448599/1‑149 (MQ=255)
aaGCACCGGCTTGTTACAAAGTAAGAATGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGa < 2:745446/149‑1 (MQ=255)
ttGTTACAAAGTAAGAATGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGATTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGATGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAgctgct > 1:1190344/1‑149 (MQ=255)
ttACAAAGTAAGAATGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGAACAGCATCGTTaa < 1:706734/134‑1 (MQ=255)
ttACAAAGTAAGAATGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGAACAGCATCGTTaa > 2:706734/1‑134 (MQ=255)
tACAAAGTAAGAATGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCttttt < 2:1190344/149‑1 (MQ=255)
aCAAAGTAAGAATGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGAACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCttttt > 4:377741/1‑148 (MQ=255)
aCAAAGTAAGAATGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGAACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCttttt < 3:377741/148‑1 (MQ=255)
aCAAAGTAAGAATGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGAACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCttttt > 4:784724/1‑148 (MQ=255)
aCAAAGTAAGAATGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGAACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCttttt < 3:784724/148‑1 (MQ=255)
tAAGAATGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGtt < 4:518860/124‑1 (MQ=255)
aaGAATGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTcc < 4:703353/148‑1 (MQ=255)
aaGAATGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTcc > 3:703353/1‑148 (MQ=255)
aGAATGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCgg > 3:323832/1‑149 (MQ=255)
gAATGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGt > 3:816272/1‑149 (MQ=255)
aaTGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTcc < 4:351908/145‑1 (MQ=255)
aaTGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTcc > 3:351908/1‑145 (MQ=255)
gggAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGt < 4:313695/116‑1 (MQ=255)
gggAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTAcgc > 4:943388/1‑149 (MQ=255)
gTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACgccgcc > 3:663143/1‑149 (MQ=255)
cTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAat > 2:239592/1‑149 (MQ=255)
gCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAatca < 2:594378/149‑1 (MQ=255)
ccccAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAatcat > 1:317210/1‑149 (MQ=255)
ccAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTaa > 4:1184968/1‑104 (MQ=255)
ccAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGAt > 1:873497/1‑107 (MQ=255)
gCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAgc > 4:284418/1‑109 (MQ=255)
gCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAgc < 3:284418/109‑1 (MQ=255)
gCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGctct > 1:502550/1‑149 (MQ=255)
gATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATc > 2:1421824/1‑149 (MQ=255)
tAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCtt < 2:828507/149‑1 (MQ=255)
aGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCttt < 1:1421824/149‑1 (MQ=255)
gCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTc > 1:94960/1‑149 (MQ=255)
cTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCa < 1:239592/149‑1 (MQ=255)
cTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGAACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAatcatc > 1:478041/1‑122 (MQ=255)
cTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGAACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAatcatc < 2:478041/122‑1 (MQ=255)
gttgAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTcc < 4:1280412/98‑1 (MQ=255)
gttgAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTcc > 3:1280412/1‑98 (MQ=255)
gttgAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCgg < 2:652575/100‑1 (MQ=255)
gttgAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCgg > 1:652575/1‑100 (MQ=255)
ttgAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGa < 2:999840/138‑1 (MQ=255)
ttgAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGa > 1:999840/1‑138 (MQ=255)
gAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGaa > 3:856648/1‑137 (MQ=255)
gAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGaa < 4:856648/137‑1 (MQ=255)
tGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCTCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTc < 3:999078/89‑1 (MQ=255)
tGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAgctgc > 3:490102/1‑78 (MQ=255)
tGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAgctgc < 4:490102/78‑1 (MQ=255)
tGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCAc > 3:578089/1‑139 (MQ=255)
gTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAg > 1:1022220/1‑129 (MQ=255)
tttATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAgg > 4:735804/1‑149 (MQ=255)
aTTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATc < 3:716351/118‑1 (MQ=255)
aTTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGa > 1:297136/1‑149 (MQ=255)
aTTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGa > 3:498065/1‑149 (MQ=255)
ttCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGaa > 3:1235501/1‑143 (MQ=255)
ttCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGc > 3:1312100/1‑146 (MQ=255)
ttCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGc < 4:1312100/146‑1 (MQ=255)
tCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTAc < 1:577621/85‑1 (MQ=255)
tCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTAc > 2:577621/1‑85 (MQ=255)
tCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCAc > 2:1187199/1‑133 (MQ=255)
tCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCAc < 1:1187199/133‑1 (MQ=255)
aGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTAt > 1:555104/1‑113 (MQ=255)
gATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCg > 1:1418509/1‑149 (MQ=255)
gATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCg > 3:598399/1‑149 (MQ=255)
aTAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGa < 4:663143/149‑1 (MQ=255)
aGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGata > 3:29329/1‑149 (MQ=255)
gTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGatat > 2:548288/1‑149 (MQ=255)
gTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGAACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAatcatc < 4:698247/94‑1 (MQ=255)
tCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAatc > 4:207437/1‑90 (MQ=255)
tCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAatc < 3:207437/90‑1 (MQ=255)
tCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGAtata > 2:1261806/1‑149 (MQ=255)
tCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGATATACAg > 2:1086045/1‑149 (MQ=255)
tCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGATATACAg < 4:29329/149‑1 (MQ=255)
ggAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCAc > 1:1025856/1‑114 (MQ=255)
ggAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCAc < 2:1025856/114‑1 (MQ=255)
aaCAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGaa < 4:776601/125‑1 (MQ=255)
aaCAAGATGGTGCCGCTAATCTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCa > 4:1038903/1‑86 (MQ=255)
aaCAAGATGGTGCCGCTAATCTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCa < 3:1038903/86‑1 (MQ=255)
aCAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCTACTTTATAGAAGGCGATACCg > 1:1400440/1‑134 (MQ=255)
aCAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCg < 2:1400440/134‑1 (MQ=255)
aCAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGATATACAGGCGGGTc > 1:199025/1‑149 (MQ=255)
cAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGATATACAGGCGGGTcc < 2:1418509/149‑1 (MQ=255)
aGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCAc > 2:1445135/1‑112 (MQ=255)
aGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCAc < 1:1445135/112‑1 (MQ=255)
gATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGat < 4:208453/132‑1 (MQ=255)
gATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGat > 3:208453/1‑132 (MQ=255)
gATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGATATACAGGCgg > 2:1175349/1‑142 (MQ=255)
gATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGATATACAGGCgg < 1:1175349/142‑1 (MQ=255)
aTGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGATATACAGGCGGGTCCTGGt < 2:94960/149‑1 (MQ=255)
gTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAgg > 1:1354556/1‑118 (MQ=255)
gTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAgg < 2:1354556/118‑1 (MQ=255)
gTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGATATACAGGCGGGTCCTGGTCgg < 3:735804/149‑1 (MQ=255)
gCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGATATACAGGCGGGTCCTGGTCGGtt < 1:1086045/149‑1 (MQ=255)
gCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGATATACAGGCGGGTCCTGGTCGGtt < 2:502550/149‑1 (MQ=255)
ccGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGATATACAGGCGGGTCCTGGTCGGttt < 4:498065/149‑1 (MQ=255)
gCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGATATACAGGCGGGTCCTGGTCGGTTTaa < 4:428271/149‑1 (MQ=255)
tttCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGATATACAGGCGGGTCCTGGTCGGTTTAACGACa > 2:1077794/1‑149 (MQ=255)
gCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGc < 3:169988/103‑1 (MQ=255)
gCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGc > 4:169988/1‑103 (MQ=255)
gCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGATATACAGGCGGGTCCTGGTCGGTTTAACGACATCCGcc < 1:1261806/149‑1 (MQ=255)
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GTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAGTAAGAATGGGAGTTTAACTGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTCCTCACGGAACAAGATGGTGCCGCTAATTTCGGGCACAGCATCGTTAAGATCGAGCTGCTTTTTCAGTTCCGGTACGCCGCCGTTAATCATCCAGTCTGGCTCTATCTTTGAAGGTTCACCCACTTTATAGAAGGCGATACCGATATACAGGCGGGTCCTGGTCGGTTTAACGACATCCGCC > NC_000913/1567467‑1567750
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
