Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F69 I0 R1
|
1426 |
148.0 |
5875178 |
97.4% |
5722423 |
123.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,232,804 |
A→T |
6.2% |
intergenic (+76/‑74) |
cdd → / → sanA |
cytidine/deoxycytidine deaminase/DUF218 superfamily vancomycin high temperature exclusion protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,232,804 | 0 | A | T | 6.2%
| 456.1
/ 13.6
| 127 | intergenic (+76/‑74) | cdd/sanA | cytidine/deoxycytidine deaminase/DUF218 superfamily vancomycin high temperature exclusion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (57/62); new base T (4/4); total (61/66) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.99e-01 |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
AGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGTTGACTGTGCTCGGCCTCGATC > NC_000913/2232658‑2232950
|
aGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGt < 4:327164/149‑1 (MQ=255)
gTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGtt > 3:103078/1‑149 (MQ=255)
aTGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCg < 3:476121/149‑1 (MQ=255)
tGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACTGTTTGCCgg < 2:301064/149‑2 (MQ=255)
aCCGCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCt > 1:1258854/1‑149 (MQ=255)
ccTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACATTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGTATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCtt > 2:646020/1‑149 (MQ=255)
ccTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCtt < 4:290036/149‑1 (MQ=255)
ccTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCtt > 3:1129987/1‑149 (MQ=255)
cTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTg < 1:382883/149‑1 (MQ=255)
tCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTgc > 3:531634/1‑149 (MQ=255)
tCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTgc > 1:674961/1‑149 (MQ=255)
cGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAAc < 3:866877/149‑1 (MQ=255)
tGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAg < 4:103078/149‑1 (MQ=255)
tGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAg > 3:411674/1‑149 (MQ=255)
aaaGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCg > 4:1336142/1‑149 (MQ=255)
aGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCggg > 2:1382266/1‑149 (MQ=255)
tctcGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTaa > 3:312739/1‑149 (MQ=255)
ctcGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTaaa > 4:66591/1‑149 (MQ=255)
cTGTCACATTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGc < 2:1258854/149‑1 (MQ=255)
tCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGttt < 1:1110479/111‑1 (MQ=255)
tCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGttt > 2:1110479/1‑111 (MQ=255)
tCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTg > 3:301187/1‑149 (MQ=255)
cacaGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGa < 4:531634/149‑1 (MQ=255)
acaGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTgc > 1:1066874/1‑121 (MQ=255)
acaGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTgc < 2:1066874/121‑1 (MQ=255)
acaGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGAt < 3:1397241/149‑1 (MQ=255)
aTCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTaaa < 2:870768/134‑1 (MQ=255)
aTCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTaaa > 1:870768/1‑134 (MQ=255)
aTCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGaaa < 1:1382266/149‑1 (MQ=255)
gACCGATTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCt < 3:765365/138‑1 (MQ=255)
gACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAAttt > 2:1231723/1‑149 (MQ=255)
aCCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGttt < 2:326450/100‑1 (MQ=255)
aCCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGttt > 1:326450/1‑100 (MQ=255)
aGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGc < 1:902145/119‑1 (MQ=255)
gTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTa > 3:803450/1‑149 (MQ=255)
tGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAg > 3:293922/1‑149 (MQ=255)
gCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGa < 4:411674/149‑1 (MQ=255)
cTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGAt < 3:1336142/149‑1 (MQ=255)
ttCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACTGTTTGCCggg > 4:1231158/1‑95 (MQ=255)
ttCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGtt < 2:470524/90‑1 (MQ=255)
ttCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGACCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGtt > 1:470524/1‑90 (MQ=255)
tcGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCGGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGc < 3:1356197/123‑1 (MQ=255)
gCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGtc > 3:1196732/1‑149 (MQ=255)
ttAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCgg < 3:340854/109‑1 (MQ=255)
ttAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGtctc > 1:891076/1‑149 (MQ=255)
ttAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGtctc < 2:891076/149‑1 (MQ=255)
aaGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCt > 1:1008720/1‑149 (MQ=255)
aGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTg < 4:803450/149‑1 (MQ=255)
ggTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGt < 4:293922/149‑1 (MQ=255)
ggTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGt < 4:1196732/149‑1 (MQ=255)
tGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGaaa > 4:721929/1‑119 (MQ=255)
ccGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGaa < 4:284399/116‑1 (MQ=255)
cGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAg > 2:827481/1‑149 (MQ=255)
ggATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGtc < 2:1350752/133‑1 (MQ=255)
ggATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGtc > 1:1350752/1‑133 (MQ=255)
ggcgTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTa < 2:852957/118‑1 (MQ=255)
ggcgTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTa > 1:852957/1‑118 (MQ=255)
ggcgTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCgtgt > 3:1366383/1‑149 (MQ=255)
ggcgTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCgtgt > 4:1336268/1‑149 (MQ=255)
gTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTcc > 1:686502/1‑149 (MQ=255)
tGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCgtg < 1:1412861/144‑1 (MQ=255)
cGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTc < 2:1454247/143‑1 (MQ=255)
cGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGc < 1:455372/149‑1 (MQ=255)
gCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCt < 3:642484/144‑1 (MQ=255)
gCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCt > 4:642484/1‑144 (MQ=255)
cTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTa > 4:846418/1‑128 (MQ=255)
cTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGtt > 4:161599/1‑139 (MQ=255)
cTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGtt < 3:161599/139‑1 (MQ=255)
ttGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGt > 3:745962/1‑149 (MQ=255)
gTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTa < 4:312739/149‑1 (MQ=255)
cGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTaaa < 4:604379/77‑1 (MQ=255)
cGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTc < 1:171472/149‑1 (MQ=255)
cGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTc < 4:327046/149‑1 (MQ=255)
ggCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTaaa > 4:127904/1‑123 (MQ=255)
ggCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTaaa < 3:127904/123‑1 (MQ=255)
ggCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTcc > 4:96599/1‑149 (MQ=255)
gCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCt > 3:68569/1‑149 (MQ=255)
tGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGAt < 2:686502/149‑1 (MQ=255)
tGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGAt < 4:68569/149‑1 (MQ=255)
cAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCgg < 3:66591/149‑1 (MQ=255)
gCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGAt > 2:408341/1‑77 (MQ=255)
tctcCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTc < 2:76135/120‑1 (MQ=255)
tctcCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTc > 1:76135/1‑120 (MQ=255)
ctcCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTtgctg < 4:745962/149‑1 (MQ=255)
cTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGctgctg > 3:762644/1‑149 (MQ=255)
tGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTc < 3:978227/130‑1 (MQ=255)
tGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGt > 2:1019659/1‑149 (MQ=255)
tgtCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGa > 1:1213049/1‑131 (MQ=255)
tgtCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGTTGa > 4:1033270/1‑149 (MQ=255)
tCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGTTGACt < 2:34203/149‑1 (MQ=255)
gAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTc > 3:663742/1‑123 (MQ=255)
aagaaacGGCAAACTGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGTTGACTGTGc > 4:1176360/7‑149 (MQ=255)
aacGGCAAACTGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTc > 2:57062/3‑117 (MQ=255)
aacGGCAAACTGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTc < 1:57062/115‑1 (MQ=255)
acGGCAAACTGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGATAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTACTGATCGGCTTGCTGCTGTTGACTGTGCTCGGc > 4:134389/2‑149 (MQ=255)
cGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGTTGACTGTGCTCGGcc < 1:405168/149‑1 (MQ=255)
cAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCa < 1:774851/101‑1 (MQ=255)
cAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCa > 2:774851/1‑101 (MQ=255)
aaaCAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGTTGACTGTGCTCGGCCTCGa < 3:1033270/149‑1 (MQ=255)
aCAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGTTGACTGTGCTCGGCCTCGATc < 3:1241512/149‑1 (MQ=255)
|
AGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGTTGACTGTGCTCGGCCTCGATC > NC_000913/2232658‑2232950
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
