Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F68 I0 R1
|
683 |
78.3 |
2772122 |
98.0% |
2716679 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,232,804 |
A→T |
8.2% |
intergenic (+76/‑74) |
cdd → / → sanA |
cytidine/deoxycytidine deaminase/DUF218 superfamily vancomycin high temperature exclusion protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,232,804 | 0 | A | T | 8.2%
| 243.6
/ 11.2
| 73 | intergenic (+76/‑74) | cdd/sanA | cytidine/deoxycytidine deaminase/DUF218 superfamily vancomycin high temperature exclusion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/33); new base T (3/3); total (37/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.61e-01 |
GGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGTTGACTGTGCTCGGCCTCGAT > NC_000913/2232662‑2232949
|
ggATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGc > 2:5920/1‑149 (MQ=255)
aTGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACTGTTTGCCg < 3:426997/149‑1 (MQ=255)
gCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGtt < 1:536399/149‑1 (MQ=255)
ccACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGttt < 4:628698/149‑1 (MQ=255)
ccACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGttt < 3:543593/149‑1 (MQ=255)
cACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACTGTTTGCCgggaa < 3:408592/149‑5 (MQ=255)
cACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTc < 4:167170/149‑1 (MQ=255)
aCCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCt > 1:257725/1‑149 (MQ=255)
ccTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCtt < 4:129047/149‑1 (MQ=255)
tCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTgc < 2:242341/149‑1 (MQ=255)
tCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTgc < 1:262122/149‑1 (MQ=255)
tCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTgc < 1:5920/149‑1 (MQ=255)
gCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCa > 4:269812/1‑149 (MQ=255)
gCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCa > 4:60509/1‑149 (MQ=255)
aaCGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCaaa > 3:172539/1‑149 (MQ=255)
gCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAAcc > 4:318874/1‑149 (MQ=255)
cTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCa > 3:28161/1‑149 (MQ=255)
tGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGCGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTACGGGTTGCCAGTCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAg < 2:287250/149‑1 (MQ=255)
tGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAg > 1:94200/1‑149 (MQ=255)
gAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGc < 4:314286/149‑1 (MQ=255)
aGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCggg < 1:42263/149‑1 (MQ=255)
aGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCggg > 1:318523/1‑149 (MQ=255)
tcGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACa < 2:309612/114‑1 (MQ=255)
tcGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACa > 1:309612/1‑114 (MQ=255)
ggCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTa < 3:617589/149‑1 (MQ=255)
ggCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTa < 4:637690/149‑1 (MQ=255)
tGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGcc > 2:679973/1‑149 (MQ=255)
gTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCt < 3:236940/149‑1 (MQ=255)
tCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACTGTTTGCCgg < 4:178054/116‑2 (MQ=255)
tCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACTGTTTGCCgg > 3:178054/1‑115 (MQ=255)
acaGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGAt < 1:413681/149‑1 (MQ=255)
gACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAAttt > 1:86097/1‑149 (MQ=255)
ccGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTc < 3:318874/149‑1 (MQ=255)
cGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCaaaa > 1:594500/1‑116 (MQ=255)
cGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCaaaa < 2:594500/116‑1 (MQ=255)
aGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCtt < 2:541066/149‑1 (MQ=255)
ttCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCgg < 1:151597/116‑1 (MQ=255)
ttCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCgg > 2:151597/1‑116 (MQ=255)
ttCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATc > 3:21328/1‑149 (MQ=255)
ctcGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGa > 2:508280/1‑149 (MQ=255)
ctcGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGa > 3:646561/1‑149 (MQ=255)
ttAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGtctc > 1:26629/1‑149 (MQ=255)
gCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGc > 2:690224/1‑149 (MQ=255)
gCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGc > 2:460172/1‑149 (MQ=255)
gCCAGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTGCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGGGTCGAAATTCCCCGCAAACAGTTTGCCGATTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGc > 2:566048/1‑149 (MQ=255)
cTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCAt < 3:125083/149‑1 (MQ=255)
ccGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTaaa < 4:172539/149‑1 (MQ=255)
gcggcgTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCgt < 2:318523/149‑1 (MQ=255)
gAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTc > 2:227746/1‑149 (MQ=255)
aaCGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCa > 2:642243/1‑149 (MQ=255)
aaCGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCa > 1:459860/1‑149 (MQ=255)
cGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGc < 4:46875/149‑1 (MQ=255)
cTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTg > 1:568947/1‑149 (MQ=255)
tCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAGAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCCGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAg > 4:121160/1‑149 (MQ=255)
ggCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTcc > 1:56743/1‑149 (MQ=255)
ggCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTcc < 4:28161/149‑1 (MQ=255)
gCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCt > 4:596225/1‑149 (MQ=255)
cAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCgg < 2:257725/149‑1 (MQ=255)
aGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGc < 1:17433/149‑1 (MQ=255)
gCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCt > 1:343211/1‑149 (MQ=255)
ctctCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTtgc < 4:21328/149‑1 (MQ=255)
ctcCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTtgctg < 4:646561/149‑1 (MQ=255)
ggTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAATACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGtt < 3:60509/149‑1 (MQ=255)
ggTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGt > 2:574440/1‑128 (MQ=255)
ggTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGt < 1:574440/128‑1 (MQ=255)
tCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGTTGACt > 4:44124/1‑149 (MQ=255)
gAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGTTGACtgt > 4:530552/1‑149 (MQ=255)
aaTTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGTTGACTGTGc > 3:196651/1‑149 (MQ=255)
aaaaggCAAACTGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTATTGACTGTGCTCg > 4:588424/5‑149 (MQ=255)
aacGGCAAACTGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGTTGACTGTGCTCgg > 2:281107/3‑149 (MQ=255)
cGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGc > 2:161352/1‑106 (MQ=255)
cGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGc < 1:161352/106‑1 (MQ=255)
gCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGTTGACTGTGCTCGGCCTc > 4:322965/1‑149 (MQ=255)
aaCAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGTTGACTGTGCTCGGCCTCGAt < 2:568947/149‑1 (MQ=255)
aaCAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGTTGACTGTGCTCGGCCTCGAt < 1:508280/149‑1 (MQ=255)
|
GGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGTTGACTGTGCTCGGCCTCGAT > NC_000913/2232662‑2232949
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
