Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F69 I0 R1
|
1426 |
148.0 |
5875178 |
97.4% |
5722423 |
123.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,284,338 |
C→T |
8.0% |
N70N (AAC→AAT) |
yejL → |
UPF0352 family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,284,338 | 0 | C | T | 8.0%
| 636.3
/ 34.1
| 199 | N70N (AAC→AAT) | yejL | UPF0352 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (95/88); new base T (8/8); total (103/96) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.90e-01 |
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
ACGTACTGGAAAAACATAAGGCTCCGACCGACCTTTCCCTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAATATTCTGCTTTCGCTCGTCATTGGCAGCCGTTAC > NC_000913/2284190‑2284486
|
tGGAAAAACATAAGGCTCCGACCGACCTTTCCCTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGAc > 4:1120550/1‑149 (MQ=255)
tAAGGCTCCGACCGACCTTTCCCTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGAc > 2:234040/1‑139 (MQ=255)
gCTCCGACCGACCTTTCCCTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAgg > 3:1441525/1‑149 (MQ=255)
cTCCGACCGACCTTTCCCTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAATGAAGACAAAGCGCACTAAggg < 3:925452/149‑1 (MQ=255)
tCCGACCGACCTTTCCCTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACaaa > 3:180193/1‑136 (MQ=255)
tCCGACCGACCTTTCCCTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACaaa < 4:180193/136‑1 (MQ=255)
gaccgaccTTTCCCTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAATGAAGACAAAGCGCACTAAGGGGAAc > 3:649481/1‑149 (MQ=255)
accgaccTTTCCCTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCAc < 2:1349577/138‑1 (MQ=255)
cgaccTTTCCCTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGa < 1:650543/149‑1 (MQ=255)
accTTTCCCTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAATGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATa > 4:962954/1‑149 (MQ=255)
accTTTCCCTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAATGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATa > 4:928058/1‑149 (MQ=255)
tttCCCTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACa > 3:15454/1‑149 (MQ=255)
tttCCCTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACa < 2:729482/149‑1 (MQ=255)
ttCCCCGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAg < 3:235429/149‑1 (MQ=255)
cTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGGACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTa < 4:1371171/149‑1 (MQ=255)
tGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAATGAAGACAAAGCGCACTAAGGGGAACAGATAACAGGTTAt < 4:649481/149‑1 (MQ=255)
ggTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTa > 1:565543/1‑149 (MQ=255)
ttAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTc > 2:663399/1‑149 (MQ=255)
gCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATaa > 1:1014791/1‑129 (MQ=255)
aaCATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATgg < 1:85099/137‑1 (MQ=255)
aaCATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATgg > 2:85099/1‑137 (MQ=255)
aaCATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTc > 3:529951/1‑149 (MQ=255)
aaCATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTc < 4:239839/149‑1 (MQ=255)
aaCATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTc > 3:993761/1‑149 (MQ=255)
aaCATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTc > 4:1068543/1‑149 (MQ=255)
aCATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAg > 3:1055957/1‑129 (MQ=255)
aTGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAgc < 3:1120550/149‑1 (MQ=255)
tGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAgcg > 4:1092918/1‑149 (MQ=255)
gTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCt > 4:1344693/1‑149 (MQ=255)
cACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTc < 1:750754/135‑1 (MQ=255)
aCTAACCTTATCAACACCAGTATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTAcc > 3:1230066/1‑149 (MQ=255)
aCTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAAc > 2:523637/1‑87 (MQ=255)
tAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAggg > 1:326825/1‑106 (MQ=255)
tAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGt > 1:521366/1‑149 (MQ=255)
tAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATCGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATc > 2:762049/1‑135 (MQ=255)
aaCCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCTGCGCCTGACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAgg < 3:1418913/119‑1 (MQ=255)
aCCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGa > 1:678156/1‑149 (MQ=255)
aCCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGa > 1:1223465/1‑149 (MQ=255)
ccTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGaa > 1:484743/1‑149 (MQ=255)
ttATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGa > 3:809007/1‑85 (MQ=255)
aTCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGa < 3:872801/83‑1 (MQ=255)
tCAACACCAGTATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGt < 4:1230066/149‑1 (MQ=255)
tCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGa > 1:139940/1‑82 (MQ=255)
acacCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGtctc > 2:1410962/1‑149 (MQ=255)
acacCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGAGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGtctc < 1:111388/149‑1 (MQ=255)
acCAGCATTGCCCCGGCCGAACGCCAGGCAATTGCCAACGCTGTTGCCCGCGACTTACACTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAAGGAAACAGGTAACAGGTTATGGTTACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTccc < 2:642168/149‑1 (MQ=255)
acCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTccc < 2:1223465/149‑1 (MQ=255)
acCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTccc < 3:229537/149‑1 (MQ=255)
ccAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGaaa > 3:337303/1‑95 (MQ=255)
ccAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATc < 4:802232/121‑1 (MQ=255)
cAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTcc < 2:868983/146‑1 (MQ=255)
cAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTcc > 1:868983/1‑146 (MQ=255)
gCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAAc < 4:148452/68‑1 (MQ=255)
cATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATg < 3:1344693/149‑1 (MQ=255)
ttGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAg < 4:896493/84‑1 (MQ=255)
gCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCa < 3:1068543/149‑1 (MQ=255)
cccGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCGACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGt > 1:644528/1‑149 (MQ=255)
ggCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTgg > 2:785101/1‑149 (MQ=255)
ccAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAATGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAAc > 1:780089/1‑100 (MQ=255)
ccAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGtct > 4:1098873/1‑129 (MQ=255)
ccAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGtct < 3:1098873/129‑1 (MQ=255)
aCGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAATGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCAc < 3:962954/149‑1 (MQ=255)
ccAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTgg < 1:633870/149‑1 (MQ=255)
aGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGtct < 1:197449/121‑1 (MQ=255)
aGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGtt > 3:323135/1‑149 (MQ=255)
ggCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGttt < 1:41905/149‑1 (MQ=255)
aaTTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGa > 4:301630/1‑71 (MQ=255)
aaTTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGa < 3:245223/71‑1 (MQ=255)
aaTTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCa < 4:529951/149‑1 (MQ=255)
ccAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGtt > 4:760234/1‑149 (MQ=255)
ccAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGtt < 3:1092918/149‑1 (MQ=255)
cAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAAc > 1:815718/1‑62 (MQ=255)
cAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATc < 2:722560/87‑1 (MQ=255)
cAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTggg > 4:552037/1‑129 (MQ=255)
cAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTggg < 3:552037/129‑1 (MQ=255)
aaCTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCa > 2:482601/1‑149 (MQ=255)
aaCTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCa > 1:1332003/1‑149 (MQ=255)
tctTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAata > 3:204586/1‑149 (MQ=255)
ttttGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATTGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAATAtt < 2:362994/149‑1 (MQ=255)
ttttGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTggg > 4:1038598/1‑123 (MQ=255)
ttttGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGtt < 4:323416/133‑1 (MQ=255)
ttttGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGc > 2:836273/1‑136 (MQ=255)
ccTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAATATTCTGCTTTCGCt < 3:760234/149‑1 (MQ=255)
cTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAATATTCTGCTTTc > 4:859989/1‑145 (MQ=255)
aGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGt > 1:1150225/1‑98 (MQ=255)
aGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGt < 2:1150225/98‑1 (MQ=255)
tCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGaaaaa > 4:232076/1‑82 (MQ=255)
tCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTggg > 1:83846/1‑104 (MQ=255)
tCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAATATTCTGCt > 2:1191858/1‑135 (MQ=255)
tCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAATATTCTGCt < 1:1191858/135‑1 (MQ=255)
tCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAATATTCTGCTTTCGCTCGTCATTg > 4:1188731/1‑149 (MQ=255)
ctctATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAATATTCTGCTTTCGCTCGTCATTGGc > 2:591438/1‑149 (MQ=255)
tATCAATGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTc > 4:205959/1‑119 (MQ=255)
tATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGtct < 2:1047918/81‑1 (MQ=255)
tCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTggg > 1:885643/1‑97 (MQ=255)
tCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAATATTCTGCTTTCGCTCGTCATTGGCAGCCg > 4:372231/1‑149 (MQ=255)
aCGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGt < 4:1423661/44‑1 (MQ=255)
aCGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGtt < 3:1302377/113‑1 (MQ=255)
aCGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGtt > 4:1302377/1‑113 (MQ=255)
aCGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGtt < 3:1035723/113‑1 (MQ=255)
|
ACGTACTGGAAAAACATAAGGCTCCGACCGACCTTTCCCTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAATATTCTGCTTTCGCTCGTCATTGGCAGCCGTTAC > NC_000913/2284190‑2284486
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
