Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F69 I1 R1
|
11 |
128.9 |
2630432 |
89.7% |
2359497 |
260.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,419,624 |
G→A |
intergenic (‑168/+141) |
ydaG ← / ← racR |
Rac prophage; uncharacterized protein/Rac prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,419,624 | 0 | G | A | 97.7%
| 291.5
/ NA
| 85 | intergenic (‑168/+141) | ydaG/racR | Rac prophage; uncharacterized protein/Rac prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (39/44); minor base C (2/0); total (41/44) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCCTGCCAGAGATCCCAGTCGTTGCTGCGTAAAGCCTGCACAGCCTGGTTGTAAGTGATACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGATACTTACCCACTTTCATTTCCATCGCTGCTATGTAGGCGCGAACATCGTGGTCAACCCAATCTGGTTCTG > NC_000913/1419353‑1419892
|
gcctcccacgtaTCCCAGGCGTTGTGTCCTCAAGCCTCCACATCCTGGGTTGAATTGACACCGCAACAATCCAACAACTACTGCACTACCTCGTAATGCACCATCCTATCTCCCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACtat < 4:274763/267‑1 (MQ=255)
ctgccAGAGATCCCAGTCGTTGCTGCGTAAAGCCTGCACAGCCTGGTTGTAAGTGATACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACta < 1:590606/275‑1 (MQ=255)
tgccAGAGATCCCAGTCGTTGCTGCGTAAAGCCTGCACAGCCTGGTTGTAAGTGATACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAgg < 2:194595/278‑1 (MQ=255)
cAGAGATCCCAGTCGTTGCTGCGTAAAGCCTGCACAGCCTGGTTGTAAGTGATACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTa < 2:196024/277‑1 (MQ=255)
cAGAGACCTCAGTCGCTGCCGCGTAAAGCCTGAACAGCCTGGTTATAAGTGATACCCCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTCGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTa < 4:484298/277‑1 (MQ=255)
agagATCCCAGTCGTTGCTGCGTAAAGCCTGCACAGCCTGGTTGTAAGTGATACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAgg < 3:471383/274‑1 (MQ=255)
gagaTCCCAGTCGTTGCTGCGTAAAGCCTGCACAGCCTGGTTGTAAGTTATACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTGACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTa < 1:246764/275‑1 (MQ=255)
agaTCCCAGTCGTTGCTGCGTAAAGCCTGCACAGCCTGGTTGTAAGTGATACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTa < 1:254401/274‑1 (MQ=255)
tggctgcGTAAGACCGTCACGGCCTGGTTGTAAGGGATACCGCAACAATCCAGCAAATACTGAACTACATCGTAATGCAACATCATATCTATCCCCTGAACGCCGGGTGGCTGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCAAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattgat < 3:656011/273‑1 (MQ=255)
gCCTGCACAGCCTGGTTGTAAGTGATACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCt < 1:71791/275‑1 (MQ=255)
cTGCACAGCCTGGTTGTAAGTGATACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTAt < 3:470980/275‑1 (MQ=255)
gCACAGCCTGGTTGTAAGTGATACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGt > 4:150301/1‑245 (MQ=255)
gCACAGCCTGGTTGTAAGTGATACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAACGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGc > 1:463105/1‑275 (MQ=255)
cacaGCCTGGTTGTAAGTGATACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTa < 2:150301/245‑1 (MQ=255)
gCCTGGTTGTAAGTGATACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTCCTTAACCCCTTACCCCTGCCTGGTAACTCGACGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATCGTTCATGCTTACTGGATTGTCCATAGGCTATCCCTACTGt > 4:26947/1‑277 (MQ=255)
ccTGGTTGTAAGTGATACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGCTTGTCAATAGGCTATGCCTaa > 1:179939/1‑273 (MQ=255)
cTGGTTGTAAGTGATACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTTATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGTAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTAAAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATg > 1:220040/1‑274 (MQ=255)
tgtaaaGAGATACCGCAAACATCCATCAAATCCTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTGTATCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTCACTGCTGCACTGCAAAATTGGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTAAAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGtttt < 3:220040/270‑1 (MQ=255)
gTAAGTGATACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTAGCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCAGACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAg < 1:285156/275‑1 (MQ=255)
gTAAGGGATACCGTAACCATCCATCAAATACTGACCTCCTTCGTAATGCACCAGCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTTGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTACCCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCNGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGt < 4:297330/278‑1 (MQ=255)
aGTGATACCGCAACAATCGATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCTTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGCAGTATTGCCCGGCGTCCTGTGGGGCGGGTGGGGTGGTCTGCTGAAACTATAGTTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTCTGCCTAATGTTTTGAGCGt > 1:72885/1‑275 (MQ=255)
aGTGATACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACTATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCCACTTAACCCCCTACCACTGCCTGGCAACCCGAAGTATTGCGCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGGGGGTGGGTTGCGGAAACTATAGGTAATGCCTGATGGATTGTTCATAGGCGATGCCTATAGGTTTGGGCGTacc > 4:46543/1‑276 (MQ=255)
aTACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGTGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTaa > 3:281051/1‑234 (MQ=255)
aTACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGCAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTCATGTTTTGAGCGTAAcc > 1:22693/1‑275 (MQ=255)
aTACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGttt > 2:488902/1‑264 (MQ=255)
tACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGGGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATttttgtgtggtaacct > 1:335874/1‑263 (MQ=255)
cGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattga < 1:281051/234‑1 (MQ=255)
tCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATg > 3:392368/1‑275 (MQ=255)
tACTCAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGATGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTGGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTACCCCCTTACCACTGCCTGGTAAATCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCt < 1:362621/230‑1 (MQ=255)
cTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGa < 1:306599/275‑1 (MQ=255)
aaCTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACtata > 3:100716/1‑196 (MQ=255)
aaCTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTTAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAg > 3:261263/1‑275 (MQ=255)
aaCTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGACCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGGGGTAGGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATGGATTGTCAATAGGCTATGCCTAAGGCTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGATAGGCGAAAg > 3:597676/1‑275 (MQ=255)
actTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTa < 1:100716/196‑1 (MQ=255)
ctTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACCGCAGtaatcgagt > 1:487287/1‑269 (MQ=255)
ctTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATg > 3:555846/1‑275 (MQ=255)
cGTAATGCACCCTCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGAGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCATCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTGCTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTATGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAGCTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATggggggg < 2:46543/278‑1 (MQ=255)
gTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCGTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATggggg < 1:555846/275‑1 (MQ=255)
cATCTAATCGCCCCCCTGAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACg < 2:374509/278‑1 (MQ=255)
tCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCTTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGAGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTTTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCTTAACTTAATAGGTGATGGCGACAGCGGAAAGGGATGGGGGGGTTATAAAAc > 3:367300/1‑275 (MQ=255)
tCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGc > 2:130334/1‑204 (MQ=255)
cTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCt < 4:130334/204‑1 (MQ=255)
ttcccccTTACGGCCGGTTGAGGGAACTACCGGCCGACCTGAAAAATTTGACTCCCGCCGTCATGTTCAGACGCCTCGGGCTTGCTACTTAACCCCTTTCCACTGCCTGGTAACGCGATGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAgg < 4:228084/275‑1 (MQ=255)
ccccTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAat > 1:351273/1‑179 (MQ=255)
ttAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattgat < 3:351273/179‑1 (MQ=255)
ccGGGTGGCGGAACTAACGGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACCTCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGt < 1:640803/275‑1 (MQ=255)
gggTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCa < 3:298442/275‑1 (MQ=255)
ggAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTACGACAATAtaa > 2:267482/1‑278 (MQ=255)
cttgactgcaAAGTTGGAACCCCGGCGTTATTTTCATCCGGCTCGGGCTTGCTACTTAACCCCTTACCGCTGCCTGGTAACGCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCTGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTcc < 4:482581/274‑1 (MQ=255)
cactgcaAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTcc > 3:730913/1‑275 (MQ=255)
caACATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACTCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTCCCTGGTAACTCGAAGTCTTGCCCGGCGTTCTGAGGGGGGGGGCGGGTGGCATGCTGCAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCGTTATGTTTTGTGCGTAACCTAATTGGTGATGGCGCAAGCACAAAGGGATGGGGGGGGTTATTAATGAAACCCAGGGGGTTTGCGTCCGACCATAtaagtttactgtcggcat > 3:361948/1‑264 (MQ=255)
caAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGtt > 3:650215/1‑274 (MQ=255)
tGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACGTAACCCCATACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGtt < 2:72505/278‑1 (MQ=255)
gccgTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGTGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGTTTGTCACTAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTCAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATCTAAGTTTAAGTTCCGGTTTTTGTGATGTTCTGGc > 3:102172/1‑275 (MQ=255)
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gctACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCa < 1:650215/275‑1 (MQ=255)
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cTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattgat < 3:677074/84‑1 (MQ=255)
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aTGCTGAAACTATAGGCAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGGGATGTTCTGGCCTTTTCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGATACTTACCCACTTTCATTTCCATCGCTGGTATGTAGGCGCGAACATCGTGGTCAATCCATTCTGGTTATg > 3:91268/1‑275 (MQ=255)
|
GCCTGCCAGAGATCCCAGTCGTTGCTGCGTAAAGCCTGCACAGCCTGGTTGTAAGTGATACCGCAACAATCCATCAAATACTGAACTACTTCGTAATGCACCATCTTATCTCTCCCCTTAACGCCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGATACTTACCCACTTTCATTTCCATCGCTGCTATGTAGGCGCGAACATCGTGGTCAACCCAATCTGGTTCTG > NC_000913/1419353‑1419892
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
