Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F69 I0 R1
|
1426 |
148.0 |
5875178 |
97.4% |
5722423 |
123.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,419,624 |
G→A |
100% |
intergenic (‑168/+141) |
ydaG ← / ← racR |
Rac prophage; uncharacterized protein/Rac prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,419,624 | 0 | G | A | 95.9%
| 511.0
/ 7.0
| 145 | intergenic (‑168/+141) | ydaG/racR | Rac prophage; uncharacterized protein/Rac prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/4); new base A (64/75); total (66/79) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
CCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAG > NC_000913/1419476‑1419769
|
ccGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTgg > 4:1256006/1‑149 (MQ=255)
gggTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGaa < 3:329996/149‑1 (MQ=255)
ggCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACtat < 1:1072285/149‑1 (MQ=255)
gCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACtata < 3:1278713/149‑1 (MQ=255)
cGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAg > 1:76518/1‑149 (MQ=255)
cGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAg < 4:441024/149‑1 (MQ=255)
ggAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGaaa < 4:1343040/142‑1 (MQ=255)
ggAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGaaa > 3:1343040/1‑142 (MQ=255)
ctgcactgcaAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAat < 2:1069238/149‑1 (MQ=255)
tgcactgcaAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGaaa < 1:6414/130‑1 (MQ=255)
tgcactgcaAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGaaa > 3:86031/1‑130 (MQ=255)
cactgcaAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattga > 3:875866/1‑149 (MQ=255)
actgcaAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattgat < 4:112536/149‑1 (MQ=255)
actgcaAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattgat < 2:613471/149‑1 (MQ=255)
aTCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTAt > 3:750382/1‑149 (MQ=255)
tCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGaaa > 1:352827/1‑112 (MQ=255)
tCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATg < 2:1229169/149‑1 (MQ=255)
ccgccgTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattga > 3:111281/1‑131 (MQ=255)
ccgccgTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattga < 4:111281/131‑1 (MQ=255)
ccgccgTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGt < 2:947859/135‑1 (MQ=255)
gccgTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTa > 4:1182622/1‑149 (MQ=255)
ccgTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTaa < 1:371725/149‑1 (MQ=255)
ccgTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTaa < 3:1182622/149‑1 (MQ=255)
aTGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattgat < 2:430165/124‑1 (MQ=255)
aTGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattgat > 1:430165/1‑124 (MQ=255)
aTGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGttt < 2:1369969/149‑1 (MQ=255)
gTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCa < 4:832098/127‑1 (MQ=255)
ttCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGttt > 2:46036/1‑146 (MQ=255)
ttCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGa < 2:76518/149‑1 (MQ=255)
ttCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGa > 3:1225954/1‑149 (MQ=255)
ttCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGa > 2:362459/1‑149 (MQ=255)
aTACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGa < 4:949249/146‑1 (MQ=255)
aTACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGa > 3:949249/1‑146 (MQ=255)
tACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattgatt < 4:168938/118‑1 (MQ=255)
tACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTaa > 1:315108/1‑137 (MQ=255)
aCGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACCCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGt > 4:711758/1‑119 (MQ=255)
aCGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACCCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGt < 3:711758/119‑1 (MQ=255)
cGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTaa < 4:731835/149‑1 (MQ=255)
cTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGttt < 1:150191/137‑1 (MQ=255)
cTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCt > 4:1324958/1‑149 (MQ=255)
cTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCt > 1:1419542/1‑149 (MQ=255)
cGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTaa < 2:1419542/149‑1 (MQ=255)
gctACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTaa > 1:661876/1‑91 (MQ=255)
gctACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTaa < 2:661876/91‑1 (MQ=255)
gctACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGa < 3:1130021/149‑1 (MQ=255)
gctACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGa < 4:1331216/149‑1 (MQ=255)
tACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATa > 2:1427525/1‑109 (MQ=255)
tACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATa < 1:1427525/109‑1 (MQ=255)
tACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTaa < 1:1289326/121‑1 (MQ=255)
tACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGtttt < 1:677970/127‑1 (MQ=255)
tAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGa < 1:52043/149‑1 (MQ=255)
tAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGa < 3:1324958/149‑1 (MQ=255)
aaCCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAAt < 4:66096/85‑1 (MQ=255)
aaCCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAAt > 3:66096/1‑85 (MQ=255)
cccTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattgatt > 4:1442867/1‑94 (MQ=255)
cccTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattgatt < 3:1442867/94‑1 (MQ=255)
cTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGtt < 3:1338488/115‑1 (MQ=255)
cTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGAcagcag > 3:278071/1‑149 (MQ=255)
ttACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGa < 2:1235898/118‑1 (MQ=255)
ttACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGa > 1:1235898/1‑118 (MQ=255)
aCCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTaa > 1:1033972/1‑127 (MQ=255)
aCCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTaa < 2:1033972/127‑1 (MQ=255)
aCCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGaaa < 2:537463/149‑1 (MQ=255)
gCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATg < 4:29742/149‑1 (MQ=255)
cTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATggg > 1:530577/1‑149 (MQ=255)
cTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATggg > 1:1301321/1‑149 (MQ=255)
tGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattgatt < 2:1242743/80‑1 (MQ=255)
tGGTAACGCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTCATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATgcgg > 2:975856/1‑149 (MQ=255)
ggTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATgggg > 1:786681/1‑148 (MQ=255)
gTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATgggggg > 1:187019/1‑149 (MQ=255)
cTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTa > 2:29807/1‑149 (MQ=255)
tCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATggg < 2:25050/141‑1 (MQ=255)
tCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATggg > 1:25050/1‑141 (MQ=255)
tCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTaa > 4:1057846/1‑92 (MQ=255)
tCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGtttt > 3:251213/1‑98 (MQ=255)
tCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGtttt < 4:671088/98‑1 (MQ=255)
tCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGtttt < 4:251213/98‑1 (MQ=255)
tCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAAcc < 3:149688/108‑1 (MQ=255)
tCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAt > 2:334209/1‑138 (MQ=255)
gTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAAc < 4:1225954/149‑1 (MQ=255)
ttGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGa < 2:530577/149‑1 (MQ=255)
cccGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGa < 2:711118/126‑1 (MQ=255)
ccGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCATAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGaaa < 2:294985/121‑1 (MQ=255)
cGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCa < 2:618651/149‑1 (MQ=255)
cGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCa > 3:1114088/1‑149 (MQ=255)
ggCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAg < 1:29807/149‑1 (MQ=255)
cGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGa < 4:894763/149‑1 (MQ=255)
tgtgGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGtttt > 1:697898/1‑149 (MQ=255)
tgGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTcc < 4:875866/149‑1 (MQ=255)
gggCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAGCTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTcc > 1:1241680/1‑147 (MQ=255)
gtgggtggTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGa < 2:196599/68‑1 (MQ=255)
gtATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAg < 1:538349/95‑1 (MQ=255)
gtATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGa > 2:358017/1‑126 (MQ=255)
gtATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGa < 1:358017/126‑1 (MQ=255)
gtATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATAtaagt < 2:1301321/149‑1 (MQ=255)
tATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATggg < 2:668689/101‑1 (MQ=255)
tATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATAtaagtt < 2:697898/149‑1 (MQ=255)
cTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGa > 4:303835/1‑74 (MQ=255)
cTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAg > 4:808573/1‑133 (MQ=255)
cTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAg < 3:808573/133‑1 (MQ=255)
|
CCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAG > NC_000913/1419476‑1419769
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
