Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A51 F1 I1 R1
|
20 |
58.0 |
3778966 |
96.2% |
3635365 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
1,332,148 |
(T)6→5 |
intergenic (+131/‑79) |
topA → / → cysB |
DNA topoisomerase I/DNA‑binding transcriptional dual regulator, O‑acetyl‑L‑serine‑binding |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 1,332,143 | 0 | T | . | 94.6%
| 328.3
/ 12.9
| 74 | intergenic (+126/‑84) | topA/cysB | DNA topoisomerase I/DNA‑binding transcriptional dual regulator, O‑acetyl‑L‑serine‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/0); new base . (45/25); total (49/25) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.93e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 |
TTTTATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTCTAAGT > REL606/1332069‑1332214
|
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ttttATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCtt > 2:1315622/1‑76 (MQ=255)
ttttATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCtt < 1:1446306/76‑1 (MQ=255)
tttATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCttt < 1:1521820/76‑1 (MQ=255)
tttATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCttt > 2:1449557/1‑76 (MQ=255)
tATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCttttt > 1:1666040/1‑76 (MQ=255)
tATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCttttt > 2:1469583/1‑76 (MQ=255)
ttGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCtttttat > 2:1006164/1‑74 (MQ=255)
ttGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCtttttat > 2:1752326/1‑74 (MQ=255)
tGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCtttttatt < 2:1390191/76‑4 (MQ=255)
atatTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTttattatt < 1:1370942/76‑1 (MQ=255)
attattTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTaa > 1:1771238/1‑76 (MQ=255)
attattTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTaa > 2:1487567/1‑76 (MQ=255)
attattTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTaa > 1:1025053/1‑76 (MQ=255)
ttattTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTaa > 2:442382/1‑76 (MQ=255)
attTTTTCTTCACAACTATACACTAAGGCTCTAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCA‑CATTTTTATTATTACATc > 2:1775172/1‑76 (MQ=255)
ttttttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCg < 2:1136296/76‑1 (MQ=255)
tttttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGt > 2:997812/1‑76 (MQ=255)
tttttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGt > 1:1632079/1‑76 (MQ=255)
tttttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGt > 1:1431690/1‑76 (MQ=255)
ttttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAATCGt > 1:486893/1‑76 (MQ=255)
ttttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTa > 1:883707/1‑76 (MQ=255)
tttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTAt > 2:1888757/1‑76 (MQ=255)
tttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTAt < 1:995730/76‑1 (MQ=255)
tttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTAt > 2:627511/1‑76 (MQ=255)
ttcttcACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTAtt > 1:1178313/1‑76 (MQ=255)
ttcttcACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTAtt > 1:1010465/1‑76 (MQ=255)
tcttcACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTa > 2:436944/1‑76 (MQ=255)
tcttcACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTa > 1:336861/1‑76 (MQ=255)
cttcACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAg > 1:461079/1‑76 (MQ=255)
cttcACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAg < 1:1194007/76‑1 (MQ=255)
ttcACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGt > 2:728090/1‑76 (MQ=255)
tcACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTc < 1:1528206/76‑1 (MQ=255)
tcACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTc > 2:1819877/1‑76 (MQ=255)
tcACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTc < 1:113169/76‑1 (MQ=255)
tcACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTc < 1:1727603/76‑1 (MQ=255)
cacaCCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCa > 2:1523985/1‑76 (MQ=255)
acCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCAcca < 2:1696406/76‑2 (MQ=255)
ccTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCg < 2:58848/76‑1 (MQ=255)
cTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGc < 1:1766224/76‑1 (MQ=255)
cTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGc < 2:1138094/76‑1 (MQ=255)
cTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGc < 2:1427490/76‑1 (MQ=255)
tataCACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGcc > 2:191119/1‑76 (MQ=255)
ataCACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCa < 2:702821/76‑1 (MQ=255)
tcnacTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAg > 2:1331120/4‑76 (MQ=255)
taCACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAg > 1:897437/1‑76 (MQ=255)
taCACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAg < 1:553890/76‑1 (MQ=255)
cacTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGgt < 1:954191/76‑1 (MQ=255)
cacTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGgt > 2:1790433/1‑76 (MQ=255)
cacTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGgt < 1:1580625/76‑1 (MQ=255)
cTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGgtgt > 1:1097923/1‑76 (MQ=255)
tAAGGCTATAAATGATGTAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGtgtg < 2:1052561/76‑1 (MQ=255)
tAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGtgtg > 2:1668432/1‑76 (MQ=255)
gCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACg > 2:1715718/1‑76 (MQ=255)
cTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGaa < 1:965483/76‑1 (MQ=255)
cTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGaa > 1:264025/1‑76 (MQ=255)
cTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGaa < 2:1752406/76‑1 (MQ=255)
taAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGaaaaa < 2:1761453/76‑1 (MQ=255)
tGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGa > 2:764628/1‑76 (MQ=255)
atatAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATg > 2:1189365/1‑76 (MQ=255)
atatAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATg > 2:1657271/1‑76 (MQ=255)
tataGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGt > 1:828698/1‑76 (MQ=255)
attgTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAAGTGTGACGAAAAAACGATGt > 2:1531885/4‑76 (MQ=255)
taGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTc > 1:548073/1‑76 (MQ=255)
aGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCt > 2:1531123/1‑76 (MQ=255)
aGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCt > 1:755689/1‑76 (MQ=255)
aGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCt > 2:1009090/1‑76 (MQ=255)
gTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTg < 1:1429915/76‑1 (MQ=255)
gtttATAGTTA‑CCCCCTTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCCCCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGAt < 2:755689/74‑1 (MQ=255)
ggTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGAt > 2:1207267/1‑76 (MQ=255)
gTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATg < 2:1023673/76‑1 (MQ=255)
gTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATg > 2:519601/1‑76 (MQ=255)
gTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATg > 2:686504/1‑76 (MQ=255)
gTTATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATg > 2:1252584/1‑76 (MQ=255)
ttATAGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATgg > 2:1607115/1‑76 (MQ=255)
tataGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGc > 1:1762116/1‑76 (MQ=255)
taGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGt > 2:51595/1‑76 (MQ=255)
taGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGt < 1:1861947/76‑1 (MQ=255)
aGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTc < 1:38261/76‑1 (MQ=255)
aGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTc > 2:36113/1‑76 (MQ=255)
aGTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTc > 2:1531805/1‑76 (MQ=255)
gTTAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTCt > 1:807571/1‑76 (MQ=255)
tAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTCTaa > 1:1582262/1‑76 (MQ=255)
tAGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTCTaa > 2:1266494/1‑76 (MQ=255)
aGCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTCTAAg > 1:1731319/1‑76 (MQ=255)
gCACC‑TTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTCTAAGt < 2:1151199/76‑1 (MQ=255)
|
TTTTATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTCTAAGT > REL606/1332069‑1332214
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
