Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A120 F1 I1 R1
|
20 |
248.8 |
16334864 |
93.0% |
15191423 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
1,332,157 |
A→G |
intergenic (+140/‑70) |
topA → / → cysB |
DNA topoisomerase I/DNA‑binding transcriptional dual regulator, O‑acetyl‑L‑serine‑binding |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 1,332,157 | 0 | A | G | 96.7%
| 968.2
/ 9.8
| 241 | intergenic (+140/‑70) | topA/cysB | DNA topoisomerase I/DNA‑binding transcriptional dual regulator, O‑acetyl‑L‑serine‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/5); new base G (159/74); total (162/79) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
TTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTCTAAGTGGATGGTTTAACATG > REL606/1332084‑1332229
|
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tttttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCg > 1:6978444/1‑76 (MQ=255)
tttttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCg > 1:3047438/1‑76 (MQ=255)
tttttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCg > 1:1928205/1‑76 (MQ=255)
ttttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCGt > 1:6946824/1‑76 (MQ=255)
ttttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCGt > 1:2357258/1‑76 (MQ=255)
ttttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCGt > 2:7393967/1‑76 (MQ=255)
tttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCGTa > 1:6393171/1‑76 (MQ=255)
tttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCGTa < 2:4556681/76‑1 (MQ=255)
tttCTTCACACCTATACACTAAGGCTAAAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCGTa > 1:3905979/1‑76 (MQ=255)
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tcttcACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCGTAtt > 1:4825397/1‑76 (MQ=255)
tcttcACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCGTAtt > 2:3744831/1‑76 (MQ=255)
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cttcACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCGTATTa > 1:6569020/1‑76 (MQ=255)
cttcACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCGTATTa < 1:6691737/76‑1 (MQ=255)
cttcACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCGTATTa > 2:3662011/1‑76 (MQ=255)
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cacaCCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCGTATTAGTc < 1:69223/76‑1 (MQ=255)
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acacCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCGTATTAGTCa > 2:3868471/1‑76 (MQ=255)
acacCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCGTATTAGTCa > 2:562611/1‑76 (MQ=255)
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aaGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCGTATTAGTCACCCGCCAGGtgtg < 1:1488366/76‑1 (MQ=255)
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tataGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATgg > 1:2852739/1‑76 (MQ=255)
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attaAGTCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTCTAAGTGGATGGTTTAACa > 2:8125630/1‑76 (MQ=255)
ttaAGTCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTCTAAGTGGATGGTTTAACAt < 2:433459/76‑1 (MQ=255)
ttaAGTCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTCTAAGTGGATGGTTTAACAt > 2:2957749/1‑76 (MQ=255)
taAGTCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTCTAAGTGGATGGTTTAACATg < 1:2964454/76‑1 (MQ=255)
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taAGTCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTCTAAGTGGATGGTTTAACATg > 2:2591/1‑76 (MQ=255)
|
TTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTCTAAGTGGATGGTTTAACATG > REL606/1332084‑1332229
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
