Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A71 F1 I1 R1
|
18 |
59.4 |
3821164 |
95.9% |
3664496 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
1,690,717 |
+GT |
coding (755/1503 nt) |
ydgR → |
putative tripeptide transporter permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 1,690,714 | 1 | . | T | 100.0%
| 184.8
/ NA
| 46 | V251? (GTT→GNT) | ydgR | putative tripeptide transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base T (23/23); total (23/23) |
| * | REL606 | 1,690,714 | 2 | . | G | 100.0%
| 190.5
/ NA
| 46 | V251G (GTT→GGT) | ydgR | putative tripeptide transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base G (23/23); total (23/23) |
GGTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGT‑‑TGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGTGCTGCGCGTCG > REL606/1690641‑1690780
||
ggTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTTCGCGTATGGCGCTGGGCgt‑‑tg > 1:1160180/1‑76 (MQ=255)
ggTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCgt‑‑tg < 1:1896034/76‑1 (MQ=255)
gtgtTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCgt‑‑tgt < 2:336011/76‑1 (MQ=255)
gtgtTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCgt‑‑tgt < 2:1144855/76‑1 (MQ=255)
tgttgtGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCgt‑‑tgtg < 2:61637/76‑2 (MQ=255)
tgttgtGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCgt‑‑tgtg < 2:141705/76‑2 (MQ=255)
tgttgtGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCgt‑‑tgtg > 1:73132/1‑75 (MQ=255)
ttgtGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCgt‑‑tgtgtt < 2:131357/76‑4 (MQ=255)
ttgtGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCgt‑‑tgtgtt < 1:957743/76‑4 (MQ=255)
gATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTa > 2:869663/1‑76 (MQ=255)
tCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATc < 1:1286422/76‑1 (MQ=255)
cGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCg > 2:1670122/1‑76 (MQ=255)
cTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTg > 2:520400/1‑76 (MQ=255)
cTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTg < 2:1151803/76‑1 (MQ=255)
cTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTAGGTATCGTg < 2:8508/76‑1 (MQ=255)
aTCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGt > 1:1801065/1‑76 (MQ=255)
aTCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGt > 1:1553914/1‑76 (MQ=255)
cGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTa > 2:1306661/1‑76 (MQ=255)
gCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTAt < 2:508612/76‑1 (MQ=255)
tGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCgg < 1:175002/76‑1 (MQ=255)
ggCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGt > 1:1500837/1‑76 (MQ=255)
ggCTGCGGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGt < 2:797929/76‑1 (MQ=255)
gctgctGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTa < 2:591753/76‑1 (MQ=255)
gctgcACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAaag > 2:803608/1‑76 (MQ=255)
gctgcACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAaag > 1:1109852/1‑76 (MQ=255)
tgcACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAaagaa < 2:39165/76‑1 (MQ=255)
gcACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAaagaag < 1:721155/76‑1 (MQ=255)
gcACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAaagaag < 1:561430/76‑1 (MQ=255)
acaATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGcc > 2:1831374/1‑76 (MQ=255)
aaTCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCtt < 2:660711/76‑1 (MQ=255)
aTCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTc < 1:1671360/76‑1 (MQ=255)
cAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTcgc > 2:1487253/1‑76 (MQ=255)
cAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTcgc > 2:503313/1‑76 (MQ=255)
aGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTcgcg > 2:1268804/1‑76 (MQ=255)
aGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGCATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTcgcg > 2:147556/1‑76 (MQ=255)
aaGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATg < 2:1621263/76‑1 (MQ=255)
aaGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATg > 2:811310/1‑76 (MQ=255)
aGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGa > 2:1183735/1‑76 (MQ=255)
gTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGaa < 1:1541069/76‑1 (MQ=255)
gTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGaa > 2:1905605/1‑76 (MQ=255)
gTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGaa < 1:521094/76‑1 (MQ=255)
ttGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGaaa < 2:866759/76‑1 (MQ=255)
ttGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGaaa < 1:1576846/76‑1 (MQ=255)
cgcgTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGt < 1:979938/76‑1 (MQ=255)
cgTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGtgc > 2:1376300/1‑76 (MQ=255)
gTATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGtgct > 1:34500/1‑76 (MQ=255)
gTAGGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGtgct < 1:518982/76‑1 (MQ=255)
tATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGtgctg > 2:1053988/1‑76 (MQ=255)
tATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGtgctg < 1:1861659/76‑1 (MQ=255)
tATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGtgctg > 2:1697430/1‑76 (MQ=255)
tATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGtgctg < 1:1514413/76‑1 (MQ=255)
tATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGtgctg > 2:449613/1‑76 (MQ=255)
tATGGCGCTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGtgctg < 2:239346/76‑1 (MQ=255)
gcTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGTGCTGCGcgtc > 2:1607468/1‑76 (MQ=255)
cTGGGCGTTGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGTGCTGCGcgtcg < 2:1160180/76‑1 (MQ=255)
||
GGTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGT‑‑TGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGTGCTGCGCGTCG > REL606/1690641‑1690780
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
