Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A108 F1 I1 R1
|
80 |
195.1 |
12639756 |
93.3% |
11792892 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
1,512,877 |
T→C |
N43S (AAC→AGC) |
narY ← |
nitrate reductase 2 (NRZ), beta subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 1,512,877 | 0 | T | C | 99.4%
| 638.8
/ ‑4.3
| 153 | N43S (AAC→AGC) | narY | nitrate reductase 2 (NRZ), beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (71/81); total (71/82) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 |
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
GACCCAGCCGCCTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGTTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAACAGGTATGGC > REL606/1512804‑1512949
|
gACCCAGCCGCCTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACgctg < 2:4531717/76‑1 (MQ=255)
aCCCAGCCGCCTTGCCCCTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACgctgt < 1:3105302/76‑1 (MQ=255)
ccAGCCGCCTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTa < 2:4241628/76‑1 (MQ=255)
ccAGCCGCCTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTa < 2:2362072/76‑1 (MQ=255)
aGCCGCCTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTaaa < 1:5937688/76‑1 (MQ=255)
ccgccTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAAcc < 2:4136757/76‑1 (MQ=255)
ccgccTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAAcc < 2:2059856/76‑1 (MQ=255)
gccTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCAt < 2:3090064/76‑1 (MQ=255)
ccTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATg < 1:4312767/76‑1 (MQ=255)
ccTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATg < 1:594092/76‑1 (MQ=255)
ccTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATg > 2:4024788/1‑76 (MQ=255)
ttGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCg > 1:4089142/1‑76 (MQ=255)
ttGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCg < 2:1971517/76‑1 (MQ=255)
tGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGt > 1:2764649/1‑76 (MQ=255)
ccACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTAc > 2:3020855/1‑76 (MQ=255)
cACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACt < 2:1225631/76‑1 (MQ=255)
cACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACt > 2:1010829/1‑76 (MQ=255)
cACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACt > 1:1517571/1‑76 (MQ=255)
cACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACt < 1:3672987/76‑1 (MQ=255)
cACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACt > 2:625800/1‑76 (MQ=255)
aCTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTc < 1:5245817/76‑1 (MQ=255)
ctctTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTcc < 1:1781335/76‑1 (MQ=255)
ctctTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTcc < 1:3674097/76‑1 (MQ=255)
tctTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCa < 2:5849346/76‑1 (MQ=255)
tctTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCa > 1:5718280/1‑76 (MQ=255)
tctTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCa > 1:4500572/1‑76 (MQ=255)
tctTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCa > 1:1189500/1‑76 (MQ=255)
ctTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCAt > 2:5453211/1‑76 (MQ=255)
ctTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCAt > 2:533664/1‑76 (MQ=255)
ttCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATg < 1:3314085/76‑1 (MQ=255)
ttCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATg < 1:664495/76‑1 (MQ=255)
ttCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATg < 1:3848391/76‑1 (MQ=255)
ttCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATg < 2:1312636/76‑1 (MQ=255)
tCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGc > 2:648066/1‑76 (MQ=255)
cTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCt < 2:5107555/76‑1 (MQ=255)
tGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCtt > 1:1090515/1‑76 (MQ=255)
tGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCtt > 1:6007165/1‑76 (MQ=255)
tGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCtt > 2:1753395/1‑76 (MQ=255)
gATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTc > 1:4025812/1‑76 (MQ=255)
gATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTc < 1:5835423/76‑1 (MQ=255)
aTCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTcg > 1:4893127/1‑76 (MQ=255)
aTCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTcg < 2:5502768/76‑1 (MQ=255)
aTCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTcg > 2:1753981/1‑76 (MQ=255)
cTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTcgcg < 1:897667/76‑1 (MQ=255)
ttCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCgcgc > 2:1960090/1‑76 (MQ=255)
cccAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGccc < 2:3503820/76‑1 (MQ=255)
ccAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCg > 2:5076307/1‑76 (MQ=255)
tttttCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTcc < 2:5995291/76‑1 (MQ=255)
ttttCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCa < 1:643822/76‑1 (MQ=255)
ttttCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCa > 2:3888128/1‑76 (MQ=255)
tttCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAg < 2:437629/76‑1 (MQ=255)
tCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGAc < 1:1855612/76‑1 (MQ=255)
tCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGAc < 2:2712501/76‑1 (MQ=255)
gATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGtt < 2:885503/76‑1 (MQ=255)
aTAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGttt > 2:1246924/1‑76 (MQ=255)
aTAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGttt > 2:1184894/1‑76 (MQ=255)
aTAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGttt > 2:688526/1‑76 (MQ=255)
aTAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGttt > 2:2686294/1‑76 (MQ=255)
aTAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGttt > 1:3817664/1‑76 (MQ=255)
aTAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGttt < 1:1971222/76‑1 (MQ=255)
tAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGtttt < 1:5674672/76‑1 (MQ=255)
tAACCAATGCCCGGTTTGGTTGCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGtttt < 2:5880479/76‑1 (MQ=255)
aaCCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGttttt < 2:5820849/76‑1 (MQ=255)
aaCCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGttttt < 2:2722220/76‑1 (MQ=255)
aaCCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGttttt < 2:1799153/76‑1 (MQ=255)
ccAATGCCCGGTTTGGTTTCGCCGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTAc > 2:3358835/1‑76 (MQ=255)
ccAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTAc < 1:3444176/76‑1 (MQ=255)
aaTGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAg < 1:3398761/76‑1 (MQ=255)
aTGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAgg > 2:5186310/1‑76 (MQ=255)
gCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTc < 1:5453211/76‑1 (MQ=255)
gCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTc < 2:4783002/76‑1 (MQ=255)
cccGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCa > 1:2996868/1‑76 (MQ=255)
cccGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCa < 2:2377639/76‑1 (MQ=255)
cccGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCa < 1:323386/76‑1 (MQ=255)
ggtttggtttCGTCGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCg < 1:4666729/76‑1 (MQ=255)
ggtttggtttCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCg < 1:5326134/76‑1 (MQ=255)
ggtttggtttCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCg > 1:2011496/1‑76 (MQ=255)
gtttggtttCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGa < 1:2828475/76‑1 (MQ=255)
gtttggtttCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGa < 1:4145379/76‑1 (MQ=255)
tttggtttCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGaa < 2:4179204/76‑1 (MQ=255)
tttggtttCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGaa > 1:3136698/1‑76 (MQ=255)
tttggtttCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGCCACCGaa > 1:5003315/1‑76 (MQ=255)
ttggtttCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAAc > 1:6033887/1‑76 (MQ=255)
ttggtttCGACGCTGGTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAAc < 1:1844151/76‑1 (MQ=255)
ggtttCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAACAg < 2:5136168/76‑1 (MQ=255)
tttCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAACAGGt > 1:4278526/1‑76 (MQ=255)
tttCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAACAGGt < 1:6133458/76‑1 (MQ=255)
tttCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAACAGGt < 2:1189500/76‑1 (MQ=255)
tttCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAACAGGt > 2:4000851/1‑76 (MQ=255)
tttCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAACAGGt < 1:24961/76‑1 (MQ=255)
tttCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAACAGGt > 1:2159513/1‑76 (MQ=255)
ttCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAACAGGTa < 2:2120632/76‑1 (MQ=255)
tctaCGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAACAGGTAt > 2:6175187/4‑76 (MQ=255)
tCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAACAGGTAt < 1:303205/76‑1 (MQ=255)
tCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAACAGGTAt > 1:4617821/1‑76 (MQ=255)
cGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAACAGGTATg < 2:318055/76‑1 (MQ=255)
cGACGCTGTCAAACCATGCGTGCTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAACAGGTATg < 1:4938732/76‑1 (MQ=25)
gACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAACAGGTATgg < 2:1047388/76‑1 (MQ=255)
gACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAACAGGTATgg > 1:1473290/1‑76 (MQ=255)
aCGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAACAGGTATGGc < 2:1862536/76‑1 (MQ=255)
|
GACCCAGCCGCCTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGTTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAACAGGTATGGC > REL606/1512804‑1512949
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
