Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A108 F1 I1 R1
|
80 |
195.1 |
12639756 |
93.3% |
11792892 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
2,708,572 |
G→A |
W366* (TGG→TGA) |
emrB → |
multidrug efflux system protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 2,708,572 | 0 | G | A | 98.8%
| 614.9
/ ‑4.3
| 167 | W366* (TGG→TGA) | emrB | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (88/77); total (89/78) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
TTATGTATGCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGGCCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGCTGTCTGGTTTG > REL606/2708499‑2708644
|
tatgtatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGAATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCg > 1:4682875/1‑76 (MQ=255)
atgtatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGc < 1:2918862/76‑1 (MQ=255)
tgtatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGcc > 1:1596343/1‑75 (MQ=255)
gtatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAg > 1:1484547/1‑76 (MQ=255)
gtatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAg > 2:3586010/1‑76 (MQ=255)
gtatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAg > 1:2317794/1‑76 (MQ=255)
tatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGt > 2:1869749/1‑76 (MQ=255)
tatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGt > 2:2456612/1‑76 (MQ=255)
tatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCCCAGt > 2:2030718/1‑76 (MQ=255)
tatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTAGGTCTGACCGCAGt > 1:4254525/1‑76 (MQ=255)
tatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGCATGGGTTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGt > 1:3993246/1‑76 (MQ=255)
atgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGtt < 2:6205099/76‑1 (MQ=255)
tgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGttt > 2:255287/1‑76 (MQ=255)
tgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGttt < 1:5082113/76‑1 (MQ=255)
tgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGttt < 2:5212322/76‑1 (MQ=255)
tgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGttt > 2:729120/1‑76 (MQ=255)
tgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGttt < 2:1085680/76‑1 (MQ=255)
gCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTa < 1:278655/76‑1 (MQ=255)
gCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTa < 1:160791/76‑1 (MQ=255)
ccGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTAt > 2:567675/1‑76 (MQ=255)
ccGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTAt < 2:5050186/76‑1 (MQ=255)
cGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATc > 1:1882190/1‑76 (MQ=255)
gTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATcc < 2:4111447/76‑1 (MQ=255)
gTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATcc > 2:2142427/1‑76 (MQ=255)
gTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATcc > 2:3439905/1‑76 (MQ=255)
gTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATcc > 2:3000458/1‑76 (MQ=255)
tCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCa > 1:5684108/1‑76 (MQ=255)
cTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAg < 1:3015285/76‑1 (MQ=255)
tGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAgg < 1:3247686/76‑1 (MQ=255)
tGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGGTTATCCAgg > 1:222612/1‑76 (MQ=255)
gCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAggg > 2:2676482/1‑76 (MQ=255)
gCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAATTTATCCAggg > 1:744232/1‑76 (MQ=255)
cTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAgggg < 2:2642475/76‑1 (MQ=255)
ttCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGt > 1:5155237/1‑76 (MQ=255)
ttCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGt < 2:3314521/76‑1 (MQ=255)
tCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGtt < 1:3713074/76‑1 (MQ=255)
tCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGAGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAgggggt > 1:3536695/1‑74 (MQ=255)
cTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGttt < 2:1380013/76‑1 (MQ=255)
cTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGttt < 2:1216520/76‑1 (MQ=255)
cTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGttt > 1:5930484/1‑76 (MQ=255)
cTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGttt > 2:1505120/1‑76 (MQ=255)
cTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGttt < 2:2729187/76‑1 (MQ=255)
cTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGctt > 2:847451/1‑76 (MQ=255)
tACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTg < 1:550403/76‑1 (MQ=255)
tACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTg > 1:4509461/1‑76 (MQ=255)
tACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTg < 2:5486021/76‑1 (MQ=255)
aCTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGCATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCCGTTTATCCCGCGGTTCGc > 1:24656/1‑76 (MQ=255)
cTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCg < 1:4413968/76‑1 (MQ=255)
gCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTg < 2:5818489/76‑1 (MQ=255)
cGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTgg > 1:569656/1‑76 (MQ=255)
cGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTgg > 1:1056029/1‑76 (MQ=255)
gTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGc < 1:2027811/76‑1 (MQ=255)
tGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGcc > 2:4345157/1‑76 (MQ=255)
gCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCt > 1:5532885/1‑76 (MQ=255)
gCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCt > 1:2273001/1‑76 (MQ=255)
gCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCt < 2:6025699/76‑1 (MQ=255)
tataCCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGct < 2:4483221/76‑1 (MQ=255)
tataCCTTTGAACCAGGAATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGct > 1:2567031/1‑76 (MQ=255)
taCCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGcttc > 1:4871279/1‑76 (MQ=255)
aCCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGcttct < 1:5990657/76‑1 (MQ=255)
aCCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGcttct < 2:2193183/76‑1 (MQ=255)
ccTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGcttctt < 2:5920497/76‑1 (MQ=255)
ccTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCCGcttctt > 1:538997/1‑76 (MQ=255)
cTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCttt > 1:5052596/1‑76 (MQ=255)
cTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCttt < 1:3581931/76‑1 (MQ=255)
tGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATg < 2:322036/76‑1 (MQ=255)
tGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATg < 1:863821/76‑1 (MQ=255)
cAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCCTCGTTATGccccg > 2:882159/1‑73 (MQ=255)
aGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTTCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGATg > 1:6314654/1‑76 (MQ=255)
aGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTg < 1:3997811/76‑1 (MQ=255)
ggTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGa < 1:904732/76‑1 (MQ=255)
ggTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGa > 1:6069155/1‑76 (MQ=255)
gTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGac < 1:5007787/76‑1 (MQ=255)
tATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGacc > 1:1743234/1‑76 (MQ=255)
tATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGacc > 1:3435449/1‑76 (MQ=255)
aTGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGacca < 1:4822235/76‑1 (MQ=255)
aTGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGaaca > 2:3262290/1‑76 (MQ=255)
tGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGaccac < 2:4006676/76‑1 (MQ=255)
ggATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGGCTGCTTCTTTATGCCGCTGaccccc > 1:1895522/1‑76 (MQ=255)
ggATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGaccacc < 2:122725/76‑1 (MQ=255)
aTTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCAt < 2:5324337/76‑1 (MQ=255)
aTTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCAt < 2:5233873/76‑1 (MQ=255)
tttGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTa < 2:162332/76‑1 (MQ=255)
tttGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTa > 2:5110222/1‑76 (MQ=255)
tttGGCGCCACGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTa < 2:4190879/76‑1 (MQ=255)
ttGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTAc > 1:4670380/1‑76 (MQ=255)
tgggCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTAc < 2:3154656/74‑1 (MQ=255)
tGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACg > 1:3126651/1‑76 (MQ=255)
tGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACg > 1:488994/1‑76 (MQ=255)
ggCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGc > 2:3865546/1‑76 (MQ=255)
gcgcGGCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGCt < 1:247379/76‑1 (MQ=255)
cgcgTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGCTg > 1:4135832/1‑76 (MQ=255)
gTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCCTTACGCCGTCt > 1:3155339/1‑76 (MQ=255)
cGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGCTGTCTgg > 2:2303970/1‑76 (MQ=255)
cGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGCTGTCTgg < 1:5617965/76‑1 (MQ=255)
ggCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGCTGTCTGGt < 1:1112070/76‑1 (MQ=255)
gCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGCTGTCTGGtt < 1:4969559/76‑1 (MQ=255)
ccTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGGTTCTTTATGCCGCTGTACCCCATTACGCTGTCTGGttt > 2:3690193/1‑76 (MQ=255)
ccTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGCTGTCTGGttt < 1:78610/76‑1 (MQ=255)
ccTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGCTGTCTGGttt < 2:1717461/76‑1 (MQ=255)
|
TTATGTATGCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGGCCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGCTGTCTGGTTTG > REL606/2708499‑2708644
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
