Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F1 I1 R1
|
19 |
34.1 |
2156969 |
96.4% |
2079318 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
4,162,845 |
G→A |
G664S (GGT→AGT) |
rpoB → |
DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 4,162,845 | 0 | G | A | 100.0%
| 125.9
/ NA
| 35 | G664S (GGT→AGT) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (21/14); total (21/14) |
AAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGTGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAA > REL606/4162770‑4162913
|
aaaGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGTGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCg > 1:1014261/1‑76 (MQ=255)
ggCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGTGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGTg < 2:243618/76‑1 (MQ=255)
gCGAATCCAGCTTGTTCAGCGCTGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGc < 2:902812/76‑1 (MQ=255)
gCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGTGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGc < 1:953846/76‑1 (MQ=255)
aaTCCAGCTTGTTCAGCCGTGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGCGTc > 2:421415/1‑76 (MQ=255)
aaTCCAGCTTGTTCAGCCGTGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGATATCCGTTAGTGCGTc > 2:697188/1‑76 (MQ=255)
cTTGTTCAGCCGTGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGCGGTATCCGTCAGTGCGTCCCTAATc > 2:920185/1‑76 (MQ=255)
tGTTCAGCCGTGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGCGTCCCTGATccc > 1:587839/1‑76 (MQ=255)
ttCAGCCGTGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGt > 1:337188/1‑76 (MQ=255)
cAGCCGTGACCAGGTTGACTACATNGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTc > 2:183529/1‑76 (MQ=255)
cGTGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGAGCGTCCCTGATCCCGTTCCTgg > 2:999626/1‑76 (MQ=255)
gACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGCGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAac > 2:917537/1‑76 (MQ=255)
ccAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGCGCCCCTGATCCCGTTCCTGGAacac < 1:811400/76‑1 (MQ=255)
ttGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGa > 2:265153/1‑76 (MQ=255)
gACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACg < 2:1024510/76‑1 (MQ=255)
gACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACg < 2:824519/76‑1 (MQ=255)
gACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGCATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACg > 2:285604/1‑76 (MQ=255)
aCTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGc > 1:896214/1‑76 (MQ=255)
cTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGcc > 1:325361/1‑76 (MQ=255)
tACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGAAGCCa > 2:131982/1‑76 (MQ=255)
aCATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCaa < 2:104788/76‑1 (MQ=255)
cATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAc > 1:219270/1‑76 (MQ=255)
aTGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAcc < 1:271085/76‑1 (MQ=255)
gACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTg > 2:995580/1‑76 (MQ=255)
tATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCAtt < 2:408599/76‑1 (MQ=255)
ccACCCAGCAGGTTGTATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGAt < 2:906983/76‑1 (MQ=255)
aCCCAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATgg > 1:1019266/1‑76 (MQ=255)
cccAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATggg > 2:410752/1‑76 (MQ=255)
cccAGCAGGTGGTATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATggg < 2:1042251/76‑1 (MQ=255)
cagcagGTGGTATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTg < 2:549830/76‑1 (MQ=255)
agcagGTGGTATCCGTCAGTGCGTCCCTAATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGTGTGc < 2:48996/76‑1 (MQ=255)
cagGTNGTATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGa < 2:875452/76‑1 (MQ=255)
ggtggtATCCGTCAGTGAGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAAc > 2:709024/1‑76 (MQ=255)
tggtATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACAt > 1:296759/1‑76 (MQ=255)
ggtATCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATg > 1:1028508/1‑76 (MQ=255)
aTCCGTCAGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCaa > 2:800496/1‑76 (MQ=255)
|
AAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGTGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAA > REL606/4162770‑4162913
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
