Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A47 F1 I1 R1 17 69.1 4502028 96.3% 4335452 75.9

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA REL606 4,163,028 C→A Q725K (CAG→AAG)  rpoB → DNA‑directed RNA polymerase subunit beta

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*REL6064,163,0280CA98.7% 296.2 / ‑3.3 76Q725K (CAG→AAG) rpoBDNA‑directed RNA polymerase subunit beta
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (1/0);  new base A (32/43);  total (33/43)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01

GGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCG  >  REL606/4162956‑4163100
                                                                        |                                                                        
ggtACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGt                                                                       >  1:2026496/1‑76 (MQ=255)
ggtACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGt                                                                       >  1:2033471/1‑76 (MQ=255)
 gtACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTa                                                                      <  2:1669002/76‑1 (MQ=255)
 gtACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTa                                                                      <  1:165666/76‑1 (MQ=255)
 gtACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTa                                                                      >  2:2185880/1‑76 (MQ=255)
  tACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTAc                                                                     <  1:1538383/76‑1 (MQ=255)
  tACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTAc                                                                     >  1:1836063/1‑76 (MQ=255)
     tGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTg                                                                  <  2:618472/76‑1 (MQ=255)
     tGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTg                                                                  <  2:1244238/76‑1 (MQ=255)
     tGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTg                                                                  <  2:1703248/76‑1 (MQ=255)
       gTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGa                                                                >  1:542722/1‑76 (MQ=255)
       gTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGa                                                                >  1:1806580/1‑76 (MQ=255)
        tATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGAt                                                               <  1:979935/76‑1 (MQ=255)
        tATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGAt                                                               >  1:1974973/1‑76 (MQ=255)
        tATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGAt                                                               >  2:1991938/1‑76 (MQ=255)
          tGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGc                                                             >  1:613669/1‑76 (MQ=255)
          tGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGc                                                             >  2:1060820/1‑76 (MQ=255)
           ggAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCt                                                            >  2:2209334/1‑76 (MQ=255)
            gAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCtt                                                           >  1:257782/1‑76 (MQ=255)
            gAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCtt                                                           <  1:2130886/76‑1 (MQ=255)
             aaCGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTc                                                          <  2:2062558/76‑1 (MQ=255)
                gTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCg                                                       >  1:1979678/1‑76 (MQ=255)
                  gCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTa                                                     <  1:335668/76‑1 (MQ=255)
                   cTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTAt                                                    <  1:1798478/76‑1 (MQ=255)
                   cTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTAt                                                    <  1:1798471/76‑1 (MQ=255)
                    tGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATc                                                   <  2:872702/76‑1 (MQ=255)
                    tGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATc                                                   >  1:935167/1‑76 (MQ=255)
                      ttGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGt                                                 <  2:717787/76‑1 (MQ=255)
                       tGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGtt                                                <  1:1995118/76‑1 (MQ=255)
                       tGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGtt                                                <  1:142306/76‑1 (MQ=255)
                         ccGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTAt                                              <  1:2072648/76‑1 (MQ=255)
                         ccGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTAt                                              <  1:2178806/76‑1 (MQ=255)
                          cGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATc                                             >  2:1453377/1‑76 (MQ=255)
                           gTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCa                                            <  2:1361787/76‑1 (MQ=255)
                           gTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCa                                            <  1:1914007/76‑1 (MQ=255)
                            ttGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCaa                                           <  1:316110/76‑1 (MQ=255)
                             tGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATaaaa                                          >  2:2236268/1‑76 (MQ=255)
                             tGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCaaa                                          <  1:1964860/76‑1 (MQ=255)
                                cTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGtt                                       <  2:1825079/76‑1 (MQ=255)
                                cTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGtt                                       <  1:2196956/76‑1 (MQ=255)
                                cTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGtt                                       <  2:1938226/76‑1 (MQ=255)
                                  ccGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTaa                                     <  1:739874/76‑1 (MQ=255)
                                  ccGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACCTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTaa                                     >  2:1397673/1‑76 (MQ=255)
                                     gtgtAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGa                                  <  1:204834/76‑1 (MQ=255)
                                      tgtAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGaa                                 <  2:1080978/76‑1 (MQ=255)
                                       gtAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAg                                <  1:1213027/76‑1 (MQ=255)
                                       gtAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAg                                <  1:572421/76‑1 (MQ=255)
                                       gtAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAg                                <  1:1375218/76‑1 (MQ=255)
                                        tAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGa                               >  1:1188427/1‑76 (MQ=255)
                                          aCTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACg                             <  1:482350/76‑1 (MQ=255)
                                           cTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACga                            >  1:285118/1‑76 (MQ=255)
                                           cTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACga                            <  1:897920/76‑1 (MQ=255)
                                           cTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACga                            <  1:1038580/76‑1 (MQ=255)
                                             gCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACgaga                          <  2:1540062/76‑1 (MQ=255)
                                               ggTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATg                        <  2:776691/76‑1 (MQ=255)
                                                 tAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTa                      >  1:158197/1‑76 (MQ=255)
                                                 tAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTa                      >  2:958070/1‑76 (MQ=255)
                                                  aGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTAt                     <  1:1424157/76‑1 (MQ=255)
                                                  aGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTAt                     <  1:360703/76‑1 (MQ=255)
                                                   gCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATc                    >  2:1944765/1‑76 (MQ=255)
                                                    cTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATcc                   >  2:1358826/1‑76 (MQ=255)
                                                    cTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATcc                   >  1:11124/1‑76 (MQ=255)
                                                     tAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCg                  >  2:1672680/1‑76 (MQ=255)
                                                      aaaCGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCgg                 >  2:1688122/1‑76 (MQ=255)
                                                      aaaCGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCgg                 >  2:767372/1‑76 (MQ=255)
                                                      aaaCGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCgg                 >  1:1682348/1‑76 (MQ=255)
                                                          gtggtggtgTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGa             >  1:412633/1‑76 (MQ=255)
                                                          gtggtggtgTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGa             <  2:1541194/76‑1 (MQ=255)
                                                          gtggtggtgTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGa             >  1:767584/1‑76 (MQ=255)
                                                           tggtggtgTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGaa            <  1:1672647/76‑1 (MQ=255)
                                                           tggtggtgTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGaa            >  1:1661289/1‑76 (MQ=255)
                                                           tggtggtgTCGTTAAGTACATGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGaa            >  1:479846/1‑76 (MQ=255)
                                                              tggtgTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCa         <  1:2237723/76‑1 (MQ=255)
                                                               ggtgTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAg        <  1:1074088/76‑1 (MQ=255)
                                                                gtgtCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAgg       <  1:143802/76‑1 (MQ=255)
                                                                   tCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTAt    >  1:666082/1‑76 (MQ=255)
                                                                     gTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCTTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCg  >  1:1256362/1‑76 (MQ=255)
                                                                        |                                                                        
GGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCG  >  REL606/4162956‑4163100

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A