Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A81 F1 I1 R1
|
13 |
64.8 |
4113440 |
96.3% |
3961242 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
3,964,006 |
G→A |
intergenic (‑220/‑150) |
yigE ← / → corA |
hypothetical protein/magnesium/nickel/cobalt transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 3,964,006 | 0 | G | A | 95.3%
| 233.5
/ 0.4
| 64 | intergenic (‑220/‑150) | yigE/corA | hypothetical protein/magnesium/nickel/cobalt transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base A (29/32); total (30/34) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 |
CTAAGAGGACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGGCTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCAGGCT > REL606/3963931‑3964077
|
ctAAGAGGACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAgg > 1:404086/1‑76 (MQ=255)
aaGAGGACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACt > 1:1017028/1‑76 (MQ=255)
aaGAGGACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACt > 2:1775632/1‑76 (MQ=255)
aaGAGGACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACt > 1:1328051/1‑76 (MQ=255)
agagGACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTa < 2:1744356/76‑1 (MQ=255)
agagGACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTa < 2:449991/76‑1 (MQ=255)
gagGACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTAt < 2:782981/76‑1 (MQ=255)
gACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATccc < 1:1294390/76‑1 (MQ=255)
gACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATccc < 1:245524/76‑1 (MQ=255)
aCATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCt > 1:1925985/1‑76 (MQ=255)
cATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCtt > 2:1915122/1‑76 (MQ=255)
tCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCttttt < 2:671400/76‑1 (MQ=255)
tCGCCCTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCttttt < 2:186915/76‑1 (MQ=255)
ccTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCt < 1:1464580/76‑1 (MQ=255)
cTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTg < 2:590291/76‑1 (MQ=255)
tGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGAt > 2:530187/1‑76 (MQ=255)
ggACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATa > 1:2001812/1‑76 (MQ=255)
cgACACACCCAGAAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGAACAACTCCTAAGGCTATCCCTTTTTGCTGATa < 2:330494/75‑1 (MQ=255)
gACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAg < 2:2007468/76‑1 (MQ=255)
gACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAg < 1:1347257/76‑1 (MQ=255)
acacCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCt < 2:241124/76‑1 (MQ=255)
acacCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCt < 2:1966236/76‑1 (MQ=255)
cacCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCtt < 2:1198536/76‑1 (MQ=255)
acCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTa < 2:601317/76‑1 (MQ=255)
acCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTa < 1:464247/76‑1 (MQ=255)
cccAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAg < 2:925316/76‑1 (MQ=255)
cccAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAg < 2:1926471/76‑1 (MQ=255)
ccAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGGCTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGc < 1:118734/76‑1 (MQ=255)
ccAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGc < 1:805076/76‑1 (MQ=255)
cAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCg < 1:1835708/76‑1 (MQ=255)
aGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCgg < 2:443582/76‑1 (MQ=255)
gTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGt > 1:1021621/1‑76 (MQ=255)
gTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGt > 1:682366/1‑76 (MQ=255)
tAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGtt < 1:444077/76‑1 (MQ=255)
aGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTg > 1:1237848/1‑76 (MQ=255)
gATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGt > 2:1572119/1‑76 (MQ=255)
cTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGc > 2:56230/1‑76 (MQ=255)
cTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGc > 2:2008037/1‑76 (MQ=255)
ggCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCgc > 2:683016/1‑75 (MQ=255)
cACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTc < 2:1000847/76‑1 (MQ=255)
aCTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGGCTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCa > 1:1345931/1‑76 (MQ=255)
aCTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCa < 2:619371/76‑1 (MQ=255)
aCTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCa < 2:619383/76‑1 (MQ=255)
aTCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAAtt > 1:167029/1‑76 (MQ=255)
ccTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGCCCTCACtttt > 2:1909125/1‑76 (MQ=255)
tGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTc > 1:1371453/1‑76 (MQ=255)
tGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTc < 2:1758103/76‑1 (MQ=255)
tCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTccc > 1:1201838/1‑76 (MQ=255)
tCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTccc > 1:1775961/1‑76 (MQ=255)
cATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCg > 2:188973/1‑76 (MQ=255)
cATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCg > 2:1883061/1‑76 (MQ=255)
tCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTc < 1:1788345/76‑1 (MQ=255)
cAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTcgc < 2:957811/76‑1 (MQ=255)
aCTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTc < 1:1828998/76‑1 (MQ=255)
aCTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTc > 1:392690/1‑76 (MQ=255)
cTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCa < 2:373892/76‑1 (MQ=255)
cTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGACAGCGACCTCACTTTTTCCCGCCGCGCTGAGTCa > 2:623489/1‑76 (MQ=255)
tCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCAg > 2:746552/1‑76 (MQ=255)
tCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCAg < 1:741940/76‑1 (MQ=255)
tCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCAg > 2:1569893/1‑76 (MQ=255)
cTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCAGGc > 1:1959792/1‑76 (MQ=255)
cTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCAGGc > 1:550046/1‑76 (MQ=255)
tAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCAGGCt < 2:36843/76‑1 (MQ=255)
tAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCAGGCt > 2:927961/1‑76 (MQ=255)
tAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCAGGCt > 2:927964/1‑76 (MQ=255)
|
CTAAGAGGACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGGCTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCAGGCT > REL606/3963931‑3964077
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
