Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A110 F1 I1 R1
|
14 |
278.2 |
17968888 |
92.5% |
16621221 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
3,531,050 |
C→T |
R140H (CGT→CAT) |
rpoH ← |
RNA polymerase sigma factor |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 3,531,050 | 0 | C | T | 98.5%
| 1342.6
/ 4.6
| 331 | R140H (CGT→CAT) | rpoH | RNA polymerase sigma factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/3); new base T (171/155); total (173/158) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 |
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
GGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGGACGT > REL606/3530977‑3531122
|
gTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCa > 2:4900956/1‑76 (MQ=255)
ttACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAg > 1:7590913/1‑76 (MQ=255)
tACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAgg > 2:6324049/1‑76 (MQ=255)
aCGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGt > 2:5797340/1‑76 (MQ=255)
gCCGAGTTCATGGGCCACCATTTCGACTCCATCTTGGTTACACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTg < 1:1193835/76‑1 (MQ=255)
gCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTg < 2:5061195/76‑1 (MQ=255)
cccAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTga > 2:4248257/1‑76 (MQ=255)
ccAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTgaa < 1:2327703/76‑1 (MQ=255)
ccAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTgaa < 1:363368/76‑1 (MQ=255)
cAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTgaag > 1:1374354/1‑76 (MQ=255)
cAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTgaag < 2:6976018/76‑1 (MQ=255)
cAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTCCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTgaag < 1:6121517/76‑1 (MQ=255)
atctCAGGGCCCGCCATTCCGACTTCATCCTGCTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTgaaga < 1:1552071/73‑1 (MQ=255)
aGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTgaaga < 2:8045174/76‑1 (MQ=255)
gTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTgaagaa < 1:3886120/76‑1 (MQ=255)
ttCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAAc > 2:2324730/1‑76 (MQ=255)
cACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAg > 1:7853503/1‑76 (MQ=255)
cACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAg > 1:6426550/1‑76 (MQ=255)
cACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAg > 2:2475372/1‑76 (MQ=255)
cGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGtt < 1:7007247/76‑1 (MQ=255)
cGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGtt < 1:8925971/76‑1 (MQ=255)
cGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGtt < 2:8362854/76‑1 (MQ=255)
cGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGtt > 2:6833913/1‑76 (MQ=255)
ggCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtg < 1:8784715/76‑1 (MQ=255)
ggCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtg < 1:5743743/76‑1 (MQ=255)
ccaccaTTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtgcg > 2:1080459/1‑76 (MQ=255)
accaTTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtgcgct < 2:8179755/76‑1 (MQ=255)
ccaTTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtgcgctg < 1:3195107/76‑1 (MQ=255)
caTTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtgcgctgc > 1:8483599/1‑76 (MQ=255)
aTTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtgcgctgcg > 2:5274714/1‑76 (MQ=255)
aTTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtgcgctgcg < 2:1724509/76‑1 (MQ=255)
aTTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtgcgctgcg < 2:7887958/76‑1 (MQ=255)
aTTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtgcgctgcg < 1:3085039/76‑1 (MQ=255)
aTTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtgcgctgcg < 1:3293009/76‑1 (MQ=255)
ttCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTgcgctgcgct > 2:1189366/1‑76 (MQ=255)
tCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCtt > 2:2177863/1‑76 (MQ=255)
cGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCttt < 2:4621464/76‑1 (MQ=255)
cGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGATTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCttt > 1:3368729/1‑76 (MQ=255)
aCTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTtgg > 1:5916642/1‑76 (MQ=255)
cTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTtggt > 2:2802134/1‑76 (MQ=255)
ttCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTtggtg > 2:5732294/1‑76 (MQ=255)
tCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTtggtgg > 2:3672951/1‑76 (MQ=255)
tCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTtggtgg > 1:4377077/1‑76 (MQ=255)
cATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTggtggt > 1:1140080/1‑76 (MQ=255)
cATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTggtggt > 1:2147883/1‑76 (MQ=255)
cATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTggtggt > 1:6866666/1‑76 (MQ=255)
ttCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTc < 2:7497567/75‑1 (MQ=255)
aTCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTc < 1:5834792/76‑1 (MQ=255)
aTCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGATGCGCTTTGGTGGTc > 2:8784238/1‑76 (MQ=255)
tCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCg < 2:2639581/76‑1 (MQ=255)
tCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCg > 2:2010641/1‑76 (MQ=255)
ccTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGc > 2:8922449/1‑76 (MQ=255)
cTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCa > 1:8342529/1‑76 (MQ=255)
cTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCa > 2:8574654/1‑76 (MQ=255)
cTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGCGGTCGCa > 2:1542317/1‑76 (MQ=255)
tGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCaa > 2:2442379/1‑76 (MQ=255)
tGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCaa < 2:1908086/76‑1 (MQ=255)
tGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCaa > 2:3178989/1‑76 (MQ=255)
ggTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAAc < 2:7281826/76‑1 (MQ=255)
ggTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAAc > 1:6556349/1‑76 (MQ=255)
gTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACt > 2:397300/1‑76 (MQ=255)
tAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACttt > 1:5216289/1‑76 (MQ=255)
aaaCCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTg > 2:6935431/1‑76 (MQ=255)
aaaCCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTg < 2:5396606/76‑1 (MQ=255)
aaaCCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTg > 2:3819533/1‑76 (MQ=255)
aaaCCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTg > 1:7713175/1‑76 (MQ=255)
aaCCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGa < 1:1671305/76‑1 (MQ=255)
aaCCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGa > 2:3096830/1‑76 (MQ=255)
aaCCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGa > 2:8474601/1‑76 (MQ=255)
aCCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGAc < 2:8432377/76‑1 (MQ=255)
aCCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGAc > 2:3468456/1‑76 (MQ=255)
cgCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGAt < 2:446423/75‑1 (MQ=255)
aGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGAt < 2:5936913/76‑1 (MQ=255)
aGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGAt < 2:6696836/76‑1 (MQ=255)
gCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATa < 1:4993267/76‑1 (MQ=255)
gCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATa < 1:1977528/76‑1 (MQ=255)
cAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGc > 1:3582727/1‑76 (MQ=255)
aGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGcc > 2:8641074/1‑76 (MQ=255)
aGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGcc < 1:2769787/76‑1 (MQ=255)
gACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCa < 1:188470/76‑1 (MQ=255)
ctgctTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTa < 2:392474/76‑1 (MQ=255)
ctgctTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTa < 2:6044045/76‑1 (MQ=255)
gctTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACg < 2:5835224/76‑1 (MQ=255)
ctTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGc > 1:8134437/1‑76 (MQ=255)
ctTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGc < 1:2564174/76‑1 (MQ=255)
ctTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGc > 1:2260620/1‑76 (MQ=255)
ctTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGc > 2:6201108/1‑76 (MQ=255)
ttGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTTGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCa < 1:8654091/76‑1 (MQ=255)
ttGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCa > 2:7432453/1‑76 (MQ=255)
ttGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCa < 1:4547406/76‑1 (MQ=255)
ttGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCa < 1:6279812/76‑1 (MQ=255)
ggTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGAc < 2:1355720/57‑1 (MQ=255)
ggTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAgg > 2:5602154/1‑76 (MQ=255)
ggTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAgg < 1:5571125/76‑1 (MQ=255)
ggTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAgg < 2:3023302/76‑1 (MQ=255)
gTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGGa < 1:8072913/76‑1 (MQ=255)
ttttATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGGAc < 1:6163846/76‑1 (MQ=255)
tttATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGGACg > 1:2461388/1‑76 (MQ=255)
tttATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGGACg > 2:4384344/1‑76 (MQ=255)
ttATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGGACGt > 1:1003878/1‑76 (MQ=255)
|
GGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGGACGT > REL606/3530977‑3531122
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
