Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A48 F1 I1 R1
|
19 |
65.6 |
4133022 |
97.0% |
4009031 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
1,886,748 |
T→A |
intergenic (‑578/+91) |
yobF ← / ← yebO |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 1,886,748 | 0 | T | A | 93.1%
| 388.0
/ 14.6
| 102 | intergenic (‑578/+91) | yobF/yebO | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/5); new base A (52/43); total (54/48) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GAAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTA > REL606/1886675‑1886820
|
gAAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTaaa > 2:282226/1‑76 (MQ=255)
gAAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTaaa < 2:1093371/76‑1 (MQ=255)
gAAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTaa < 2:125651/76‑1 (MQ=255)
aaaaTATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAAt < 2:511769/76‑1 (MQ=255)
aaaaTATCTGTTTATTATATCGCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTGGAAGGCAGACCAGAGTTTAAAt < 1:1207679/76‑1 (MQ=255)
aaaTATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAAtt < 1:705285/76‑1 (MQ=255)
aaTATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAAttt < 2:1867810/76‑1 (MQ=255)
aaTATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAAttt < 1:368146/76‑1 (MQ=255)
atatCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTg < 1:575896/76‑1 (MQ=255)
atatCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTg > 1:1048564/1‑76 (MQ=255)
atatCTTTTTCAGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTg > 1:1825886/1‑76 (MQ=255)
atCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGaa > 1:1276911/1‑76 (MQ=255)
cTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGc > 1:1554926/1‑76 (MQ=255)
cTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGc > 1:97582/1‑76 (MQ=255)
cTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGc > 2:1547332/1‑76 (MQ=255)
cTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGc < 1:30311/76‑1 (MQ=255)
tttttCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCa > 2:1494993/1‑76 (MQ=255)
ttttCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAg > 1:683684/1‑76 (MQ=255)
ttttCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAg < 2:298195/76‑1 (MQ=255)
tttCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGt > 2:1727905/1‑76 (MQ=255)
tttCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGt > 1:255286/1‑76 (MQ=255)
tttCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGt < 2:1814682/76‑1 (MQ=255)
ttCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGtt > 2:1564745/1‑76 (MQ=255)
ttCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGtt > 2:403279/1‑76 (MQ=255)
ttCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGtt > 2:144517/1‑76 (MQ=255)
cTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGc > 2:952489/1‑76 (MQ=255)
cTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGc > 1:1818587/1‑76 (MQ=255)
tGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCa < 1:460443/76‑1 (MQ=255)
tGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCa > 2:1475182/1‑76 (MQ=255)
tGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCa < 1:796386/76‑1 (MQ=255)
tGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGATTATATTTGAAGCAGTTGCa > 2:1584726/1‑76 (MQ=255)
gATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCAc > 1:684875/1‑76 (MQ=255)
gATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCAc > 1:466517/1‑76 (MQ=255)
gATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCAc > 1:1437410/1‑76 (MQ=255)
atatCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCAcc > 1:187769/1‑76 (MQ=255)
tatCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCa > 2:1518594/1‑76 (MQ=255)
tatCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCa < 2:1428077/76‑1 (MQ=255)
tatCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCa > 2:1152565/1‑76 (MQ=255)
atCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCAt < 2:1561047/76‑1 (MQ=255)
atCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCAt < 1:1689684/76‑1 (MQ=255)
tCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATg > 1:1896778/1‑76 (MQ=255)
ccGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGc < 1:1164692/76‑1 (MQ=255)
cGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCa > 1:994271/1‑76 (MQ=255)
cGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCa > 1:1374631/1‑76 (MQ=255)
cGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCa > 1:1672920/1‑76 (MQ=255)
gTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAg < 1:1229602/76‑1 (MQ=255)
tACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCanga < 2:1449953/76‑4 (MQ=255)
tACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCanga < 2:1449941/76‑4 (MQ=255)
aCGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGc > 1:1875752/1‑76 (MQ=255)
gCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGt > 1:819362/1‑76 (MQ=255)
cAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGta < 1:1585219/76‑1 (MQ=255)
aaataaatAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGtat < 1:641437/76‑1 (MQ=255)
aaataaatAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGtat > 2:908339/1‑76 (MQ=255)
aataaataATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGtata < 2:1599611/76‑1 (MQ=255)
taaataaTATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAAt > 1:40577/1‑76 (MQ=255)
aaataaTATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATc < 1:903432/76‑1 (MQ=255)
aaataaTATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATc > 1:808610/1‑76 (MQ=255)
gataataTGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCa > 2:532550/2‑76 (MQ=255)
aataatATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCa < 1:1325992/76‑1 (MQ=255)
aataatATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCa < 1:290510/76‑1 (MQ=255)
aataatATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCa < 1:1533505/76‑1 (MQ=255)
aataatATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCa > 1:483550/1‑76 (MQ=255)
aataatATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCa > 2:1442881/1‑76 (MQ=255)
aataatATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCa < 1:1889358/76‑1 (MQ=255)
ataataTGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAg < 2:1278000/76‑1 (MQ=255)
ataataTGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAg > 1:1851300/1‑76 (MQ=255)
taataTGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAgg < 1:910173/76‑1 (MQ=255)
taataTGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAgg < 1:1065623/76‑1 (MQ=255)
atatGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGAt < 2:773856/76‑1 (MQ=255)
atatGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTAAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGAt < 2:773873/76‑1 (MQ=255)
tatGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAACCAGGATg < 2:229110/76‑1 (MQ=255)
atGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGa > 1:796169/1‑76 (MQ=255)
aTAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAAtt > 2:1775154/1‑76 (MQ=255)
tAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTg > 2:252115/1‑76 (MQ=255)
aaTTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGa < 1:2022045/76‑1 (MQ=255)
aaTTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGa > 2:1969642/1‑76 (MQ=255)
attattTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAg > 2:1780197/1‑76 (MQ=255)
ttattTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGt < 2:1204896/76‑1 (MQ=255)
tattTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTa < 1:1572516/76‑1 (MQ=255)
attTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTaa > 1:2034928/1‑76 (MQ=255)
attTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTaa < 1:1871776/76‑1 (MQ=255)
attTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTaa < 1:1759082/76‑1 (MQ=255)
attTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTaa < 2:775986/76‑1 (MQ=255)
attTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTaa < 1:464073/76‑1 (MQ=255)
ttGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAAcc > 2:1780434/1‑76 (MQ=255)
gAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCt > 2:756601/1‑76 (MQ=255)
atntCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCtt > 2:1457033/4‑76 (MQ=255)
gTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCa < 2:1896778/76‑1 (MQ=255)
tCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCaa < 2:1972945/76‑1 (MQ=255)
tCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCaa < 1:2025505/76‑1 (MQ=255)
tCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCaa < 1:623977/76‑1 (MQ=255)
cAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTGACCCTTCAac > 2:683568/1‑76 (MQ=255)
cAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAac > 1:1316781/1‑76 (MQ=255)
cAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAac > 1:404349/1‑76 (MQ=255)
aGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAacg > 2:745583/1‑76 (MQ=255)
aGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAacg < 2:631351/76‑1 (MQ=255)
agagTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACggg > 2:50580/1‑76 (MQ=255)
agagTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACggg < 2:943079/76‑1 (MQ=255)
agTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGt < 1:1413552/76‑1 (MQ=255)
tttaAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTa > 2:721846/1‑76 (MQ=255)
|
GAAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTA > REL606/1886675‑1886820
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
