Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A65 F1 I1 R1
|
19 |
67.5 |
4307580 |
97.2% |
4186967 |
74.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
3,022,018 |
C→T |
A223T (GCA→ACA) |
ECB_02821 ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 3,022,018 | 0 | C | T | 95.2%
| 154.6
/ ‑0.7
| 42 | A223T (GCA→ACA) | ECB_02821 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (16/24); total (17/25) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 |
TACCAAGAAAACAGTTAAATTTGATCTCAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGCATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATAAAAATTTTTTTAATGTTATTTTTTTTACAGAATTTATCT > REL606/3021947‑3022091
|
tACCAAGAAAACAGTTAAATTTGATCTCAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTAtc < 1:556778/75‑1 (MQ=255)
cAAGAAAACAGTTAAATTTGATCTCAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATctct > 1:1439096/1‑75 (MQ=255)
aaGAAAACAGTTAAATTTGATCTCAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTa > 2:2013720/1‑75 (MQ=255)
aaaaCAGTTAAATTTGATCTCAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGt < 2:1625871/75‑1 (MQ=255)
aaaaCAGTTAAATTTGATCTCAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGt < 2:1495612/75‑1 (MQ=255)
aaaCAGTTAAATTTGATCTCAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTc < 1:1117885/75‑1 (MQ=255)
aaaCAGTTAAATTTGATCTCAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTc < 1:1117899/75‑1 (MQ=255)
aaCAGTTAAATTTGATCTCAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTcc < 1:865648/75‑1 (MQ=255)
aCAGTTAAATTTGATCTCAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCt > 2:183700/1‑75 (MQ=255)
aGTTAAATTTGATCTCAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTaa > 2:509617/1‑75 (MQ=255)
aaaTTTGATCTCAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGCATCTCTATGTCCTAAATTa < 2:1858912/75‑1 (MQ=255)
tGATCTCAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATg > 1:915649/1‑75 (MQ=255)
tctcAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAgg > 1:143155/1‑75 (MQ=255)
tctcAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAgg > 1:143186/1‑75 (MQ=255)
ctcAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGt < 2:577976/75‑1 (MQ=255)
tcAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGtt < 2:2059738/75‑1 (MQ=255)
tcAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGtt < 2:693961/75‑1 (MQ=255)
tcAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGtt > 1:714895/1‑75 (MQ=255)
cAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTg < 2:1509215/75‑1 (MQ=255)
cAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTg < 2:1509205/75‑1 (MQ=255)
aaaaaaaTCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGtat < 2:546989/75‑1 (MQ=255)
aaaaaaaTCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGtat < 1:392593/75‑1 (MQ=255)
aaaaaaaTCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGtat < 1:392594/75‑1 (MQ=255)
aaaaaaTCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGtata < 1:536888/75‑1 (MQ=255)
aaaaTCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATaaa > 1:232874/1‑75 (MQ=255)
aaaTCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATaaaa < 2:1800805/75‑1 (MQ=255)
tCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATAAAACtt > 1:396686/1‑75 (MQ=255)
cAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATAAAAAttt > 1:382727/1‑75 (MQ=255)
cAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATAAAAAttt > 1:382706/1‑75 (MQ=255)
aTGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATAAAAAttttt > 1:116456/1‑75 (MQ=255)
tGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATAAAAAtttttt > 2:491883/1‑75 (MQ=255)
attcattcAAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATAAAAAtttttttta > 1:1268528/1‑73 (MQ=255)
tcattcaAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATAAAAATTTTTTTAATg > 2:1064574/1‑75 (MQ=255)
cattcaAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATAAAAATTTTTTTAATGt < 2:673278/75‑1 (MQ=255)
attcaAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATAAAAATTTTTTTAATGtt < 1:771480/75‑1 (MQ=255)
tcaAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATAAAAATTTTTTTAATGTTAt < 2:56042/75‑1 (MQ=255)
caAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATAAAAATTTTTTTAATGTTAtt < 1:628791/75‑1 (MQ=255)
caAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATAAAAATTTTTTTAATGTTAtt < 1:1755533/75‑1 (MQ=255)
caAATAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATAAAAATTTTTTTAATGTTAtt < 1:628802/75‑1 (MQ=255)
aaaTAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATAAAAATTTTTTTAATGTTAttt < 1:2041491/75‑1 (MQ=255)
aaaTAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATAAAAATTTTTTTAATGTTAttt > 2:1748149/1‑75 (MQ=255)
aaaTAATATCGATACTTTGTATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATAAAAATTTTTTTAATGTTAttt < 1:1265073/75‑1 (MQ=255)
gCATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATAAAAATTTTTTTAATGTTATTTTTTTTACAGAATTTATCt > 1:491541/1‑75 (MQ=255)
|
TACCAAGAAAACAGTTAAATTTGATCTCAAAAAAAAATCAATGCATTCATTCAAATAATATCGATACTTTGCATCTCTATGTCCTAAATTAGGATGAGGTTGTATAAAAATTTTTTTAATGTTATTTTTTTTACAGAATTTATCT > REL606/3021947‑3022091
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
