Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A66 F1 I1 R1
|
19 |
57.4 |
3651244 |
97.1% |
3545357 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
4,168,256 |
A→C |
Y1099S (TAC→TCC) |
rpoC → |
DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 4,168,256 | 0 | A | C | 100.0%
| 175.9
/ NA
| 43 | Y1099S (TAC→TCC) | rpoC | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (16/27); total (16/27) |
CGTCCGGCACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAGATCAGCTCTGGTGACACCCTGGCGC > REL606/4168183‑4168327
|
cGTCCGGCACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCt > 1:361069/1‑76 (MQ=255)
cGGCACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGtccttcct < 2:7048/76‑1 (MQ=255)
cGGCACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGtccttcct < 2:267893/76‑1 (MQ=255)
cGGCACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGtccttcct < 2:1531575/76‑1 (MQ=255)
cGGCACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGtccttcct < 1:1762383/76‑1 (MQ=255)
ggCACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTg > 2:1758695/1‑76 (MQ=255)
gAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGt > 1:1640832/1‑76 (MQ=255)
aaaTCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTaa < 2:1084490/76‑1 (MQ=255)
aaaTCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTaa < 1:1005387/76‑1 (MQ=255)
aTCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAg < 2:811185/76‑1 (MQ=255)
aTCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAg > 2:253391/1‑76 (MQ=255)
aTCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAg < 1:802298/76‑1 (MQ=255)
cGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCg > 2:931059/1‑76 (MQ=255)
cGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCg > 1:714863/1‑76 (MQ=255)
ttGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGAt < 1:875505/76‑1 (MQ=255)
ttGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGAt < 1:691603/76‑1 (MQ=255)
gATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTg < 1:1328855/76‑1 (MQ=255)
aTGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGt < 2:1588813/76‑1 (MQ=255)
tCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAg < 1:101529/76‑1 (MQ=255)
cAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGc > 1:553289/1‑76 (MQ=255)
gggTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTg < 2:1191169/76‑1 (MQ=255)
tAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGaa < 2:400220/76‑1 (MQ=255)
tAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGCCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGaa > 2:1572835/1‑76 (MQ=255)
aaCGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAg < 2:7190/76‑1 (MQ=255)
acgacgTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGa < 2:1036355/76‑1 (MQ=255)
acgacgTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGa < 2:1306003/76‑1 (MQ=255)
acgacgTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCCCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGa < 2:1306007/76‑1 (MQ=255)
tGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACa > 2:1544555/1‑76 (MQ=255)
gATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAg < 1:428637/76‑1 (MQ=255)
aTTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAGa < 1:1260373/76‑1 (MQ=255)
ttCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAGAt > 2:1320598/1‑76 (MQ=255)
tCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAGATc > 1:1690282/1‑76 (MQ=255)
tACCGATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAGATCAGctct > 1:582880/1‑76 (MQ=255)
gATATGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAGATCAGCTCTGGTg > 2:325189/1‑76 (MQ=255)
tatGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAGATCAGCTCTGGTGac < 1:1226562/76‑1 (MQ=255)
tGCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAGATCAGCTCTGGTGacac < 1:147323/76‑1 (MQ=255)
gCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAGATCAGCTCTGGTGACAcc > 1:691900/1‑76 (MQ=255)
gCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAGATCAGCTCTGGTGACAcc > 1:696847/1‑76 (MQ=255)
gCCTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAGATCAGCTCTGGTGACAcc < 1:1380498/76‑1 (MQ=255)
ccTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAGATCAGCTCTGGTGACAccc < 2:1100208/76‑1 (MQ=255)
ccTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAGATCAGCTCTGGTGACAccc < 2:1174642/76‑1 (MQ=255)
cTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAGATCAGCTCTGGTGACACCCt < 2:1745787/76‑1 (MQ=255)
cTGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAGATCAGCTCTGGTGACACCCt < 1:1572835/76‑1 (MQ=255)
tGCGCAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAGATCAGCTCTGGTGACACCCTg < 1:1079019/76‑1 (MQ=255)
cgcAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAGATCAGCTCTGGTGACACCCTGgc < 1:1758695/76‑1 (MQ=255)
gcAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAGATCAGCTCTGGTGACACCCTGgcg > 1:1081402/1‑76 (MQ=255)
gcAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGCACAGATCAGCTCTGGTGACACCCTGgcg < 1:320714/76‑1 (MQ=255)
cAGTCCTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAGATCAGCTCTGGTGACACCCTGgcgc > 2:525939/1‑76 (MQ=255)
|
CGTCCGGCACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATTCCGGGTACCGATATGCCTGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCAGCTGGAAGATGGCGTACAGATCAGCTCTGGTGACACCCTGGCGC > REL606/4168183‑4168327
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
