Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F1 I1 R1
|
15 |
35.6 |
2322208 |
94.1% |
2185197 |
75.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
2,105,116 |
(A)8→7 |
intergenic (+77/+135) |
ECB_01993 → / ← ECB_01994 |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 2,105,109 | 0 | A | . | 95.7%
| 201.1
/ 3.4
| 47 | intergenic (+70/+142) | ECB_01993/ECB_01994 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base . (19/25); total (20/27) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATATAAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCAAAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTACGGGGAGGAC > REL606/2105034‑2105180
|
atatAAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCa < 2:1127454/76‑1 (MQ=255)
atatAAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCa < 2:458876/76‑1 (MQ=255)
tataAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGCCG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCaa < 2:915404/76‑1 (MQ=255)
tataAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCaa < 2:291681/76‑1 (MQ=255)
tataAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCaa < 2:706777/76‑1 (MQ=255)
tataAAAACACTTAACGACAGATACTCCTAACTTGGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AGGGGTGAGGGGCaa < 2:1052940/76‑1 (MQ=255)
ataAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCaaa < 2:712520/76‑1 (MQ=255)
ataAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCaaa < 2:1121289/76‑1 (MQ=255)
ataAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCaaa > 2:303459/1‑76 (MQ=255)
aaaaaaCCCTTAACTCAACATCCTCCTAACTTTATTTCGCACC‑CCCCCCCCCCAAAATT‑AAGGGTGAGGGGCaaaa < 2:674124/75‑1 (MQ=255)
aaaaaCACTTAATAGCATAGACTTNTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑NAGGGTGAGGGGCaaaaa < 2:957666/76‑1 (MQ=255)
aaaaaCACTTAACTCCAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCaaaaa > 2:464799/1‑76 (MQ=255)
aaaaaCACTTAACTACAGATAATCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCaaaaa > 2:333874/1‑76 (MQ=255)
aaaCACTAAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCaaaaaaa < 2:862642/76‑1 (MQ=255)
cTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAatt < 2:942006/76‑1 (MQ=255)
ttAACTACAGATCCTCCTACCTTTGTATCTGCCG‑CCCCTCACCCAAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAatta < 2:850175/76‑1 (MQ=255)
tAACTACAGATCCTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCCCCCAAAATA‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAattat < 2:412691/76‑1 (MQ=255)
tAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAattat < 2:317503/76‑1 (MQ=255)
tAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGAGGAGGGGC‑AAAAAAATAattat > 1:833496/1‑76 (MQ=255)
tAACTACAGATACCCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAattat > 2:479979/1‑76 (MQ=255)
atcTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTNGGGGGC‑AAAAAAATAattatt > 2:971267/3‑76 (MQ=255)
aaCTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACACTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAattatt > 2:271070/1‑76 (MQ=255)
tACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACGCCCCCCCCCCCCAAATTAAAGGGAGGGGGGAAAAAAAAAAAatttta > 1:733868/1‑73 (MQ=255)
tACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGa > 2:879259/1‑76 (MQ=255)
tACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGa > 2:985466/1‑76 (MQ=255)
tACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCCCCCCCCCCAAT‑AATAGGGAGGGGGGAAAAAAAAAataattaa > 1:523458/1‑74 (MQ=255)
aCAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCCCACCCCAAATT‑AAAGGGGAGGGGGAAAAAAAAAAATAAtttat > 2:570403/1‑74 (MQ=255)
aCAGATACTCCTAACTTTATATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGCGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGAt > 2:1051520/1‑76 (MQ=38)
aTACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGtta > 2:1081966/1‑76 (MQ=255)
tACTCCTAACTTTGTATCTGTCG‑CCCCTCCCCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGttat < 2:962522/76‑1 (MQ=38)
aCTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGttata < 2:833496/76‑1 (MQ=255)
aCTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGttata < 1:333874/76‑1 (MQ=255)
aCTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGttata < 1:464799/76‑1 (MQ=255)
cTCCTAACTTTGTATCTGCCG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AACGGGGAGGGG‑ATAACAAATAATTATTTGATGttatat > 2:1063675/1‑76 (MQ=255)
cTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGttatat < 2:703648/76‑1 (MQ=255)
tCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGttatatt < 2:78920/76‑1 (MQ=255)
tCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGttatatt < 2:789578/76‑1 (MQ=255)
tCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCATCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCAAAATAAATAATTATTTGATGttattt < 1:995062/76‑3 (MQ=39)
ccTAANTTTGTATCTGACG‑NCCCTCACCCNAAATT‑AAGGGTGCGGGGC‑AAAAAAATAAGTATNTGATNttatattt < 2:190519/76‑1 (MQ=255)
ccTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGttatattt > 2:693864/1‑76 (MQ=255)
ccTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGttatattt > 2:565693/1‑76 (MQ=255)
ccTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCCAAAAT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGttatattt > 2:921232/1‑76 (MQ=255)
tAACTTTGTATCTGCCC‑CCCCCCCCCAAAAATA‑AGGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGttatatttat < 2:582152/76‑1 (MQ=255)
tAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGttatatttat > 1:923128/1‑76 (MQ=255)
aaCTTTGTATCTGACG‑CCCCCCACCCTAAATT‑AAAGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTTATGttatatttata > 1:945965/1‑76 (MQ=255)
tttGTATCTGACG‑CCCTTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGc < 2:82263/76‑1 (MQ=255)
tttGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑NAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGc > 2:1054573/1‑76 (MQ=255)
ttGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGcc > 2:1067174/1‑76 (MQ=255)
ttGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGGGAGGGGCAAAAAAAA‑AATTATTTGATGTTATATTTATATGcc > 2:107541/1‑76 (MQ=255)
tGTATCTGACG‑CCCCCCACCCTAAATT‑AAAGGGGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTTATGTTATATTTATATGCCa > 2:787157/1‑76 (MQ=255)
gTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCAt > 2:447325/1‑76 (MQ=255)
tATCTGACG‑CCCCCCACCCCCAAAT‑AAAGGTGAGGGGGAAAAAAAA‑AATTATTTGATGTTATATTTATATTTCATc > 2:452414/1‑76 (MQ=255)
tCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATcac < 2:130698/76‑1 (MQ=255)
tCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATcac > 2:106838/1‑76 (MQ=255)
gACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATc > 2:502757/1‑76 (MQ=255)
gACG‑CCCCTCACACTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATc > 2:187225/1‑76 (MQ=39)
aCG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATGTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCt > 1:1044724/1‑76 (MQ=255)
cG‑CCCCTCCCCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCtt < 1:219399/76‑1 (MQ=39)
cG‑CCCCTCCCCCAAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCtt < 2:379028/76‑1 (MQ=255)
cG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCtt > 2:275035/1‑76 (MQ=255)
ccccTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCtttt < 2:159376/76‑1 (MQ=255)
cccTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTa < 2:758321/76‑1 (MQ=255)
aCCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTcc > 2:404053/1‑76 (MQ=255)
aaaTT‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAgttg < 2:631086/76‑1 (MQ=255)
aaaTA‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAgttg < 1:348866/76‑1 (MQ=255)
tt‑AAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATNTGATGTTGTATTGATNTGCCATCACAGCTTTTAACTCCAGTNGNTa < 2:975177/76‑1 (MQ=255)
gaGGGGGGGGGGGCAAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTAc < 1:570403/75‑1 (MQ=255)
ggTGAGGGGC‑AAAAAAAGAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTACgggg < 2:386660/76‑1 (MQ=255)
ggggggC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTACGGggagg < 1:452414/74‑1 (MQ=255)
gAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATCTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTGCGGggagg < 1:914407/76‑1 (MQ=255)
ggggC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTACGGGGAGGAc < 2:805639/76‑1 (MQ=255)
|
ATATAAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCAAAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTACGGGGAGGAC > REL606/2105034‑2105180
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
