Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A58 F1 I1 R1
|
18 |
55.3 |
3756050 |
96.8% |
3635856 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
2,105,116 |
(A)8→7 |
intergenic (+77/+135) |
ECB_01993 → / ← ECB_01994 |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 2,105,109 | 0 | A | . | 95.3%
| 188.8
/ 5.3
| 44 | intergenic (+70/+142) | ECB_01993/ECB_01994 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base . (22/19); minor base C (0/2); total (22/22) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.21e-01 |
ATATAAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCAAAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTACGGGGAGGAC > REL606/2105034‑2105180
|
atatAAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCa > 2:453628/1‑76 (MQ=255)
atatAAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCa > 2:1870054/1‑76 (MQ=255)
atatAAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCa < 2:242685/76‑1 (MQ=255)
atatAAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCa < 2:1201227/76‑1 (MQ=255)
tataAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCaa < 2:282432/76‑1 (MQ=255)
tataAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCaa < 2:40800/76‑1 (MQ=255)
ataAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCaaa < 2:108417/76‑1 (MQ=255)
aaaaaacCACTAAACTACAGATCCTCCTAACTTGGTACCTGCCC‑CCCCCCCCCAAAAATTAGGGGTGAGGGGCaaa < 2:1485762/74‑1 (MQ=255)
aaaaaaaCACTTAACTACAGATCCCCCTATTTTTGTTTCGGCCC‑CCCCCCCCCAAAAATAAGGGGGGGGGGGCaaa < 2:1084856/74‑1 (MQ=255)
aaaaaaaCACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACC‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCaaa < 2:446534/74‑1 (MQ=255)
taAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCaaaa < 2:196653/76‑1 (MQ=255)
aaaaaaCACTTAACTACAAATACCCCTAACTTTGTATCTGCCG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCaaaa < 2:204602/75‑1 (MQ=255)
aaaaaaCACTAAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCCCCCAAAATAAAGGGTGAGGGGCaaaa < 2:1234072/75‑1 (MQ=255)
aaaaaCACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCaaaaa < 2:1496705/76‑1 (MQ=255)
aaaCACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCaaaaaaa < 2:1442527/76‑1 (MQ=255)
aaCACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCaaaaaaat < 2:12899/76‑2 (MQ=255)
ccacTTAACAACAAATCCCCCAAACTTTGTATCTGACC‑CCCCCCCCCCAAAATAAGGGGTGAGGGGCaaaaaaata < 2:556519/75‑3 (MQ=255)
acacTTAACTACAGATCCTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCaaaaaaata < 2:1849730/76‑3 (MQ=255)
cacTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCCCCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCaaaaaaataa < 2:1666215/76‑4 (MQ=255)
cacTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCCCACCCCAAATTAAGGGGGAGGGGCaaaaaaaaaa > 2:475366/1‑74 (MQ=255)
cTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCCCACCCCCAAATAAAGGGGAGGGGGAAAAAAaaaaat > 1:1862531/1‑76 (MQ=255)
aaCTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAattatt > 2:88928/1‑76 (MQ=255)
aCTACAGATCCCCCTATTTTTGTATCTG‑CC‑CCCCCCCCCCAAAAATAAGGGGGGGGGGGCAAAAAAATAATTAttt < 2:908612/76‑1 (MQ=255)
cTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACGCCCCCCCCCCCTAAATTAAGGGGAAGGGGCAAAAAAAA‑AATAAttt > 1:1467878/1‑76 (MQ=255)
cTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCCCACCCTAAATTAAGGGGGAGGGGC‑AAAAAAATAATTAtttt > 2:1570150/1‑75 (MQ=255)
aCAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCCAAATTAAGGGGGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGAt > 2:400032/1‑76 (MQ=255)
aGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGt > 2:649612/1‑76 (MQ=255)
aTACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGtta > 2:251467/1‑76 (MQ=255)
tACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTCAATTAAAGGGGAGGGG‑GAAAAAAATAATTATTTGATGttat > 2:855870/1‑76 (MQ=255)
aCTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTCAATTTAGGGGGAGGGGCAAAAAAAA‑AATTATTTGATGttttt > 2:484214/1‑73 (MQ=37)
tCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGttatatt < 2:12512/76‑1 (MQ=255)
ccTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGttatattt < 2:1827683/76‑1 (MQ=255)
cTAACTTTGTATCTGACGCCCCCCCCCCCTAAATTAA‑GGTGAGGGGGCAAAAAAAAAATT‑TTTTTTGttatttttt > 2:1070660/1‑75 (MQ=255)
cTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCCCACCCTAAATTAAAGGGGAGGGGCAAAAAAAA‑AATTATTTGATGttattttta > 2:596067/1‑76 (MQ=255)
tAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGttatatttat < 2:240964/76‑1 (MQ=255)
aaCTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGGGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGttatatttata > 2:1389913/1‑76 (MQ=39)
aCTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGttatatttatat < 2:1481367/76‑1 (MQ=255)
ttttGTATCTGCCC‑CCCCTCCCCAAAAATTAGGGGGGGGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATg < 2:701784/75‑1 (MQ=255)
cTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATg < 2:659355/76‑1 (MQ=255)
cTTTGTATCTGACG‑CCCCCCCCCCCAAATTAAAGGGGAGGGGCAAAAAAAA‑AATTATTTTATGttatatttatatt > 2:929575/1‑75 (MQ=255)
tttGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCAAAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATg < 2:155988/76‑1 (MQ=255)
tttGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGc < 2:279811/76‑1 (MQ=255)
tttGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGc < 2:1845252/76‑1 (MQ=255)
tttGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGGGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGc > 2:219311/1‑76 (MQ=39)
tttGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAAGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGc > 2:1275587/1‑76 (MQ=39)
ttGTTTCGGCCG‑CCCCTCCCCCTAAATTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGcc < 2:204780/76‑1 (MQ=255)
ttGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGcc < 2:204770/76‑1 (MQ=255)
tGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCa > 2:55943/1‑76 (MQ=255)
tGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGGGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCa > 2:1755513/1‑76 (MQ=255)
gTATCTGACG‑CCCCCCCCCCCCAATTAAGGGTGAGGGGGAAAAAAAA‑AAATATTTGATTTTATATTTATATGCCAt > 2:318053/1‑76 (MQ=255)
tATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGGGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATc > 2:146871/1‑76 (MQ=255)
tCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATcac < 2:240891/76‑1 (MQ=255)
gACG‑CCCCTCACCCCAAATTAAAGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATCCCATCACATc > 2:358396/1‑76 (MQ=255)
gACG‑CCCCCCACCCTAAATTAAAGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGGTATATTTATATTCCATCACATc > 2:1127229/1‑76 (MQ=255)
cG‑CCCCTCACCCAAAATAAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCtt < 2:480380/76‑1 (MQ=255)
ccTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTaa < 2:149510/76‑1 (MQ=255)
ccTCACCCTAAATTAAGGGGGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTaa > 2:1072523/1‑76 (MQ=255)
cACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTc > 2:544182/1‑76 (MQ=255)
cccTAAATTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCa < 1:1870054/76‑1 (MQ=255)
caaaaaTAAGGGGGGGGGGGCAAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAg < 1:1414145/74‑1 (MQ=255)
cTAAATTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAgt > 2:1595904/1‑76 (MQ=255)
tAAATTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAgtt > 1:1252871/1‑76 (MQ=255)
tAAATTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAgtt < 2:398157/76‑1 (MQ=255)
aaTTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAgttgt > 2:1472832/1‑76 (MQ=255)
aaTTAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAgttgt > 1:1240983/1‑76 (MQ=255)
ttAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTa < 2:571907/76‑1 (MQ=255)
ttAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTa > 2:98340/1‑76 (MQ=255)
tAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTAc < 2:180471/76‑1 (MQ=255)
tAAGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTAc > 1:868606/1‑76 (MQ=255)
tAAGGGTGAGGGGC‑‑AAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTACg > 1:514835/1‑76 (MQ=255)
aaGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTACg > 1:892956/1‑76 (MQ=255)
aGGGTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGAGGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTACgg < 2:29677/76‑1 (MQ=255)
gggTGAGGGGC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTACggg > 1:859467/1‑76 (MQ=255)
ggggC‑AAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTACGGGGAGGAc < 1:1669729/76‑1 (MQ=255)
|
ATATAAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCAAAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTACGGGGAGGAC > REL606/2105034‑2105180
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
